mRNA-seq (NGS) - డి నోవో

mRNA సీక్వెన్సింగ్ నిర్దిష్ట పరిస్థితులలో కణాలలో అన్ని mRNA ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌లను ప్రొఫైలింగ్ చేయడానికి అనుమతిస్తుంది మరియు ఇది వివిధ పరిశోధనా రంగాలలో విస్తృతంగా ఉపయోగించే సాంకేతికత. BMKCloud De novo mRNA-seq పైప్‌లైన్ పాలీ-A సుసంపన్నమైన సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీలను రిఫరెన్స్ జీనోమ్ అందుబాటులో లేనప్పుడు విశ్లేషించడానికి రూపొందించబడింది. పైప్‌లైన్ నాణ్యత నియంత్రణతో ప్రారంభమవుతుంది, దాని తర్వాతడి నోవోట్రాన్స్క్రిప్ట్ అసెంబ్లీ మరియు యూనిజీన్ సెట్ ఎంపిక. యూనిజీన్ స్ట్రక్చర్ అనాలిసిస్ కోడింగ్ సీక్వెన్స్ (CDS) మరియు సింపుల్ సీక్వెన్స్ రిపీట్‌లను (SSR) అంచనా వేస్తుంది. తదనంతరం, అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ పరీక్షించిన పరిస్థితులలో భేదాత్మకంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువులను (DEG లు) కనుగొంటుంది, తరువాత జీవసంబంధమైన అంతర్దృష్టులను సేకరించేందుకు DEGల యొక్క ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖనం మరియు సుసంపన్నం.