PacBio 2+3 పూర్తి-నిడివి mRNA సొల్యూషన్
ఫీచర్లు
● స్టడీ డిజైన్:
ట్రాన్స్క్రిప్ట్ ఐసోఫామ్‌లను గుర్తించడానికి PacBioతో పూల్ చేయబడిన నమూనా
ప్రత్యేక నమూనాలు (ప్రతిరూపాలు మరియు పరీక్షించాల్సిన షరతులు) క్రమం చేయబడ్డాయిట్రాన్స్క్రిప్ట్ వ్యక్తీకరణను లెక్కించడానికి NGS
● CCS మోడ్‌లో PacBio సీక్వెన్సింగ్, HiFi రీడ్‌లను రూపొందించడం
● పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్ట్ల సీక్వెన్సింగ్
● విశ్లేషణకు సూచన జీనోమ్ అవసరం లేదు; అయినప్పటికీ, అది ఉపయోగించబడవచ్చు
● బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణలో జన్యువు మరియు ఐసోఫార్మ్-స్థాయి వ్యక్తీకరణ మాత్రమే కాకుండా lncRNA, జన్యు ఫ్యూషన్లు, పాలీ-అడెనిలేషన్ మరియు జన్యు నిర్మాణం యొక్క విశ్లేషణ కూడా ఉంటుంది.
ప్రయోజనాలు
● అధిక ఖచ్చితత్వం: HiFi ఖచ్చితత్వంతో చదవబడుతుంది>99.9% (Q30), NGSతో పోల్చవచ్చు
● ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ విశ్లేషణ: అన్ని ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లను క్రమం చేయడం ఐసోఫార్మ్ గుర్తింపు మరియు క్యారెక్టరైజేషన్‌ను ప్రారంభిస్తుంది.
● PacBio మరియు NGS బలాల కలయిక: ఐసోఫార్మ్ స్థాయిలో వ్యక్తీకరణ యొక్క పరిమాణాన్ని ప్రారంభించడం, మొత్తం జన్యు వ్యక్తీకరణను విశ్లేషించేటప్పుడు ముసుగు చేయబడే మార్పును ఆవిష్కరించడం
● విస్తృతమైన నైపుణ్యం: 1100 PacBio పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ ప్రాజెక్ట్‌లను పూర్తి చేయడం మరియు 2300 కంటే ఎక్కువ నమూనాలను ప్రాసెస్ చేయడం వంటి ట్రాక్ రికార్డ్‌తో, మా బృందం ప్రతి ప్రాజెక్ట్‌కి అనుభవ సంపదను అందిస్తుంది.
● పోస్ట్-సేల్స్ మద్దతు: మా నిబద్ధత 3-నెలల అమ్మకాల తర్వాత సేవా వ్యవధితో ప్రాజెక్ట్ పూర్తి కాకుండా విస్తరించింది. ఈ సమయంలో, ఫలితాలకు సంబంధించిన ఏవైనా సందేహాలను పరిష్కరించడానికి మేము ప్రాజెక్ట్ ఫాలో-అప్, ట్రబుల్షూటింగ్ సహాయం మరియు Q&A సెషన్‌లను అందిస్తాము.
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
| లైబ్రరీ | సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం | డేటా సిఫార్సు చేయబడింది | నాణ్యత నియంత్రణ |
| PolyA సుసంపన్నమైన mRNA CCS లైబ్రరీ | ప్యాక్‌బయో సీక్వెల్ II ప్యాక్‌బయో రివియో | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| పాలీ ఎ సుసంపన్నం | ఇల్యూమినా PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
న్యూక్లియోటైడ్లు
|
| Conc.(ng/μl) | మొత్తం (μg) | స్వచ్ఛత | సమగ్రత |
| ఇల్యూమినా లైబ్రరీ | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 జెల్‌పై చూపబడిన ప్రోటీన్ లేదా DNA కాలుష్యం పరిమితం లేదా లేదు. | మొక్కల కోసం: RIN≥4.0; జంతువుల కోసం: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; పరిమిత లేదా బేస్‌లైన్ ఎలివేషన్ లేదు |
| ప్యాక్‌బయో లైబ్రరీ | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 జెల్‌పై చూపబడిన ప్రోటీన్ లేదా DNA కాలుష్యం పరిమితం లేదా లేదు. | మొక్కలు: RIN≥7.5 జంతువులు: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; పరిమిత లేదా బేస్‌లైన్ ఎలివేషన్ లేదు |
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్: 2 ml సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్ (టిన్ ఫాయిల్ సిఫార్సు చేయబడదు)
నమూనా లేబులింగ్: సమూహం+ప్రతిరూపం ఉదా A1, A2, A3; B1, B2, B3.
