-
Пайдарпаии метагеномӣ -NGS
Метагеном маҷмӯи маводи генетикии як ҷомеаи омехтаи организмҳо, ба монанди метагеномҳои муҳити зист ва инсон мебошад. Он дорои геномҳои ҳам микроорганизмҳои киштшаванда ва ҳам коркарднашаванда мебошад. Пайдарпаии метагеномии тирпарронӣ бо NGS имкон медиҳад, ки ин манзараҳои мураккаби геномии дар намунаҳои муҳити зист ҷойгиршуда тавассути пешниҳоди бештар аз профили таксономӣ, инчунин дар бораи гуногунии намудҳо, динамикаи фаровонӣ ва сохторҳои мураккаби популятсия фаҳмишҳои гранулӣ фароҳам оранд. Ғайр аз таҳқиқоти таксономӣ, метагеномикаи тирпарронӣ инчунин дурнамои функсионалии геномикро пешниҳод мекунад, ки имкон медиҳад, ки генҳои рамзгузорӣ ва нақшҳои тахминии онҳоро дар равандҳои экологӣ омӯзанд. Ниҳоят, таъсиси шабакаҳои таносуби байни унсурҳои генетикӣ ва омилҳои муҳити зист ба фаҳмиши ҳамаҷонибаи ҳамбастагии мураккаби байни ҷомеаҳои микробҳо ва заминаи экологии онҳо мусоидат мекунад. Хулоса, пайдарпайии метагеномӣ ҳамчун воситаи муҳим барои кушодани нозукиҳои геномии ҷомеаҳои гуногуни микробҳо, равшан кардани муносибатҳои бисёрҷанбаи генетика ва экология дар дохили ин экосистемаҳои мураккаб мебошад.
Платформаҳо: Illumina NovaSeq ва DNBSEQ-T7
-
Пайдарпаии метагеномӣ-TGS
Метагеном маҷмӯи маводи генетикии ҷомеаи омехтаи организмҳо, ба монанди метагеномҳои муҳити зист ва инсон мебошад. Он дорои геномҳои ҳам микроорганизмҳои киштшаванда ва ҳам коркарднашаванда мебошад. Пайдарпаии метагеномӣ имкон медиҳад, ки ин манзараҳои мураккаби геномӣ, ки дар намунаҳои экологӣ ҷойгир шудаанд, тавассути таъмин кардани профили таксономӣ. Он инчунин дурнамои функсионалии геномикро тавассути омӯхтани генҳои рамзгузорӣ ва нақшҳои эҳтимолии онҳо дар равандҳои экологӣ пешниҳод мекунад. Дар ҳоле ки равишҳои анъанавии тирпарронӣ бо пайдарпайии Illumina дар таҳқиқоти метагеномӣ ба таври васеъ истифода мешуданд, пайдоиши пайдарпайии Nanopore ва PacBio дар муддати тӯлонӣ ин соҳаро тағир дод. Технологияи Nanopore ва PacBio таҳлилҳои биоинформатикии поёнобро, бахусус монтажи метагеномҳоро такмил медиҳанд, ки анҷуманҳои пайваста бештарро таъмин мекунанд. Гузоришҳо нишон медиҳанд, ки метагеномика дар асоси Nanopore ва PacBio бомуваффақият геномҳои пурра ва пӯшидаи бактерияҳоро аз микробиомаҳои мураккаб тавлид кардаанд (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Интегратсияи хондани Nanopore бо хондани Illumina як равиши стратегиро барои ислоҳи хатоҳо таъмин намуда, дақиқии пасти Nanopore-ро коҳиш медиҳад. Ин комбинатсияи синергистӣ ҷиҳатҳои қавии ҳар як платформаи пайдарпайро истифода бурда, ҳалли устуворро барои бартараф кардани маҳдудиятҳои эҳтимолӣ ва пешбурди дақиқӣ ва эътимоднокии таҳлилҳои метагеномикӣ пешниҳод мекунад.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia ва PacBio Revio
-
пайдарпайии пурраи геноми бисульфит (WGBS)
Сквенсияи тамоми геноми бисульфит (WGBS) ҳамчун методологияи стандартии тиллоӣ барои таҳқиқи амиқи метилизатсияи ДНК, махсусан мавқеи панҷум дар ситозин (5-mC), як танзимгари асосии ифодаи генҳо ва фаъолияти ҳуҷайра мебошад. Принсипи асосии WGBS коркарди бисульфитро дар бар мегирад, ки табдил додани ситозинҳои метилнашуда ба урацил (C ба U) ва дар ҳоле ки ситозинҳои метилонидашударо бетағйир мегузоранд. Ин техника ҳалли ягонаи асосиро пешниҳод мекунад, ки ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки метиломро ҳамаҷониба таҳқиқ кунанд ва шаклҳои ғайримуқаррарии метилизатсияи марбут ба шароитҳои гуногун, бахусус саратонро ошкор кунанд. Бо истифода аз WGBS, олимон метавонанд дар бораи манзараҳои метилизатсияи геномӣ фаҳмиши беҳамто ба даст оранд ва фаҳмиши нозуки механизмҳои эпигенетикиро, ки равандҳо ва бемориҳои гуногуни биологӣ доранд, таъмин кунанд.
