జన్యు పరిణామం
Pnas
గోల్డ్ ఫిష్ యొక్క పరిణామ మూలం మరియు దేశీయ చరిత్ర (కరాసియస్ ఆరాటస్)
పాక్బియో | ఇల్యూమినా | బయోనోనో జన్యు పటం | హాయ్-సి జీనోమ్ అసెంబ్లీ | జన్యు పటం | GWAS | Rna-seq
ముఖ్యాంశాలు
. రెండు సబ్‌జెనోమ్‌లు విడదీయబడ్డాయి.
2. పెంపకం సమయంలో సెలెక్టివ్ స్వీప్‌ల యొక్క జెనోమిక్ ప్రాంతాలు 201 వ్యక్తుల రిసీక్వెన్సింగ్ డేటా నుండి గుర్తించబడ్డాయి, పెంపకం లక్షణాలతో సంబంధం ఉన్న 390 కు పైగా అభ్యర్థి జన్యువులను ఆవిష్కరిస్తాయి.
3. పెంపుడు గోల్డ్ ఫిష్ లోని డోర్సల్ ఫిన్ పై గ్వాస్ 378 అభ్యర్థి జన్యువులను కలిగి ఉంది. టైరోసిన్-ప్రోటీన్ కినేస్ రిపోర్టర్ పారదర్శకతతో సంబంధం ఉన్న అభ్యర్థి కారణ జన్యువుగా గుర్తించబడింది
నేపథ్యం
గోల్డ్ ఫిష్ (కరాసియస్ ఆరాటస్) పురాతన చైనాలో క్రూసియన్ కార్ప్ నుండి పెంపుడు జంతువులలో ముఖ్యమైన వ్యవసాయ చేపలలో ఒకటి. చార్లెస్ డార్విన్ "దాదాపు అనంతమైన రంగు యొక్క వైవిధ్యతను దాటి, మేము నిర్మాణం యొక్క చాలా అసాధారణమైన మార్పులతో కలుస్తాము" అని వ్యాఖ్యానించారు. చాలా విభిన్న లక్షణాలు మరియు పెంపకం మరియు పెంపకం యొక్క సుదీర్ఘ చరిత్ర ఫిష్ ఫిజియాలజీ మరియు పరిణామం కోసం గోల్డ్ ఫిష్‌ను అద్భుతమైన జన్యు నమూనా వ్యవస్థగా మారుస్తుంది.
విజయాలు
గోల్డ్ ఫిష్ జన్యువు
Jపాక్బియో మరియు ఇల్యూమినా పెయిర్-ఎండ్ సీక్వెన్సింగ్ డేటా యొక్క లేపనం విశ్లేషణ ప్రారంభ 1.657 గ్రా డ్రాఫ్ట్ అసెంబ్లీని ఇస్తుంది (కాంటిగ్ ఎన్ 50 = 474 కెబి). బయోనోనో ఆప్టికల్ మ్యాప్ ఉత్పత్తి చేయబడింది మరియు అసెంబ్లీని 1.73 GB పరిమాణంలో సరిదిద్దబడింది (అంచనా వేసిన జన్యు పరిమాణం: 1.8 GB). HI-C ఆధారిత అసెంబ్లీ N50 ను 606 kb నుండి 31.84 MB కు మరింత మెరుగుపరిచింది మరియు 95.75% (1.65 GB) ఓరియంటెడ్ మరియు ఆర్డర్ చేసిన యాంకరింగ్ రేటును సాధించింది. జన్యువులో 56,251 కోడింగ్ జన్యువులు మరియు 10,098 పొడవైన నాన్-కోడింగ్ ట్రాన్స్క్రిప్ట్ ఉన్నాయి. అంతేకాకుండా, 50 క్రోమోజోమ్లలో 38 సంభావ్య సెంట్రోమెరిక్ ప్రాంతాలు were హించబడ్డాయి.
Fig.1 బంగారు చేపల జన్యువు
Tపురాతన హైబ్రిడైజేషన్ సంఘటన ఫలితంగా వచ్చిన 50 గోల్డ్ ఫిష్ క్రోమోజోమ్లలో సబ్జెనోమ్ల యొక్క స్పష్టమైన సెట్లు గుర్తించబడ్డాయి. గోల్డ్ ఫిష్ మరియు బార్బినేల మధ్య సమలేఖనం చేయబడిన రీడ్‌ల యొక్క అధిక నిష్పత్తి కలిగిన క్రోమోజోమ్‌ల సమితి సబ్‌జెనోమ్ ఎ (CHRA01 ~ A25), IE సబ్‌జెనోమ్ టు బార్‌బినా, మరియు మిగిలిలను సబ్‌జెనోమ్ B (CHRB01 ~ B25) గా నిర్వచించారు.
