-
Таҳлили ассотсиатсияи геномӣ
Ҳадафи таҳқиқоти Ассотсиатсияи Геном-Wide (GWAS) муайян кардани вариантҳои генетикӣ (генотипҳо) мебошад, ки ба хислатҳои мушаххас (фенотипҳо) алоқаманданд. Бо баррасии маркерҳои генетикӣ дар тамоми геном дар шумораи зиёди одамон, GWAS ассотсиатсияҳои генотип-фенотипро тавассути таҳлилҳои оморӣ дар сатҳи популятсия экстраполятсия мекунад. Ин методология барномаҳои васеъро дар таҳқиқоти бемориҳои инсон ва омӯхтани генҳои функсионалии марбут ба хислатҳои мураккаби ҳайвонот ё растаниҳо пайдо мекунад.
Дар BMKGENE, мо ду роҳро барои гузаронидани GWAS дар популятсияҳои калон пешниҳод менамоем: истифодаи пайдарпайии пурраи геном (WGS) ё интихоби усули коҳишёфтаи пайдарпаии геномҳои намояндагӣ, фрагменти дар дохили хона таҳияшудаи мушаххаси локус (SLAF). Гарчанде ки WGS ба геномҳои хурдтар мувофиқат мекунад, SLAF ҳамчун алтернативаи камхарҷ барои омӯзиши популятсияҳои калонтар бо геномҳои дарозтар пайдо мешавад, ки хароҷоти пайдарпайро ба таври муассир кам мекунад ва ҳамзамон самаранокии баланди кашфи маркерҳои генетикиро кафолат медиҳад.
-
Пайдарпайвандии як ядрои РНК
Таҳияи усулҳои сабти якҳуҷайра ва сохтани китобхонаҳои фармоишӣ дар якҷоягӣ бо пайдарпайии баландсуръат, таҳқиқоти ифодаи генҳоро дар сатҳи ҳуҷайра инқилоб кардааст. Ин пешрафт имкон медиҳад, ки таҳлили амиқтар ва ҳамаҷонибаи популяцияҳои мураккаби ҳуҷайраҳо, бартараф кардани маҳдудиятҳои марбут ба ҳисоби миёна ифодаи ген дар тамоми ҳуҷайраҳо ва нигоҳ доштани гетерогении ҳақиқӣ дар дохили ин популятсияҳо. Дар ҳоле ки пайдарпайии РНК-и якҳуҷайра (scRNA-seq) бартариҳои раднашаванда дорад, он дар бофтаҳои муайян ба мушкилот дучор мешавад, ки эҷоди суспензияи якҳуҷайра душвор аст ва намунаҳои навро талаб мекунад. Дар BMKGene, мо ин монеаро тавассути пешниҳоди пайдарпайии як ядроии РНК (snRNA-seq) бо истифода аз технологияи муосири 10X Genomics Chromium ҳал мекунем. Ин равиш доираи намунаҳоеро, ки барои таҳлили транскриптом дар сатҳи якҳуҷайра мувофиқанд, васеъ мекунад.
Ҷудокунии ядроҳо тавассути чипи инноватсионии 10X Genomics Chromium анҷом дода мешавад, ки дорои системаи ҳашт канали микрофлюидикӣ бо убури дукарата мебошад. Дар дохили ин система, маҳтобҳои гелӣ, ки штрих-кодҳо, праймерҳо, ферментҳо ва як ядрои ягонаро дар бар мегиранд, дар қатраҳои равғани нанолитр капсула карда мешаванд, ки Gel Bead-in-Emulsion (GEM) -ро ташкил медиҳанд. Пас аз ташаккули GEM, лизиси ҳуҷайра ва баровардани штрих-код дар ҳар як GEM рух медиҳад. Баъдан, молекулаҳои mRNA транскрипсияи баръаксро ба cDNAs мегузаранд, ки штрих-кодҳои 10X ва Идентификаторҳои беназири молекулавӣ (UMIs) -ро дар бар мегиранд. Сипас ин cDNA-ҳо ба сохтани китобхонаи стандартии пайдарпайӣ дучор мешаванд, ки ба таҳқиқи боэътимод ва ҳамаҷонибаи профилҳои ифодаи генҳо дар сатҳи якҳуҷайра мусоидат мекунанд.
