-
Таъсири мутақобилаи хроматин дар асоси Hi-C
Hi-C як усулест, ки барои гирифтани конфигуратсияи геномӣ тавассути омезиши мутақобила дар асоси наздикӣ ва пайдарпайии баландсуръат тарҳрезӣ шудааст. Ин усул ба пайвастшавии хроматин бо формальдегид асос ёфтааст, ки пас аз он ҳазм ва дубора баста мешавад, ки танҳо порчаҳои ба таври ковалентӣ пайвастшуда маҳсулоти ligation ба вуҷуд меоранд. Бо пайдарпайии ин маҳсулоти ligation, метавон ташкили 3D-и геномро омӯхтан мумкин аст. Hi-C имкон медиҳад, ки тақсимоти қисмҳои геном, ки сабук печонида шудаанд (компартаментҳо, эухроматин) ва эҳтимоли транскриптӣ фаъолтаранд ва минтақаҳое, ки зичтар печонида шудаанд (компартаментҳои В, гетерохроматин). Hi-C инчунин метавонад барои муайян кардани доменҳои аз ҷиҳати топологӣ алоқаманд (TADs), минтақаҳои геном, ки сохторҳои печонидашуда доранд ва эҳтимолан намунаҳои ифодаи шабеҳ доранд ва барои муайян кардани ҳалқаҳои хроматин, минтақаҳои ДНК, ки бо сафедаҳо ба ҳам пайвастанд, истифода шаванд. аксаран бо унсурҳои танзимкунанда бой мешавад. Хидмати пайдарпайии BMKGene Hi-C ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки андозаҳои фазоии геномикаро омӯзанд ва роҳҳои навро барои фаҳмидани танзими геном ва оқибатҳои он дар саломатӣ ва беморӣ кушоянд.
-
Пайдарпаии иммунопреципиатсияи хроматин (ChIP-seq)
Иммунопреципиатсияи хроматин (CHIP) як усулест, ки антителоҳоро барои интихобан ғанӣ кардани сафедаҳои ҳатмии ДНК ва ҳадафҳои геномикии онҳо истифода мебарад. Интегратсияи он бо NGS имкон медиҳад, ки профили геномии ҳадафҳои ДНК, ки бо тағирёбии гистон, омилҳои транскрипсия ва дигар сафедаҳои ҳатмӣ ба ДНК алоқаманданд, имкон медиҳад. Ин равиши динамикӣ имкон медиҳад, ки сайтҳои пайвастшавӣ дар намудҳои гуногуни ҳуҷайраҳо, бофтаҳо ё шароитҳо муқоиса карда шаванд. Барномаҳои ChIP-Seq аз омӯзиши танзими транскриптӣ ва роҳҳои рушд то фаҳмиши механизмҳои бемориро дар бар мегиранд, ки онро як воситаи ҳатмӣ барои фаҳмидани манзараҳои танзими геномӣ ва пешрафти фаҳмиши терапевтӣ месозад.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
пайдарпайии пурраи геноми бисульфит (WGBS)
Сквенсияи тамоми геноми бисульфит (WGBS) ҳамчун методологияи стандартии тиллоӣ барои таҳқиқи амиқи метилизатсияи ДНК, махсусан мавқеи панҷум дар ситозин (5-mC), як танзимгари асосии ифодаи генҳо ва фаъолияти ҳуҷайра мебошад. Принсипи асосии WGBS коркарди бисульфитро дар бар мегирад, ки табдил додани ситозинҳои метилнашуда ба урацил (C ба U) ва дар ҳоле ки ситозинҳои метилонидашударо бетағйир мегузоранд. Ин техника ҳалли ягонаи асосиро пешниҳод мекунад, ки ба муҳаққиқон имкон медиҳад, ки метиломро ҳамаҷониба таҳқиқ кунанд ва шаклҳои ғайримуқаррарии метилизатсияи марбут ба шароитҳои гуногун, бахусус саратонро ошкор кунанд. Бо истифода аз WGBS, олимон метавонанд дар бораи манзараҳои метилизатсияи геномӣ фаҳмиши беҳамто ба даст оранд ва фаҳмиши нозуки механизмҳои эпигенетикиро, ки равандҳо ва бемориҳои гуногуни биологӣ доранд, таъмин кунанд.
-
Таҳлил барои хроматини ба транспозаза дастрас бо пайдарпаии гузариши баланд (ATAC-seq)
ATAC-seq як усули пайдарпайии баландсуръат аст, ки барои таҳлили дастрасии хроматин дар геном истифода мешавад. Истифодаи он дарки амиқи механизмҳои мураккаби назорати глобалии эпигенетикиро бар ифодаи ген таъмин мекунад. Ин усул транспозазаи гиперактивии Tn5-ро барои ҳамзамон пораҳо ва тегҳои кушодаи минтақаҳои хроматин тавассути ворид кардани адапторҳои пайдарпай истифода мебарад. Амплификатсияи минбаъдаи PCR боиси эҷоди китобхонаи пайдарпайӣ мегардад, ки имкон медиҳад, ки минтақаҳои кушодаи хроматин дар шароити мушаххаси фазо-вақт муайян карда шаванд. ATAC-seq назари ҳамаҷонибаи манзараҳои дастраси хроматинро таъмин мекунад, бар хилофи усулҳое, ки танҳо ба маконҳои ҳатмии омили транскрипсия ё минтақаҳои мушаххаси тағирёфтаи гистон нигаронида шудаанд. Бо пайдарпайии ин минтақаҳои кушодаи хроматин, ATAC-seq минтақаҳоеро ошкор мекунад, ки эҳтимолияти пайдарпайии фаъоли танзимкунанда ва маконҳои потенсиалии омили транскрипсияи ҳатмӣ дошта, дар бораи модуляцияи динамикии ифодаи генҳо дар геном фаҳмиши пурарзиш пешкаш мекунад.
-
Пасиҳамоии камшудаи намояндагии бисульфитҳо (RRBS)
Пасиҳамоии намояндагии камшудаи бисульфит (RRBS) ҳамчун алтернативаи камхарҷ ва муассир ба пайдарпаии пурраи геномҳои бисульфит (WGBS) дар таҳқиқоти метилизатсияи ДНК пайдо шудааст. Дар ҳоле ки WGBS фаҳмиши ҳамаҷонибаро тавассути баррасии тамоми геном дар як қарори ягона таъмин мекунад, арзиши баланди он метавонад омили маҳдудкунанда бошад. RRBS ин мушкилотро тавассути таҳлили интихобӣ як қисми намояндагии геном ба таври стратегӣ коҳиш медиҳад. Ин методология ба ғанисозии минтақаҳои аз ҷазираҳои CpG бо тақсимоти MspI ва пас аз интихоби андозаи порчаҳои 200-500/600 бит такя мекунад. Аз ин рӯ, танҳо минтақаҳое, ки ба ҷазираҳои CpG наздиканд, пайдарпай ҷойгир карда мешаванд, дар ҳоле ки онҳое, ки ҷазираҳои дурдасти CpG доранд, аз таҳлил хориҷ карда мешаванд. Ин раванд дар якҷоягӣ бо пайдарпайии бисульфитҳо имкон медиҳад, ки бо қатъияти баланди метилизатсияи ДНК муайян карда шавад ва равиши пайдарпайӣ, PE150, на ба миёна, балки ба ақсои воридот тамаркуз карда, самаранокии профили метилизатсияро афзоиш медиҳад. RRBS як абзори бебаҳоест, ки имкон медиҳад тадқиқоти камхарҷи метилизатсияи ДНК ва дониши механизмҳои эпигенетикиро пеш барад.
