BMKMANU S1000 Транскриптомияи фазоӣ
Нақшаи техникии BMKMANU S1000 фазоии транскриптом
Вижагиҳо
● Ҳалли: 5 μM
● Диаметри нуқта: 2,5 μM
● Шумораи нуқтаҳо: тақрибан 2 миллион
● 3 формати эҳтимолии майдони аксбардорӣ: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм ё 15 мм * 20 мм
● Ҳар як маҳтоби штрих-код бо праймерҳо бор карда мешавад, ки аз 4 қисм иборат аст:
думчаи поли(дТ) барои омодасозии mRNA ва синтези cDNA
Идентификатори беназири молекулавӣ (UMI) барои ислоҳи ғарази амплификация
Штрих-коди фазоӣ
Пайдарпаии ҳатмии қисман хондани 1 примери пайдарпай
● H&E ва рангкунии флуоресцентии бахшҳо
● Имконияти истифодатехнологияи сегментатсияи ҳуҷайра: ҳамгироии рангкунии H&E, рангкунии флуоресцентӣ ва пайдарпаии РНК барои муайян кардани ҳудуди ҳар як ҳуҷайра ва дуруст таъин кардани ифодаи ген ба ҳар як ҳуҷайра.
Афзалиятҳои BMKMANU S1000
●Қарори зерҳуҷайра: Ҳар як минтақаи забткунӣ дорои >2 миллион нуқтаҳои штрих-кодшудаи фазоӣ бо диаметри 2,5 мкм ва фосилаи 5 мкм байни марказҳои спот буд, ки имкон медиҳад, ки таҳлили фосилавии транскриптом бо ҳалли зерҳуҷайравӣ (5 мкм).
●Таҳлили ҳалли бисёрсатҳи:Таҳлили чандсатҳи чандир аз 100 мкм то 5 мкм барои ҳалли хусусиятҳои гуногуни бофта бо ҳалли оптималӣ.
●Имконияти истифодаи технологияи сегментатсияи ҳуҷайраҳои "Се дар як слайд":Якҷоя кардани рангкунии флуоресцентӣ, рангкунии H&E ва пайдарпаии РНК дар як слайд, алгоритми таҳлили "се-дар як"-и мо имкон медиҳад, ки сарҳадҳои ҳуҷайраҳоро барои транскриптомияи минбаъдаи ҳуҷайраҳо муайян кунанд.
●Бо платформаҳои сершумори пайдарпайӣ мувофиқ аст: Ҳам NGS ва ҳам пайдарпаии хондани дарозмуддат дастрасанд.
●Тарҳрезии чандири 1-8 Минтақаи забти фаъол: Андозаи майдони сабт чандир аст ва имкони истифодаи 3 форматро дорад (6,8 мм * 6,8 мм., 11 мм * 11 мм ва 15 мм * 20 мм)
●Хадамоти ягона: Он тамоми таҷриба ва қадамҳои ба маҳорат асосёфтаро муттаҳид мекунад, аз ҷумла ҷудокунии крио, рангкунӣ, оптимизатсияи бофтаҳо, штрих-кодгузории фазоӣ, омодасозии китобхона, пайдарпайӣ ва биоинформатика.
●Биоинформатикаи ҳамаҷониба ва визуализатсияи ба истифодабаранда осони натиҷаҳо:Маҷмӯа 29 таҳлил ва 100+ рақамҳои баландсифатро дар бар мегирад, ки дар якҷоягӣ бо истифодаи нармафзори дар дохили худ таҳияшуда барои визуализатсия ва танзими тақсимоти ҳуҷайраҳо ва кластеркунии нуқтаҳо.
●Таҳлили фармоишӣ ва визуализатсияи маълумот: барои дархостҳои гуногуни тадқиқот дастрас аст
●Дастаи техникии баландихтисос: бо таҷриба дар зиёда аз 250 намуди бофтаҳо ва 100+ намудҳо, аз ҷумла инсон, муш, ширхӯр, моҳӣ ва растаниҳо.
●Навсозиҳои воқеӣ дар тамоми лоиҳа: бо назорати пурраи пешрафти тачриба.
