మొక్క/యానిమల్ డి నోవో జన్యు శ్రేణి
డి నోవోసీక్వెన్సింగ్ అనేది రిఫరెన్స్ జన్యువు లేనప్పుడు సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీలను ఉపయోగించి ఒక జాతి మొత్తం జన్యువు నిర్మాణాన్ని సూచిస్తుంది. మూడవ తరం సీక్వెన్సింగ్ యొక్క పరిచయం మరియు విస్తృతంగా స్వీకరించడం, ఎక్కువ రీడ్‌లను కలిగి ఉంది, రీడ్‌ల మధ్య అతివ్యాప్తిని పెంచడం ద్వారా జన్యు అసెంబ్లీని గణనీయంగా మెరుగుపరిచింది. అధిక హెటెరోజైగోసిటీని ప్రదర్శించే సవాలు జన్యువులతో వ్యవహరించేటప్పుడు ఈ మెరుగుదల ముఖ్యంగా సంబంధితంగా ఉంటుంది, పునరావృత ప్రాంతాలు, పాలిప్లోయిడ్స్ మరియు పునరావృత అంశాలు, అసాధారణమైన జిసి విషయాలు లేదా స్వల్ప-చదివిన క్రమం ఉపయోగించి అధిక సంక్లిష్టత కలిగిన అధిక సంక్లిష్టత వంటి అధిక నిష్పత్తి, పాలిప్లాయిడ్లు మరియు ప్రాంతాలు వంటివి సాధారణంగా సరిగా సమావేశమవుతాయి. ఒంటరిగా.
మా వన్-స్టాప్ పరిష్కారం ఇంటిగ్రేటెడ్ సీక్వెన్సింగ్ సేవలు మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణలను అందిస్తుంది, ఇది అధిక-నాణ్యత డి నోవో సమావేశమైన జన్యువును అందిస్తుంది. ఇల్యూమినాతో ప్రారంభ జన్యు సర్వే జన్యు పరిమాణం మరియు సంక్లిష్టత యొక్క అంచనాలను అందిస్తుంది, మరియు ఈ సమాచారం పాక్బియో హైఫితో దీర్ఘకాలంగా చదివిన తదుపరి దశకు మార్గనిర్దేశం చేయడానికి ఉపయోగించబడుతుంది, తరువాత తరువాతడి నోవోకాంటిగ్స్ యొక్క అసెంబ్లీ. HIC అసెంబ్లీ యొక్క తరువాతి ఉపయోగం జన్యువుకు కాంటిగ్స్ యొక్క ఎంకరేజ్ చేయడానికి వీలు కల్పిస్తుంది, క్రోమోజోమ్-స్థాయి అసెంబ్లీని పొందవచ్చు. చివరగా, జన్యువు జన్యు అంచనా ద్వారా మరియు వ్యక్తీకరించిన జన్యువులను క్రమం చేయడం ద్వారా ఉల్లేఖించబడింది, చిన్న మరియు పొడవైన రీడ్‌లతో ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్‌లను ఆశ్రయిస్తుంది.
సేవా లక్షణాలు
Stop వన్-స్టాప్ పరిష్కారంలో బహుళ సీక్వెన్సింగ్ మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్ సేవలను ఏకీకృతం చేయడం:
జన్యు పరిమాణాన్ని అంచనా వేయడానికి మరియు తదుపరి దశలను మార్గనిర్దేశం చేయడానికి ఇల్యూమినాతో జన్యు సర్వే;
కోసం లాంగ్ రీడ్ సీక్వెన్సింగ్డి నోవోకాంటిగ్స్ యొక్క అసెంబ్లీ;
క్రోమోజోమ్ యాంకరింగ్ కోసం హాయ్-సి సీక్వెన్సింగ్;
జన్యువుల ఉల్లేఖన కోసం mRNA సీక్వెన్సింగ్;
అసెంబ్లీ యొక్క ధ్రువీకరణ.
Now నిర్మాణ నవల జన్యువులకు అనువైన సేవ లేదా ఆసక్తి జాతుల కోసం ఇప్పటికే ఉన్న రిఫరెన్స్ జన్యువుల మెరుగుదల.
