Ассамблеяи Геном дар асоси Hi-C
Hi-C як усулест, ки барои гирифтани конфигуратсияи хромосомаҳо тавассути омезиши мутақобила дар асоси наздикӣ ва пайдарпайии баландсуръат тарҳрезӣ шудааст. Гумон меравад, ки шиддатнокии ин мутақобила бо масофаи физикӣ дар хромосомаҳо алоқамандии манфӣ дорад. Аз ин рӯ, маълумоти Hi-C барои роҳнамоӣ кардани гурӯҳбандӣ, тартиб ва самти пайдарпайии ҷамъшуда дар лоиҳаи геном ва пайваст кардани онҳо ба миқдори муайяни хромосомаҳо истифода мешавад. Ин технология ба маҷмӯи геномҳои сатҳи хромосома имкон медиҳад, ки дар сурати мавҷуд набудани харитаи генетикии популятсия. Ҳар як геном ба Hi-C ниёз дорад.
Хусусиятҳои хидматрасонӣ
● Пайдарпайкунӣ дар Illumina NovaSeq бо PE150.
● Хизматрасонӣ намунаҳои бофтаҳоро талаб мекунад, ки ба ҷои кислотаҳои нуклеинӣ истихроҷшуда, бо формальдегид пайваст карда, таъсири мутақобилаи ДНК-протеинҳоро нигоҳ доранд.
● Таҷрибаи Hi-C маҳдудкунӣ ва таъмири анҷоми нӯгҳои часпанда бо биотинро дар бар мегирад ва пас аз он даврашакл кардани нӯгҳои кунди натиҷавӣ ҳангоми нигоҳ доштани таъсири мутақобила. Сипас ДНК бо маҳтобҳои стрептавидин ба поён кашида мешавад ва барои омодасозии минбаъдаи китобхона тоза карда мешавад.
Афзалиятҳои хидматрасонӣ
Баррасии Hi-C
(Либерман-Айден Э ва дигарон,Илм, 2009)
●Бартараф кардани ниёз ба маълумоти генетикии популятсия:Hi-C маълумоти муҳимеро, ки барои лангари контиг заруранд, иваз мекунад.
●Зичии баланди нишона:ки ба таносуби баланди лангарӣ аз 90% оварда мерасонад.
●Санҷиши васеъ ва сабтҳои нашр:BMKGene дорои таҷрибаи васеъ бо зиёда аз 2000 парвандаҳои Hi-C Genome Assembly аз 1000 намудҳои гуногун ва патентҳои гуногун. Зиёда аз 200 парвандаи нашршуда дорои беш аз 2000-тои аккумулятивии импакт мебошанд.
●Гурӯҳи баландихтисоси биоинформатика:бо патентҳои дохилӣ ва ҳуқуқи муаллифии нармафзор барои таҷрибаҳои Hi-C ва таҳлили додаҳо, нармафзори визуализатсияи худи таҳияшудаи маълумот имкон медиҳад, ки блоки дастӣ интиқол, баргардонидан, бозхонд ва дубора иҷро карда шавад.
●Дастгирии пас аз фурӯш:Уҳдадориҳои мо пас аз анҷоми лоиҳа бо мӯҳлати хидматрасонии 3-моҳаи пас аз фурӯш фаротар аст. Дар ин муддат мо пайгирии лоиҳа, кӯмак барои бартараф кардани мушкилот ва ҷаласаҳои саволу ҷавобро барои ҳалли ҳама гуна дархостҳои марбут ба натиҷаҳо пешниҳод мекунем.
●Тавсифи ҳамаҷониба: мо пойгоҳи додаҳои сершуморро барои функсионалӣ шарҳ додани генҳо бо вариантҳои муайяншуда истифода мебарем ва таҳлили ғанисозии мувофиқро анҷом дода, дар бораи лоиҳаҳои сершумори тадқиқотӣ фаҳмиш медиҳем.
Мушаххасоти хадамот
| Омодасозии китобхона | Стратегияи пайдарпай | Натиҷаи маълумоти тавсияшуда | Назорати сифат |
| Китобхонаи Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100х | Q30 ≥ 85% |
Талаботи намунавӣ
| Матоъ | Маблағи зарурӣ |
| Висери ҳайвонот | ≥ 2 г |
| Мушаки ҳайвонот | |
| Хуни ширхӯрон | ≥ 2 мл |
| Хуни мурғ/моҳӣ | |
| Ниҳол - барги тару тоза | ≥ 3 г |
| Ҳуҷайраҳои фарҳангӣ | ≥ 1x107 |
| ҳашарот | ≥ 2 г |
Раванди кори хидмат
Тарҳрезии таҷриба
Интиқоли намуна
Сохтмони китобхона
пайдарпай
Таҳлили маълумот
Хизматрасонии пас аз фурӯш
1) Маълумоти хоми QC
2) Китобхонаи Hi-C QC: арзёбии таъсироти дурусти Hi-C
3) Ассотсиатсияи Hi-C: гурӯҳбандии контигҳо дар гурӯҳҳо, пас аз фармоиши контиг дар дохили ҳар як гурӯҳ ва таъини самти контиг
4) Арзёбии Hi-C
Hi-C Library QC – арзёбии ҷуфтҳои мутақобилаи дурусти Hi-C
Assembly Hi-C - омор
Арзёбии пас аз монтаж - харитаи гармии шиддатнокии сигнал байни контейнерҳо
Пешрафтҳоеро, ки аз ҷониби хидматҳои васлкунии Hi-C BMKGene тавассути маҷмӯаи нашрияҳо мусоидат мекунанд, омӯзед.
Тянь, Т. (2023) 'Ассамблеяи геном ва тақсимоти генетикии гермпласми барҷастаи ҷуворимакка ба хушксолӣ', Genetics Nature 2023 55:3, 55(3), саҳ.496–506. дои: 10.1038 / s41588-023-01297-й.
Ванг, ЗЛ ва дигарон. (2020) 'Ассамблеяи миқёси хромосомаи занбӯри асали Осиё Apis cerana Genome', Сарҳадҳо дар генетика, 11, саҳ. 524140. дои: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Чжан, F. ва дигарон. (2023) 'Ошкор кардани эволютсияи биосинтези алкалоидҳои тропан тавассути таҳлили ду геном дар оилаи Solanaceae', Табиат Communications 2023 14:1, 14(1), саҳ. 1-18. дои: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Чжан, X. ва дигарон. (2020) 'Геномҳои дарахти Банян ва гардолудкунанда дар бораи эволютсияи анҷир-вас маълумот медиҳанд', Ҳуҷайра, 183(4), саҳ. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
