BMKCLUD log
1

MRNNA-SEW (NGS) бо геномаи истинод

百迈客云网站 -11

MRNNA-SEW (NGS) бо геномаи истинод

RNA-SEP воситаи муқаррарӣ дар тамоми ҳаёт ва илмҳои зироат мебошад, ки фидокориро байни геномаҳо ва протеомесҳо ба даст меоранд. Қувваи он дар кашф кардани стенограммаи нав ва миқдори зиёди ифодаи худро дар як хосҳо ҷойгир мекунад. Он барои таҳқиқоти муқоисавии транспреликӣ васеъ истифода мешавад, ба монанди намудҳои гуногуни марбут ба хислатҳои гуногун ё penotoips, ба мисли муқоисаи мутантҳо ба намудҳои ваҳшӣ ё ошкор кардани ифодаи генҳо, ки дар шароити муайян. BMKCCLUD MRNA (истинод) барнома таҳлили арзон, тафаккури тафовуте (DEG) ва маҷмӯаи пайдарпайро, ки ба таври бипиан-Sections таҳлил карда мешавад Истифодабарандагон метавонанд маълумоти RAQ-и худро ба абр бор кунанд, ки дар он ҷо барнома ҳалли ҳамаҷонибаи таҳлилӣ ва қатъии тамоилиформатикиро пешниҳод мекунад. Ғайр аз он, он таҷрибаи муштариёнро афзалтар медонад, ки амалиёти фардӣ пешниҳод кардааст, ки ба ниёзҳои мушаххаси корбарон мутобиқ карда шудааст. Истифодабарандагон метавонанд параметрҳоро муқаррар кунанд ва гузориши интеракиро пешниҳод кунанд, маълумот оид ба мақсад / диаграммаҳои мақсаднок, ба монанди: Интихоби даъвати мақсаднок, диаграммаи функсионалӣ, диаграмма ва ғайра.

Натиҷаҳои намоишӣ
Мошини маълумот
Талаботи воридот
Таҳлили асосӣ
Ишора
Натиҷаҳои намоишӣ

Мошини маълумот

Талаботи воридот

Платформа:Ривина, mgi
Стратегия:RNA-SEC
Тарҳ: Вохӯрии, тоза.
Навъи китобхона:fr-bystranded, fr-prumstrand ё fr-swrand
Дарозии хондан:150 bp
Навъи файл:* .Азуҷекс, * .fq, *. Худт. Система хоҳадФайлҳои. -Пропксро ба таври худкор ҷуфт кунед аз рӯи номҳои файлмасалан * _*. Ҷуфти ҷуфтшуда * ._?
Шумораи намунаҳо:Ҳеҷ гуна маҳдудиятҳо барои рақам вуҷуд надораднамунаҳо, аммо вақти таҳлил ҳамчун шумораи он афзоиш хоҳад ёфтнамунаҳо мерӯянд.
Маблағи тавсияшаванда:6G барои як намуна

Таҳлили асосӣ
Таҳлили асосӣ ва воситаҳои биохалии MRNNA-SEC (ишора)қубур чунин аст:
1. Назорати сифати хаватта:
• Бартараф кардани пайдарпаиҳои пастсифат, пайдарпаии адаптер,ғайра;
• Асбобҳо: лӯлаи дар дохили хона;
2. Ҳамоҳангсозии маълумот ба геними истинод:
• Мутобиқи як алгоритми беинсохта алайҳиистинод
• Асбобҳо:Hishat2, samotools
3. Таҳлили сифатнокии сифат:
• Таҳлили дарозӣ, таҳлили пайдарпай ва ғайра;
• Асбобҳо:samotools;
4. Таҳлили пайдарпаии сохтори:
• Таҳлили алтернативӣ, оптимизатсияи сохтмонӣ,пешгуфтор пешгӯӣ ва ғайра;
• Асбобҳо:Сатр, gffcompare, Gatk,Алмаз, БартарӣваHmmer.
5. Таҳлили тафаккури тафаккури гуногун:
• Таҳлили DEG, таҳлили ҳамкорӣ, функсионалӣғанӣ;
Натиҷаҳои гуногуни визуалӣ;
RбоSegseq, Deseq2, gzplot2, Dexseq
Ишора
1. Ким, Дахвин ва дигарон. "Муттаҳидсозии генарои генофӣ ваҲаётипҳо бо уфатпӣ ва Ҳассрибӣ. "ТабиатБиотехнология37 (2019): 907 - 915.
2. Маккенна, Ҳорун ва дигарон. "Воситаи генофонди таҳлили генофӣ: аЧаҳорчӯбаи maphiddate барои таҳлили ДНК-насли навбатии ояндамаълумот дар бораи маълумот. "Тадқиқоти генох20 9 (2010): 1297-303.
3 бошад. LI, Hend ENTS ва дигарон. "Ҳамоҳангсозӣ / формати харита ваSamotoos. "Биинформа25 (2009): 2078 - 2079.
4. Перва, Миелаела ва дигарон. "Strytie имкон медиҳад, ки беҳтарАзнавсозии як нусхабардорӣ аз RNA-SET хонда мешавад. "ТабиатБиотехнология33 (2015): 290-295.
5. Муҳаббат, Майкл и. ET. "Арзёбии тағирёфтаи тағирёбии чарх ваГузариш барои додаҳои RNA-SQ бо deseq2. "АқлБиология15 (2014): n. pag.
6. Эдди, Шон, Шон Р.Плон Бихологияи ҳисоббарорӣ7 (2011): n. pag.

иқтибос гиред

Паёми худро дар ин ҷо нависед ва ба мо фиристед

Паёми худро ба мо фиристед: