-
BMKMANU S3000_Транскриптомияи фазоӣ
Транскриптомияи фазоӣ дар сафи пеши навовариҳои илмӣ қарор дорад ва ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки шаклҳои мураккаби ифодаи генҳоро дар дохили бофтаҳо ва нигоҳ доштани контексти фазоии онҳо омӯзанд. Дар байни платформаҳои гуногун, BMKGene чипи BMKManu S3000 Spatial Transcriptome-ро таҳия кардааст, ки бо ҳалли мукаммали 3,5µm фахр мекунад, ба диапазони зерҳуҷайра мерасад ва танзимоти ҳалли бисёрсатҳиро фароҳам меорад. Чипи S3000, ки дорои тақрибан 4 миллион нуқтаҳо мебошад, микроэлементҳоро истифода мебарад, ки бо маҳтобӣ бо зондҳои штрих-коди фазоӣ сабт карда шудаанд. Китобхонаи cDNA, ки бо штрих-кодҳои фазоӣ ғанӣ гардонида шудааст, аз чипи S3000 омода карда мешавад ва баъдан дар платформаи Illumina NovaSeq пайдарпай карда мешавад. Омезиши намунаҳои штрих-кодшудаи фазоӣ ва UMI саҳеҳӣ ва мушаххаси маълумоти тавлидшударо таъмин мекунад. Чипи BMKManu S3000 бениҳоят гуногунҷабҳа буда, танзимоти ҳалли бисёрсатҳиро пешниҳод мекунад, ки метавонанд ба бофтаҳои гуногун ва сатҳҳои тафсилоти дилхоҳ ба таври дақиқ танзим карда шаванд. Ин мутобиқшавӣ чипро ҳамчун интихоби барҷаста барои таҳқиқоти гуногуни транскриптомияи фазоӣ ҷойгир мекунад, ки кластеризатсияи дақиқи фазоиро бо садои ҳадди аққал таъмин мекунад. Истифодаи технологияи сегментатсияи ҳуҷайраҳо бо BMKManu S3000 имкон медиҳад, ки маълумоти транскриптӣ ба сарҳади ҳуҷайраҳо ҷудо карда шавад, ки дар натиҷа таҳлили бевоситаи биологӣ дорад. Ғайр аз он, ҳалли мукаммали S3000 боиси афзоиши шумораи генҳо ва UMIs дар як ҳуҷайра мегардад, ки имкон медиҳад, ки намунаҳои транскрипсияи фазоӣ ва кластеркунии ҳуҷайраҳоро дақиқтар таҳлил кунанд.
-
Пайдарпайвандии як ядрои РНК
Таҳияи усулҳои сабти якҳуҷайра ва сохтани китобхонаҳои фармоишӣ дар якҷоягӣ бо пайдарпайии баландсуръат, таҳқиқоти ифодаи генҳоро дар сатҳи ҳуҷайра инқилоб кардааст. Ин пешрафт имкон медиҳад, ки таҳлили амиқтар ва ҳамаҷонибаи популяцияҳои мураккаби ҳуҷайраҳо, бартараф кардани маҳдудиятҳои марбут ба ҳисоби миёна ифодаи ген дар тамоми ҳуҷайраҳо ва нигоҳ доштани гетерогении ҳақиқӣ дар дохили ин популятсияҳо. Дар ҳоле ки пайдарпайии РНК-и якҳуҷайра (scRNA-seq) бартариҳои раднашаванда дорад, он дар бофтаҳои муайян ба мушкилот дучор мешавад, ки эҷоди суспензияи якҳуҷайра душвор аст ва намунаҳои навро талаб мекунад. Дар BMKGene, мо ин монеаро тавассути пешниҳоди пайдарпайии як ядроии РНК (snRNA-seq) бо истифода аз технологияи муосири 10X Genomics Chromium ҳал мекунем. Ин равиш доираи намунаҳоеро, ки барои таҳлили транскриптом дар сатҳи якҳуҷайра мувофиқанд, васеъ мекунад.
Ҷудокунии ядроҳо тавассути чипи инноватсионии 10X Genomics Chromium анҷом дода мешавад, ки дорои системаи ҳашт канали микрофлюидикӣ бо убури дукарата мебошад. Дар дохили ин система, маҳтобҳои гелӣ, ки штрих-кодҳо, праймерҳо, ферментҳо ва як ядрои ягонаро дар бар мегиранд, дар қатраҳои равғани нанолитр капсула карда мешаванд, ки Gel Bead-in-Emulsion (GEM) -ро ташкил медиҳанд. Пас аз ташаккули GEM, лизиси ҳуҷайра ва баровардани штрих-код дар ҳар як GEM рух медиҳад. Баъдан, молекулаҳои mRNA транскрипсияи баръаксро ба cDNAs мегузаранд, ки штрих-кодҳои 10X ва Идентификаторҳои беназири молекулавӣ (UMIs) -ро дар бар мегиранд. Сипас ин cDNA-ҳо ба сохтани китобхонаи стандартии пайдарпайӣ дучор мешаванд, ки ба таҳқиқи боэътимод ва ҳамаҷонибаи профилҳои ифодаи генҳо дар сатҳи якҳуҷайра мусоидат мекунанд.
Платформа: 10 × Platform Genomics Chromium ва Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Транскриптомикаи фазоӣ як технологияи пешрафтаест, ки ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки намунаҳои ифодаи генҳоро дар бофтаҳо ҳангоми нигоҳ доштани контексти фазоии онҳо тафтиш кунанд. Як платформаи пурқувват дар ин домен 10x Genomics Visium дар якҷоягӣ бо пайдарпаии Illumina мебошад. Принсипи 10X Visium дар як чипи махсусгардонидашуда бо минтақаи таъиншудаи забт, ки дар он қисмҳои матоъ ҷойгир карда мешаванд, ҷойгир аст. Ин минтақаи забткунӣ дорои нуқтаҳои штрих-код мебошад, ки ҳар кадоми онҳо ба макони ягонаи фазоии дохили бофта мувофиқанд. Молекулаҳои РНК аз бофта гирифташуда баъдан дар ҷараёни транскрипсияи баръакс бо идентификаторҳои беназири молекулавӣ (UMIs) нишонгузорӣ карда мешаванд. Ин нуқтаҳои штрих-код ва UMIҳо имкон медиҳанд, ки харитаи дақиқи фазоӣ ва миқдори ифодаи генҳоро дар як қарори якҳуҷайра муайян кунанд. Омезиши намунаҳои штрих-кодшудаи фазоӣ ва UMI саҳеҳӣ ва мушаххаси маълумоти тавлидшударо таъмин мекунад. Бо истифода аз ин технологияи фосилавии транскриптомика, муҳаққиқон метавонанд дар бораи ташкили фазоии ҳуҷайраҳо ва мутақобилаи мураккаби молекулавӣ, ки дар дохили бофтаҳо ба амал меоянд, дарки амиқтар ба даст оранд ва дар бораи механизмҳои асосии равандҳои биологӣ дар соҳаҳои гуногун, аз ҷумла онкология, неврология, биологияи рушд, иммунология фаҳмиши бебаҳо пешниҳод кунанд. , ва омӯзиши ботаникӣ.
Платформа: 10X Genomics Visium ва Illumina NovaSeq