సేవా ప్రయోజనాలు
లో సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లు మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ అభివృద్ధిడి నోవోజన్యు అసెంబ్లీ
(అమరేసింగ్ స్లా మరియు ఇతరులు.,జన్యు జీవశాస్త్రం, 2020)
●విస్తృతమైన నైపుణ్యం మరియు ప్రచురణ రికార్డు: డిప్లాయిడ్ జన్యువులు మరియు పాలీప్లాయిడ్ మరియు అలోపోలిప్లోయిడ్ జాతుల యొక్క అత్యంత సంక్లిష్టమైన జన్యువులతో సహా విభిన్న జాతుల అధిక-నాణ్యత జన్యు సమావేశంలో Bmkgeene భారీ అనుభవాన్ని కూడబెట్టింది. 2018 నుండి, మేము ఓవర్ సహకరించాము300 అధిక-ప్రభావ ప్రచురణలు, మరియు వాటిలో 20+ ప్రకృతి జన్యుశాస్త్రంలో ప్రచురించబడ్డాయి.
● వన్-స్టాప్ పరిష్కారం: మా ఇంటిగ్రేటెడ్ విధానం బహుళ సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీస్ మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణలను సమన్వయ వర్క్‌ఫ్లోగా మిళితం చేస్తుంది, ఇది అధిక-నాణ్యత సమావేశమైన జన్యువును అందిస్తుంది.
●మీ అవసరాలకు అనుగుణంగా: మా సేవా వర్క్‌ఫ్లో అనుకూలీకరించదగినది, విభిన్న లక్షణాలు మరియు నిర్దిష్ట పరిశోధన అవసరాలతో జన్యువులకు అనుసరణను అనుమతిస్తుంది. ఇందులో దిగ్గజం జన్యువులు, పాలీప్లాయిడ్ జన్యువులు, అత్యంత భిన్నమైన జన్యువులు మరియు మరిన్ని ఉన్నాయి.
●అత్యంత నైపుణ్యం కలిగిన బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ మరియు ప్రయోగశాల బృందం: సంక్లిష్ట జన్యు సమావేశాల ముందు ప్రయోగాత్మక మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ మరియు పేటెంట్లు మరియు సాఫ్ట్‌వేర్ కాపీరైట్‌ల శ్రేణి రెండింటిలోనూ గొప్ప అనుభవంతో.
●సేల్స్ అనంతర మద్దతు:మా నిబద్ధత 3 నెలల అమ్మకపు సేవా కాలంతో ప్రాజెక్ట్ పూర్తికు మించి విస్తరించింది. ఈ సమయంలో, ఫలితాలకు సంబంధించిన ఏవైనా ప్రశ్నలను పరిష్కరించడానికి మేము ప్రాజెక్ట్ ఫాలో-అప్, ట్రబుల్షూటింగ్ సహాయం మరియు ప్రశ్నోత్తరాల సెషన్లను అందిస్తున్నాము.
