BMKCloud లాగిన్ చేయండి
1

రిఫరెన్స్ జీనోమ్‌తో mRNA-seq (NGS).

百迈客云网站-11

రిఫరెన్స్ జీనోమ్‌తో mRNA-seq (NGS).

RNA-seq అనేది జీనోమ్‌లు మరియు ప్రోటీమ్‌ల మధ్య అంతరాన్ని తగ్గించడం ద్వారా జీవితం మరియు పంట శాస్త్రాలలో ఒక ప్రామాణిక సాధనం. కొత్త ట్రాన్‌స్క్రిప్ట్‌లను కనుగొనడంలో మరియు వాటి వ్యక్తీకరణను ఒక పరీక్షలో లెక్కించడంలో దీని బలం ఉంది. ఇది తులనాత్మక ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్ అధ్యయనాల కోసం విస్తృతంగా ఉపయోగించబడుతుంది, మార్పుచెందగలవారిని అడవి-రకాలతో పోల్చడం లేదా నిర్దిష్ట పరిస్థితులలో జన్యు వ్యక్తీకరణను బహిర్గతం చేయడం వంటి వివిధ లక్షణాలు లేదా సమలక్షణాలకు సంబంధించిన జన్యువులపై వెలుగునిస్తుంది. BMKCloud mRNA(రిఫరెన్స్) APP ఎక్స్‌ప్రెషన్ క్వాంటిఫికేషన్, డిఫరెన్షియల్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ అనాలిసిస్(DEG), మరియు సీక్వెన్స్ స్ట్రక్చర్ విశ్లేషణలను mRNA-seq(NGS) బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ పైప్‌లైన్‌లోకి అనుసంధానిస్తుంది మరియు సౌలభ్యం మరియు వినియోగదారు-స్నేహపూర్వకతను నిర్ధారిస్తుంది. వినియోగదారులు వారి RNA-seq డేటాను క్లౌడ్‌కు అప్‌లోడ్ చేయవచ్చు, ఇక్కడ యాప్ సమగ్రమైన, వన్-స్టాప్ బయోఇన్ఫర్మేటిక్ అనాలిసిస్ సొల్యూషన్‌ను అందిస్తుంది. అదనంగా, ఇది కస్టమర్ అనుభవానికి ప్రాధాన్యతనిస్తుంది, వినియోగదారుల నిర్దిష్ట అవసరాలకు అనుగుణంగా వ్యక్తిగతీకరించిన కార్యకలాపాలను అందిస్తుంది. వినియోగదారులు పారామితులను సెట్ చేయవచ్చు మరియు పైప్‌లైన్ మిషన్‌ను స్వయంగా సమర్పించవచ్చు, ఇంటరాక్టివ్ రిపోర్ట్‌ను తనిఖీ చేయవచ్చు, డేటా/రేఖాచిత్రాలను వీక్షించవచ్చు మరియు పూర్తి డేటా మైనింగ్ వంటి: లక్ష్య జన్యు ఎంపిక, ఫంక్షనల్ క్లస్టరింగ్, రేఖాచిత్రం మొదలైనవి.

డెమో ఫలితాలు
డేటా మైనింగ్
దిగుమతి అవసరం
ప్రధాన విశ్లేషణ
సూచన
డెమో ఫలితాలు

డేటా మైనింగ్

దిగుమతి అవసరం

వేదిక:ఇల్యూమినా, MGI
వ్యూహం:RNA-Seq
లేఅవుట్: ప్యారీడ్, క్లీన్-డేటా.
లైబ్రరీ రకం:fr-అన్‌స్ట్రాండ్, fr-ఫస్ట్‌స్ట్రాండ్ లేదా fr-సెకండ్‌స్ట్రాండ్
చదువు పొడవు:150 bp
ఫైల్ రకం:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz లేదా *.fq.gz. వ్యవస్థ ఉంటుందివారి ఫైల్ పేర్ల ప్రకారం .fastq ఫైల్‌లను స్వయంచాలకంగా జత చేస్తుంది,ఉదా *_1.fastq *._2.fastqతో జత చేయబడింది.
నమూనాల సంఖ్య:సంఖ్యపై ఎలాంటి పరిమితులు లేవునమూనాల సంఖ్య, కానీ విశ్లేషణ సమయం సంఖ్యతో పెరుగుతుందినమూనాలు పెరుగుతాయి.
సిఫార్సు చేయబడిన డేటా మొత్తం:ప్రతి నమూనాకు 6G

