Пайдарпаии mRNA-NGS дар асоси ғайрирасмӣ
Вижагиҳо
● Гирифтани поли mRNA пеш аз омодасозии китобхона
● Новобаста аз ҳама гуна геномҳои истинод: дар асоси маҷмӯаи де-новои транскриптҳо, тавлиди рӯйхати унигенҳо, ки бо якчанд пойгоҳи додаҳо шарҳ дода шудаанд (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Таҳлили ҳамаҷонибаи биоинформатикии ифодаи генҳо ва сохтори транскрипт
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
●Экспертизаи васеъ: бо таҷрибаи коркарди беш аз 600,000 намуна дар BMKGENE, ки намудҳои гуногуни намуна, аз қабили фарҳангҳои ҳуҷайра, бофтаҳо ва моеъҳои баданро дар бар мегирад, дастаи мо ба ҳар як лоиҳа таҷрибаи бой меорад. Мо зиёда аз 100,000 лоиҳаҳои mRNA-Seq-ро дар соҳаҳои гуногуни тадқиқот бомуваффақият бастаем.
●Назорати қатъии сифат: мо нуқтаҳои асосии назоратиро дар тамоми марҳилаҳо, аз омодасозии намуна ва китобхона то пайдарпайӣ ва биоинформатика татбиқ мекунем. Ин мониторинги дақиқ таъмин намудани натиҷаҳои пайвастаи баландсифатро таъмин мекунад.
● Шарҳи ҳамаҷониба: мо барои ба таври функсионалӣ шарҳ додани генҳои дифференсиалии ифодашуда (DEGs) аз пойгоҳи додаҳои сершумор истифода мебарем ва таҳлили ғанисозии мувофиқро анҷом дода, дар бораи равандҳои ҳуҷайравӣ ва молекулавӣ, ки дар асоси аксуламали транскриптомӣ ҷойгиранд, маълумот медиҳем.
●Дастгирии пас аз фурӯш: ӯҳдадории мо пас аз анҷоми лоиҳа бо мӯҳлати хидматрасонии 3-моҳаи пас аз фурӯш фаротар аст. Дар ин муддат мо пайгирии лоиҳа, кӯмак барои бартараф кардани мушкилот ва ҷаласаҳои саволу ҷавобро барои ҳалли ҳама гуна дархостҳои марбут ба натиҷаҳо пешниҳод мекунем.
Талаботи намунавӣ ва интиқол
| Китобхона | Стратегияи пайдарпай | Маълумот тавсия дода мешавад | Назорати сифат |
| Poly A ғанӣ гардонида шудааст | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Талаботи намунавӣ:
Нуклеотидҳо:
| Консентрат (нг/мкл) | Миқдор (мкг) | Покӣ | Беайбӣ |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Маҳдуд ё тамоман ифлосшавии протеин ё ДНК дар гел нишон дода шудааст. | Барои растаниҳо: RIN≥4,0; Барои ҳайвонот: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; маҳдуд ё набудани баландии ибтидоӣ |
● Растаниҳо:
Реша, поя ё гулбарг: 450 мг
Барг ё тухми: 300 мг
Мева: 1,2 г
● Ҳайвон:
дил ё рӯда: 300 мг
Висцера ё майна: 240 мг
мушакҳо: 450 мг
Устухон, мӯй ё пӯст: 1 г
● Буғумподҳо:
Ҳашарот: 6г
Crustacea: 300 мг
● Хуни пурра: 1 қубур
● Ҳуҷайраҳо: 106 ҳуҷайраҳо
Интиқоли намунаи тавсияшуда
Контейнер: 2 мл найчаи центрифуга (фолгаи тунука тавсия дода намешавад)
Тамғагузории намуна: Гурӯҳ+такрор, масалан, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Интиқол:
1. Ях хушк: Намунаҳо бояд дар халтаҳо баста шаванд ва дар яхи хушк дафн карда шаванд.
2. Намудҳои RNAstable: Намунаҳои РНК-ро дар найчаи устуворсозии РНК (масалан, RNAstable®) хушк кардан мумкин аст ва дар ҳарорати хона интиқол дода мешавад.
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
истихроҷи РНК
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
Биоинформатика
Маҷмӯи транскриптом ва интихоби униген
Аннотацияи ягона
Таносуби намуна ва арзёбии такрори биологӣ
Генҳои ба таври дифференсиалӣ ифодашуда (DEGs)
Шарҳи функсионалии DEG
ғанисозии функсионалии DEG
Пешрафтҳоро омӯзед, ки тавассути хидматҳои пайдарпайии эукариотики NGS mRNA-и BMKGene тавассути маҷмӯаи нашрияҳо мусоидат мекунад.
Шен, F. ва дигарон. (2020) 'Ассамблеяи транскриптомии де ново ва ифодаи генҳои ҷинсгароӣ дар гонадҳои гурбаҳои Амур (Silurus asotus)', Геномика, 112 (3), саҳ. 2603–2614. дои: 10.1016 / J.YGENO.2020.01.026.
Чжан, C. ва дигарон. (2016) 'Таҳлили транскриптомии мубодилаи сахароза ҳангоми варам ва инкишоф дар пиёз (Allium cepa L.)', Сарҳадҳо дар илми растанӣ, 7 (сентябр), саҳ. 212763. дои: 10.3389 / FPLS.2016.01425 / BIBTEX.
Чжу, Ц ва дигарон. (2017) 'Маҷлиси нав, тавсиф ва эзоҳ барои транскриптомияи Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12 (2). дои: 10.1371 / JOURNAL.PONE.0171966.
Зоу, Л. (2021) 'Таҳлили транскриптомии де ново дар бораи таҳаммулпазирии намаки Podocarpus macrophyllus дар зери фишори шӯршавӣ маълумот медиҳад', BMC Plant Biology, 21(1), саҳ. 1-17. дои: 10.1186 / S12870-021-03274-1 / РАҚАМҲО / 9.