సేవా లక్షణాలు
| జన్యు సర్వే | జన్యు అసెంబ్లీ | క్రోమోజోమ్-స్థాయి | జన్యు ఉల్లేఖనం |
| 50x ఇల్యూమినా నోవాసెక్ PE150
| 30x పాక్బియో CCS HIFI రీడ్స్ | 100x హాయ్-సి | RNA-SEQ ఇల్యూమినా PE150 10 GB + (ఐచ్ఛికం) పూర్తి పొడవు RNA-Seq pacbio 40 gb లేదా నానోపోర్ 12 జిబి |
సేవా అవసరాలు
జన్యు సర్వే కోసం, జన్యు అసెంబ్లీ మరియు హాయ్-సి అసెంబ్లీ:
| కణజాలం లేదా సేకరించిన న్యూక్లియిక్ ఆమ్లాలు | జన్యు సర్వే | పాక్బియోతో జన్యు అసెంబ్లీ | హాయ్-సి అసెంబ్లీ |
| జంతువుల విసెరా | 0.5-1 గ్రా
| ≥ 3.5 గ్రా | ≥2 గ్రా |
| జంతువుల కండరం | ≥ 5 గ్రా | ||
| క్షీరద రక్తం | 1.5 మి.లీ
| ≥ 5 మి.లీ | ≥2 మి.లీ |
| పౌల్ట్రీ/చేపల రక్తం | ≥ 0.5 మి.లీ | ||
| మొక్క- తాజా ఆకు | 1-2 గ్రా | ≥ 5 గ్రా | ≥ 4 గ్రా |
| కల్చర్డ్ కణాలు |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| పురుగు | 0.5-1 గ్రా | ≥ 3 గ్రా | ≥ 2 గ్రా |
| సేకరించిన DNA | ఏకాగ్రత: ≥1 ng/ µl మొత్తం ≥ 30 ng పరిమిత లేదా క్షీణత లేదా కాలుష్యం లేదు | ఏకాగ్రత: ≥ 50 ng/ µl మొత్తం: 10 µg/ఫ్లో సెల్/నమూనా OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 పరిమిత లేదా క్షీణత లేదా కాలుష్యం లేదు |
-
|
ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్స్‌తో జన్యు ఉల్లేఖనం కోసం:
| కణజాలం లేదా సేకరించిన న్యూక్లియిక్ ఆమ్లాలు | ఇల్యూమినా ట్రాన్స్క్రిప్ట్ | పాక్బియో ట్రాన్స్క్రిప్ట్ | నానోపోర్ ట్రాన్స్క్రిప్ట్ |
| మొక్క- రూట్/కాండం/రేక | 450 మి.గ్రా | 600 మి.గ్రా | |
| మొక్క - ఆకు/విత్తనం | 300 మి.గ్రా | 300 మి.గ్రా | |
| మొక్క - పండు | 1.2 గ్రా | 1.2 గ్రా | |
| జంతువుల గుండె/ప్రేగు | 300 మి.గ్రా | 300 మి.గ్రా | |
| జంతువుల విసెరా/మెదడు | 240 మి.గ్రా | 240 మి.గ్రా | |
| జంతువుల కండరం | 450 మి.గ్రా | 450 మి.గ్రా | |
| జంతువుల ఎముకలు/జుట్టు/చర్మం | 1 గ్రా | 1 గ్రా | |
| ఆర్థ్రోపోడ్ - క్రిమి | 6 | 6 | |
| ఆర్థ్రోపోడ్ -క్రస్టేసియా | 300 మి.గ్రా | 300 మి.గ్రా | |
| మొత్తం రక్తం | 1 ట్యూబ్ | 1 ట్యూబ్ | |
| సేకరించిన RNA | ఏకాగ్రత: ≥ 20 ng/ µl మొత్తం ≥ 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 రిన్≥ 6 5≥28S/18S≥1 | ఏకాగ్రత: ≥ 100 ng/ µl మొత్తం ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 రిన్≥ 8 5≥28S/18S≥1 | ఏకాగ్రత: ≥ 100 ng/ µl మొత్తం ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 రిన్≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
సిఫార్సు చేసిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్: 2 ఎంఎల్ సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్ (టిన్ రేకు సిఫార్సు చేయబడలేదు)
(చాలా నమూనాల కోసం, ఇథనాల్‌లో సంరక్షించవద్దని మేము సిఫార్సు చేస్తున్నాము.)
నమూనా లేబులింగ్: నమూనాలను స్పష్టంగా లేబుల్ చేయాలి మరియు సమర్పించిన నమూనా సమాచార ఫారమ్‌కు సమానంగా ఉండాలి.
రవాణా: డ్రై-ఐస్: నమూనాలను మొదట సంచులలో ప్యాక్ చేసి డ్రై-ఐస్ లో ఖననం చేయాలి.
