నిర్దిష్ట-లోకస్ యాంప్లిఫైడ్ ఫ్రాగ్మెంట్ సీక్వెన్సింగ్ (SLAF-Seq)
వర్క్‌ఫ్లో
సాంకేతిక పథకం
సర్వీస్ ఫీచర్లు
● PE150తో NovaSeqలో సీక్వెన్సింగ్.
● డబుల్ బార్‌కోడింగ్‌తో లైబ్రరీ తయారీ, 1000 కంటే ఎక్కువ నమూనాల పూలింగ్‌ను ప్రారంభించడం.
● ఈ టెక్నిక్‌ని రిఫరెన్స్ జీనోమ్‌తో లేదా లేకుండా ఉపయోగించబడుతుంది, ఒక్కో సందర్భంలో వేర్వేరు బయోఇన్ఫర్మేటిక్ పైప్‌లైన్‌లతో:
సూచన జన్యువుతో: SNP మరియు InDel ఆవిష్కరణ
సూచన జన్యువు లేకుండా: నమూనా క్లస్టరింగ్ మరియు SNP ఆవిష్కరణ
● లోసిలికోలోపూర్వ-రూపకల్పన దశ బహుళ పరిమితి ఎంజైమ్ కలయికలు జన్యువుతో పాటు SLAF ట్యాగ్‌ల యొక్క ఏకరీతి పంపిణీని ఉత్పత్తి చేసే వాటిని కనుగొనడానికి పరీక్షించబడతాయి.
● ముందస్తు ప్రయోగం సమయంలో, 9 SLAF లైబ్రరీలను రూపొందించడానికి 3 నమూనాలలో మూడు ఎంజైమ్ కలయికలు పరీక్షించబడతాయి మరియు ప్రాజెక్ట్ కోసం సరైన పరిమితి ఎంజైమ్ కలయికను ఎంచుకోవడానికి ఈ సమాచారం ఉపయోగించబడుతుంది.
సేవా ప్రయోజనాలు
●హై జెనెటిక్ మార్కర్ డిస్కవరీ: అధిక-నిర్గమాంశ డబుల్ బార్‌కోడ్ సిస్టమ్‌ను ఏకీకృతం చేయడం వలన పెద్ద జనాభా యొక్క ఏకకాల క్రమాన్ని అనుమతిస్తుంది మరియు లోకస్-నిర్దిష్ట విస్తరణ సామర్థ్యాన్ని పెంచుతుంది, ట్యాగ్ నంబర్‌లు వివిధ పరిశోధన ప్రశ్నల యొక్క విభిన్న అవసరాలను తీరుస్తాయని నిర్ధారిస్తుంది.
● జీనోమ్‌పై తక్కువ ఆధారపడటం: ఇది రిఫరెన్స్ జన్యువుతో లేదా లేకుండా జాతులకు వర్తించబడుతుంది.
●ఫ్లెక్సిబుల్ స్కీమ్ డిజైన్: ఒకే-ఎంజైమ్, ద్వంద్వ-ఎంజైమ్, బహుళ-ఎంజైమ్ జీర్ణక్రియ మరియు వివిధ రకాల ఎంజైమ్‌లు వివిధ పరిశోధన లక్ష్యాలు లేదా జాతులకు అనుగుణంగా ఎంచుకోవచ్చు. దిసిలికోలోసరైన ఎంజైమ్ రూపకల్పనను నిర్ధారించడానికి ముందస్తు రూపకల్పన జరుగుతుంది.
● ఎంజైమాటిక్ జీర్ణక్రియలో అధిక సామర్థ్యం: ఒక యొక్క ప్రసరణసిలికోలోక్రోమోజోమ్‌పై (1 SLAF ట్యాగ్/4Kb) SLAF ట్యాగ్‌ల పంపిణీ మరియు తగ్గిన పునరావృత క్రమం (<5%)తో ప్రీ-డిజైన్ మరియు ప్రీ-ఎక్స్‌పెరిమెంట్ హామీ సరైన డిజైన్.
