మొత్తం జన్యువు విక్రయించడం
SARS-COV-2 యొక్క జెనోమిక్స్ పర్యవేక్షణ టైప్ I ఇంటర్ఫెరాన్ ప్రతిస్పందనను మాడ్యులేట్ చేసే NSP1 తొలగింపు వేరియంట్‌ను కనుగొంటుంది
నానోపోర్ | ఇల్యూమినా | మొత్తం జన్యువు రెక్వెన్సింగ్ | మెటాజెనోమిక్స్ | Rna-seq | సాంగర్
బయోమార్కర్ టెక్నాలజీస్ ఈ అధ్యయనంలో నమూనా సీక్వెన్సింగ్‌పై సాంకేతిక మద్దతును అందించాయి.
ముఖ్యాంశాలు
1.SARS-COV-2 జన్యు శ్రేణి మరియు ఫైలోగ్నెటిక్ విశ్లేషణ 31 SNP లు మరియు 4 ఇండెల్‌లతో సహా 35 పునరావృత ఉత్పరివర్తనాలను గుర్తిస్తాయి.
2. 117 క్లినికల్ ఫినోటైప్‌లతో అసోసియేషన్ సంభావ్యంగా వెల్లడిస్తుంది
ముఖ్యమైన ఉత్పరివర్తనలు.
NSP1 కోడింగ్ ప్రాంతంలో ∆500-532 తక్కువ వైరల్ తో సంబంధం కలిగి ఉంటుంది
3. లోడ్ మరియు సీరం IFN-β.
4. ∆500-532 మ్యుటేషన్‌తో వైరల్ ఐసోలేట్లు తక్కువ IFN-I ని ప్రేరేపిస్తాయి
సోకిన కణాలలో ప్రతిస్పందన.
ప్రయోగాత్మక రూపకల్పన
విజయాలు
1. కోవిడ్ -19 ఎపిడెమియోలాజికల్ మరియు జన్యు నిఘా
క్లినికల్ డేటాను జనవరి 22, 2020, 2020 నుండి ఫిబ్రవరి 20, 2020 వరకు చైనాలోని సిచువాన్ ప్రావిన్స్‌లో సేకరించారు. సిచువాన్లో మొత్తం 538 COVID-19 కేసులు QPCR పరీక్షల ద్వారా నిర్ధారించబడ్డాయి, వీటిలో 28.8% ప్రావిన్స్ నుండి వచ్చాయి మూలధనం. సిచువాన్లో ధృవీకరించబడిన కేసులు విపరీతంగా పెరిగాయి, జనవరి 30 న గరిష్ట స్థాయికి చేరుకున్నాయి. అలాగే, వైరస్ వ్యాప్తిని నివారించడంలో సామాజిక దూరాలు కీలకమైన అంశం అని డేటా మద్దతు ఇచ్చింది.
మూర్తి 1. చైనాలోని సిచువాన్ ప్రావిన్స్‌లో కోవిడ్ -19 యొక్క ఎపిడెమియోలాజికల్ అధ్యయనం
2. SARS-COV-2 జన్యు నిర్మాణం మరియు వైవిధ్యాల గుర్తింపు
మల్టీప్లెక్స్ పిసిఆర్ యాంప్లిఫికేషన్ తరువాత నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్, 248 మంది రోగుల నుండి మొత్తం 310 సమీపంలో లేదా పాక్షిక-పూర్తి జన్యువులు సుమారుగా ఉత్పత్తి చేయబడ్డాయి. 80% జన్యువులు 10 రీడ్‌లతో కప్పబడి ఉంటాయి (సగటు లోతు: ప్రతి నమూనాకు 0.39 మీ రీడ్‌లు).