వర్క్‌ఫ్లో
సేవా పని ప్రవాహం
ప్రయోగ రూపకల్పన
నమూనా డెలివరీ
DNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకపు తర్వాత సేవలు
పూర్తి బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణ, 4 దశల్లో వేరు చేయబడింది:
1) జన్యు సర్వే, NGS రీడ్‌లతో K- మెర్ విశ్లేషణ ఆధారంగా:
జన్యు పరిమాణం యొక్క అంచనా
హెటెరోజైగోసిటీ యొక్క అంచనా
పునరావృత ప్రాంతాల అంచనా
2) పాక్బియో హైఫితో జన్యు అసెంబ్లీ:
డి నోవోఅసెంబ్లీ
అసెంబ్లీ అసెస్‌మెంట్: జన్యు పరిపూర్ణత కోసం బస్కో విశ్లేషణతో సహా మరియు ఎన్‌జిఎస్ మరియు పాక్బియో హైఫి రీడ్‌లు మ్యాపింగ్ చేయడం
3) హాయ్-సి అసెంబ్లీ:
హాయ్-సి లైబ్రరీ క్యూసి: చెల్లుబాటు అయ్యే హాయ్-సి పరస్పర చర్యల అంచనా
హాయ్-సి అసెంబ్లీ: సమూహాలలో కాంటిగ్స్ యొక్క క్లస్టరింగ్, తరువాత ప్రతి సమూహంలో కాంటిగ్ ఆర్డరింగ్ మరియు కాంటిగ్ ఓరియంటేషన్‌ను కేటాయించడం
హాయ్-సి మూల్యాంకనం
4) జన్యు ఉల్లేఖనం:
నాన్-కోడింగ్ RNA అంచనా
పునరావృత శ్రేణుల గుర్తింపు (ట్రాన్స్‌పోజన్‌లు మరియు టెన్డం రిపీట్స్)
జన్యు అంచనా
§డి నోవో: అబ్ ఇనిషియో అల్గోరిథంలు
Home హోమోలజీ ఆధారంగా
Translistract ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ ఆధారంగా, పొడవైన మరియు చిన్న రీడ్‌లతో: రీడ్‌లు ఉన్నాయిడి నోవోముసాయిదా జన్యువుకు సమావేశమైంది లేదా మ్యాప్ చేయబడింది
Data బహుళ డేటాబేస్‌లతో అంచనా వేసిన జన్యువుల ఉల్లేఖనం
1) జన్యు సర్వే- k- మెర్ విశ్లేషణ
2) జన్యు అసెంబ్లీ
2) జన్యు అసెంబ్లీ - పాక్బియో హైఫి డ్రాఫ్ట్ అసెంబ్లీకి మ్యాపింగ్ చదువుతుంది
2) HI-C అసెంబ్లీ-HI-C చెల్లుబాటు అయ్యే ఇంటరాక్షన్ జతల అంచనా
3) హాయ్-సి పోస్ట్-అసెంబ్లీ మూల్యాంకనం
4) జన్యు ఉల్లేఖనం - అంచనా వేసిన జన్యువుల ఏకీకరణ
4) జన్యు ఉల్లేఖనం - అంచనా వేసిన జన్యువులు ఉల్లేఖనం
క్యూరేటెడ్ ప్రచురణల సేకరణ ద్వారా BMKGENE యొక్క డి నోవో జీనోమ్ అసెంబ్లీ సేవలు సులభతరం చేసిన పురోగతిని అన్వేషించండి:
లి, సి. మరియు ఇతరులు. . doi: 10.1038/s41467-021-21379-X.
లి, వై. మరియు ఇతరులు. . doi: 10.1093/molbev/msad006.
టియాన్, టి. మరియు ఇతరులు. . doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Ng ాంగ్, ఎఫ్. మరియు ఇతరులు. . doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
సవాలు కేస్-స్టడీస్:
టెలోమీర్-టు-టెలోమీర్ అసెంబ్లీ:ఫూ, ఎ. మరియు ఇతరులు. . doi: 10.1093/hr/uhac228.
హాప్లోటైప్ అసెంబ్లీ:హు, డబ్ల్యూ. మరియు ఇతరులు. . doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
జెయింట్ జన్యు అసెంబ్లీ:యువాన్, జె. మరియు ఇతరులు. . doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
పాలీప్లాయిడ్ జన్యు అసెంబ్లీ:Ng ాంగ్, ప్ర. మరియు ఇతరులు. . doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