-
Таҳлил барои хроматини ба транспозаза дастрас бо пайдарпаии гузариши баланд (ATAC-seq)
ATAC-seq як усули пайдарпайии баландсуръат аст, ки барои таҳлили дастрасии хроматин дар геном истифода мешавад. Истифодаи он дарки амиқи механизмҳои мураккаби назорати глобалии эпигенетикиро бар ифодаи ген таъмин мекунад. Ин усул транспозазаи гиперактивии Tn5-ро барои ҳамзамон пораҳо ва тегҳои кушодаи минтақаҳои хроматин тавассути ворид кардани адапторҳои пайдарпай истифода мебарад. Амплификатсияи минбаъдаи PCR боиси эҷоди китобхонаи пайдарпайӣ мегардад, ки имкон медиҳад, ки минтақаҳои кушодаи хроматин дар шароити мушаххаси фазо-вақт муайян карда шаванд. ATAC-seq назари ҳамаҷонибаи манзараҳои дастраси хроматинро таъмин мекунад, бар хилофи усулҳое, ки танҳо ба маконҳои ҳатмии омили транскрипсия ё минтақаҳои мушаххаси тағирёфтаи гистон нигаронида шудаанд. Бо пайдарпайии ин минтақаҳои кушодаи хроматин, ATAC-seq минтақаҳоеро ошкор мекунад, ки эҳтимолияти пайдарпайии фаъоли танзимкунанда ва маконҳои потенсиалии омили транскрипсияи ҳатмӣ дошта, дар бораи модуляцияи динамикии ифодаи генҳо дар геном фаҳмиши пурарзиш пешкаш мекунад.
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Генҳои 16S ва 18S rRNA дар якҷоягӣ бо минтақаи Транскрипсияи дохилӣ (ITS), ҳамчун аломатҳои асосии изи ангуштони молекулавӣ аз сабаби омезиши минтақаҳои хеле ҳифзшуда ва гипертағйирёбанда хизмат мекунанд ва онҳоро барои тавсифи организмҳои прокариотӣ ва эукариотӣ асбоби бебаҳо мегардонанд. Амплификация ва пайдарпайии ин минтақаҳо барои таҳқиқи таркиби микробҳо ва гуногунии экосистемаҳои гуногун муносибати бе изолятсияро пешниҳод мекунанд. Дар ҳоле ки пайдарпайии Illumina маъмулан минтақаҳои кӯтоҳмуддати гипервариантиро ба монанди V3-V4 аз 16S ва ITS1 ҳадаф қарор медиҳад, нишон дода шудааст, ки шарҳи таксономии олӣ тавассути пайдарпайии дарозии пурраи 16S, 18S ва ITS ба даст оварда мешавад. Ин равиши ҳамаҷониба боиси фоизи баландтари пайдарпаии дақиқ таснифшуда мегардад ва ба сатҳи ҳалли он, ки ба муайянкунии намудҳо дахл дорад, ба даст меояд. Платформаи пайдарпайии якмолекулаи воқеии вақт (SMRT)-и PacBio бо пешниҳоди хонишҳои хеле дақиқи дароз (HiFi), ки ампликонҳои пурраи дарозиро фаро мегирад, бо дақиқии пайдарпайии Illumina рақобат мекунад. Ин қобилият ба тадқиқотчиён имкон медиҳад, ки бартарии беҳамто ба даст оранд - манзараи генетикӣ. Фарогирии васеъ ҳалли аннотацияи намудҳоро ба таври назаррас баланд мекунад, алахусус дар дохили ҷомеаҳои бактериявӣ ё fungal, ки имкон медиҳад фаҳмиши амиқтари нозукиҳои популятсияи микробҳо.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Пайдарпаии ампликон бо технологияи Illumina, ки махсусан ба маркерҳои генетикии 16S, 18S ва ITS нигаронида шудааст, як усули пурқувват барои ошкор кардани филогения, таксономия ва фаровонии намудҳо дар ҷомеаҳои микробҳо мебошад. Ин равиш пайдарпайии минтақаҳои гиперварианти маркерҳои генетикии хонагиро дар бар мегирад. Дар ибтидо ҳамчун изи ангуштони молекулавӣ аз ҷонибиWoeses ва дигарондар соли 1977, ин техника тавассути имкон додани таҳлилҳои бе изолятсия профили микробиомаро тағир дод. Тавассути пайдарпайии 16S (бактерияҳо), 18S (занбуғҳо) ва Spacer Internal Transcribed (ITS, fungi), муҳаққиқон метавонанд на танҳо намудҳои фаровон, балки навъҳои нодир ва номаълумро низ муайян кунанд. Ба таври васеъ ҳамчун як воситаи муҳим қабул карда мешавад, пайдарпаии ампликон барои муайян кардани таркибҳои дифференсиалии микробҳо дар муҳитҳои гуногун, аз ҷумла даҳони инсон, рӯдаҳо, наҷосат ва берун аз он, муҳим аст.
