-
Геномияи муқоисавӣ
Геномияи муқоисавӣ тафтиш ва муқоисаи тамоми пайдарпаӣ ва сохторҳои геномҳоро дар байни намудҳои гуногун дар бар мегирад. Ин соҳа кӯшиш мекунад, ки эволютсияи намудҳо, рамзкушоӣ кардани функсияҳои генҳо ва равшан кардани механизмҳои танзими генетикиро тавассути муайян кардани сохторҳо ва унсурҳои пайдарпайии ҳифзшуда ё фарқкунанда дар организмҳои гуногун муайян кунад. Тадқиқоти ҳамаҷонибаи муқоисавии геномика таҳлилҳоро ба монанди оилаҳои генҳо, рушди эволютсионалӣ, рӯйдодҳои такрории геномҳо ва таъсири фишорҳои интихобӣ дар бар мегирад.
-
Генетикаи эволютсионӣ
Платформаи таҳлили генетикии популятсия ва эволютсионӣ дар асоси таҷрибаи азими дар гурӯҳи R&D BMK дар тӯли солҳо ҷамъ овардашуда таъсис дода шудааст. Ин як воситаи осони корбар аст, махсусан барои муҳаққиқоне, ки дар биоинформатика ихтисос надоранд. Ин платформа имкон медиҳад, ки таҳлили асосии марбут ба генетикаи эволютсионӣ, аз ҷумла сохтмони дарахтони филогенетикӣ, таҳлили нобаробарии пайвандҳо, арзёбии гуногунии генетикӣ, таҳлили интихобӣ, таҳлили хешовандӣ, PCA, таҳлили сохтори аҳолӣ ва ғайра.
-
Ассамблеяи Геном дар асоси Hi-C
Hi-C як усулест, ки барои гирифтани конфигуратсияи хромосомаҳо тавассути омезиши мутақобила дар асоси наздикӣ ва пайдарпайии баландсуръат тарҳрезӣ шудааст. Гумон меравад, ки шиддатнокии ин мутақобила бо масофаи физикӣ дар хромосомаҳо алоқамандии манфӣ дорад. Аз ин рӯ, маълумоти Hi-C барои роҳнамоӣ кардани гурӯҳбандӣ, тартиб ва самти пайдарпайии ҷамъшуда дар лоиҳаи геном ва пайваст кардани онҳо ба миқдори муайяни хромосомаҳо истифода мешавад. Ин технология ба маҷмӯи геномҳои сатҳи хромосома имкон медиҳад, ки дар сурати мавҷуд набудани харитаи генетикии популятсия. Ҳар як геном ба Hi-C ниёз дорад.
-
Пайдарпаии геномҳои растанӣ/ҳайвонот
Де Новопайдарпайӣ ба сохтани тамоми геноми намудҳо бо истифода аз технологияҳои пайдарпай дар сурати мавҷуд набудани геноми истинод ишора мекунад. Ҷорӣ ва қабули васеъи пайдарпайии насли сеюм, ки хонданҳои дарозтарро дар бар мегирад, бо зиёд кардани такрори байни хондан маҷмӯи геномҳоро ба таври назаррас беҳтар кардааст. Ин такмил махсусан ҳангоми кор бо геномҳои душвор мувофиқ аст, ба монанди гетерозиготаҳои баланд, таносуби баланди минтақаҳои такрорӣ, полиплоидҳо ва минтақаҳое, ки унсурҳои такроршаванда, мундариҷаи ғайримуқаррарии GC ё мураккабии баланд доранд, ки одатан бо истифода аз пайдарпайии кӯтоҳ хондан суст ҷамъ карда мешаванд. танҳо.
Ҳалли ягонаи мо хидматҳои пайдарпайии маҷмӯӣ ва таҳлили биоинформатикиро пешниҳод мекунад, ки геномҳои босифати де-новоро ҷамъоварӣ мекунанд. Тадқиқоти ибтидоии геномӣ бо Illumina баҳодиҳии ҳаҷм ва мураккабии геномро таъмин мекунад ва ин маълумот барои роҳнамоии қадами навбатии пайдарпайии тӯлонӣ бо PacBio HiFi ва пас аз он истифода мешавад.де навҷамъбасти контигҳо. Истифодаи минбаъдаи маҷмӯаи HiC имкон медиҳад, ки контигҳо ба геном пайваст карда шуда, маҷмӯи сатҳи хромосома ба даст оварда шаванд. Ниҳоят, геном бо пешгӯии генҳо ва секвенсияи генҳои ифодашуда, истифода ба транскриптомҳо бо хондани кӯтоҳ ва дароз шарҳ дода мешавад.
