జీనోమ్ ఎవాల్యూషన్, పాంగెనోమ్
పాన్-జీనోమ్ అంటే ఏమిటి?
సంచిత సాక్ష్యాలు ఒక జాతికి చెందిన వివిధ జాతుల మధ్య వ్యత్యాసం భారీగా ఉంటుందని చూపిస్తున్నాయి. ఒకే జాతికి సంబంధించిన జన్యు సమాచారం యొక్క మొత్తం చిత్రాన్ని పొందేందుకు ఒక్క జన్యువు సరిపోదు. పాన్-జీనోమ్ అధ్యయనం యొక్క ఉద్దేశ్యం ఏమిటంటే, ఒక జాతి యొక్క మరింత సమగ్రమైన జన్యు గ్రాఫ్ను పొందడం మరియు అనేక జాతుల జీనోమ్ డి నోవో అసెంబ్లీని నిర్వహించడం ద్వారా లక్షణాలు మరియు జన్యు సంకేతాల మధ్య సంబంధాలను డీకోడ్ చేయడం, ఇది వైవిధ్యాల యొక్క లోతైన మరియు విస్తృత మైనింగ్ను అనుమతిస్తుంది.
పాన్-జీనోమ్ స్టడీ ట్రెండ్స్

మూర్తి 1 పాన్-జీనోమ్ యొక్క ప్రచురించబడిన పరిశోధనా పత్రాల పోకడలు.
గమనిక: నేచర్, సెల్ మరియు సైన్స్ సిరీస్ జర్నల్స్లో ప్రచురించబడిన కథనాల శీర్షికలను శోధించడానికి “పాన్-జీనోమ్”ని కీలక పదంగా తీసుకున్న ఫలితాన్ని బొమ్మ చూపిస్తుంది
a. బహుళ నమూనాల నుండి రీడ్లు సూచనకు సమలేఖనం చేయబడతాయి మరియు సమలేఖనం చేయనివి నవల కాంటిగ్లుగా సమీకరించబడతాయి. ఈ నవల కాంటిగ్లను ఒరిజినల్ రిఫరెన్స్ సీక్వెన్స్కు జోడించడం ద్వారా, పాంగెనోమ్ రిఫరెన్స్ను నిర్మించవచ్చు. అన్ని రీడ్లను పాంజినోమ్కు తిరిగి మ్యాపింగ్ చేయడం ఆధారంగా పంపిణీ చేయదగిన ప్రాంతాలు నిర్ణయించబడతాయి.
బి. బహుళ ప్రవేశాల జన్యువుల డి నోవో అసెంబ్లీ పంపిణీ చేయదగిన జన్యు ప్రాంతాలను గుర్తించడానికి మొత్తం జన్యు అమరిక విధానాలను అనుమతిస్తుంది.
సి. పాన్-జీనోమ్ గ్రాఫ్ను మొత్తం జీనోమ్ అలైన్మెంట్ల నుండి లేదా డి నోవో గ్రాఫ్ అసెంబ్లీ ద్వారా నిర్మించవచ్చు, ఇది గ్రాఫ్ ద్వారా ప్రత్యేకమైన మార్గాలుగా పంపిణీ చేయదగిన ప్రాంతాల యొక్క విభిన్న సమాచారాన్ని సమర్ధవంతంగా నిల్వ చేస్తుంది.
పాన్-జీనోమ్ను ఎలా నిర్మించాలి?

మూర్తి 2 పాన్-జీనోమ్ విధానాల పోలిక1
a. బహుళ నమూనాల నుండి రీడ్లు సూచనకు సమలేఖనం చేయబడతాయి మరియు సమలేఖనం చేయనివి నవల కాంటిగ్లుగా సమీకరించబడతాయి. ఈ నవల కాంటిగ్లను ఒరిజినల్ రిఫరెన్స్ సీక్వెన్స్కు జోడించడం ద్వారా, పాంగెనోమ్ రిఫరెన్స్ను నిర్మించవచ్చు. అన్ని రీడ్లను పాంజినోమ్కు తిరిగి మ్యాపింగ్ చేయడం ఆధారంగా పంపిణీ చేయదగిన ప్రాంతాలు నిర్ణయించబడతాయి.
బి. బహుళ ప్రవేశాల జన్యువుల డి నోవో అసెంబ్లీ పంపిణీ చేయదగిన జన్యు ప్రాంతాలను గుర్తించడానికి మొత్తం జన్యు అమరిక విధానాలను అనుమతిస్తుంది.
సి. పాన్-జీనోమ్ గ్రాఫ్ను మొత్తం జీనోమ్ అలైన్మెంట్ల నుండి లేదా డి నోవో గ్రాఫ్ అసెంబ్లీ ద్వారా నిర్మించవచ్చు, ఇది గ్రాఫ్ ద్వారా ప్రత్యేకమైన మార్గాలుగా పంపిణీ చేయదగిన ప్రాంతాల యొక్క విభిన్న సమాచారాన్ని సమర్ధవంతంగా నిల్వ చేస్తుంది.
ఇటీవల ప్రచురించబడిన పాన్-జీనోమ్లు
● రేప్ పాన్-జీనోమ్లు2

