Пайдарпаии геномҳои растанӣ/ҳайвонот
Де Новопайдарпайӣ ба сохтани тамоми геноми намудҳо бо истифода аз технологияҳои пайдарпай дар сурати мавҷуд набудани геноми истинод ишора мекунад. Ҷорӣ ва қабули васеъи пайдарпайии насли сеюм, ки хонданҳои дарозтарро дар бар мегирад, бо зиёд кардани такрори байни хондан маҷмӯи геномҳоро ба таври назаррас беҳтар кардааст. Ин такмил махсусан ҳангоми кор бо геномҳои душвор мувофиқ аст, ба монанди гетерозиготаҳои баланд, таносуби баланди минтақаҳои такрорӣ, полиплоидҳо ва минтақаҳое, ки унсурҳои такроршаванда, мундариҷаи ғайримуқаррарии GC ё мураккабии баланд доранд, ки одатан бо истифода аз пайдарпайии кӯтоҳ хондан суст ҷамъ карда мешаванд. танҳо.
Ҳалли ягонаи мо хидматҳои пайдарпайии маҷмӯӣ ва таҳлили биоинформатикиро пешниҳод мекунад, ки геномҳои босифати де-новоро ҷамъоварӣ мекунанд. Тадқиқоти ибтидоии геномӣ бо Illumina баҳодиҳии ҳаҷм ва мураккабии геномро таъмин мекунад ва ин маълумот барои роҳнамоии қадами навбатии пайдарпайии тӯлонӣ бо PacBio HiFi ва пас аз он истифода мешавад.де навмаҷлиси контигҳо. Истифодаи минбаъдаи маҷмӯаи HiC имкон медиҳад, ки контигҳо ба геном пайваст карда шуда, маҷмӯи сатҳи хромосома ба даст оварда шаванд. Ниҳоят, геном бо пешгӯии генҳо ва секвенсияи генҳои ифодашуда, истифода ба транскриптомҳо бо хондани кӯтоҳ ва дароз шарҳ дода мешавад.
Хусусиятҳои хидматрасонӣ
● Интегратсияи хадамоти сершумори пайдарпайӣ ва биоинформатикӣ дар як ҳалли ягона:
Тадқиқоти геномӣ бо Illumina барои ҳисоб кардани андозаи геном ва роҳнамоии қадамҳои минбаъда;
пайдарпаии хондани дароз бароиде навҷамъ кардани контигҳо;
пайдарпаии Hi-C барои лангар хромосома;
пайдарпайии mRNA барои шарҳи генҳо;
Тасдиқи маҷлис.
● Хизматрасоние, ки барои сохтани геномҳои нав ё такмил додани геномҳои мавҷудаи истинод барои намудҳои мавриди таваҷҷӯҳ мувофиқ аст.
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
Таҳияи платформаҳои пайдарпай ва биоинформатика дарде навмаҷмӯи геномҳо
(Амарасингхе SL ва дигарон,Биологияи геном, 2020)
●Санҷиши васеъ ва сабти нашр: BMKGene дар ҷамъбасти геномҳои баландсифати намудҳои гуногун, аз ҷумла геномҳои диплоидӣ ва геномҳои хеле мураккаби намудҳои полиплоид ва аллополиплоид таҷрибаи зиёд ҷамъ кардааст. Аз соли 2018 мо ба зиёда аз он саҳм гузоштаем300 нашрияҳои таъсирбахш ва 20+ аз онҳо дар Натур Генетика нашр шудаанд.
● Ҳалли ягона: равиши ҳамгирошудаи мо технологияҳои сершумори пайдарпай ва таҳлилҳои биоинформатикиро ба ҷараёни кории муттаҳид муттаҳид намуда, геномҳои босифати ҷамъшударо пешкаш мекунад.
●Мувофиқи ниёзҳои шумо: Ҷараёни кории хидматрасонии мо танзимшаванда аст ва имкон медиҳад мутобиқшавӣ ба геномҳо бо хусусиятҳои гуногун ва ниёзҳои мушаххаси тадқиқотӣ. Ба ин ҷойгиркунии геномҳои азим, геномҳои полиплоидӣ, геномҳои хеле гетерозиготӣ ва ғайра дохил мешаванд.
●Гурӯҳи баландихтисоси биоинформатика ва лаборатория: бо таҷрибаи бузург дар ҳам дар самти таҷрибавӣ ва ҳам биоинформатикаи маҷмӯаҳои мураккаби геномӣ ва як қатор патентҳо ва ҳуқуқи муаллифии нармафзор.