మూర్తి 2. సిచువాన్ కోహోర్ట్‌లోని ప్రతి వైవిధ్యాల ఫ్రీక్వెన్సీ
SARS-COV-2 జన్యువుల నుండి మొత్తం 104 SNP లు మరియు 18 ఇండెల్స్ గుర్తించబడ్డాయి, దీనిలో 31 SNP లు మరియు 4 ఇండెల్స్ పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాలుగా గుర్తించబడ్డాయి. వాటిని వుహాన్ నుండి 169 నమూనాలతో పోల్చడం ద్వారా మరియు గిసైడ్‌లోని 81,391 అధిక-నాణ్యత పబ్లిచ్ జీనోమ్ సీక్వెన్స్‌లతో, ఇతర ఖండాలలో సమర్పించిన 35 వేరియంట్లలో 29. ముఖ్యంగా, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 మరియు T13243C లతో సహా నాలుగు వేరియంట్లు సిచువాన్ మరియు వుహాన్లలో మాత్రమే ఉన్నాయి మరియు గిసైడ్ డేటాలో హాజరుకాలేదు, ఈ వైవిధ్యాలు వుహాన్ నుండి సంకలనం అవుతాయని సూచిస్తుంది, ఇది కలుస్తుంది, ఇది కలుస్తుంది రోగుల ప్రయాణ రికార్డులు.
గరిష్ట సంభావ్యత (ML) పద్ధతి మరియు బయేసియన్ మాలిక్యులర్ క్లాక్ విధానాలతో పరిణామ విశ్లేషణ 88 కొత్త వైరస్ SCROM సిచువాన్ మరియు ఇతర ప్రాంతాల నుండి 250 క్యూరేటెడ్ జన్యువులపై ప్రాసెస్ చేయబడింది. ∆500-532 (NSP1 కోడింగ్ ప్రాంతంలో తొలగింపులు) ఉన్న జన్యువులు ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టులో చాలా తక్కువగా పంపిణీ చేయబడ్డాయి. NSP1 వేరియంట్లపై హాప్లోటైప్ విశ్లేషణ వాటిలో 5 ను బహుళ నగరాల నుండి గుర్తించింది. ఈ ఫలితాలు ∆500-532 బహుళ నగరాల్లో సంభవించాయని మరియు వుహాన్ నుండి అనేకసార్లు దిగుమతి చేసుకోవచ్చని సూచించాయి.
మూర్తి 2. SARS-COV-2 జన్యువులలో పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాలు మరియు ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ
3. క్లినికల్ చిక్కులతో పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాల అనుబంధం
117 క్లినికల్ ఫినోటైప్స్ COVID-19 తీవ్రతతో సంబంధం కలిగి ఉన్నాయి, ఇక్కడ 19 తీవ్రత-సంబంధిత సమలక్షణాలను తీవ్రమైన మరియు అంతగా లేని లక్షణాలుగా వర్గీకరించారు. ఈ లక్షణాలు మరియు 35 పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాల మధ్య సంబంధం ద్వి-క్లస్టర్ హీట్ మ్యాప్‌లో వియులైజ్ చేయబడింది. GSEA- లాంటి ర్యాంక్ సుసంపన్నమైన విశ్లేషణలో ∆500-532 ESR, సీరం IFN-β ANDCD3+ CD8+ T సెల్ గణనలతో ప్రతికూలంగా సంబంధం కలిగి ఉందని తేలింది. అంతేకాకుండా, QPCR పరీక్షలు వైరస్ హార్బరింగ్ ∆500-532 బారిన పడిన రోగులు అత్యధిక CT విలువను కలిగి ఉన్నారని తేలింది, అనగా అతి తక్కువ వైరల్ లోడ్.
