Пасиҳамоии камшудаи намояндагии бисульфитҳо (RRBS)
Пасиҳамоии намояндагии камшудаи бисульфит (RRBS) ҳамчун алтернативаи камхарҷ ва муассир ба пайдарпаии пурраи геномҳои бисульфит (WGBS) дар таҳқиқоти метилизатсияи ДНК пайдо шудааст. Дар ҳоле ки WGBS фаҳмиши ҳамаҷонибаро тавассути баррасии тамоми геном дар як қарори ягона таъмин мекунад, арзиши баланди он метавонад омили маҳдудкунанда бошад. RRBS ин мушкилотро тавассути таҳлили интихобӣ як қисми намояндагии геном ба таври стратегӣ коҳиш медиҳад. Ин методология ба ғанисозии минтақаҳои аз ҷазираҳои CpG бо тақсимоти MspI ва пас аз интихоби андозаи порчаҳои 200-500/600 бит такя мекунад. Аз ин рӯ, танҳо минтақаҳое, ки ба ҷазираҳои CpG наздиканд, пайдарпай ҷойгир карда мешаванд, дар ҳоле ки онҳое, ки ҷазираҳои дурдасти CpG доранд, аз таҳлил хориҷ карда мешаванд. Ин раванд дар якҷоягӣ бо пайдарпайии бисульфитҳо имкон медиҳад, ки бо қатъияти баланди метилизатсияи ДНК муайян карда шавад ва равиши пайдарпайӣ, PE150, на ба миёна, балки ба ақсои воридот тамаркуз карда, самаранокии профили метилизатсияро афзоиш медиҳад. RRBS як абзори бебаҳоест, ки имкон медиҳад тадқиқоти камхарҷи метилизатсияи ДНК ва дониши механизмҳои эпигенетикиро пеш барад.
Хусусиятҳои хидматрасонӣ
● Як геноми истинодро талаб мекунад.
● ДНК Ламбда барои назорат кардани самаранокии табдили бисульфит истифода мешавад.
● Самаранокии ҳозима MspI низ назорат карда мешавад.
● Ҳазми дукаратаи фермент барои намунаҳои растанӣ.
● Пайдарпайкунӣ дар Illumina NovaSeq.
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
●Алтернативаи камхарҷ ва самаранок ба WGBS: имкон медиҳад, ки таҳлил бо арзиши камтар ва бо талаботи камтари намуна анҷом дода шавад.
●Платформаи мукаммал:аз коркарди намунаҳо, сохтани китобхона ва пайдарпаӣ то таҳлили биоинформатика хидмати аълои якравона пешниҳод кунед.
●Экспертизаи васеъ: бо лоиҳаҳои пайдарпайии RRBS дар як қатор намудҳо бомуваффақият анҷом ёфт, BMKGENE таҷрибаи зиёда аз даҳсола, гурӯҳи таҳлилии баландихтисос, мундариҷаи ҳамаҷониба ва дастгирии аълои пас аз фурӯш меорад.
Мушаххасоти хадамот
| Китобхона | Стратегияи пайдарпай | Натиҷаи маълумоти тавсияшуда | Назорати сифат |
| MspI ҳазм ва Bisulfite табобат китобхона | Illumina PE150 | 8 Гб | Q30 ≥ 85% Табдили бисульфит > 99% Самаранокии буридани MspI > 95% |
Талаботи намунавӣ
| Консентратсияи (ng/µL) | Маблағи умумӣ (мкг) |
| |
| ДНК-и геномӣ | ≥ 30 | ≥ 1 | Деградатсия ё ифлосшавии маҳдуд |
Раванди кори хидмат
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Таҳлили зеринро дар бар мегирад:
● назорати сифати пайдарпайии хом;
● Харитасозӣ ба геноми истинод;
● Муайян кардани асосҳои метилонидашудаи 5mC ва муайянкунии мотив;
● Таҳлили тақсимоти метилизатсия ва муқоисаи намуна;
● Таҳлили минтақаҳои дифференсиалии метилонидашуда (DMRs);
● Шарҳи функсионалии генҳои марбут ба DMR.
Назорати сифат: самаранокии ҳозима (дар харитасозии геном)
Назорати сифат: табдили бисульфит (дар истихроҷи иттилооти метилизатсия)
Харитаи метилизатсия: Тақсимоти геномии 5mC метилизатсия
Муқоисаи намуна: Таҳлили ҷузъҳои асосӣ
Таҳлили минтақаҳои дифференсиалии метилонидашуда (DMRs): харитаи гармӣ
Пешрафтҳои тадқиқотро, ки тавассути тамоми хидматҳои пайдарпайии бисульфитҳои геномии BMKGene тавассути маҷмӯаи чопшудаи нашрияҳо мусоидат мекунанд, омӯзед.
Ли, З. ва дигарон. (2022) 'Таҷдиди дақиқи баланд ба ҳуҷайраҳои ба Лейдиг монанд тавассути фаъолсозии CRISPR ва омилҳои паракринӣ',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093 / PNASNEXUS / PGAC179.
Тиан, H. ва дигарон. (2023) 'Таҳлили геномии метилизатсияи ДНК таркиби бадан дар дугоникҳои монозиготикии чинӣ',Маҷаллаи Аврупо оид ба тадқиқоти клиникӣ, 53(11), с. e14055. doi: 10.1111 / ECI.14055.
Ву, Ю ва дигарон. (2022) 'Метилизатсияи ДНК ва таносуби камар ба хип: омӯзиши ассотсиатсияи эпигеномӣ дар дугоникҳои монозиготикии чинӣ',Маҷаллаи таҳқиқоти эндокринологӣ, 45(12), с. 2365-2376. дои: 10.1007 / S40618-022-01878-4.