Платформа: 10 × Platform Genomics Chromium ва Illumina NovaSeq
-
Пайдарпайкунии тамоми геномҳои растанӣ/ҳайвонот
Sequencing Whole Genome (WGS), ки инчунин бо номи такрорӣ маълум аст, ба пайдарпайии тамоми геномҳои фардҳои гуногуни намудҳо бо геномҳои истинодҳои маълум ишора мекунад. Дар ин асос, фарќияти геномии фардњо ё популятсияњоро минбаъд муайян кардан мумкин аст. WGS имкон медиҳад, ки полиморфизми ягонаи нуклеотидҳо (SNP), несткунии воридкунӣ (InDel), тағирёбии сохтор (SV) ва тағирёбии рақами нусхабардорӣ (CNV). SVҳо нисбат ба SNPҳо қисми бештари пойгоҳи тағирёбандаро дар бар мегиранд ва ба геном таъсири бештар доранд ва ба организмҳои зинда ба таври назаррас таъсир мерасонанд. Гарчанде ки такрори кӯтоҳмуддати кӯтоҳ дар муайян кардани SNPs ва InDels самаранок аст, такрори такрории дарозмуддат имкон медиҳад, ки порчаҳои калон ва вариантҳои мураккабро дақиқтар муайян кунанд.
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Транскриптомикаи фазоӣ як технологияи пешрафтаест, ки ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки намунаҳои ифодаи генҳоро дар бофтаҳо ҳангоми нигоҳ доштани контексти фазоии онҳо тафтиш кунанд. Як платформаи пурқувват дар ин домен 10x Genomics Visium дар якҷоягӣ бо пайдарпаии Illumina мебошад. Принсипи 10X Visium дар як чипи махсусгардонидашуда бо минтақаи таъиншудаи забт, ки дар он қисмҳои матоъ ҷойгир карда мешаванд, ҷойгир аст. Ин минтақаи забткунӣ дорои нуқтаҳои штрих-код мебошад, ки ҳар кадоми онҳо ба макони ягонаи фазоии дохили бофта мувофиқанд. Молекулаҳои РНК аз бофта гирифташуда баъдан дар ҷараёни транскрипсияи баръакс бо идентификаторҳои беназири молекулавӣ (UMIs) нишонгузорӣ карда мешаванд. Ин нуқтаҳои штрих-код ва UMIҳо имкон медиҳанд, ки харитаи дақиқи фазоӣ ва миқдори ифодаи генҳоро дар як қарори якҳуҷайра муайян кунанд. Омезиши намунаҳои штрих-кодшудаи фазоӣ ва UMI саҳеҳӣ ва мушаххаси маълумоти тавлидшударо таъмин мекунад. Бо истифода аз ин технологияи фосилавии транскриптомика, муҳаққиқон метавонанд дар бораи ташкили фазоии ҳуҷайраҳо ва мутақобилаи мураккаби молекулавӣ, ки дар дохили бофтаҳо ба амал меоянд, дарки амиқтар ба даст оранд ва дар бораи механизмҳои асосии равандҳои биологӣ дар соҳаҳои гуногун, аз ҷумла онкология, неврология, биологияи рушд, иммунология фаҳмиши бебаҳо пешниҳод кунанд. , ва омӯзиши ботаникӣ.
Платформа: 10X Genomics Visium ва Illumina NovaSeq
-
Дарозии пурраи mRNA пайдарпаии-нанопур
Дар ҳоле ки пайдарпайии mRNA дар асоси NGS як воситаи универсалӣ барои миқдори ифодаи ген аст, такя ба хондани кӯтоҳ самаранокии онро дар таҳлилҳои мураккаби транскриптомикӣ маҳдуд мекунад. Аз тарафи дигар, пайдарпайии нанопора технологияи дарозмуддатро истифода мебарад, ки ба пайдарпайии транскриптҳои пурраи mRNA имкон медиҳад. Ин равиш ба таҳқиқи ҳамаҷонибаи пайванди алтернативӣ, синтези генҳо, полиаденилизатсия ва миқдори изоформаҳои mRNA мусоидат мекунад.
Пайдарпаии нанопур, усуле, ки ба сигналҳои электрикии якмолекулаи нанопора такя мекунад, дар вақти воқеӣ натиҷаҳоро медиҳад. Бо роҳнамоии сафедаҳои мотор, ДНК-и дуқабата ба сафедаҳои нанопорае, ки дар биофилм ҷойгир шудаанд, мепайвандад ва ҳангоми гузаштан аз канали нанопур зери фарқияти шиддат кушода мешавад. Сигналҳои электрикии фарқкунандаи аз ҷониби асосҳои гуногун дар риштаи ДНК тавлидшуда дар вақти воқеӣ муайян ва тасниф карда мешаванд, ки ба пайдарпайии дақиқ ва муттасили нуклеотидҳо мусоидат мекунанд. Ин равиши инноватсионӣ маҳдудиятҳои хондани кӯтоҳро бартараф мекунад ва платформаи динамикӣ барои таҳлили мураккаби геномӣ, аз ҷумла таҳқиқоти мураккаби транскриптомиро бо натиҷаҳои фаврӣ таъмин мекунад.
