-
హై-సి ఆధారిత క్రోమాటిన్ ఇంటరాక్షన్
Hi-C అనేది ప్రోబింగ్ ప్రాక్సిమిటీ-బేస్డ్ ఇంటరాక్షన్‌లు మరియు హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్‌లను కలపడం ద్వారా జెనోమిక్ కాన్ఫిగరేషన్‌ను క్యాప్చర్ చేయడానికి రూపొందించబడిన పద్ధతి. ఈ పద్ధతి ఫార్మాల్డిహైడ్‌తో క్రోమాటిన్ క్రాస్‌లింకింగ్‌పై ఆధారపడి ఉంటుంది, ఆ తర్వాత జీర్ణక్రియ మరియు పునః-బంధనం ద్వారా సమయోజనీయంగా అనుసంధానించబడిన శకలాలు మాత్రమే బంధన ఉత్పత్తులను ఏర్పరుస్తాయి. ఈ లిగేషన్ ఉత్పత్తులను క్రమం చేయడం ద్వారా, జన్యువు యొక్క 3D సంస్థను అధ్యయనం చేయడం సాధ్యపడుతుంది. Hi-C తేలికగా ప్యాక్ చేయబడిన (A కంపార్ట్మెంట్లు, యూక్రోమాటిన్) మరియు ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్‌గా చురుకుగా ఉండే అవకాశం ఉన్న జన్యువు యొక్క భాగాల పంపిణీని మరియు మరింత గట్టిగా ప్యాక్ చేయబడిన ప్రాంతాలను (B కంపార్ట్మెంట్లు, హెటెరోక్రోమాటిన్) అధ్యయనం చేస్తుంది. హై-సి టోపోలాజికల్ అసోసియేటెడ్ డొమైన్‌లను (TADలు), ముడుచుకున్న నిర్మాణాలను కలిగి ఉన్న మరియు సారూప్య వ్యక్తీకరణ నమూనాలను కలిగి ఉండే జన్యువు యొక్క ప్రాంతాలను గుర్తించడానికి మరియు క్రోమాటిన్ లూప్‌లు, DNA ప్రాంతాలను గుర్తించడానికి కూడా ఉపయోగించవచ్చు. తరచుగా నియంత్రణ అంశాలతో సమృద్ధిగా ఉంటుంది. BMKGene యొక్క Hi-C సీక్వెన్సింగ్ సేవ జన్యుశాస్త్రం యొక్క ప్రాదేశిక పరిమాణాలను అన్వేషించడానికి పరిశోధకులకు అధికారం ఇస్తుంది, జన్యు నియంత్రణ మరియు ఆరోగ్యం మరియు వ్యాధులలో దాని చిక్కులను అర్థం చేసుకోవడానికి కొత్త మార్గాలను తెరుస్తుంది.
-
క్రోమాటిన్ ఇమ్యునోప్రెసిపిటేషన్ సీక్వెన్సింగ్ (ChIP-seq)
క్రోమాటిన్ ఇమ్యునోప్రెసిపిటేషన్ (CHIP) అనేది DNA-బైండింగ్ ప్రోటీన్‌లను మరియు వాటి సంబంధిత జెనోమిక్స్ లక్ష్యాలను ఎంపిక చేసుకునేందుకు ప్రతిరోధకాలను ప్రభావితం చేసే ఒక సాంకేతికత. NGSతో దాని ఏకీకరణ హిస్టోన్ సవరణ, ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ కారకాలు మరియు ఇతర DNA-బైండింగ్ ప్రోటీన్‌లతో అనుబంధించబడిన DNA లక్ష్యాల జన్యు-వ్యాప్త ప్రొఫైలింగ్‌ను అనుమతిస్తుంది. ఈ డైనమిక్ విధానం విభిన్న కణ రకాలు, కణజాలాలు లేదా పరిస్థితులలో బైండింగ్ సైట్‌ల పోలికలను అనుమతిస్తుంది. ChIP-Seq యొక్క అప్లికేషన్‌లు ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ రెగ్యులేషన్ మరియు డెవలప్‌మెంటల్ పాత్‌వేలను అధ్యయనం చేయడం నుండి వ్యాధి మెకానిజమ్‌లను విశదీకరించడం వరకు విస్తరించి ఉన్నాయి, ఇది జన్యు నియంత్రణ ప్రకృతి దృశ్యాలను అర్థం చేసుకోవడానికి మరియు చికిత్సా అంతర్దృష్టులను అభివృద్ధి చేయడానికి ఇది ఒక అనివార్య సాధనంగా మారింది.
