-
Пайдарпаии метагеномӣ -NGS
Метагеном маҷмӯи маводи генетикии як ҷомеаи омехтаи организмҳо, ба монанди метагеномҳои муҳити зист ва инсон мебошад. Он дорои геномҳои ҳам микроорганизмҳои киштшаванда ва ҳам коркарднашаванда мебошад. Пайдарпаии метагеномии тирпарронӣ бо NGS имкон медиҳад, ки ин манзараҳои мураккаби геномии дар намунаҳои муҳити зист ҷойгиршуда тавассути пешниҳоди бештар аз профили таксономӣ, инчунин дар бораи гуногунии намудҳо, динамикаи фаровонӣ ва сохторҳои мураккаби популятсия фаҳмишҳои гранулӣ фароҳам оранд. Ғайр аз таҳқиқоти таксономӣ, метагеномикаи тирпарронӣ инчунин дурнамои функсионалии геномикро пешниҳод мекунад, ки имкон медиҳад, ки генҳои рамзгузорӣ ва нақшҳои тахминии онҳоро дар равандҳои экологӣ омӯзанд. Ниҳоят, таъсиси шабакаҳои таносуби байни унсурҳои генетикӣ ва омилҳои муҳити зист ба фаҳмиши ҳамаҷонибаи ҳамбастагии мураккаби байни ҷомеаҳои микробҳо ва заминаи экологии онҳо мусоидат мекунад. Хулоса, пайдарпайии метагеномӣ ҳамчун воситаи муҳим барои кушодани нозукиҳои геномии ҷомеаҳои гуногуни микробҳо, равшан кардани муносибатҳои бисёрҷанбаи генетика ва экология дар дохили ин экосистемаҳои мураккаб мебошад.
Платформаҳо: Illumina NovaSeq ва DNBSEQ-T7
-
Пайдарпаии метагеномӣ-TGS
Метагеном маҷмӯи маводи генетикии ҷомеаи омехтаи организмҳо, ба монанди метагеномҳои муҳити зист ва инсон мебошад. Он дорои геномҳои ҳам микроорганизмҳои киштшаванда ва ҳам коркарднашаванда мебошад. Пайдарпаии метагеномӣ имкон медиҳад, ки ин манзараҳои мураккаби геномӣ, ки дар намунаҳои экологӣ ҷойгир шудаанд, тавассути таъмин кардани профили таксономӣ. Он инчунин дурнамои функсионалии геномикро тавассути омӯхтани генҳои рамзгузорӣ ва нақшҳои эҳтимолии онҳо дар равандҳои экологӣ пешниҳод мекунад. Дар ҳоле ки равишҳои анъанавии тирпарронӣ бо пайдарпайии Illumina дар таҳқиқоти метагеномӣ ба таври васеъ истифода мешуданд, пайдоиши пайдарпайии Nanopore ва PacBio дар муддати тӯлонӣ ин соҳаро тағир дод. Технологияи Nanopore ва PacBio таҳлилҳои биоинформатикии поёнобро, бахусус монтажи метагеномҳоро такмил медиҳанд, ки анҷуманҳои пайваста бештарро таъмин мекунанд. Гузоришҳо нишон медиҳанд, ки метагеномика дар асоси Nanopore ва PacBio бомуваффақият геномҳои пурра ва пӯшидаи бактерияҳоро аз микробиомаҳои мураккаб тавлид кардаанд (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Интегратсияи хондани Nanopore бо хондани Illumina як равиши стратегиро барои ислоҳи хатоҳо таъмин намуда, дақиқии пасти Nanopore-ро коҳиш медиҳад. Ин комбинатсияи синергистӣ ҷиҳатҳои қавии ҳар як платформаи пайдарпайро истифода бурда, ҳалли устуворро барои бартараф кардани маҳдудиятҳои эҳтимолӣ ва пешбурди дақиқӣ ва эътимоднокии таҳлилҳои метагеномикӣ пешниҳод мекунад.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia ва PacBio Revio