-
Таҷдиди пайдарпайии тамоми геномҳои бактериявӣ ва fungal
Лоиҳаҳои дубора пайдарпайии геномҳои бактериявӣ ва занбӯруғӣ барои пешбурди геномикаи микробҳо тавассути имкон додани анҷом ва муқоисаи геномҳои микробҳо муҳиманд. Ин ба муҳандисии ферментатсия, оптимизатсияи равандҳои саноатӣ ва омӯхтани роҳҳои дуввуми мубодилаи моддаҳо мусоидат мекунад. Ғайр аз он, пайдарпайии занбӯруғҳо ва бактерияҳо барои фаҳмидани мутобиқшавии муҳити зист, оптимизатсияи штаммҳо ва ошкор кардани динамикаи эволютсияи генетикӣ бо таъсири васеъ дар тиб, кишоварзӣ ва илми экологӣ муҳим аст.
-
PacBio-Фулл-дарозии 16S/18S/ITS Sequencing Amplicon
Платформаи Amplicon (16S/18S/ITS) бо таҷрибаи чандинсолаи таҳлили лоиҳаҳои гуногунии микробҳо таҳия шудааст, ки дорои таҳлили стандартии асосӣ ва таҳлили фардӣ мебошад: таҳлили асосӣ мундариҷаи таҳлили асосии тадқиқоти микробиологиро дар бар мегирад, мундариҷаи таҳлил бой ва ҳамаҷониба аст, ва натиҷаҳои таҳлил дар шакли ҳисоботи лоиҳа пешниҳод карда мешаванд; Мазмуни таҳлили фардӣ гуногун аст. Намунаҳоро метавон интихоб кард ва параметрҳоро мувофиқи гузориши таҳлили асосӣ ва ҳадафи тадқиқот чандир муқаррар кардан мумкин аст, то ки талаботҳои фардӣ амалӣ карда шаванд. Системаи оператсионии Windows, оддӣ ва зуд.
-
Транскриптомияи пурраи PacBio (ғайри истинод)
Бо назардошти маълумоти пайдарпайии Isoform Biosciences Pacific Biosciences (PacBio), ин барнома қодир аст пайдарпайии транскрипти пурраи дарозмӯҳлатро (бе васл) муайян кунад. Тавассути харитасозии пайдарпаии пурраи дарозмӯҳлат бар зидди геномҳои истинод, транскриптҳоро метавон тавассути генҳои маълум, транскриптҳо, минтақаҳои рамзгузорӣ ва ғайра оптимизатсия кард. Дар ин ҳолат, муайянкунии дақиқи сохторҳои mRNA, ба монанди пайвасткунии алтернативӣ ва ғайра имконпазир аст. Таҳлили муштарак бо маълумоти пайдарпайии транскриптомҳои NGS имкон медиҳад тавзеҳи ҳамаҷониба ва миқдори дақиқтар дар ифода дар сатҳи транскрипт, ки асосан ба ифодаи дифференсиалии поёноб ва таҳлили функсионалӣ фоида меорад.