●విస్తృతమైన నైపుణ్యం: మొక్కలు, క్షీరదాలు, పక్షులు, కీటకాలు మరియు జల జీవులతో సహా వందలాది జాతులపై 5000 SLAF-Seq ప్రాజెక్ట్‌లను మూసివేసిన ట్రాక్ రికార్డ్‌తో మా బృందం ప్రతి ప్రాజెక్ట్‌కి అనుభవ సంపదను అందిస్తుంది.
● స్వీయ-అభివృద్ధి చెందిన బయోఇన్ఫర్మేటిక్ వర్క్‌ఫ్లో: BMKGENE తుది అవుట్‌పుట్ యొక్క విశ్వసనీయత మరియు ఖచ్చితత్వాన్ని నిర్ధారించడానికి SLAF-Seq కోసం సమీకృత బయోఇన్ఫర్మేటిక్ వర్క్‌ఫ్లోను అభివృద్ధి చేసింది.
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
| విశ్లేషణ రకం | సిఫార్సు చేయబడిన జనాభా ప్రమాణం | సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం | |
| ట్యాగ్ సీక్వెన్సింగ్ యొక్క లోతు | ట్యాగ్ నంబర్ | ||
| జన్యు పటాలు | 2 తల్లిదండ్రులు మరియు >150 మంది సంతానం | తల్లిదండ్రులు: 20x WGS సంతానం: 10x | జీనోమ్ పరిమాణం: <400 Mb: WGS సిఫార్సు చేయబడింది <1Gb: 100K ట్యాగ్‌లు 1-2Gb:: 200K ట్యాగ్‌లు >2Gb: 300K ట్యాగ్‌లు గరిష్టంగా 500k ట్యాగ్‌లు |
| జీనోమ్-వైడ్ అసోసియేషన్ స్టడీస్ (GWAS) | ≥200 నమూనాలు | 10x | |
| జన్యు పరిణామం | ప్రతి ఉప సమూహం నుండి > 10 నమూనాలతో ≥30 నమూనాలు | 10x | |
సేవా అవసరాలు
ఏకాగ్రత ≥ 5 ng/µL
మొత్తం మొత్తం ≥ 80 ng
నానోడ్రాప్ OD260/280=1.6-2.5
అగరోజ్ జెల్: లేదు లేదా పరిమిత క్షీణత లేదా కాలుష్యం
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్: 2 ml సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్
(చాలా నమూనాల కోసం, ఇథనాల్‌లో భద్రపరచవద్దని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము)
నమూనా లేబులింగ్: నమూనాలను స్పష్టంగా లేబుల్ చేయాలి మరియు సమర్పించిన నమూనా సమాచార ఫారమ్‌తో సమానంగా ఉండాలి.
రవాణా: డ్రై-ఐస్: నమూనాలను ముందుగా సంచుల్లో ప్యాక్ చేయాలి మరియు డ్రై-ఐస్‌లో పాతిపెట్టాలి.
సర్వీస్ వర్క్‌ఫ్లో
నమూనా QC
పైలట్ ప్రయోగం
SLAF-ప్రయోగం
లైబ్రరీ తయారీ
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
కింది విశ్లేషణను కలిగి ఉంటుంది:
- సీక్వెన్సింగ్ డేటా QC
- SLAF ట్యాగ్ అభివృద్ధి
రిఫరెన్స్ జీనోమ్‌కు మ్యాపింగ్
సూచన జన్యువు లేకుండా: క్లస్టరింగ్
- SLAF ట్యాగ్‌ల విశ్లేషణ.: గణాంకాలు, జన్యువు అంతటా పంపిణీ
- మార్కర్ ఆవిష్కరణ: SNP, InDel, SNV, CV కాలింగ్ మరియు ఉల్లేఖన
క్రోమోజోమ్‌లపై SLAF ట్యాగ్‌ల పంపిణీ:
క్రోమోజోమ్‌లపై SNPల పంపిణీ:
SNP ఉల్లేఖన
| సంవత్సరం | జర్నల్ | IF | శీర్షిక | అప్లికేషన్లు |