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Генҳои 16S ва 18S rRNA дар якҷоягӣ бо минтақаи Транскрипсияи дохилӣ (ITS), ҳамчун аломатҳои асосии изи ангуштони молекулавӣ аз сабаби омезиши минтақаҳои хеле ҳифзшуда ва гипертағйирёбанда хизмат мекунанд ва онҳоро барои тавсифи организмҳои прокариотӣ ва эукариотӣ асбоби бебаҳо мегардонанд. Амплификация ва пайдарпайии ин минтақаҳо барои таҳқиқи таркиби микробҳо ва гуногунии экосистемаҳои гуногун муносибати бе изолятсияро пешниҳод мекунанд. Дар ҳоле ки пайдарпайии Illumina маъмулан минтақаҳои кӯтоҳмуддати гипервариантиро ба монанди V3-V4 аз 16S ва ITS1 ҳадаф қарор медиҳад, нишон дода шудааст, ки шарҳи таксономии олӣ тавассути пайдарпайии дарозии пурраи 16S, 18S ва ITS ба даст оварда мешавад. Ин равиши ҳамаҷониба боиси фоизи баландтари пайдарпаии дақиқ таснифшуда мегардад ва ба сатҳи ҳалли он, ки ба муайянкунии намудҳо дахл дорад, ба даст меояд. Платформаи пайдарпайии якмолекулаи воқеии вақт (SMRT)-и PacBio бо пешниҳоди хонишҳои хеле дақиқи дароз (HiFi), ки ампликонҳои пурраи дарозиро фаро мегирад, бо дақиқии пайдарпайии Illumina рақобат мекунад. Ин қобилият ба тадқиқотчиён имкон медиҳад, ки бартарии беҳамто ба даст оранд - манзараи генетикӣ. Фарогирии васеъ ҳалли аннотацияи намудҳоро ба таври назаррас баланд мекунад, алахусус дар дохили ҷомеаҳои бактериявӣ ё fungal, ки имкон медиҳад фаҳмиши амиқтари нозукиҳои популятсияи микробҳо.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Пайдарпаии ампликон бо технологияи Illumina, ки махсусан ба маркерҳои генетикии 16S, 18S ва ITS нигаронида шудааст, як усули пурқувват барои ошкор кардани филогения, таксономия ва фаровонии намудҳо дар ҷомеаҳои микробҳо мебошад. Ин равиш пайдарпайии минтақаҳои гиперварианти маркерҳои генетикии хонагиро дар бар мегирад. Дар ибтидо ҳамчун изи ангуштони молекулавӣ аз ҷонибиWoeses ва дигарондар соли 1977, ин техника тавассути имкон додани таҳлилҳои бе изолятсия профили микробиомаро тағир дод. Тавассути пайдарпайии 16S (бактерияҳо), 18S (занбуғҳо) ва Spacer Internal Transcribed (ITS, fungi), муҳаққиқон метавонанд на танҳо намудҳои фаровон, балки навъҳои нодир ва номаълумро низ муайян кунанд. Ба таври васеъ ҳамчун як воситаи муҳим қабул карда мешавад, пайдарпаии ампликон барои муайян кардани таркибҳои дифференсиалии микробҳо дар муҳитҳои гуногун, аз ҷумла даҳони инсон, рӯдаҳо, наҷосат ва берун аз он, муҳим аст.
-
Таҷдиди пайдарпайии тамоми геномҳои бактериявӣ ва fungal
Лоиҳаҳои дубора пайдарпайии геномҳои бактериявӣ ва занбӯруғӣ барои пешбурди геномикаи микробҳо тавассути имкон додани анҷом ва муқоисаи геномҳои микробҳо муҳиманд. Ин ба муҳандисии ферментатсия, оптимизатсияи равандҳои саноатӣ ва омӯхтани роҳҳои дуввуми мубодилаи моддаҳо мусоидат мекунад. Ғайр аз он, пайдарпайии занбӯруғҳо ва бактерияҳо барои фаҳмидани мутобиқшавии муҳити зист, оптимизатсияи штаммҳо ва ошкор кардани динамикаи эволютсияи генетикӣ бо таъсири васеъ дар тиб, кишоварзӣ ва илми экологӣ муҳим аст.
