-
సింగిల్-న్యూక్లియై RNA సీక్వెన్సింగ్
సింగిల్-సెల్ క్యాప్చర్ మరియు కస్టమ్ లైబ్రరీ నిర్మాణ సాంకేతికతల అభివృద్ధి, హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్‌తో పాటు, సెల్ స్థాయిలో జన్యు వ్యక్తీకరణ అధ్యయనాలను విప్లవాత్మకంగా మార్చింది. ఈ పురోగతి సంక్లిష్ట కణ జనాభా యొక్క లోతైన మరియు మరింత సమగ్రమైన విశ్లేషణను అనుమతిస్తుంది, అన్ని కణాలపై సగటు జన్యు వ్యక్తీకరణతో సంబంధం ఉన్న పరిమితులను అధిగమించి మరియు ఈ జనాభాలో నిజమైన వైవిధ్యతను కాపాడుతుంది. సింగిల్-సెల్ RNA సీక్వెన్సింగ్ (scRNA-seq) కాదనలేని ప్రయోజనాలను కలిగి ఉన్నప్పటికీ, ఇది కొన్ని కణజాలాలలో సవాళ్లను ఎదుర్కొంటుంది, ఇక్కడ సింగిల్-సెల్ సస్పెన్షన్‌ను సృష్టించడం కష్టమని మరియు తాజా నమూనాలు అవసరం. BMKGene వద్ద, మేము అత్యాధునిక 10X జెనోమిక్స్ క్రోమియం సాంకేతికతను ఉపయోగించి సింగిల్-న్యూక్లియస్ RNA సీక్వెన్సింగ్ (snRNA-seq)ని అందించడం ద్వారా ఈ అడ్డంకిని పరిష్కరిస్తాము. ఈ విధానం సింగిల్-సెల్ స్థాయిలో ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ విశ్లేషణకు అనువుగా ఉండే నమూనాల వర్ణపటాన్ని విస్తృతం చేస్తుంది.
న్యూక్లియైల ఐసోలేషన్ వినూత్న 10X జెనోమిక్స్ క్రోమియం చిప్ ద్వారా సాధించబడుతుంది, ఇందులో డబుల్ క్రాసింగ్‌లతో ఎనిమిది-ఛానల్ మైక్రోఫ్లూయిడిక్స్ సిస్టమ్ ఉంటుంది. ఈ వ్యవస్థలో, బార్‌కోడ్‌లు, ప్రైమర్‌లు, ఎంజైమ్‌లు మరియు ఒకే న్యూక్లియస్‌తో కూడిన జెల్ పూసలు నానోలిటర్-సైజ్ ఆయిల్ డ్రాప్స్‌లో కప్పబడి, జెల్ బీడ్-ఇన్-ఎమల్షన్ (GEM)ను ఏర్పరుస్తాయి. GEM ఏర్పడిన తర్వాత, ప్రతి GEMలో సెల్ లైసిస్ మరియు బార్‌కోడ్ విడుదల జరుగుతుంది. తదనంతరం, mRNA అణువులు 10X బార్‌కోడ్‌లు మరియు యూనిక్ మాలిక్యులర్ ఐడెంటిఫైయర్‌లను (UMIలు) కలుపుకొని cDNAలలోకి రివర్స్ ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్‌కు లోనవుతాయి. ఈ cDNAలు స్టాండర్డ్ సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీ నిర్మాణానికి లోబడి ఉంటాయి, సింగిల్-సెల్ స్థాయిలో జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్‌ల యొక్క బలమైన మరియు సమగ్ర అన్వేషణను సులభతరం చేస్తాయి.
ప్లాట్‌ఫారమ్: 10× జెనోమిక్స్ క్రోమియం మరియు ఇల్యూమినా నోవాసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్
-
10x జెనోమిక్స్ విసియం స్పేషియల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్
స్పేషియల్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్స్ అనేది అత్యాధునిక సాంకేతికత, ఇది పరిశోధకులను వారి ప్రాదేశిక సందర్భాన్ని కాపాడుతూ కణజాలాలలో జన్యు వ్యక్తీకరణ నమూనాలను పరిశోధించడానికి అనుమతిస్తుంది. ఈ డొమైన్‌లోని ఒక శక్తివంతమైన ప్లాట్‌ఫారమ్ 10x జెనోమిక్స్ విసియం మరియు ఇల్యూమినా సీక్వెన్సింగ్. 10X Visium యొక్క సూత్రం కణజాల విభాగాలు ఉంచబడిన నిర్ణీత క్యాప్చర్ ప్రాంతంతో ప్రత్యేక చిప్‌పై ఉంటుంది. ఈ సంగ్రహ ప్రాంతం బార్‌కోడ్ చేసిన మచ్చలను కలిగి ఉంటుంది, ప్రతి ఒక్కటి కణజాలం లోపల ప్రత్యేకమైన ప్రాదేశిక స్థానానికి అనుగుణంగా ఉంటుంది. కణజాలం నుండి సంగ్రహించబడిన RNA అణువులు రివర్స్ ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ ప్రక్రియలో ప్రత్యేకమైన మాలిక్యులర్ ఐడెంటిఫైయర్‌లతో (UMIలు) లేబుల్ చేయబడతాయి. ఈ బార్‌కోడెడ్ స్పాట్‌లు మరియు UMIలు ఒకే-సెల్ రిజల్యూషన్‌లో ఖచ్చితమైన ప్రాదేశిక మ్యాపింగ్ మరియు జన్యు వ్యక్తీకరణ యొక్క పరిమాణాన్ని ఎనేబుల్ చేస్తాయి. ప్రాదేశికంగా బార్‌కోడ్ చేయబడిన నమూనాలు మరియు UMIల కలయిక ఉత్పత్తి చేయబడిన డేటా యొక్క ఖచ్చితత్వం మరియు నిర్దిష్టతను నిర్ధారిస్తుంది. ఈ స్పేషియల్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్స్ టెక్నాలజీని ఉపయోగించడం ద్వారా, పరిశోధకులు కణాల ప్రాదేశిక సంస్థ మరియు కణజాలాలలో సంభవించే సంక్లిష్ట పరమాణు పరస్పర చర్యల గురించి లోతైన అవగాహన పొందవచ్చు, ఆంకాలజీ, న్యూరోసైన్స్, డెవలప్‌మెంటల్ బయాలజీ, ఇమ్యునాలజీ వంటి బహుళ రంగాలలో జీవ ప్రక్రియల అంతర్లీన విధానాలపై అమూల్యమైన అంతర్దృష్టులను అందిస్తారు. , మరియు బొటానికల్ అధ్యయనాలు.
ప్లాట్‌ఫారమ్: 10X జెనోమిక్స్ విసియం మరియు ఇల్యూమినా నోవాసెక్
-
పూర్తి-నిడివి mRNA సీక్వెన్సింగ్-నానోపోర్
NGS-ఆధారిత mRNA సీక్వెన్సింగ్ అనేది జన్యు వ్యక్తీకరణను లెక్కించడానికి ఒక బహుముఖ సాధనం అయితే, చిన్న రీడ్‌లపై దాని ఆధారపడటం సంక్లిష్ట ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్ విశ్లేషణలలో దాని సామర్థ్యాన్ని పరిమితం చేస్తుంది. మరోవైపు, నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ లాంగ్-రీడ్ టెక్నాలజీని ఉపయోగిస్తుంది, పూర్తి-నిడివి గల mRNA ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌ల సీక్వెన్సింగ్‌ను అనుమతిస్తుంది. ఈ విధానం ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్, జీన్ ఫ్యూషన్‌లు, పాలీ-అడెనిలేషన్ మరియు mRNA ఐసోఫామ్‌ల పరిమాణాన్ని సమగ్రంగా అన్వేషించడానికి వీలు కల్పిస్తుంది.
నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్, నానోపోర్ సింగిల్-మాలిక్యూల్ రియల్-టైమ్ ఎలక్ట్రికల్ సిగ్నల్స్‌పై ఆధారపడే పద్ధతి, నిజ సమయంలో ఫలితాలను అందిస్తుంది. మోటారు ప్రోటీన్లచే మార్గనిర్దేశం చేయబడి, డబుల్ స్ట్రాండెడ్ DNA బయోఫిల్మ్‌లో పొందుపరిచిన నానోపోర్ ప్రోటీన్‌లతో బంధిస్తుంది, ఇది వోల్టేజ్ తేడాతో నానోపోర్ ఛానల్ గుండా వెళుతున్నప్పుడు నిలిపివేయబడుతుంది. DNA స్ట్రాండ్‌పై విభిన్న స్థావరాల ద్వారా ఉత్పత్తి చేయబడిన విలక్షణమైన విద్యుత్ సంకేతాలు నిజ సమయంలో గుర్తించబడతాయి మరియు వర్గీకరించబడతాయి, ఇది ఖచ్చితమైన మరియు నిరంతర న్యూక్లియోటైడ్ సీక్వెన్సింగ్‌ను సులభతరం చేస్తుంది. ఈ వినూత్న విధానం షార్ట్-రీడ్ పరిమితులను అధిగమిస్తుంది మరియు తక్షణ ఫలితాలతో సంక్లిష్టమైన ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్ అధ్యయనాలతో సహా క్లిష్టమైన జన్యు విశ్లేషణ కోసం డైనమిక్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌ను అందిస్తుంది.
వేదిక: నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ 48
-
పూర్తి-నిడివి mRNA సీక్వెన్సింగ్ -PacBio
NGS-ఆధారిత mRNA సీక్వెన్సింగ్ అనేది జన్యు వ్యక్తీకరణను లెక్కించడానికి ఒక బహుముఖ సాధనం అయితే, చిన్న రీడ్‌లపై దాని ఆధారపడటం సంక్లిష్ట ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్ విశ్లేషణలలో దాని వినియోగాన్ని పరిమితం చేస్తుంది. మరోవైపు, PacBio సీక్వెన్సింగ్ (Iso-Seq) పూర్తి-నిడివి గల mRNA ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌ల సీక్వెన్సింగ్‌ను ఎనేబుల్ చేస్తూ లాంగ్-రీడ్ టెక్నాలజీని ఉపయోగిస్తుంది. ఈ విధానం ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్, జీన్ ఫ్యూషన్‌లు మరియు పాలీ-అడెనిలేషన్ యొక్క సమగ్ర అన్వేషణను సులభతరం చేస్తుంది. అయినప్పటికీ, అవసరమైన అధిక మొత్తంలో డేటా కారణంగా జన్యు వ్యక్తీకరణ పరిమాణం కోసం ఇతర ఎంపికలు ఉన్నాయి. PacBio సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీ సింగిల్-మాలిక్యూల్, రియల్-టైమ్ (SMRT) సీక్వెన్సింగ్‌పై ఆధారపడుతుంది, పూర్తి-నిడివి గల mRNA ట్రాన్స్క్రిప్ట్లను సంగ్రహించడంలో ప్రత్యేక ప్రయోజనాన్ని అందిస్తుంది. ఈ వినూత్న విధానంలో జీరో-మోడ్ వేవ్‌గైడ్‌లు (ZMWలు) మరియు మైక్రోఫ్యాబ్రికేటెడ్ బావులను ఉపయోగించడం జరుగుతుంది, ఇవి సీక్వెన్సింగ్ సమయంలో DNA పాలిమరేస్ కార్యాచరణను నిజ-సమయ పరిశీలనను ప్రారంభిస్తాయి. ఈ ZMWలలో, ప్యాక్‌బయో యొక్క DNA పాలిమరేస్ DNA యొక్క పరిపూరకరమైన స్ట్రాండ్‌ను సంశ్లేషణ చేస్తుంది, ఇది మొత్తం mRNA ట్రాన్స్క్రిప్ట్లను విస్తరించే దీర్ఘ రీడ్‌లను ఉత్పత్తి చేస్తుంది. సర్క్యులర్ కాన్సెన్సస్ సీక్వెన్సింగ్ (CCS) మోడ్‌లో PacBio ఆపరేషన్ ఒకే అణువును పదేపదే క్రమం చేయడం ద్వారా ఖచ్చితత్వాన్ని పెంచుతుంది. రూపొందించబడిన HiFi రీడ్‌లు NGSతో పోల్చదగిన ఖచ్చితత్వాన్ని కలిగి ఉంటాయి, సంక్లిష్టమైన ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్ ఫీచర్‌ల యొక్క సమగ్ర మరియు విశ్వసనీయ విశ్లేషణకు మరింత దోహదం చేస్తాయి.
