T2T జన్యు అసెంబ్లీ, గ్యాప్ ఫ్రీ జన్యువు
1stరెండు బియ్యం జన్యువులు1
శీర్షిక: జియాన్/ఇండికా రైస్ కోసం రెండు గ్యాప్-ఫ్రీ రిఫరెన్స్ జన్యువుల అసెంబ్లీ మరియు ధ్రువీకరణ మొక్కల సెంట్రోమీర్ నిర్మాణంపై అంతర్దృష్టులను తెలుపుతుంది
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
పోస్ట్ చేసిన సమయం: జనవరి 01, 2021.
ఇన్స్టిట్యూట్: హువాజాంగ్ అగ్రికల్చరల్ యూనివర్శిటీ, చైనా
పదార్థాలు
O. సాటివా జియాన్/ఇండికాబియ్యం రకాలు 'జెన్షాన్ 97 (ZS97)' మరియు 'మింగ్‌హుయి 63 (MH63)
సీక్వెన్సింగ్ స్ట్రాటజీ
Ngs reads + hifi reads + clr reads + bionano + hi-c
డేటా:
ZS97: 8.34 GB （~ 23x） hifi reads + 48.39 gb (~ 131x) CLR చదిస్తుంది + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 BIONANO IRYS కణాలు
MH63: 37.88 GB (~ 103x) HIFI చదిరింది + 48.97 GB (~ 132x) CLR చదిస్తుంది + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 బయోనోనో ఐరిస్ కణాలు
మూర్తి 1 బియ్యం యొక్క రెండు గ్యాప్-ఫ్రీ జన్యువులు (MH63 మరియు ZS97)
2ndఅరటి జన్యువు2
శీర్షిక: నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ ఉపయోగించి అరటి యొక్క టెలోమీర్-టు-టెలోమీర్ గ్యాప్‌లెస్ క్రోమోజోములు
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
పోస్ట్ చేసిన సమయం: ఏప్రిల్ 17, 2021.
ఇన్స్టిట్యూట్: యూనివర్సిటీ పారిస్-సాక్లే, ఫ్రాన్స్
పదార్థాలు
డబుల్ హాప్లోయిడ్మూసా అక్యుమినాటాsppమలాకెన్సిస్(ధ్-పహాంగ్)
సీక్వెన్సింగ్ స్ట్రాటజీ మరియు డేటా:
Hiheseq2500 PE250 మోడ్+ మినియాన్/ ప్రోమేతియన్ (93GB, ~ 200x)+ ఆప్టికల్ మ్యాప్ (DLE-1+ BSPQ1)
టేబుల్ 1 ముసా అక్యూమినాటా (DH-PAHANG) జన్యు సమావేశాల పోలిక
మూర్తి 2 ముసా జెనోమ్స్ ఆర్కిటెక్చర్ పోలిక
3rdPhaeodaltilum Tricornutum genome3
శీర్షిక: టెలోమరే-టు-టెలోమీర్ జీనోమ్ అసెంబ్లీP
హీయోడాక్టిల్ ట్రైకోర్నటమ్
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
పోస్ట్ చేసిన సమయం: మే 04, 2021
ఇన్స్టిట్యూట్: వెస్ట్రన్ యూనివర్శిటీ, కెనడా
పదార్థాలు
Phaeodaltilum Tricornutum(ఆల్గే మరియు ప్రోటోజోవా CCAP యొక్క సంస్కృతి సేకరణ 1055/1)
సీక్వెన్సింగ్ స్ట్రాటజీ మరియు డేటా:
1 ఆక్స్ఫర్డ్ నానోపోర్ మినియాన్ ఫ్లో సెల్ + ఎ 2 × 75 జత-ముగింపు మిడ్-అవుట్పుట్ నెక్స్ట్సెక్ 550 రన్
మూర్తి 3 టెలోమ్రే-టు-టెలోమీర్ జన్యు అసెంబ్లీ కోసం వర్క్‌ఫ్లో
4thమానవ CHM13 జన్యువు4
శీర్షిక: మానవ జన్యువు యొక్క పూర్తి క్రమం
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
పోస్ట్ చేసిన సమయం: మే 27, 2021
ఇన్స్టిట్యూట్: నేషనల్ ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ హెల్త్ (ఎన్ఐహెచ్), యుఎస్ఎ
పదార్థాలు: సెల్ లైన్ CHM13
సీక్వెన్సింగ్ స్ట్రాటజీ మరియు డేటా:
30 × పాక్బియో సర్క్యులర్ ఏకాభిప్రాయ సీక్వెన్సింగ్ (HIFI), 120 × ఆక్స్ఫర్డ్ నానోపోర్ అల్ట్రా-లాంగ్ రీడ్ సీక్వెన్సింగ్, 100 × ఇల్యూమినా పిసిఆర్-ఫ్రీ సీక్వెన్సింగ్ (ILMN), 70 × ఇల్యూమినా / అరిమా జెనోమిక్స్ HI-C (HI-C), బయోనోనో ఆప్టికల్ మ్యాప్స్, మరియు స్ట్రాండ్-సెక్
టేబుల్ 2 GRCH38 మరియు T2T-CHM13 మానవ జన్యు సమావేశాల పోలిక
సూచన
1.సెర్జీ నూర్క్ మరియు ఇతరులు. మానవ జన్యువు యొక్క పూర్తి క్రమం. బయోర్క్సివ్ 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. కరోలిన్ బెల్సర్ మరియు ఇతరులు. నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ ఉపయోగించి అరటి యొక్క టెలోమీర్-టు-టెలోమీర్ గ్యాప్‌లెస్ క్రోమోజోములు. BIORXIV 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. డేనియల్ జె. గిగూయెర్ మరియు ఇతరులు. ఫియోడాక్టిల్ ట్రైకోర్నటమ్ యొక్క టెలోమీర్-టు-టెలోమీర్ జీనోమ్ అసెంబ్లీ. బయోర్క్సివ్ 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. జియా-మింగ్ సాంగ్ మరియు ఇతరులు. జియాన్/ఇండికా బియ్యం కోసం రెండు గ్యాప్-ఫ్రీ రిఫరెన్స్ జన్యువుల అసెంబ్లీ మరియు ధ్రువీకరణ మొక్కల సెంట్రోమీర్ నిర్మాణంపై అంతర్దృష్టులను తెలుపుతుంది. బయోర్క్సివ్ 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
పోస్ట్ సమయం: జనవరి -06-2022