పెంపకం మరియు సెలెక్టివ్ స్వీప్స్
Aమొత్తం 16 వైల్డ్ టైప్ క్రూసియన్ కార్ప్స్ మరియు 185 ప్రతినిధి గోల్డ్ ఫిష్ వేరియంట్లు సగటు సీక్వెన్సింగ్ లోతు సుమారు 12.5x తో విక్రయించబడ్డాయి, ఇది 4.3 టెరాబేస్ డేటాను ఉత్పత్తి చేస్తుంది. ఫైలోజెనెటిక్ పునర్నిర్మాణం మరియు పిసిఎ విశ్లేషణ ఇతర గోల్డ్ ఫిష్ కంటే సాధారణ గోల్డ్ ఫిష్ మరియు క్రూసియన్ కార్ప్ మధ్య దగ్గరి సంబంధాన్ని నిర్ధారించాయి, వీటిని రెండు వంశాలుగా విభజించారు.
LD కి క్షయం విశ్లేషణ నాలుగు ఉప -జనాభాపై జనాభా జన్యు అడ్డంకి ఉనికికి పెంపకం మరియు గోల్డ్ ఫిష్ లో బలమైన కృత్రిమ ఎంపిక. క్రూసియన్ కార్ప్ నుండి కామన్ గోల్డ్ ఫిష్ వరకు వెన్ గోల్డ్ ఫిష్ మరియు గుడ్డు గోల్డ్ ఫిష్ వరకు జన్యు వైవిధ్యం (π) పెరుగుతుంది. 50 సెలెక్టివ్ స్వీప్ జన్యు ప్రాంతాలను 25.2 MB మరియు 946 జన్యువులను ప్రతినిధి డేటా (33 గోల్డ్ ఫిష్ మరియు 16 క్రూసియన్ చెత్త) నుండి గుర్తించారు. విశ్లేషణను 201 వ్యక్తులకు విస్తరిస్తూ, 393 జన్యువులు పూర్తయిన సెలెక్టివ్ స్వీప్ యొక్క ప్రాంతాలను సూచించాయి. ఈ జన్యువులు తక్కువ-వైవిధ్యంతో కనుగొనబడ్డాయి, ఇవి గోల్డ్ ఫిష్ లోని ప్రధాన పెంపకం లక్షణాలతో సంబంధం ఉన్న సమలక్షణాలకు దోహదం చేస్తాయి.
Fig.3 జన్యు వ్యాప్తంగా పెంపకం-అనుబంధ విశ్లేషణ
పెంపుడు గోల్డ్ ఫిష్ పై GWA లు
Dఓర్సాల్ ఫిన్ ఒక ముఖ్య లక్షణం వెన్ గోల్డ్ ఫిష్‌ను గుడ్డు గోల్డ్ ఫిష్ నుండి వేరు చేస్తుంది. 96 వెన్ గోల్డ్ ఫిష్ మరియు 87 గుడ్డు గోల్డ్ ఫిష్ పై డోర్సల్ ఫిన్ యొక్క GWA లు 13 క్రోమోజోమ్లలో 378 అభ్యర్థి జన్యువులను వెల్లడించాయి మరియు సబ్జెనోమ్ల మధ్య ఈ జన్యువుల అసమాన పంపిణీ గమనించబడింది. ఈ అభ్యర్థి జన్యువులపై ఫంక్షనల్ విశ్లేషణ “సెల్ ఉపరితల రిసెప్టర్ సిగ్నలింగ్”, “ట్రాన్స్‌మెంబ్రేన్ ట్రాన్స్‌పోర్టేషన్”, “అస్థిపంజర వ్యవస్థ అభివృద్ధి”, మొదలైన జీవ ప్రక్రియలను హైలైట్ చేసింది.
పెంపుడు గోల్డ్ ఫిష్ పై డోర్సల్ ఫిన్ యొక్క Fig.4 GWAS
Iపారదర్శక స్కేల్-సంబంధిత లక్షణాల యొక్క గ్వాస్, ఒకే బలమైన అసోసియేషన్ శిఖరం కనుగొనబడింది. టైరోసిన్-ప్రోటీన్ కినేస్ గ్రాహకాన్ని ఎన్కోడింగ్ చేసే జన్యువు అభ్యర్థి ప్రాంతాలలో ఒకదానిలో గుర్తించబడింది.
పారదర్శక స్కేల్-సంబంధిత లక్షణాల యొక్క Fig.5 GWA లు
సూచన
Cహెన్ డి మరియు ఇతరులు. గోల్డ్ ఫిష్ (కరాసియస్ ఆరాటస్) యొక్క పరిణామ మూలం మరియు దేశీయ చరిత్ర. PNA లు (2020)
వార్తలు తాజా విజయవంతమైన కేసులను బయోమార్కర్ టెక్నాలజీలతో పంచుకోవడం, నవల శాస్త్రీయ విజయాలు మరియు అధ్యయనం సమయంలో వర్తించే ప్రముఖ పద్ధతులను సంగ్రహించడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది.
పోస్ట్ సమయం: జనవరి -04-2022