●Таҳлили муштараки ихтиёрӣ бо пайдарпаии як ҳуҷайраи mRNA
Мушаххасоти хадамот
|
Намуна Талабот
| Китобхона |
Стратегияи пайдарпай
| Маълумот тавсия дода мешавад | Назорати сифат |
| Намунаҳои крио дар OCT, 3 блок барои як намуна | Китобхонаи cDNA S1000 | Illumina PE150 (платформаҳои дигар дастрас) | 100K PE хондан дар 100 uM (60-150 Гб) | РИН>7 |
Барои гирифтани тафсилоти бештар дар бораи роҳнамоии омодасозии намуна ва ҷараёни кори хидмат, лутфан бо як сӯҳбат кунедкоршиноси BMKGEN
Раванди кори хидмат
Дар марҳилаи омодасозии намуна, озмоиши ибтидоии истихроҷи РНК гузаронида мешавад, то ки РНК-и баландсифат ба даст оварда шавад. Дар марҳилаи оптимизатсияи матоъ бахшҳо доғдор ва визуалӣ карда мешаванд ва шароити гузариши mRNA аз бофта оптимизатсия карда мешаванд. Пас аз он протоколи оптимизатсияшуда ҳангоми сохтани китобхона истифода мешавад, пас пайдарпай ва таҳлили додаҳо.
Ҷараёни мукаммали хидматрасонӣ дар вақти воқеӣ навсозиҳо ва тасдиқи муштариро дар бар мегирад, то як ҳалқаи посухи ҷавобиро нигоҳ дошта, иҷрои ҳамворро таъмин кунад.
Маълумоте, ки аз ҷониби BMKMANU S1000 тавлид шудааст, бо истифода аз нармафзори "BSTMatrix", ки мустақилона аз ҷониби BMKGENE тарҳрезӣ шудааст, матритсаи генро тавлид мекунад, таҳлил карда мешавад. Аз он ҷо, ҳисоботи стандартӣ таҳия карда мешавад, ки назорати сифати маълумот, таҳлили дохилӣ ва таҳлили байни гурӯҳҳоро дар бар мегирад.
● Назорати сифати маълумот:
Натиҷаи маълумот ва тақсимоти холҳои сифат
Муайян кардани ген дар як нуқта
Фарогирии матоъ
● Таҳлили намунаи дохилӣ:
Сарвати ген
Кластерсозии нуқта, аз ҷумла таҳлили андозагирии камшуда
Таҳлили ифодаи дифференсиалӣ байни кластерҳо: муайян кардани генҳои маркер
Аннотацияи функсионалӣ ва ғанисозии генҳои маркер
● Таҳлили байни гурӯҳҳо:
Аз нав омезиши доғҳо аз ҳар ду намуна (масалан, бемор ва назорат) ва дубора кластер
Муайян кардани генҳои маркер барои ҳар як кластер
Аннотацияи функсионалӣ ва ғанисозии генҳои маркер
Ифодаи дифференсиалии як кластер байни гурӯҳҳо
Илова бар ин, BMKGENE таҳиякардаи "BSTViewer" як абзори барои корбар аст, ки ба корбар имкон медиҳад, ки ифодаи ген ва кластеркунии нуқтаҳоро дар қарорҳои гуногун тасаввур кунад.
BMKGene нармафзорро барои визуализатсияи дӯстона таҳия кардааст
BSTViewer кластеркунии ҷойи бо қарори бисёрсатҳи
BSTCellViewer: тақсимоти ҳуҷайраҳои худкор ва дастӣ
Таҳлили намунаи дохилӣ
Кластербандии нуқта:
Муайян кардани генҳои маркер ва тақсимоти фазоӣ:
Таҳлили байни гурӯҳҳо
Омезиши маълумот аз ҳарду гурӯҳ ва аз нав кластер:
Генҳои маркерии кластерҳои нав:
Пешрафтҳоеро, ки хидматҳои транскриптомикаи фазоии BMKGene бо технологияи BMKManu S1000 мусоидат мекунанд, дар ин нашрияи барҷаста омӯзед:
Сонг, X. ва дигарон. (2023) 'Транскриптомияи фазоӣ ҳуҷайраҳои хлоренхимаи рӯшноиро ошкор мекунад, ки дар мусоидат ба барқарорсозии навдаҳо дар каллуси помидор иштирок мекунанд',Маҷмӯаҳои Академияи миллии илмҳои Иёлоти Муттаҳидаи Амрико, 120(38), с. e2310163120. дои: 10.1073/pnas.2310163120
Шумо, Y. ва дигарон. (2023) 'Муқоисаи систематикии усулҳои транскриптомии фазоӣ дар асоси пайдарпайӣ',bioRxiv, саҳ. 2023.12.03.569744. дои: 10.1101/2023.12.03.569744.