రవాణా:
1. పొడి మంచు:నమూనాలను సంచులలో ప్యాక్ చేయాలి మరియు పొడి మంచులో పాతిపెట్టాలి.
2. RNA స్టేబుల్ ట్యూబ్‌లు: RNA నమూనాలను RNA స్టెబిలైజేషన్ ట్యూబ్‌లో ఎండబెట్టి (ఉదా RNAstable®) గది ఉష్ణోగ్రతలో రవాణా చేయవచ్చు.
కింది విశ్లేషణను కలిగి ఉంటుంది:
ముడి డేటా నాణ్యత నియంత్రణ
ఆల్టర్నేటివ్ పాలిడెనిలేషన్ అనాలిసిస్ (APA)
ఫ్యూజన్ ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణ
ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ విశ్లేషణ
బెంచ్‌మార్కింగ్ యూనివర్సల్ సింగిల్-కాపీ ఆర్థోలాగ్స్ (BUSCO) విశ్లేషణ
నవల ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణ: కోడింగ్ సీక్వెన్సెస్ (CDS) మరియు ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన అంచనా
lncRNA విశ్లేషణ: lncRNA మరియు లక్ష్యాల అంచనా
మైక్రోసాటిలైట్ గుర్తింపు (SSR)
విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన ట్రాన్స్క్రిప్ట్స్ (DETలు) విశ్లేషణ
విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువుల (DEGs) విశ్లేషణ
DEGలు మరియు DETల ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖనం
BUSCO విశ్లేషణ
ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ విశ్లేషణ
ఆల్టర్నేటివ్ పాలిడెనిలేషన్ అనాలిసిస్ (APA)
విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువులు (DEGలు) మరియు ట్రాన్స్క్రిప్ట్స్ (DETs9 విశ్లేషణ
DETలు మరియు DEGల యొక్క ప్రోటీన్-ప్రోటీన్ ఇంటరాక్షన్ నెట్‌వర్క్‌లు
BMKGene యొక్క PacBio 2+3 పూర్తి-నిడివి mRNA సీక్వెన్సింగ్ ద్వారా క్యూరేటెడ్ ప్రచురణల సేకరణ ద్వారా సులభతరం చేయబడిన పురోగతిని అన్వేషించండి.
చావో, Q. మరియు ఇతరులు. (2019) 'ది డెవలప్‌మెంటల్ డైనమిక్స్ ఆఫ్ ది పాపులస్ స్టెమ్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్', ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
డెంగ్, హెచ్. మరియు ఇతరులు. (2022) 'పండ్ల అభివృద్ధి మరియు ఆక్టినిడియా లాటిఫోలియా (ఆస్కార్బేట్-రిచ్ ఫ్రూట్ క్రాప్) మరియు అసోసియేటెడ్ మాలిక్యులర్ మెకానిజమ్స్ యొక్క పక్వత సమయంలో ఆస్కార్బిక్ యాసిడ్ కంటెంట్‌లో డైనమిక్ మార్పులు', ఇంటర్నేషనల్ జర్నల్ ఆఫ్ మాలిక్యులర్ సైన్సెస్, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
హువా, X. మరియు ఇతరులు. (2022) 'పారిస్ పాలీఫిల్లాలో బయోయాక్టివ్ పాలీఫిల్లిన్స్‌లో పాల్గొన్న బయోసింథటిక్ పాత్వే జన్యువుల ప్రభావవంతమైన అంచనా', కమ్యూనికేషన్స్ బయాలజీ 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
లియు, M. మరియు ఇతరులు. (2023) 'కంబైన్డ్ PacBio Iso-Seq మరియు Illumina RNA-Seq విశ్లేషణ టుటా అబ్సొలుటా (మేరిక్) ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ మరియు సైటోక్రోమ్ P450 జీన్స్', కీటకాలు, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
వాంగ్, లిజున్ మరియు ఇతరులు. (2019) 'రిసినస్ కమ్యూనిస్‌లో రిసినోలిక్ యాసిడ్ బయోసింథసిస్‌పై మెరుగైన అవగాహన కోసం ఇల్యూమినా ఆర్‌ఎన్‌ఏ సీక్వెన్సింగ్‌తో కలిపి ప్యాక్‌బయో సింగిల్-మాలిక్యూల్ రియల్-టైమ్ విశ్లేషణను ఉపయోగించి ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ సంక్లిష్టత యొక్క సర్వే', BMC జెనోమిక్స్, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/ఫిగర్స్/7.