Платформа: Nanopore PromethION 48
-
Пайдарпаии пурраи мРНК -PacBio
Дар ҳоле ки пайдарпайии mRNA дар асоси NGS як воситаи универсалӣ барои миқдори ифодаи ген аст, такя ба хондани кӯтоҳ истифодаи онро дар таҳлилҳои мураккаби транскриптомӣ маҳдуд мекунад. Аз тарафи дигар, пайдарпайии PacBio (Iso-Seq) технологияи дарозмуддатро истифода мебарад, ки ба пайдарпайии транскриптҳои пурраи mRNA имкон медиҳад. Ин равиш ба таҳқиқи ҳамаҷонибаи пайванди алтернативӣ, синтези генҳо ва поли-аденилизатсия мусоидат мекунад. Бо вуҷуди ин, интихоби дигар барои миқдори ифодаи генҳо аз сабаби миқдори зиёди маълумот талаб карда мешавад. Технологияи пайдарпайии PacBio ба пайдарпаии якмолекула, дар вақти воқеӣ (SMRT) такя мекунад, ки дар гирифтани транскриптҳои пурраи mRNA бартарии хос медиҳад. Ин равиши инноватсионӣ истифодаи мавҷҳои режими сифрӣ (ZMWs) ва чоҳҳои микрофабрикаро дар бар мегирад, ки имкон медиҳанд дар вақти воқеӣ фаъолияти полимерази ДНК ҳангоми пайдарпай мушоҳида карда шаванд. Дар дохили ин ZMWs, полимеразаи ДНК PacBio як риштаи иловагии ДНК-ро синтез мекунад ва хондани дарозеро тавлид мекунад, ки тамоми транскриптҳои mRNA-ро фаро мегиранд. Амали PacBio дар ҳолати пайдарпайии консенсуси давравӣ (CCS) дақиқиро тавассути пайдарпайии такрории як молекула такмил медиҳад. Хонишҳои тавлидшудаи HiFi дорои дақиқии бо NGS муқоисашаванда буда, минбаъд ба таҳлили ҳамаҷониба ва боэътимоди хусусиятҳои мураккаби транскриптомӣ мусоидат мекунанд.
Платформа: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Эукариотӣ mRNA пайдарпаии-NGS
пайдарпайии mRNA, як технологияи фарогир, имкон медиҳад, ки профили ҳамаҷонибаи ҳама транскриптҳои mRNA дар дохили ҳуҷайраҳо дар шароити мушаххас. Бо барномаҳои васеъи худ, ин асбоби муосир профилҳои мураккаби ифодаи генҳо, сохторҳои генҳо ва механизмҳои молекулавии марбут ба равандҳои гуногуни биологиро кашф мекунад. Дар пажӯҳишҳои бунёдӣ, ташхиси клиникӣ ва таҳияи маводи мухаддир васеъ истифода мешавад, пайдарпайии mRNA дар бораи нозукиҳои динамикаи ҳуҷайра ва танзими генетикӣ фаҳмиш пешниҳод мекунад, ки кунҷковиро дар бораи потенсиали он дар соҳаҳои гуногун ба вуҷуд меорад.
Платформа: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Пайдарпаии mRNA-NGS дар асоси ғайрирасмӣ
Пайдарпайвандии mRNA имкон медиҳад, ки профили ҳамаҷонибаи ҳама транскриптҳои mRNA дар дохили ҳуҷайраҳо дар шароити мушаххас. Ин технологияи муосир ҳамчун воситаи тавоно хизмат мекунад, ки профилҳои мураккаби ифодаи генҳо, сохторҳои генҳо ва механизмҳои молекулавии марбут ба равандҳои гуногуни биологиро ошкор мекунад. Дар пажӯҳишҳои бунёдӣ, ташхиси клиникӣ ва таҳияи маводи мухаддир ба таври васеъ қабул карда мешавад, пайдарпайии mRNA фаҳмишро дар бораи нозукиҳои динамикаи ҳуҷайра ва танзими генетикӣ пешниҳод мекунад.
