пайдарпайии пурраи геноми бисульфит (WGBS)
Сквенсияи тамоми геноми бисульфит (WGBS) ҳамчун методологияи стандартии тиллоӣ барои таҳқиқи амиқи метилизатсияи ДНК, махсусан мавқеи панҷум дар ситозин (5-mC), як танзимгари асосии ифодаи генҳо ва фаъолияти ҳуҷайра мебошад. Принсипи асосии WGBS коркарди бисульфитро дар бар мегирад, ки табдил додани ситозинҳои метилнашуда ба урацил (C ба U) ва дар ҳоле ки ситозинҳои метилонидашударо бетағйир мегузоранд. Ин техника ҳалли ягонаи асосиро пешниҳод мекунад, ки ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки метиломро ҳамаҷониба таҳқиқ кунанд ва шаклҳои ғайримуқаррарии метилизатсияи марбут ба шароитҳои гуногун, бахусус саратонро ошкор кунанд. Бо истифода аз WGBS, олимон метавонанд дар бораи манзараҳои метилизатсияи геномӣ фаҳмиши беҳамто ба даст оранд ва фаҳмиши нозуки механизмҳои эпигенетикиро, ки равандҳо ва бемориҳои гуногуни биологӣ доранд, таъмин кунанд.
Хусусиятҳои хидматрасонӣ
● Як геноми истинодро талаб мекунад.
● ДНК Ламбда барои назорат кардани самаранокии табдили бисульфит илова карда мешавад.
● Пайдарпайкунӣ дар Illumina NovaSeq.
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
●Стандарти тиллоӣ барои тадқиқоти метилизатсияи ДНК: Ин технологияи коркарди конверсияи метилизатсияи баркамол дорои дақиқии баланд ва такроршавандагии хуб аст.
●Фарогирии васеъ ва ҳалли якпоя:ошкор кардани сайтҳои метилизатсия дар сатҳи геном.
●Платформаи мукаммал:аз коркарди намунаҳо, сохтани китобхона, пайдарпайӣ то таҳлили биоинформатика хидмати аълои яктарафа пешниҳод кунед.
●Экспертизаи васеъ: бо лоиҳаҳои пайдарпайии WGBS дар як қатор намудҳо бомуваффақият анҷом ёфт, BMKGENE таҷрибаи зиёда аз даҳсола, гурӯҳи таҳлилии баландихтисос, мундариҷаи ҳамаҷониба ва дастгирии аълои пас аз фурӯш меорад.
●Имконияти ҳамроҳ шудан бо таҳлили транскриптомика: имкон медиҳад, ки таҳлили ҳамгирошудаи WGBS бо дигар маълумоти омикӣ ба монанди RNA-seq.
Мушаххасоти намунавӣ
| Китобхона | Стратегияи пайдарпай | Натиҷаи маълумоти тавсияшуда | Назорати сифат |
| Бисульфит табобат карда мешавад | Illumina PE150 | 30x амиқ | Q30 ≥ 85% Табдили бисульфит > 99% |
Талаботи намунавӣ
| Консентратсияи (ng/µL) | Маблағи умумӣ (мкг) | Талаботи иловагӣ | |
| ДНК-и геномӣ | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Деградатсия ё ифлосшавии маҳдуд |
Раванди кори хидмат
Интиқоли намуна
истихроҷи ДНК
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Интиқоли маълумот
Таҳлили зеринро дар бар мегирад:
● назорати сифати пайдарпайии хом;
● Харитасозӣ ба геноми истинод;
● Муайян кардани асосҳои метилшудаи 5mC;
● Таҳлили тақсимоти метилизатсия ва эзоҳ;
● Таҳлили минтақаҳои дифференсиалии метилонидашуда (DMRs);
● Шарҳи функсионалии генҳои марбут ба DMR.
Муайян кардани метилизатсияи 5mC: намудҳои сайтҳои метилизатсияшуда
Харитаи метилизатсия. Тақсимоти геномии 5mC метилизатсия
Шарҳи минтақаҳои баланд метилонидашуда
Минтақаҳои дифференсиалии метилизатсияшуда: генҳои алоқаманд
Минтақаҳои дифференсиалии метилизатсияшуда: шарҳи генҳои алоқаманд (Онтологияи ген)
Пешрафтҳои тадқиқотро, ки тавассути тамоми хидматҳои пайдарпайии бисульфитҳои геномии BMKGene тавассути маҷмӯаи чопшудаи нашрияҳо мусоидат мекунанд, омӯзед.
Фан, Ю ва дигарон. (2020) 'Таҳлили профилҳои метилизатсияи ДНК ҳангоми рушди мушакҳои скелетии гӯсфанд бо истифода аз пайдарпайии бисульфитҳои геномӣ',BMC Genomics, 21(1), сах. 1—15. дои: 10.1186 / S12864-020-6751-5.
Чжао, X. ва дигарон. (2022) 'Тағйироти нави метилизатсияи кислотаи дезоксирибонуклеинӣ дар коргароне, ки ба хлориди винилӣ дучор шудаанд',Токсикология ва саломатии саноат, 38(7), с. 377-388. doi: 10.1177/07482337221098600
Зуо, J. ва дигарон. (2020) 'Муносибат байни метилизатсияи геном, сатҳҳои РНК-ҳои коднашаванда, mRNAs ва метаболитҳо дар пухта расидани меваи помидор',Маҷаллаи завод, 103(3), с. 980–994. дои: 10.1111 / TPJ.14778.