ప్లాట్‌ఫారమ్: ఇల్యూమినా నోవాసెక్
-
మొత్తం జీనోమ్ బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్ (WGBS)
హోల్ జీనోమ్ బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్ (WGBS) అనేది DNA మిథైలేషన్ యొక్క లోతైన అన్వేషణకు బంగారు-ప్రామాణిక పద్దతిగా నిలుస్తుంది, ప్రత్యేకంగా సైటోసిన్ (5-mC)లో ఐదవ స్థానం, జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు సెల్యులార్ కార్యకలాపాల యొక్క కీలక నియంత్రకం. WGBS యొక్క అంతర్లీన సూత్రం బైసల్ఫైట్ చికిత్సను కలిగి ఉంటుంది, ఇది మిథైలేటెడ్ సైటోసైన్‌లను మారకుండా వదిలివేసేటప్పుడు, అన్‌మీథైలేటెడ్ సైటోసిన్‌లను యురేసిల్‌గా (C నుండి U) మార్చడాన్ని ప్రేరేపిస్తుంది. ఈ సాంకేతికత సింగిల్-బేస్ రిజల్యూషన్‌ను అందిస్తుంది, పరిశోధకులు మిథైలోమ్‌ను సమగ్రంగా పరిశోధించడానికి మరియు వివిధ పరిస్థితులతో సంబంధం ఉన్న అసాధారణ మిథైలేషన్ నమూనాలను వెలికితీసేందుకు అనుమతిస్తుంది, ముఖ్యంగా క్యాన్సర్. WGBSని ఉపయోగించడం ద్వారా, శాస్త్రవేత్తలు జీనోమ్-వైడ్ మిథైలేషన్ ల్యాండ్‌స్కేప్‌లలో అసమానమైన అంతర్దృష్టులను పొందవచ్చు, విభిన్న జీవ ప్రక్రియలు మరియు వ్యాధులకు కారణమయ్యే బాహ్యజన్యు విధానాలపై సూక్ష్మ అవగాహనను అందిస్తారు.
-
హై త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ (ATAC-seq)తో ట్రాన్స్‌పోసేస్-యాక్సెసిబుల్ క్రోమాటిన్ కోసం విశ్లేషణ
ATAC-seq అనేది జీనోమ్-వైడ్ క్రోమాటిన్ యాక్సెసిబిలిటీ విశ్లేషణ కోసం ఉపయోగించే హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ టెక్నిక్. దీని ఉపయోగం జన్యు వ్యక్తీకరణపై ప్రపంచ బాహ్యజన్యు నియంత్రణ యొక్క సంక్లిష్ట విధానాల గురించి లోతైన అవగాహనను అందిస్తుంది. సీక్వెన్సింగ్ అడాప్టర్‌లను చొప్పించడం ద్వారా ఓపెన్ క్రోమాటిన్ ప్రాంతాలను ఏకకాలంలో ఫ్రాగ్మెంట్ చేయడానికి మరియు ట్యాగ్ చేయడానికి ఈ పద్ధతి హైపర్యాక్టివ్ Tn5 ట్రాన్స్‌పోసేస్‌ను ఉపయోగిస్తుంది. తదుపరి PCR యాంప్లిఫికేషన్ ఒక సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీని సృష్టిస్తుంది, ఇది నిర్దిష్ట స్థల-సమయ పరిస్థితులలో ఓపెన్ క్రోమాటిన్ ప్రాంతాలను సమగ్రంగా గుర్తించడానికి అనుమతిస్తుంది. ATAC-seq కేవలం ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ ఫ్యాక్టర్ బైండింగ్ సైట్‌లు లేదా నిర్దిష్ట హిస్టోన్-మాడిఫైడ్ రీజియన్‌లపై దృష్టి సారించే పద్ధతుల వలె కాకుండా, యాక్సెస్ చేయగల క్రోమాటిన్ ల్యాండ్‌స్కేప్‌ల యొక్క సమగ్ర వీక్షణను అందిస్తుంది. ఈ ఓపెన్ క్రోమాటిన్ ప్రాంతాలను క్రమం చేయడం ద్వారా, ATAC-seq క్రియాశీల రెగ్యులేటరీ సీక్వెన్సులు మరియు సంభావ్య ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ ఫ్యాక్టర్ బైండింగ్ సైట్‌లకు ఎక్కువ అవకాశం ఉన్న ప్రాంతాలను వెల్లడిస్తుంది, జన్యువు అంతటా జన్యు వ్యక్తీకరణ యొక్క డైనమిక్ మాడ్యులేషన్‌పై విలువైన అంతర్దృష్టులను అందిస్తుంది.
-
తగ్గిన ప్రాతినిధ్యం బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్ (RRBS)
DNA మిథైలేషన్ పరిశోధనలో హోల్ జీనోమ్ బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్ (WGBS)కి తక్కువ ఖర్చుతో కూడిన మరియు సమర్థవంతమైన ప్రత్యామ్నాయంగా తగ్గిన ప్రాతినిధ్యం బిసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్ (RRBS) ఉద్భవించింది. ఒకే బేస్ రిజల్యూషన్‌లో మొత్తం జీనోమ్‌ను పరిశీలించడం ద్వారా WGBS సమగ్ర అంతర్దృష్టులను అందించినప్పటికీ, దాని అధిక ధర పరిమితం చేసే అంశం. జన్యువు యొక్క ప్రతినిధి భాగాన్ని ఎంపిక చేసి విశ్లేషించడం ద్వారా RRBS వ్యూహాత్మకంగా ఈ సవాలును తగ్గిస్తుంది. ఈ పద్దతి MspI క్లీవేజ్ ద్వారా CpG ద్వీపం అధికంగా ఉండే ప్రాంతాలను సుసంపన్నం చేయడంపై ఆధారపడి ఉంటుంది, తర్వాత 200-500/600 bps శకలాలు పరిమాణం ఎంపిక చేయబడుతుంది. పర్యవసానంగా, CpG ద్వీపాలకు దగ్గరగా ఉన్న ప్రాంతాలు మాత్రమే క్రమం చేయబడతాయి, అయితే సుదూర CpG ద్వీపాలు ఉన్నవి విశ్లేషణ నుండి మినహాయించబడ్డాయి. ఈ ప్రక్రియ, బైసల్ఫైట్ సీక్వెన్సింగ్‌తో కలిపి, DNA మిథైలేషన్‌ను అధిక-రిజల్యూషన్‌తో గుర్తించడానికి అనుమతిస్తుంది మరియు సీక్వెన్సింగ్ విధానం, PE150, మిథైలేషన్ ప్రొఫైలింగ్ యొక్క సామర్థ్యాన్ని పెంచడం ద్వారా మధ్యలో కాకుండా ఇన్‌సర్ట్‌ల చివరలపై ప్రత్యేకంగా దృష్టి సారిస్తుంది. RRBS అనేది ఒక అమూల్యమైన సాధనం, ఇది ఖర్చుతో కూడుకున్న DNA మిథైలేషన్ పరిశోధనను అనుమతిస్తుంది మరియు బాహ్యజన్యు విధానాల గురించిన జ్ఞానాన్ని పెంచుతుంది.