● టొమాటో పాన్-జీనోమ్లు 3

● రైస్ పాన్ -జీనోమ్4

● సన్ఫ్లవర్ పాన్-జీనోమ్5

● సోయాబీన్ పాన్-జీనోమ్ 6

● రైస్ పాన్-జీనోమ్7

● బార్లీ పాన్-జీనోమ్8

● గోధుమ పాన్-జీనోమ్9

● జొన్న పాన్-జీనోమ్10

● ఫైటోప్లాంక్టన్ పాన్-జీనోమ్11

సూచన
1. బేయర్ PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. ప్లాంట్ పాన్-జీనోమ్లు కొత్త సూచన. నాట్ మొక్కలు. 2020;6(8):914-920. doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. సాంగ్ JM, Guan Z, Hu J, et al. ఎనిమిది అధిక-నాణ్యత జన్యువులు బ్రాసికా నాపస్ యొక్క పాన్-జీనోమ్ ఆర్కిటెక్చర్ మరియు ఎకోటైప్ డిఫరెన్సియేషన్ను వెల్లడిస్తాయి. నాట్ మొక్కలు. 2020;6(1):34-45. doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. గావో ఎల్, గోండా I, సన్ హెచ్, మరియు ఇతరులు. టొమాటో పాన్-జీనోమ్ కొత్త జన్యువులను మరియు పండ్ల రుచిని నియంత్రించే అరుదైన యుగ్మ వికల్పాన్ని వెలికితీస్తుంది. నాట్ జెనెట్. 2019;51(6):1044-1051. doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. జావో క్యూ, ఫెంగ్ క్యూ, లు హెచ్, మరియు ఇతరులు. పాన్-జీనోమ్ విశ్లేషణ సాగు చేయబడిన మరియు అడవి వరిలో జన్యు వైవిధ్యం యొక్క పరిధిని హైలైట్ చేస్తుంది [ప్రచురితమైన దిద్దుబాటు నాట్ జెనెట్లో కనిపిస్తుంది. 2018 ఆగస్టు;50(8):1196]. నాట్ జెనెట్. 2018;50(2):278-284. doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. హబ్నర్ S, బెర్కోవిచ్ N, టోడెస్కో M, మరియు ఇతరులు. సన్ఫ్లవర్ పాన్-జీనోమ్ విశ్లేషణ హైబ్రిడైజేషన్ జన్యు కంటెంట్ మరియు వ్యాధి నిరోధకతను మార్చిందని చూపిస్తుంది. నాట్ మొక్కలు. 2019;5(1):54-62. doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. లియు వై, డు హెచ్, లి పి, మరియు ఇతరులు. వైల్డ్ మరియు కల్టివేటెడ్ సోయాబీన్స్ యొక్క పాన్-జీనోమ్. సెల్. 2020;182(1):162-176.e13. doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. క్విన్ పి, లు హెచ్, డు హెచ్, మరియు ఇతరులు. 33 జన్యుపరంగా వైవిధ్యమైన బియ్యం ప్రవేశాల యొక్క పాన్-జీనోమ్ విశ్లేషణ దాచిన జన్యు వైవిధ్యాలను వెల్లడిస్తుంది [ముద్రణకు ముందే ఆన్లైన్లో ప్రచురించబడింది, 2021 మే 25]. సెల్. 2021;S0092-8674(21)00581-X. doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. జయకోడి ఎం, పద్మరాసు ఎస్, హబెరర్ జి, మరియు ఇతరులు. బార్లీ పాన్-జీనోమ్ మ్యుటేషన్ బ్రీడింగ్ యొక్క దాగి ఉన్న వారసత్వాన్ని వెల్లడిస్తుంది. ప్రకృతి. 2020;588(7837):284-289. doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. వాల్కోవియాక్ S, గావో L, మోనాట్ C, మరియు ఇతరులు. బహుళ గోధుమ జన్యువులు ఆధునిక పెంపకంలో ప్రపంచ వైవిధ్యాన్ని వెల్లడిస్తాయి. ప్రకృతి. 2020;588(7837):277-283. doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. టావో వై, లువో హెచ్, జు జె, మరియు ఇతరులు. సాగు చేయబడిన మరియు అడవి జొన్న యొక్క పాన్-జీనోమ్లో విస్తృతమైన వైవిధ్యం [ముద్రణకు ముందే ఆన్లైన్లో ప్రచురించబడింది, 2021 మే 20]. నాట్ మొక్కలు. 2021;10.1038 / s41477-021-00925-x. doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. ఫ్యాన్ X, Qiu H, Han W, et al. ఫైటోప్లాంక్టన్ పాంగెనోమ్ విస్తృతమైన ప్రొకార్యోటిక్ క్షితిజ సమాంతర జన్యు బదిలీని వెల్లడిస్తుంది. సైన్స్ అడ్వా. 2020;6(18):eaba0111. 2020 ఏప్రిల్ 29న ప్రచురించబడింది. doi:10.1126/sciadv.aba0111
పోస్ట్ సమయం: జనవరి-04-2022