సింగిల్-న్యూక్లియై RNA సీక్వెన్సింగ్
సాంకేతిక పథకం
న్యూక్లియైల ఐసోలేషన్ 10× జెనోమిక్స్ క్రోమియం™ ద్వారా సాధించబడుతుంది, ఇందులో డబుల్ క్రాసింగ్‌లతో ఎనిమిది-ఛానల్ మైక్రోఫ్లూయిడిక్స్ సిస్టమ్ ఉంటుంది. ఈ వ్యవస్థలో, బార్‌కోడ్‌లు మరియు ప్రైమర్‌లతో కూడిన జెల్ పూసలు, ఎంజైమ్‌లు మరియు ఒక కేంద్రకం నానోలిటర్-పరిమాణ ఆయిల్ డ్రాప్‌లో కప్పబడి, జెల్ బీడ్-ఇన్-ఎమల్షన్ (GEM)ను ఉత్పత్తి చేస్తుంది. GEM ఏర్పడిన తర్వాత, ప్రతి GEMలో సెల్ లైసిస్ మరియు బార్‌కోడ్‌ల విడుదల జరుగుతుంది. mRNA 10× బార్‌కోడ్‌లు మరియు UMIతో cDNA అణువులలోకి రివర్స్ లిప్యంతరీకరించబడింది, ఇవి ప్రామాణిక సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీ నిర్మాణానికి మరింత లోబడి ఉంటాయి.
ఫీచర్లు
● ఘనీభవించిన కణజాలాల నుండి సింగిల్-న్యూక్లియై సస్పెన్షన్ తయారీ
● సిడిఎన్ఎ సంశ్లేషణ తరువాత జెల్ బీడ్-ఇన్-ఎమల్షన్ (జిఇఎమ్) ఏర్పడటం
● GEMలోని ప్రతి పూస 4 విభాగాలతో కూడిన ప్రైమర్‌లతో లోడ్ చేయబడింది:
mRNA ప్రైమింగ్ మరియు cDNA సంశ్లేషణ కోసం పాలీ(dT) తోక,
యాంప్లిఫికేషన్ బయాస్‌ని సరిచేయడానికి యూనిక్ మాలిక్యులర్ ఐడెంటిఫైయర్ (UMI).
10x బార్‌కోడ్
పాక్షిక రీడ్ 1 సీక్వెన్సింగ్ ప్రైమర్ బైండింగ్ సీక్వెన్స్
ప్రయోజనాలు
సింగిల్-న్యూక్లియస్ ఆర్‌ఎన్‌ఏ సీక్వెన్సింగ్ సింగిల్-సెల్ ఆర్‌ఎన్‌ఏ సీక్వెన్సింగ్ పరిమితులను అధిగమించి, ఎనేబుల్ చేస్తుంది:
● స్తంభింపచేసిన నమూనాల ఉపయోగం మరియు తాజా నమూనాలకే పరిమితం కాదు
● తాజా కణాల ఎంజైమాటిక్ చికిత్సతో పోల్చినప్పుడు ఘనీభవించిన కణాల తక్కువ ఒత్తిడి, తక్కువ ఒత్తిడి-ప్రేరిత జన్యువుల రూపంలో ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ డేటాలో ప్రతిబింబిస్తుంది
● ఎర్ర రక్త కణాలను ముందుగా తొలగించాల్సిన అవసరం లేదు
● అపరిమిత సెల్ వ్యాసం
● కణజాల విచ్ఛేదనం సమయంలో కణ గడ్డకట్టడం లేదా నాశనానికి గురయ్యే సంక్లిష్టమైన మరియు పెళుసుగా ఉండే కణజాల రకాలతో సహా విశ్లేషణకు అర్హత కలిగిన పెద్ద శ్రేణి నమూనాలు
సింగిల్-సెల్ RNA సీక్వెన్సింగ్ ద్వారా విశ్లేషించబడలేని నమూనాలు మరియు సింగిల్ న్యూక్లియై RNA సీక్వెన్సింగ్‌కు అర్హులు:
| కణం / కణజాలం | కారణం |
| స్తంభింపచేసిన కణజాలాన్ని అన్‌ఫ్రెష్ చేయండి | తాజా లేదా దీర్ఘకాలంగా సేవ్ చేయబడిన సంస్థలను పొందడం సాధ్యం కాలేదు |
| కండరాల కణం, మెగాకార్యోసైట్, కొవ్వు... | పరికరంలోకి ప్రవేశించడానికి సెల్ వ్యాసం చాలా పెద్దది |
| కాలేయం... | విచ్ఛిన్నం చేయడానికి చాలా పెళుసుగా ఉంటుంది, ఒకే కణాలను వేరు చేయడం సాధ్యం కాదు |
| న్యూరాన్ సెల్, మెదడు... | మరింత సున్నితమైనది, ఒత్తిడికి గురికావడం సులభం, సీక్వెన్సింగ్ ఫలితాలను మారుస్తుంది |
| ప్యాంక్రియాస్, థైరాయిడ్… | ఎండోజెనస్ ఎంజైమ్‌లలో సమృద్ధిగా ఉంటుంది, ఇది సింగిల్ సెల్ సస్పెన్షన్ ఉత్పత్తిని ప్రభావితం చేస్తుంది |
సింగిల్ న్యూక్లియస్ vs సింగిల్ సెల్
| సింగిల్-న్యూక్లియస్ | ఏకకణం |
| అపరిమిత సెల్ వ్యాసం | సెల్ వ్యాసం: 10-40 μm |
| పదార్థం ఘనీభవించిన కణజాలం కావచ్చు | పదార్థం తాజా కణజాలం అయి ఉండాలి |
| ఘనీభవించిన కణాల తక్కువ ఒత్తిడి | ఎంజైమ్ చికిత్స కణ ఒత్తిడి ప్రతిచర్యకు కారణం కావచ్చు |
| ఎర్ర రక్త కణాలను తొలగించాల్సిన అవసరం లేదు | ఎర్ర రక్త కణాలను తొలగించడం అవసరం |
| న్యూక్లియర్ ఎక్స్‌ప్రెస్ బయోఇన్ఫర్మేషన్ | మొత్తం సెల్ బయోఇన్ఫర్మేషన్‌ను వ్యక్తపరుస్తుంది |
స్పెసిఫికేషన్లు
| నమూనా అవసరాలు | లైబ్రరీ | సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం | డేటా సిఫార్సు చేయబడింది | నాణ్యత నియంత్రణ |