| 2022 | ప్రకృతి కమ్యూనికేషన్స్ | 17.694 | గిగా-క్రోమోజోమ్‌ల జన్యుపరమైన ఆధారం మరియు ట్రీ పియోని గిగా-జీనోమ్ పెయోనియా ఓస్టి | SLAF-GWAS |
| 2015 | కొత్త ఫైటాలజిస్ట్ | 7.433 | దేశీయ పాదముద్రలు వ్యవసాయ శాస్త్ర ప్రాముఖ్యత కలిగిన జన్యుసంబంధ ప్రాంతాలను ఎంకరేజ్ చేస్తాయి సోయాబీన్స్ | SLAF-GWAS |
| 2022 | జర్నల్ ఆఫ్ అడ్వాన్స్‌డ్ రీసెర్చ్ | 12.822 | G. హిర్సుటమ్‌లోకి గాసిపియం బార్బడెన్స్ యొక్క జీనోమ్-వైడ్ కృత్రిమ ప్రవేశాలు పత్తి ఫైబర్ నాణ్యత మరియు దిగుబడిని ఏకకాలంలో మెరుగుపరచడానికి ఉన్నతమైన స్థానాన్ని వెల్లడిస్తుంది లక్షణాలు | SLAF-ఎవల్యూషనరీ జెనెటిక్స్ |
| 2019 | మాలిక్యులర్ ప్లాంట్ | 10.81 | పాపులేషన్ జెనోమిక్ అనాలిసిస్ మరియు డి నోవో అసెంబ్లీ వీడీ యొక్క మూలాన్ని వెల్లడిస్తున్నాయి ఎవల్యూషనరీ గేమ్‌గా బియ్యం | SLAF-ఎవల్యూషనరీ జెనెటిక్స్ |
| 2019 | ప్రకృతి జన్యుశాస్త్రం | 31.616 | సాధారణ కార్ప్, సైప్రినస్ కార్పియో యొక్క జీనోమ్ సీక్వెన్స్ మరియు జన్యు వైవిధ్యం | SLAF-లింకేజ్ మ్యాప్ |
| 2014 | ప్రకృతి జన్యుశాస్త్రం | 25.455 | పండించిన వేరుశెనగ యొక్క జన్యువు లెగ్యూమ్ కార్యోటైప్‌లు, పాలీప్లాయిడ్‌పై అంతర్దృష్టిని అందిస్తుంది పరిణామం మరియు పంట పెంపకం. | SLAF-లింకేజ్ మ్యాప్ |
| 2022 | ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్ | 9.803 | ST1 యొక్క గుర్తింపు విత్తన స్వరూపం యొక్క హిచ్‌హైకింగ్‌తో కూడిన ఎంపికను వెల్లడిస్తుంది మరియు సోయాబీన్ పెంపకం సమయంలో నూనె కంటెంట్ | SLAF-మార్కర్ అభివృద్ధి |
| 2022 | ఇంటర్నేషనల్ జర్నల్ ఆఫ్ మాలిక్యులర్ సైన్సెస్ | 6.208 | గోధుమ-లేమస్ మోల్లిస్ 2Ns (2D) కోసం గుర్తింపు మరియు DNA మార్కర్ అభివృద్ధి డిసోమిక్ క్రోమోజోమ్ ప్రత్యామ్నాయం | SLAF-మార్కర్ అభివృద్ధి |
| సంవత్సరం | జర్నల్ | IF | శీర్షిక | అప్లికేషన్లు |
| 2023 | మొక్కల శాస్త్రంలో సరిహద్దులు | 6.735 | పైరస్ పైరిఫోలియా పండు పక్వానికి వచ్చే సమయంలో చక్కెర కంటెంట్ యొక్క QTL మ్యాపింగ్ మరియు ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ విశ్లేషణ | జన్యు పటం |
| 2022 | ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్ | 8.154 | ST1 యొక్క గుర్తింపు సోయాబీన్ పెంపకం సమయంలో విత్తన పదనిర్మాణం మరియు చమురు కంటెంట్‌ను హిచ్‌హైకింగ్ చేయడంతో కూడిన ఎంపికను వెల్లడిస్తుంది
| SNP కాల్ చేస్తోంది |
| 2022 | మొక్కల శాస్త్రంలో సరిహద్దులు | 6.623 | కరువు వాతావరణంలో హల్లెస్ బేర్లీ ఫినోటైప్స్ యొక్క జీనోమ్-వైడ్ అసోసియేషన్ మ్యాపింగ్.
| GWAS |