-
пайдарпайии РНК прокариотӣ
Пайдарпайвандии РНК ба профили ҳамаҷонибаи ҳама транскриптҳои РНК дар дохили ҳуҷайраҳо дар шароити мушаххас имкон медиҳад. Ин технологияи муосир ҳамчун воситаи тавоно хизмат мекунад, ки профилҳои мураккаби ифодаи генҳо, сохторҳои генҳо ва механизмҳои молекулавии марбут ба равандҳои гуногуни биологиро ошкор мекунад. Дар пажӯҳишҳои бунёдӣ, ташхиси клиникӣ ва таҳияи маводи мухаддир ба таври васеъ қабул карда шуда, пайдарпайии РНК фаҳмишҳоро дар бораи нозукиҳои динамикаи ҳуҷайра ва танзими генетикӣ пешниҳод мекунад. Коркарди намунаи прокариотҳои РНК-и мо барои транскриптомҳои прокариотӣ мутобиқ карда шудааст, ки камшавии rRNA ва омодасозии китобхонаи самтро дар бар мегирад.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
пайдарпайии метатранскриптом
Бо истифода аз технологияи пайдарпайии Illumina, хидмати пайдарпайии метатранскриптомҳои BMKGENE ифодаи генҳои динамикии як қатор микробҳоро, ки эукариотҳоро ба прокариотҳо ва вирусҳо дар дохили муҳити табиӣ ба монанди хок, об, баҳр, наҷосат ва рӯда фаро мегирад, кашф мекунад. Хидмати ҳамаҷонибаи мо ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки профилҳои мукаммали ифодаи генҳои ҷамоаҳои мураккаби микробҳоро омӯзанд. Ғайр аз таҳлили таксономӣ, хидмати пайдарпайии метатранскриптомҳои мо ба иктишофи ғанисозии функсионалӣ мусоидат мекунад ва ба генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодаёфта ва нақшҳои онҳо равшанӣ меандозад. Ҳангоми паймоиш дар манзараҳои мураккаби ифодаи генҳо, гуногунии таксономӣ ва динамикаи функсионалӣ дар дохили ин чароғҳои гуногуни экологӣ, фаҳмиши фаровони биологиро кашф кунед.
-
De novo Ассамблеяи геномҳои Fungal
BMKGENE ҳалли бисёрҷониба барои геномҳои fungal пешниҳод мекунад, ки эҳтиёҷоти гуногуни тадқиқотӣ ва пуррагии дилхоҳи геномро қонеъ мекунад. Танҳо истифодаи пайдарпайии кӯтоҳмуддати Illumina имкон медиҳад, ки геномҳои лоиҳавӣ тавлид карда шаванд. Хониши кӯтоҳ ва пайдарпаии хондани тӯлонӣ бо истифода аз Nanopore ё Pacbio барои геномҳои бештар тозашуда бо контигҳои дарозтар муттаҳид карда мешаванд. Ғайр аз он, ҳамгироии пайдарпайии Hi-C қобилиятҳоро боз ҳам беҳтар мекунад ва имкон медиҳад, ки геноми пурраи сатҳи хромосома ба даст оварда шавад.
-
De novo Ассамблеяи геномҳои бактериявӣ
Мо хидмати пурраи васлкунии геномҳои бактериявиро пешниҳод мекунем, ки 0 холигоҳро кафолат медиҳад. Ин тавассути ҳамгироии технологияҳои пайдарпайии дарозмуддат, аз қабили Nanopore ва PacBio барои васлкунӣ ва пайдарпаии кӯтоҳмуддат бо Illumina барои тасдиқи васлкунӣ ва ислоҳи хатогиҳои хондани ONT имконпазир аст. Хидмати мо ҷараёни мукаммали кори биоинформатикиро аз васлкунӣ, шарҳи функсионалӣ ва таҳлили пешрафтаи биоинформатикӣ таъмин мекунад, ки ҳадафҳои мушаххаси тадқиқотиро иҷро мекунад. Ин хидмат имкон медиҳад, ки геномҳои дақиқи истинод барои таҳқиқоти гуногуни генетикӣ ва геномӣ таҳия карда шаванд. Илова бар ин, он барои барномаҳо, аз қабили оптимизатсияи штамм, муҳандисии генетикӣ ва рушди технологияи микробиологӣ замина мегузорад, ки маълумоти боэътимод ва холигии геномиро барои пешрафти фаҳмиши илмӣ ва навовариҳои биотехнологӣ муҳим аст.