Платформа: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Long Non-кодгузории пайдарпаии-Illumina
РНК-ҳои дарозмуддати рамзгузорӣнашаванда (lncRNAs) аз 200 нуклеотид дарозтаранд, ки дорои потенсиали ҳадди ақали рамзгузорӣ мебошанд ва унсурҳои муҳим дар РНК-и рамзгузоранда нестанд. Ин РНКҳо дар ядро ва ситоплазма мавҷуданд, ки дар танзими эпигенетикӣ, транскриптӣ ва пас аз транскрипсия нақши муҳим доранд ва аҳамияти онҳоро дар ташаккули равандҳои ҳуҷайра ва молекулавӣ таъкид мекунанд. Пайдарпаии LncRNA як воситаи пурқувват дар дифференсиатсияи ҳуҷайраҳо, онтогенез ва бемориҳои инсон аст.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Пайдарпаии хурди РНК-Илюмина
Молекулаҳои хурди РНК (sRNA), микроРНКҳо (miRNAs), РНК-ҳои хурди дахолаткунанда (siRNAs) ва РНК-ҳои мутақобилаи piwi (piRNAs) иборатанд. Дар байни инҳо, miRNA-ҳо, ки тақрибан 18-25 нуклеотид доранд, барои нақшҳои асосии танзимкунандаи худ дар равандҳои гуногуни ҳуҷайра махсусан қобили таваҷҷӯҳ мебошанд. Бо намунаҳои ифодаи хоси бофта ва марҳилаи мушаххас, miRNAs дар намудҳои гуногун нигоҳдории баландро нишон медиҳанд.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Пайдарпаии CircRNA-Illumina
Пайдарпаии даврии РНК (circRNA-seq) профил ва таҳлили РНК-ҳои даврашакл, як синфи молекулаҳои РНК мебошад, ки дар натиҷаи ҳодисаҳои пайвастшавии ғайриканоникӣ ҳалқаҳои пӯшида ташкил мекунанд ва ин РНК-ро устувории зиёд таъмин мекунанд. Гарчанде нишон дода шудааст, ки баъзе circRNAҳо ҳамчун исфанҷҳои микроРНК амал мекунанд, микроРНКҳоро ҷудо мекунанд ва онҳоро аз танзими mRNA-ҳои ҳадафи худ пешгирӣ мекунанд, дигар circRNAҳо метавонанд бо сафедаҳо ҳамкорӣ кунанд, ифодаи генҳоро модул кунанд ё дар равандҳои ҳуҷайра нақш дошта бошанд. Таҳлили ифодаи circRNA дар бораи нақшҳои танзимкунандаи ин молекулаҳо ва аҳамияти онҳо дар равандҳои гуногуни ҳуҷайра, марҳилаҳои рушд ва шароити бемориҳо маълумот медиҳад, ки ба фаҳмиши амиқи мураккабии танзими РНК дар заминаи ифодаи ген мусоидат мекунад.
-
Тамоми пайдарпаии транскриптом - Illumina
Пасиҳамоии пурраи транскриптомҳо як равиши ҳамаҷониба барои профилактика кардани молекулаҳои гуногуни РНК-ро пешниҳод мекунад, ки рамзгузорӣ (mRNA) ва РНК-ҳои коднашавандаро (lncRNA, circRNA ва miRNA) фаро мегирад. Ин техника тамоми транскриптомҳои ҳуҷайраҳои мушаххасро дар як лаҳза сабт мекунад, ки барои фаҳмиши ҳамаҷонибаи равандҳои ҳуҷайра имкон медиҳад. Он инчунин бо номи "пайдабандии умумии РНК" маълум аст, ки ҳадафи он кушодани шабакаҳои мураккаби танзимкунанда дар сатҳи транскриптом мебошад, ки имкон медиҳад таҳлили амиқ ба монанди рақобатпазири РНК эндогенӣ (ceRNA) ва таҳлили муштараки РНК. Ин қадами аввалро дар самти тавсифи функсионалӣ нишон медиҳад, алахусус дар кушодани шабакаҳои танзимкунанда, ки ба circRNA-miRNA-mRNA-и мутақобилаи ceRNA асос ёфтааст.
-
Пайдарпаии иммунопреципиатсияи хроматин (ChIP-seq)
Иммунопреципиатсияи хроматин (CHIP) як усулест, ки антителоҳоро барои интихобан ғанӣ кардани сафедаҳои ҳатмии ДНК ва ҳадафҳои геномикии онҳо истифода мебарад. Интегратсияи он бо NGS имкон медиҳад, ки профили геномии ҳадафҳои ДНК, ки бо тағирёбии гистон, омилҳои транскрипсия ва дигар сафедаҳои ҳатмӣ ба ДНК алоқаманданд, имкон медиҳад. Ин равиши динамикӣ имкон медиҳад, ки сайтҳои пайвастшавӣ дар намудҳои гуногуни ҳуҷайраҳо, бофтаҳо ё шароитҳо муқоиса карда шаванд. Барномаҳои ChIP-Seq аз омӯзиши танзими транскриптӣ ва роҳҳои рушд то фаҳмиши механизмҳои бемориро дар бар мегиранд, ки онро як воситаи ҳатмӣ барои фаҳмидани манзараҳои танзими геномӣ ва пешрафти фаҳмиши терапевтӣ месозад.
Платформа: Illumina NovaSeq