-
Пайдарпаии тамоми экзоми инсон
Секвенсияи тамоми экзоми инсон (hWES) ҳамчун як равиши самаранок ва пуриқтидори пайдарпайӣ барои муайян кардани мутатсияҳои боиси беморӣ эътироф карда мешавад. Сарфи назар аз он ки танҳо тақрибан 1,7% тамоми геномро ташкил медиҳанд, экзонҳо тавассути инъикоси профили функсияҳои умумии сафедаҳо нақши муҳим мебозанд. Қобили зикр аст, ки дар геноми инсон зиёда аз 85% мутатсияҳои марбут ба бемориҳо дар минтақаҳои рамзгузории сафеда зоҳир мешаванд. BMKGENE як хидмати ҳамаҷониба ва тағйирпазири пайдарпайии экзоми инсониро бо ду стратегияи гуногуни аксбардории экзон барои ноил шудан ба ҳадафҳои гуногуни тадқиқотӣ пешниҳод мекунад.
-
Пайдарпаии фрагментҳои пурқувватшудаи мушаххаси маҳал (SLAF-seq)
Генотипгузории баландсуръат, махсусан дар популятсияҳои калон, як қадами бунёдӣ дар омӯзиши ассотсиатсияи генетикӣ буда, заминаи генетикиро барои кашфи генҳои функсионалӣ, таҳлили эволютсионӣ ва ғайра фароҳам меорад. Ба ҷои пайдарпайии амиқи геном,Пасиҳамоии коҳишёфтаи геномҳои намояндагӣ (RRGS)аксар вақт дар ин тадқиқотҳо барои кам кардани арзиши пайдарпайии як намуна ва нигоҳ доштани самаранокии оқилона дар кашфи аломатҳои генетикӣ истифода мешавад. RRGS ин корро тавассути ҳазм кардани ДНК бо ферментҳои маҳдудкунанда ва тамаркуз ба диапазони мушаххаси андозаи фрагментҳо ба даст меорад ва ба ин васила танҳо як қисми геномро пайдарпай мекунад. Дар байни методологияҳои гуногуни RRGS, пайдарпаии фрагментҳои мушаххаси ҷойгиршуда (SLAF) як равиши фармоишӣ ва босифат мебошад. Ин усул, ки аз ҷониби BMKGene мустақилона таҳия шудааст, ферментҳои маҳдудкунандаро барои ҳар як лоиҳа оптимизатсия мекунад. Ин тавлиди миқдори зиёди тегҳои SLAF (минтақаҳои 400-500 бит / сония) дар саросари геном тақсим карда мешавад ва аз минтақаҳои такрорӣ ба таври муассир канорагирӣ мекунад ва ба ин васила беҳтарин кашфи маркери генетикиро таъмин мекунад.
-
Китобхонаҳои пешакии Illumina
Технологияи пайдарпайии Illumina, ки ба пайдарпайӣ аз рӯи синтез (SBS) асос ёфтааст, як навоварии NGS дар саросари ҷаҳон аст, ки барои тавлиди беш аз 90% маълумоти пайдарпайии ҷаҳон масъул аст. Принсипи SBS тасвири терминаторҳои баръакси флюоресцентиро дар бар мегирад, зеро ҳар як dNTP илова карда мешавад ва баъдан барои ворид кардани пойгоҳи навбатӣ ҷудо мешавад. Бо ҳамаи чаҳор dNTP-и баргардонидашавандаи бо терминатор дар ҳар як давраи пайдарпайӣ мавҷудбуда, рақобати табиӣ ғарази ҳамроҳшавиро кам мекунад. Ин технологияи бисёрҷониба ҳам китобхонаҳои якхонда ва ҳам ҷуфтшударо дастгирӣ мекунад, ки ба як қатор барномаҳои геномӣ мувофиқат мекунад. Қобилиятҳои баландсуръати секвенсияи Illumina ва дақиқ онро ҳамчун санги асоси дар таҳқиқоти геномика ҷойгир карда, ба олимон имкон медиҳад, ки нозукиҳои геномҳоро бо тафсилот ва самаранокии беҳамто кушоянд.
Хидмати пайдарпайии китобхонаи мо ба муштариён имкон медиҳад, ки китобхонаҳои пайдарпайро аз манбаъҳои гуногун (mRNA, тамоми геном, ампликон, китобхонаҳои 10x ва ғайра) омода кунанд. Баъдан, ин китобхонаҳоро метавон ба марказҳои пайдарпайии мо барои назорати сифат ва пайдарпайӣ дар платформаҳои Illumina интиқол дод.