-
Пасиҳамоии камшудаи намояндагии бисульфитҳо (RRBS)
Пасиҳамоии намояндагии камшудаи бисульфит (RRBS) ҳамчун алтернативаи камхарҷ ва муассир ба пайдарпаии пурраи геномҳои бисульфит (WGBS) дар таҳқиқоти метилизатсияи ДНК пайдо шудааст. Дар ҳоле ки WGBS фаҳмиши ҳамаҷонибаро тавассути баррасии тамоми геном дар як қарори ягона таъмин мекунад, арзиши баланди он метавонад омили маҳдудкунанда бошад. RRBS ин мушкилотро тавассути таҳлили интихобӣ як қисми намояндагии геном ба таври стратегӣ коҳиш медиҳад. Ин методология ба ғанисозии минтақаҳои аз ҷазираҳои CpG бо тақсимоти MspI ва пас аз интихоби андозаи порчаҳои 200-500/600 бит такя мекунад. Аз ин рӯ, танҳо минтақаҳое, ки ба ҷазираҳои CpG наздиканд, пайдарпай ҷойгир карда мешаванд, дар ҳоле ки онҳое, ки ҷазираҳои дурдасти CpG доранд, аз таҳлил хориҷ карда мешаванд. Ин раванд дар якҷоягӣ бо пайдарпайии бисульфитҳо имкон медиҳад, ки бо қатъияти баланди метилизатсияи ДНК муайян карда шавад ва равиши пайдарпайӣ, PE150, на ба миёна, балки ба ақсои воридот тамаркуз карда, самаранокии профили метилизатсияро афзоиш медиҳад. RRBS як абзори бебаҳоест, ки имкон медиҳад тадқиқоти камхарҷи метилизатсияи ДНК ва дониши механизмҳои эпигенетикиро пеш барад.
-
пайдарпайии РНК прокариотӣ
Пайдарпайвандии РНК ба профили ҳамаҷонибаи ҳама транскриптҳои РНК дар дохили ҳуҷайраҳо дар шароити мушаххас имкон медиҳад. Ин технологияи муосир ҳамчун воситаи тавоно хизмат мекунад, ки профилҳои мураккаби ифодаи генҳо, сохторҳои генҳо ва механизмҳои молекулавии марбут ба равандҳои гуногуни биологиро ошкор мекунад. Дар пажӯҳишҳои бунёдӣ, ташхиси клиникӣ ва таҳияи маводи мухаддир ба таври васеъ қабул карда шуда, пайдарпайии РНК фаҳмишҳоро дар бораи нозукиҳои динамикаи ҳуҷайра ва танзими генетикӣ пешниҳод мекунад. Коркарди намунаи прокариотҳои РНК-и мо барои транскриптомҳои прокариотӣ мутобиқ карда шудааст, ки камшавии rRNA ва омодасозии китобхонаи самтро дар бар мегирад.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
пайдарпайии метатранскриптом
Бо истифода аз технологияи пайдарпайии Illumina, хидмати пайдарпайии метатранскриптомҳои BMKGENE ифодаи генҳои динамикии як қатор микробҳоро, ки эукариотҳоро ба прокариотҳо ва вирусҳо дар дохили муҳити табиӣ ба монанди хок, об, баҳр, наҷосат ва рӯда фаро мегирад, кашф мекунад. Хидмати ҳамаҷонибаи мо ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки профилҳои мукаммали ифодаи генҳои ҷамоаҳои мураккаби микробҳоро омӯзанд. Ғайр аз таҳлили таксономӣ, хидмати пайдарпайии метатранскриптомҳои мо ба иктишофи ғанисозии функсионалӣ мусоидат мекунад ва ба генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодаёфта ва нақшҳои онҳо равшанӣ меандозад. Ҳангоми паймоиш дар манзараҳои мураккаби ифодаи генҳо, гуногунии таксономӣ ва динамикаи функсионалӣ дар дохили ин чароғҳои гуногуни экологӣ, фаҳмиши фаровони биологиро кашф кунед.
-
De novo Ассамблеяи геномҳои Fungal
BMKGENE ҳалли бисёрҷониба барои геномҳои fungal пешниҳод мекунад, ки эҳтиёҷоти гуногуни тадқиқотӣ ва пуррагии дилхоҳи геномро қонеъ мекунад. Танҳо истифодаи пайдарпайии кӯтоҳмуддати Illumina имкон медиҳад, ки геномҳои лоиҳавӣ тавлид карда шаванд. Хониши кӯтоҳ ва пайдарпаии хондани тӯлонӣ бо истифода аз Nanopore ё Pacbio барои геномҳои бештар тозашуда бо контигҳои дарозтар муттаҳид карда мешаванд. Ғайр аз он, ҳамгироии пайдарпайии Hi-C қобилиятҳоро боз ҳам беҳтар мекунад ва имкон медиҳад, ки геноми пурраи сатҳи хромосома ба даст оварда шавад.