వేదిక: PacBio సీక్వెల్ II; ప్యాక్‌బయో రివియో
-
యూకారియోటిక్ mRNA సీక్వెన్సింగ్-NGS
mRNA సీక్వెన్సింగ్, ఒక బహుముఖ సాంకేతికత, నిర్దిష్ట పరిస్థితులలో కణాలలోని అన్ని mRNA ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌ల సమగ్ర ప్రొఫైలింగ్‌ను శక్తివంతం చేస్తుంది. దాని విస్తృత-స్థాయి అనువర్తనాలతో, ఈ అత్యాధునిక సాధనం సంక్లిష్టమైన జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్‌లు, జన్యు నిర్మాణాలు మరియు విభిన్న జీవ ప్రక్రియలతో అనుబంధించబడిన పరమాణు విధానాలను ఆవిష్కరిస్తుంది. ప్రాథమిక పరిశోధన, క్లినికల్ డయాగ్నస్టిక్స్ మరియు డ్రగ్ డెవలప్‌మెంట్‌లో విస్తృతంగా స్వీకరించబడిన, mRNA సీక్వెన్సింగ్ సెల్యులార్ డైనమిక్స్ మరియు జన్యు నియంత్రణ యొక్క చిక్కులపై అంతర్దృష్టులను అందిస్తుంది, వివిధ రంగాలలో దాని సామర్థ్యం గురించి ఉత్సుకతను రేకెత్తిస్తుంది.
వేదిక: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
నాన్-రిఫరెన్స్ ఆధారిత mRNA సీక్వెన్సింగ్-NGS
mRNA సీక్వెన్సింగ్ నిర్దిష్ట పరిస్థితులలో కణాలలోని అన్ని mRNA ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌ల సమగ్ర ప్రొఫైలింగ్‌ను శక్తివంతం చేస్తుంది. ఈ అత్యాధునిక సాంకేతికత ఒక శక్తివంతమైన సాధనంగా పనిచేస్తుంది, సంక్లిష్టమైన జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్‌లు, జన్యు నిర్మాణాలు మరియు విభిన్న జీవ ప్రక్రియలతో అనుబంధించబడిన పరమాణు విధానాలను ఆవిష్కరిస్తుంది. ప్రాథమిక పరిశోధన, క్లినికల్ డయాగ్నస్టిక్స్ మరియు డ్రగ్ డెవలప్‌మెంట్‌లో విస్తృతంగా స్వీకరించబడిన, mRNA సీక్వెన్సింగ్ సెల్యులార్ డైనమిక్స్ మరియు జన్యు నియంత్రణ యొక్క చిక్కులపై అంతర్దృష్టులను అందిస్తుంది.
వేదిక: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
లాంగ్ నాన్-కోడింగ్ సీక్వెన్సింగ్-ఇల్యూమినా
లాంగ్ నాన్-కోడింగ్ ఆర్‌ఎన్‌ఏలు (ఎల్‌ఎన్‌సిఆర్‌ఎన్‌ఏలు) 200 న్యూక్లియోటైడ్‌ల కంటే ఎక్కువ పొడవుగా ఉంటాయి, ఇవి కనిష్ట కోడింగ్ సామర్థ్యాన్ని కలిగి ఉంటాయి మరియు కోడింగ్ కాని ఆర్‌ఎన్‌ఏలో కీలకమైన అంశాలు. న్యూక్లియస్ మరియు సైటోప్లాజంలో కనుగొనబడిన ఈ RNAలు ఎపిజెనెటిక్, ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ మరియు పోస్ట్ ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ రెగ్యులేషన్‌లో కీలక పాత్ర పోషిస్తాయి, సెల్యులార్ మరియు మాలిక్యులర్ ప్రక్రియలను రూపొందించడంలో వాటి ప్రాముఖ్యతను నొక్కి చెబుతాయి. LncRNA సీక్వెన్సింగ్ అనేది సెల్ డిఫరెన్సియేషన్, ఒంటోజెనిసిస్ మరియు హ్యూమన్ డిసీజ్‌లలో శక్తివంతమైన సాధనం.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్
-
చిన్న RNA సీక్వెన్సింగ్-ఇల్యూమినా