| జంతు కణజాలం ≥ 200 mg మొక్కల కణజాలం ≥ 400 mg | 10x జెనోమిక్స్ sn cDNA లైబ్రరీ | ఇల్యూమినా PE150 | ఒక్కో సెల్‌కి 100K PE రీడ్‌లు (100-200 Gb) | 700-1200 న్యూక్లియై/μl మరియు న్యూక్లియై సమగ్రత సూక్ష్మదర్శిని క్రింద గమనించబడింది |
నమూనా తయారీ మార్గదర్శకత్వం మరియు సర్వీస్ వర్క్‌ఫ్లో మరిన్ని వివరాల కోసం, దయచేసి సంకోచించకండి aBMKGENE నిపుణుడు
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
కింది విశ్లేషణను కలిగి ఉంటుంది:
● నాణ్యత నియంత్రణ: కణాల సంఖ్య, జన్యు గుర్తింపు, కణాల ఖచ్చితమైన గుర్తింపు, RNA అణువులు మరియు వ్యక్తీకరణ పరిమాణం
● అంతర్గత నమూనా విశ్లేషణ:
సెల్ క్లస్టరింగ్ మరియు క్లస్టర్ ఉల్లేఖన
డిఫరెన్షియల్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ అనాలిసిస్: క్లస్టర్‌లలో DEGల గుర్తింపు
క్లస్టర్ DEGల ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన మరియు సుసంపన్నం
● ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ:
డేటా కలయిక
అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ: సమూహాలలో DEGల గుర్తింపు
సమూహ DEGల ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన మరియు సుసంపన్నత
● అధునాతన విశ్లేషణ:
సెల్ సైకిల్ విశ్లేషణ
సూడోటైమ్ విశ్లేషణ
సెల్ కమ్యూనికేషన్ విశ్లేషణ (సెల్‌ఫోన్‌డిబి)
జీన్ సెట్ ఎన్‌రిచ్‌మెంట్ అనాలిసిస్ (GSEA)
అంతర్గత నమూనా విశ్లేషణ
సెల్ క్లస్టరింగ్:
డిఫరెన్షియల్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ అనాలిసిస్: క్లస్టర్ DEGలు
ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ
డిఫరెన్షియల్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ అనాలిసిస్: గ్రూప్ DEGలు
అధునాతన విశ్లేషణ:
సూడోటైమ్ విశ్లేషణ:
కణ చక్ర విశ్లేషణ:
ఈ ఫీచర్ చేయబడిన ప్రచురణలలో 10X Chromium ద్వారా BMKGene యొక్క సింగిల్-న్యూక్లియస్ RNA సీక్వెన్సింగ్ సేవల ద్వారా సులభతరం చేయబడిన పురోగతిని అన్వేషించండి:
వాంగ్, ఎల్. మరియు ఇతరులు. (2021) 'సింగిల్-సెల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్ విశ్లేషణ స్టెరాయిడ్-రెసిస్టెంట్ ఆస్తమా ప్రకోపణలో ఊపిరితిత్తుల రోగనిరోధక ప్రకృతి దృశ్యాన్ని వెల్లడిస్తుంది',యునైటెడ్ స్టేట్స్ ఆఫ్ అమెరికా యొక్క నేషనల్ అకాడమీ ఆఫ్ సైన్సెస్ యొక్క ప్రొసీడింగ్స్, 118(2), p. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
జెంగ్, H. మరియు ఇతరులు. (2022) 'గ్రేవ్స్' వ్యాధి మరియు హషిమోటోస్ థైరాయిడిటిస్ యొక్క మైక్రో ఎన్విరాన్‌మెంట్‌లోని రోగనిరోధక కణాలలో క్రమరహిత జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు అసాధారణ జీవక్రియ సంకేతాల కోసం గ్లోబల్ రెగ్యులేటరీ నెట్‌వర్క్',ఇమ్యునాలజీలో సరిహద్దులు, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
టియాన్, హెచ్. మరియు ఇతరులు. (2023) 'సింగిల్-సెల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ ఫ్లౌండర్ (పారాలిచ్థిస్ ఒలివాసియస్)లో క్రియారహితం చేయబడిన ఎడ్వర్సియెల్లా టార్డాతో టీకా వేసిన తర్వాత ల్యూకోసైట్‌ల యొక్క వైవిధ్యత మరియు రోగనిరోధక ప్రతిస్పందనలను వెలికితీస్తుంది',ఆక్వాకల్చర్, 566, p. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
యు, వై మరియు ఇతరులు. (2023) 'గ్యాస్ట్రిక్ క్యాన్సర్ ఉన్న రోగులలో యాంటీ-ట్యూమర్ రోగనిరోధక శక్తిని పునర్నిర్మించడం ద్వారా ఫోటోడైనమిక్ థెరపీ రోగనిరోధక చెక్‌పాయింట్ ఇన్హిబిటర్ల ఫలితాన్ని మెరుగుపరుస్తుంది',గ్యాస్ట్రిక్ క్యాన్సర్, 26(5), పేజీలు. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