●Дастгирии пас аз фурӯш:Уҳдадориҳои мо пас аз анҷоми лоиҳа бо мӯҳлати хидматрасонии 3-моҳаи пас аз фурӯш фаротар аст. Дар ин муддат мо пайгирии лоиҳа, кӯмак барои бартараф кардани мушкилот ва ҷаласаҳои саволу ҷавобро барои ҳалли ҳама гуна дархостҳои марбут ба натиҷаҳо пешниҳод мекунем.
Мушаххасоти хадамот
| Тадқиқоти геномӣ | Маҷмӯи геном | Дараҷаи хромосома | Аннотацияи геномӣ |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi мехонад | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Гб + (ихтиёрӣ) Дарозии пурраи RNA-seq PacBio 40 Гб ё Nanopore 12 Гб |
Талаботи хидматрасонӣ
Барои Тадқиқоти Геном, Ассамблеяи Геном ва Ассамблеяи Hi-C:
| Кислотаҳои нуклеинӣ ё истихроҷшуда | Тадқиқоти геномӣ | Ассамблеяи геномӣ бо PacBio | Ассамблеяи Hi-C |
| Висери ҳайвонот | 0,5—1 г
| ≥ 3,5 г | ≥2 г |
| Мушаки ҳайвонот | ≥ 5 г | ||
| Хуни ширхӯрон | 1,5 мл
| ≥ 5 мл | ≥2 мл |
| Хуни мурғ/моҳӣ | ≥ 0,5 мл | ||
| Ниҳол - барги тару тоза | 1-2 г | ≥ 5 г | ≥ 4 г |
| Ҳуҷайраҳои фарҳангӣ |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| ҳашарот | 0,5—1 г | ≥ 3 г | ≥ 2 г |
| ДНК-и истихроҷшуда | Консентратсияи: ≥1 нг/мкЛ Маблағи ≥ 30 нг Маҳдуд ё тамоман таназзул ё ифлосшавӣ | Консентратсияи: ≥ 50 нг/мкЛ Маблағ: 10 мкг / ҳуҷайраи ҷараён / намуна OD260/280=1,7-2,2 OD260/230=1,8-2,5 Маҳдуд ё тамоман таназзул ё ифлосшавӣ |
-
|
Барои шарҳи геном бо транскриптомия:
| Кислотаҳои нуклеинӣ ё истихроҷшуда | Транскриптомияи Иллюмин | Транскриптом PacBio | Транскриптомияи нанопора |
| Растанӣ - Реша / Поя / Гулбарг | 450 мг | 600 мг | |
| Растанӣ - Барг/Тухми | 300 мг | 300 мг | |
| Растанӣ - Мева | 1,2 г | 1,2 г | |
| Дил / рӯдаи ҳайвонот | 300 мг | 300 мг | |
| Вискера/Мағзи ҳайвон | 240 мг | 240 мг | |
| Мушаки ҳайвонот | 450 мг | 450 мг | |
| Устухонҳои ҳайвонот / мӯйҳо / пӯст | 1 г | 1 г | |
| Артропод - ҳашарот | 6 | 6 | |
| Артропод - харчанг | 300 мг | 300 мг | |
| Хуни том | 1 найча | 1 найча | |
| РНК-и истихроҷшуда | Консентратсияи: ≥ 20 нг/мкЛ Миқдори ≥ 0,3 мкг OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 РИН≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Консентратсияи: ≥ 100 нг/мкЛ Миқдори ≥ 0,75 мкг OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 РИН≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Консентратсияи: ≥ 100 нг/мкЛ Миқдори ≥ 0,75 мкг OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 РИН≥ 7,5 5≥28S/18S≥1 |
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Контейнер: 2 мл найчаи центрифуга (фолгаи тунука тавсия дода намешавад)
(Барои аксари намунаҳо тавсия медиҳем, ки дар этанол нигоҳ надорем.)
Нишон додани намуна: Намунаҳо бояд ба таври возеҳ тамғагузорӣ карда шаванд ва ба варақаи иттилоотии намунаи пешниҳодшуда шабеҳ бошанд.
Интиқол: хушк-ях: Намунаҳои бояд аввал дар халтаҳои бастабандишуда ва дар ях хушк дафн.
