PacBio 2+3 Маҳалли пурраи mRNA
Вижагиҳо
● Тарҳрезии омӯзиш:
Намунаи ҷамъшуда бо PacBio барои муайян кардани изоформҳои транскрипт пайдарпай
Намунаҳои ҷудогона (такрорҳо ва шартҳои санҷидашаванда) бо пайдарпайNGS барои миқдори ифодаи транскрипт
● пайдарпайии PacBio дар ҳолати CCS, тавлиди хондани HiFi
● Пайдарҳамии стенограммаҳои пурра
● Таҳлил геноми истинодро талаб намекунад; вале онро ба кор андохтан мумкин аст
● Таҳлили биоинформатикӣ на танҳо ифодаро дар сатҳи ген ва изоформ, балки инчунин таҳлили lncRNA, синтези генҳо, полиаденилизатсия ва сохтори генҳоро дар бар мегирад.
Афзалиятҳо
● Дақиқии баланд: HiFi хондан бо дақиқии >99,9% (Q30), ки бо NGS муқоиса карда мешавад
● Таҳлили алтернативии пайвастшавӣ: пайдарпайии ҳамаи транскриптҳо имкон медиҳад, ки идентификатсия ва тавсифи изоформа.
● Омезиши тавонмандиҳои PacBio ва NGS: имкон медиҳад, ки миқдори ифода дар сатҳи изоформ, ошкор кардани тағирот, ки ҳангоми таҳлили тамоми ифодаи ген ниқоб карда шавад
● Таҷрибаи васеъ: бо таҷрибаи пешқадам оид ба анҷом додани зиёда аз 1100 лоиҳаи транскриптомии пурраи PacBio ва коркарди зиёда аз 2300 намуна, дастаи мо ба ҳар як лоиҳа таҷрибаи бой меорад.
● Дастгирии пас аз фурӯш: ӯҳдадории мо пас аз анҷоми лоиҳа бо мӯҳлати хидматрасонии 3-моҳаи пас аз фурӯш фаротар аст. Дар ин муддат мо пайгирии лоиҳа, кӯмак барои бартараф кардани мушкилот ва ҷаласаҳои саволу ҷавобро барои ҳалли ҳама гуна дархостҳои марбут ба натиҷаҳо пешниҳод мекунем.
Талаботи намунавӣ ва интиқол
| Китобхона | Стратегияи пайдарпай | Маълумот тавсия дода мешавад | Назорати сифат |
| PolyA китобхонаи mRNA CCS ғанишуда | Пайванди PacBio II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 М CCS | Q30≥85% |
| Poly A ғанӣ гардонида шудааст | Illumina PE150 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотидҳо
|
| Консентрат (нг/мкл) | Миқдор (мкг) | Покӣ | Беайбият |
| Китобхонаи Иллумина | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Маҳдуд ё тамоман ифлосшавии протеин ё ДНК дар гел нишон дода шудааст. | Барои растаниҳо: RIN≥4,0; Барои ҳайвонот: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; маҳдуд ё набудани баландии ибтидоӣ |
| Китобхонаи PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Маҳдуд ё тамоман ифлосшавии протеин ё ДНК дар гел нишон дода шудааст. | Растаниҳо: RIN≥7,5 Ҳайвонот: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; маҳдуд ё набудани баландии ибтидоӣ |
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Контейнер: 2 мл найчаи центрифуга (фолгаи тунука тавсия дода намешавад)
Тамғагузории намуна: Гурӯҳ+такрор, масалан, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Интиқол:
1. Ях хушк:Намунаҳо бояд дар халтаҳо баста шаванд ва дар яхбандии хушк дафн карда шаванд.
2. Намудҳои RNAstable: Намунаҳои РНК-ро дар найчаи устуворсозии РНК (масалан, RNAstable®) хушк кардан мумкин аст ва дар ҳарорати хона интиқол дода мешавад.
Таҳлили зеринро дар бар мегирад:
Назорати сифати маълумоти хом
Таҳлили алтернативии полиаденилизатсия (APA)
Таҳлили транскрипти Fusion
Таҳлили алтернативии пайвастшавӣ
Таҳлили муқоисавии Universal Orthologs Single Copy (BUSCO).
Таҳлили нави транскрипт: пешгӯии пайдарпаии рамзгузорӣ (CDS) ва шарҳи функсионалӣ
Таҳлили lncRNA: пешгӯии lncRNA ва ҳадафҳо
Identification MicroSatelite (SSR)
Таҳлили транскриптҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда (DETs).
Таҳлили генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда (DEGs).
Аннотацияи функсионалии DEG ва DETs
Таҳлили BUSCO
Таҳлили алтернативии пайвастшавӣ
Таҳлили алтернативии полиаденилизатсия (APA)
Генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда (DEGs) ва транскриптҳо (таҳлили DETs9
Шабакаҳои мутақобилаи протеин ва сафедаҳои DETs ва DEGs
Пешрафтҳоеро, ки аз ҷониби BMKGene-и PacBio 2+3 секвенсияи пурраи mRNA тавассути маҷмӯаи чопшудаи нашрияҳо мусоидат мекунанд, омӯзед.
Чао, Q. ва дигарон. (2019) 'Динамикаи рушди транскриптомияи популус', Маҷаллаи биотехнологияи растанӣ, 17(1), саҳ. 206–219. дои: 10.1111 / PBI.12958.
Денг, H. ва дигарон. (2022) 'Тағйироти динамикӣ дар таркиби кислотаи аскорбинӣ ҳангоми рушди мева ва пухта расидани Actinidia latifolia (зироати аз меваи аз аскорбат бой) ва механизмҳои алоқаманди молекулавӣ', Маҷаллаи байналмилалии илмҳои молекулавӣ, 23(10), саҳ. 5808. дои: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.
Хуа, X. ва дигарон. (2022) 'Пешгӯии муассири генҳои роҳи биосинтетикӣ, ки дар полифиллинҳои биоактивӣ дар полифиллаи Париж иштирок мекунанд', Биология коммуникатсия 2022 5:1, 5(1), саҳ. 1-10. дои: 10.1038/s42003-022-03000-з.
Лю, М ва дигарон. (2023) 'Таҳлили якҷояи PacBio Iso-Seq ва Illumina RNA-Seq аз генҳои Tuta absoluta (Meyrick) Transscriptome ва Cytochrome P450', Ҳашарот, 14(4), саҳ. 363. дои: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ванг, Лицун ва дигарон. (2019) 'Таҳқиқи мураккабии транскриптом бо истифода аз таҳлили якмолекулаи PacBio дар вақти воқеӣ дар якҷоягӣ бо пайдарпаии RNA Illumina барои фаҳмиши беҳтари биосинтези кислотаи рицинолӣ дар Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), саҳ. 1-17. дои: 10.1186 / S12864-019-5832-9 / РАҚАМҲО / 7.