మూర్తి 3. క్లినికల్ సమలక్షణాలతో 35 పునరావృత జన్యు వైవిధ్యాల సంఘాలు
4. వైరల్ మ్యుటేషన్ అనుబంధ క్లినికల్ ఫినోటైప్స్‌పై ధ్రువీకరణ
NSP1 ఫంక్షన్లపై ∆500-532 యొక్క ప్రభావాలను అర్థం చేసుకోవడానికి, HEK239T కణాలు పూర్తి-పొడవు, WT NSP1 మరియు పరివర్తన రూపాలను తొలగించే ప్లాస్మిడ్‌లతో బదిలీ చేయబడ్డాయి. ప్రతి శుద్ధి చేసిన ప్రతి HEK239T కణాల ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ ప్రొఫైల్స్ PCA విశ్లేషణ కోసం ప్రాసెస్ చేయబడ్డాయి, తొలగింపు మార్పుచెందగలవారు సాపేక్షంగా దగ్గరగా ఉన్నారని మరియు WT NSP1 నుండి గణనీయంగా భిన్నంగా ఉన్నారని చూపిస్తుంది. మార్పుచెందగలవారిలో గణనీయంగా నియంత్రించబడిన జన్యువులు ప్రధానంగా “పెప్టైడ్ బయోసింథటిక్/మెటబాలిక్ ప్రాసెస్”, “రిబోన్యూక్లియోప్రొటీన్ కాంప్లెక్స్ బయోజెనిసిస్”, “మెమ్బ్రేన్/ఎర్ టార్గెటింగ్ ప్రోటీన్” మొదలైన వాటిలో సమృద్ధిగా ఉన్నాయి.
మూర్తి 4. WT NSP1 చేత బదిలీ చేయబడిన HEK239T కణాలపై ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణ మరియు తొలగింపులతో
IFN-1 ప్రతిస్పందనపై తొలగింపుల ప్రభావాలు కూడా అతిగా ఒత్తిడి చేయబడిన అధ్యయనంలో పరీక్షించబడ్డాయి. పరీక్షించిన అన్ని తొలగింపులు ట్రాన్స్క్రిప్ట్ స్థాయి మరియు ప్రోటీన్ స్థాయిలో బదిలీ చేయబడిన HEK239T మరియు A549 కణాలలో IFN-1 రెప్సోన్లను తగ్గించడానికి చూపించబడ్డాయి. ఆసక్తికరంగా, తొలగింపులలో గణనీయంగా తగ్గిన జన్యువులు “వైరస్కు రక్షణ ప్రతిస్పందన”, “వైరల్ జన్యు ప్రతిరూపణ”, “RNA పాలిమరేస్ II చే ట్రాన్స్క్రిప్షన్ నియంత్రణ” మరియు “టైప్ I ఇంటర్ఫెరాన్ కు ప్రతిస్పందన” లో సమృద్ధిగా ఉన్నాయి.
మూర్తి 5. ∆500-532 ఉత్పరివర్తనంలో ఇంటర్ఫెరాన్ సిగ్నలింగ్ మార్గాల నియంత్రణ డౌన్
ఈ అధ్యయనంలో, వైరస్ పై ఈ తొలగింపుల ప్రభావం వైరల్ ఇన్ఫెక్షన్ అధ్యయనాల ద్వారా మరింత నిర్ధారించబడింది. కొన్ని మార్పుచెందగల వారితో ఉన్న వైరస్లు క్లినికల్ నమూనాల నుండి వేరుచేయబడి, కాలూ -3 కణాలకు సోకుతాయి. వైరల్ ఇన్ఫెక్షన్ అధ్యయనంపై వివరణాత్మక ఫలితాలను కాగితంలో చదవవచ్చు.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
సూచన
లిన్ జె, టాంగ్ సి, వీ హెచ్, మరియు ఇతరులు. SARS-COV-2 యొక్క జన్యు పర్యవేక్షణ టైప్ I ఇంటర్ఫెరాన్ ప్రతిస్పందన [J] ను మాడ్యులేట్ చేసే NSP1 తొలగింపు వేరియంట్‌ను కనుగొంటుంది. సెల్ హోస్ట్ & మైక్రోబ్, 2021.
వార్తలు మరియు ముఖ్యాంశాలు తాజా విజయవంతమైన కేసులను బయోమార్కర్ టెక్నాలజీలతో పంచుకోవడం, నవల శాస్త్రీయ విజయాలు మరియు అధ్యయనం సమయంలో వర్తించే ప్రముఖ పద్ధతులను సంగ్రహించడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది.
పోస్ట్ సమయం: జనవరి -06-2022