Раванди кор
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
истихроҷи ДНК
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Таҳлили пурраи биоинформатикӣ, ки дар 4 марҳила ҷудо карда шудааст:
1) Тадқиқоти геномӣ, ки дар асоси таҳлили k-mer бо NGS хонда мешавад:
Баҳодиҳии андозаи геном
Баҳодиҳии гетерозигота
Ҳисобкунии минтақаҳои такрорӣ
2) Маҷмаи геномӣ бо PacBio HiFi:
De novoмаҷлис
Арзёбии маҷлис: аз ҷумла таҳлили BUSCO барои пуррагии геном ва харитасозии NGS ва PacBio HiFi хондан
3) Маҷмаи Hi-C:
Китобхонаи Hi-C QC: арзёбии мутақобилаи дурусти Hi-C
Ассотсиатсияи Hi-C: гурӯҳбандии контигҳо дар гурӯҳҳо, пас аз фармоиши контиг дар дохили ҳар як гурӯҳ ва таъини самти контиг
Арзёбии Hi-C
4) Шарҳи геномӣ:
Пешгӯии рамзгузории РНК
Муайянкунии пайдарпайҳои такрорӣ (транспозонҳо ва такрорҳои тандемӣ)
Пешгӯии ген
§De novo: алгоритмҳои ab initio
§ Дар асоси гомология
§ Дар асоси транскриптом, бо хондани дароз ва кутох: хонда мешавадде навҷамъоварӣ ё ба лоиҳаи геном харита
§ Шарҳи генҳои пешбинишуда бо якчанд пойгоҳи додаҳо
1) Тадқиқоти геномӣ- таҳлили k-mer
2) Ассамблеяи геномӣ
2) Ассамблеяи геномӣ - PacBio HiFi харитасозии лоиҳаи ассамблеяро мехонад
2) Assembly Hi-C – арзёбии ҷуфтҳои мутақобилаи дурусти Hi-C
3) Арзёбии пас аз монтажи Hi-C
4) Аннотацияи геномӣ – ҳамгироии генҳои пешбинишуда
4) Аннотацияи геномӣ - шарҳи генҳои пешбинишуда
Пешрафтҳоеро, ки аз ҷониби хидматрасонии маҷмӯаи геномҳои BMKGene ба воситаи маҷмӯаи чопшудаи нашрияҳо мусоидат мекунанд, омӯзед:
Ли, C. ва дигарон. (2021) "Пайдарпайвандҳои геномҳо масирҳои паҳншавии глобалиро ошкор мекунанд ва мутобиқсозии генетикии конвергентиро дар эволютсияи баҳрӣ пешниҳод мекунанд", Натур Коммуникатсия, 12(1). дои: 10.1038 / S41467-021-21379-X.
Ли, Ю ва дигарон. (2023) 'Тағйироти миқёси калони хромосомӣ боиси тағирёбии ифодаи сатҳи геном, мутобиқшавии муҳити зист ва намудсозӣ дар Гаял (Bos frontalis) мегардад', Биологияи молекулавӣ ва эволютсия, 40(1). doi: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006.
Тянь, Т. (2023) 'Ассамблеяи геном ва тақсимоти генетикии гермпласми барҷастаи ҷуворимакка ба хушксолӣ', Genetics Nature 2023 55:3, 55(3), саҳ.496–506. дои: 10.1038 / s41588-023-01297-й.
Чжан, F. ва дигарон. (2023) 'Ошкор кардани эволютсияи биосинтези алкалоидҳои тропан тавассути таҳлили ду геном дар оилаи Solanaceae', Табиат Communications 2023 14:1, 14(1), саҳ. 1-18. дои: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Тадқиқотҳои душвор:
Маҷмӯи теломер ба теломер:Фу, A. ва дигарон. (2023) 'Ассамблеяи геноми теломер-то-теломераи харбузаи талх (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) рушди меваҳо, таркиб ва хусусиятҳои генетикии пухтарасидаро ошкор мекунад', Тадқиқоти боғпарварӣ, 10(1). doi: 10.1093 / HR / UHAC228.
Маҷмӯи гаплотипҳо:Ху, В. (2021) "Геноме, ки аз рӯи аллел муайян карда шудааст, тафовути биаллеликиро ҳангоми эволютсияи кассава ошкор мекунад", Растании Молекулӣ, 14 (6), саҳ. 851–854. дои: 10.1016 / j.molp.2021.04.009.
Маҷмӯи геномҳои азим:Юан, Ҷ. ва дигарон. (2022) 'Асосҳои геномии гига-хромосомаҳо ва гига-геноми дарахти пиони Paeonia ostii', Муоширати табиат 2022 13:1, 13(1), саҳ. 1-16. дои: 10.1038 / s41467-022-35063-1.
Маҷмӯи геномҳои полиплоидӣ:Чжан, Q. ва дигарон. (2022) "Фаҳмишҳои геномӣ дар бораи коҳиши охирини хромосомаи автополиплоидии найчаи қанди Saccharum spontaneum", Натур Генетика 2022 54:6, 54(6), саҳ. 885–896. дои: 10.1038 / s41588-022-01084-1.