చిన్న RNA (sRNA) అణువులు, మైక్రోఆర్‌ఎన్‌ఏలు (మిఆర్‌ఎన్‌ఎలు), చిన్న జోక్యం చేసుకునే ఆర్‌ఎన్‌ఎలు (సిఆర్‌ఎన్‌ఎలు) మరియు పివి-ఇంటరాక్టింగ్ ఆర్‌ఎన్‌ఎలు (పిఆర్‌ఎన్‌ఎలు) ఉన్నాయి. వీటిలో, 18-25 న్యూక్లియోటైడ్‌ల పొడవున్న miRNAలు, వివిధ సెల్యులార్ ప్రక్రియలలో వాటి కీలకమైన నియంత్రణ పాత్రలకు ప్రత్యేకించి గుర్తించదగినవి. కణజాల-నిర్దిష్ట మరియు దశ-నిర్దిష్ట వ్యక్తీకరణ నమూనాలతో, miRNA లు వివిధ జాతులలో అధిక పరిరక్షణను ప్రదర్శిస్తాయి.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్
-
CircRNA సీక్వెన్సింగ్-ఇల్యూమినా
వృత్తాకార RNA సీక్వెన్సింగ్ (circRNA-seq) అనేది వృత్తాకార RNAలను ప్రొఫైల్ చేయడం మరియు విశ్లేషించడం, ఇది కానానికల్ కాని స్ప్లికింగ్ ఈవెంట్‌ల కారణంగా క్లోజ్డ్ లూప్‌లను ఏర్పరుచుకునే RNA అణువుల తరగతి, ఈ RNAకి పెరిగిన స్థిరత్వాన్ని అందిస్తుంది. కొన్ని సర్క్‌ఆర్‌ఎన్‌ఏలు మైక్రోఆర్‌ఎన్‌ఏ స్పాంజ్‌లుగా పనిచేస్తాయని, మైక్రోఆర్‌ఎన్‌ఏలను సీక్వెస్టరింగ్ చేయడం మరియు వాటి టార్గెట్ ఎంఆర్‌ఎన్‌ఏలను నియంత్రించకుండా నిరోధిస్తుంది, ఇతర సర్క్‌ఆర్‌ఎన్‌ఏలు ప్రోటీన్‌లతో సంకర్షణ చెందుతాయి, జన్యు వ్యక్తీకరణను మాడ్యులేట్ చేయవచ్చు లేదా సెల్యులార్ ప్రక్రియలలో పాత్రలను కలిగి ఉంటాయి. circRNA వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ ఈ అణువుల నియంత్రణ పాత్రలు మరియు వివిధ సెల్యులార్ ప్రక్రియలు, అభివృద్ధి దశలు మరియు వ్యాధి పరిస్థితులలో వాటి ప్రాముఖ్యతపై అంతర్దృష్టులను అందిస్తుంది, జన్యు వ్యక్తీకరణ సందర్భంలో RNA నియంత్రణ యొక్క సంక్లిష్టతపై లోతైన అవగాహనకు దోహదపడుతుంది.
-
మొత్తం ట్రాన్స్క్రిప్ట్ సీక్వెన్సింగ్ - ఇల్యూమినా
పూర్తి ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ సీక్వెన్సింగ్ కోడింగ్ (mRNA) మరియు నాన్-కోడింగ్ RNAలు (lncRNA, circRNA మరియు miRNA) వైవిధ్యమైన RNA అణువులను ప్రొఫైలింగ్ చేయడానికి సమగ్ర విధానాన్ని అందిస్తుంది. ఈ సాంకేతికత నిర్దిష్ట కణాల యొక్క మొత్తం ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్‌ను ఒక నిర్దిష్ట సమయంలో సంగ్రహిస్తుంది, ఇది సెల్యులార్ ప్రక్రియల యొక్క సంపూర్ణ అవగాహనను అనుమతిస్తుంది. "టోటల్ ఆర్‌ఎన్‌ఏ సీక్వెన్సింగ్" అని కూడా పిలుస్తారు, ఇది ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ స్థాయిలో క్లిష్టమైన నియంత్రణ నెట్‌వర్క్‌లను ఆవిష్కరించడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది, పోటీ అంతర్జాత RNA (ceRNA) మరియు ఉమ్మడి RNA విశ్లేషణ వంటి లోతైన విశ్లేషణను అనుమతిస్తుంది. ఇది ఫంక్షనల్ క్యారెక్టరైజేషన్ వైపు ప్రారంభ దశను సూచిస్తుంది, ముఖ్యంగా circRNA-miRNA-mRNA-ఆధారిత ceRNA పరస్పర చర్యలతో కూడిన నియంత్రణ నెట్‌వర్క్‌లను విప్పడంలో.