ప్రధాన విశ్లేషణ
mRNA-seq యొక్క ప్రధాన విశ్లేషణ మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్ సాధనాలు (రిఫరెన్స్)పైప్లైన్ క్రింది విధంగా ఉంది:
1. Rawdata నాణ్యత నియంత్రణ:
•తక్కువ నాణ్యత సీక్వెన్సులు, అడాప్టర్ సీక్వెన్స్‌ల తొలగింపు,మొదలైనవి;
•ఉపకరణాలు: అంతర్గతంగా అభివృద్ధి చేయబడిన పైప్‌లైన్;
2. రిఫరెన్స్ జీనోమ్‌కి డేటా యొక్క అమరిక:
•దానికి వ్యతిరేకంగా స్ప్లైస్-అవేర్ అల్గారిథమ్‌తో రీడ్‌లను సమలేఖనం చేయడంసూచన జన్యువు.
•సాధనాలు:HISAT2, samtools
3. లైబ్రరీ నాణ్యత విశ్లేషణ:
•నిడివి విశ్లేషణ, సీక్వెన్స్ సంతృప్త విశ్లేషణ మొదలైన వాటిని చొప్పించండి;
•సాధనాలు:samtools;
4. సీక్వెన్స్ స్ట్రక్చర్ విశ్లేషణ:
•ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ విశ్లేషణ, జీన్ స్ట్రక్చర్ ఆప్టిమైజేషన్,నవల జన్యు అంచనా, మొదలైనవి;
•సాధనాలు:StringTie, gffcompare, GATK,డైమండ్, ఇంటర్‌ప్రోస్కాన్, మరియుHMMER.
5. అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ:
•DEG స్క్రీనింగ్, సహ-సంబంధ విశ్లేషణ, ఫంక్షనల్సుసంపన్నం;
వివిధ విజువలైజేషన్ ఫలితాలు;
RతోSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
సూచన
1. కిమ్, డేహ్వాన్ మరియు ఇతరులు. “గ్రాఫ్ ఆధారిత జన్యు అమరిక మరియుHISAT2 మరియు HISAT-జెనోటైప్‌తో జన్యురూపం."ప్రకృతిబయోటెక్నాలజీ37 (2019): 907 - 915.
2. మెక్కెన్నా, ఆరోన్ మరియు ఇతరులు. “జీనోమ్ అనాలిసిస్ టూల్‌కిట్: aతదుపరి తరం DNA విశ్లేషించడానికి MapReduce ఫ్రేమ్‌వర్క్సీక్వెన్సింగ్ డేటా."జీనోమ్ పరిశోధన20 9 (2010): 1297-303 .
3. లి, హెంగ్ మరియు ఇతరులు. “సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్/మ్యాప్ ఫార్మాట్ మరియుSAMtools.”బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్25 (2009): 2078 - 2079.
4. పెర్సియా, మిహేలా మరియు ఇతరులు. “StringTie మెరుగుపరుస్తుందిRNA-seq రీడ్స్ నుండి ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ యొక్క పునర్నిర్మాణం."ప్రకృతిబయోటెక్నాలజీ33 (2015): 290-295.
5. లవ్, మైఖేల్ I. మరియు ఇతరులు. “రెట్లు మార్పు యొక్క మోడరేట్ అంచనా మరియుDESEq2తో RNA-seq డేటా కోసం వ్యాప్తి."జీనోమ్జీవశాస్త్రం15 (2014): n. పేగ్.
6. ఎడ్డీ, సీన్ ఆర్.. “యాక్సిలరేటెడ్ ప్రొఫైల్ HMM శోధనలు.”PLoS కంప్యూటేషనల్ బయాలజీ7 (2011): n. పేగ్.

కోట్ పొందండి

మీ సందేశాన్ని ఇక్కడ వ్రాసి మాకు పంపండి

మీ సందేశాన్ని మాకు పంపండి: