డి నోవో ఫంగల్ జీనోమ్ అసెంబ్లీ
BMKGENE శిలీంధ్ర జన్యువుల కోసం బహుముఖ పరిష్కారాలను అందిస్తుంది, విభిన్న పరిశోధన అవసరాలు మరియు కావలసిన జన్యు పరిపూర్ణతను అందిస్తుంది. షార్ట్-రీడ్ ఇల్యూమినా సీక్వెన్సింగ్‌ను ఉపయోగించడం ద్వారా డ్రాఫ్ట్ జీనోమ్‌ను రూపొందించవచ్చు. నానోపోర్ లేదా ప్యాక్‌బియోను ఉపయోగించి షార్ట్-రీడ్‌లు మరియు లాంగ్-రీడ్ సీక్వెన్సింగ్‌లు పొడవైన కాంటిగ్‌లతో మరింత శుద్ధి చేయబడిన ఫంగల్ జన్యువు కోసం మిళితం చేయబడతాయి. అంతేకాకుండా, హై-సి సీక్వెన్సింగ్‌ను ఏకీకృతం చేయడం సామర్థ్యాలను మరింత మెరుగుపరుస్తుంది, పూర్తి క్రోమోజోమ్-స్థాయి జన్యువును సాధించడానికి వీలు కల్పిస్తుంది.
సర్వీస్ ఫీచర్లు
జన్యు పరిపూర్ణత యొక్క కావలసిన డిగ్రీని బట్టి ఎంచుకోవడానికి మూడు సాధ్యమైన ఎంపికలతో:
● డ్రాఫ్ట్ జీనోమ్ ఎంపిక: Illumina NovaSeq PE150తో షార్ట్-రీడ్ సీక్వెన్సింగ్.
● ఫంగల్ ఫైన్ జీనోమ్ ఎంపిక:
జీనోమ్ సర్వే: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ PE150.
జీనోమ్ అసెంబ్లీ: PacBio Revio (HiFi రీడ్‌లు) లేదా నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ 48.
● క్రోమోజోమ్-స్థాయి ఫంగల్ జీనోమ్:
జీనోమ్ సర్వే: ఇల్యూమినా నోవాసెక్ PE150.
జీనోమ్ అసెంబ్లీ: PacBio Revio (HiFi రీడ్‌లు) లేదా నానోపోర్ ప్రోమెథియాన్ 48.
హై-సి అసెంబ్లీతో కాంటిగ్ యాంకరింగ్.
సేవా ప్రయోజనాలు
●బహుళ సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహాలు అందుబాటులో ఉన్నాయి: విభిన్న పరిశోధన లక్ష్యాలు మరియు జన్యు పరిపూర్ణత అవసరాల కోసం
●పూర్తి బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ వర్క్‌ఫ్లో:ఇందులో జీనోమ్ అసెంబ్లీ మరియు బహుళ జన్యు మూలకాల అంచనా, ఫంక్షనల్ జీన్ ఉల్లేఖన మరియు కాంటిగ్ యాంకరింగ్ ఉన్నాయి.
●విస్తృతమైన నైపుణ్యం: 12,000 మైక్రోబియల్ జీనోమ్‌లు అసెంబుల్ చేయడంతో, మేము ఒక దశాబ్దానికి పైగా అనుభవం, అత్యంత నైపుణ్యం కలిగిన విశ్లేషణ బృందం, సమగ్ర కంటెంట్ మరియు అద్భుతమైన పోస్ట్-సేల్స్ మద్దతును అందిస్తున్నాము.
●అమ్మకాల తర్వాత మద్దతు:మా నిబద్ధత 3-నెలల అమ్మకాల తర్వాత సేవా వ్యవధితో ప్రాజెక్ట్ పూర్తి కాకుండా విస్తరించింది. ఈ సమయంలో, ఫలితాలకు సంబంధించిన ఏవైనా సందేహాలను పరిష్కరించడానికి మేము ప్రాజెక్ట్ ఫాలో-అప్, ట్రబుల్షూటింగ్ సహాయం మరియు Q&A సెషన్‌లను అందిస్తాము.
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
| సేవ | సీక్వెన్సింగ్ స్ట్రాటజీ | నాణ్యత నియంత్రణ |
| డ్రాఫ్ట్ జీనోమ్ | ఇల్యూమినా PE150 100x | Q30≥85% |
| ఫైన్ జీనోమ్ | జీనోమ్ సర్వే: ఇల్యూమినా PE150 50 x అసెంబ్లీ: PacBio HiFi 30x లేదా నానోపోర్ 100x | కాంటిగ్ N50 ≥1Mb (Pacbio యూనిసెల్యులార్) కాంటిగ్ N50 ≥2Mb (ONT ఏకకణ) కాంటిగ్ N50 ≥500kb (ఇతరులు) |
| క్రోమోజోమ్-స్థాయి జన్యువు | జీనోమ్ సర్వే: ఇల్యూమినా PE150 50 x అసెంబ్లీ: PacBio HiFi 30x లేదా నానోపోర్ 100x హై-సి అసెంబ్లీ 100x | కాంటిగ్ యాంకరింగ్ నిష్పత్తి>90%
|
సేవా అవసరాలు
| ఏకాగ్రత (ng/µL) | మొత్తం మొత్తం (µg) | వాల్యూమ్ (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| ప్యాక్‌బయో | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| నానోపోర్ | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ఇల్యూమినా | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
ఏకకణ శిలీంధ్రం: ≥3.5x1010 కణాలు
మాక్రో ఫంగస్: ≥10 గ్రా
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
నమూనా డెలివరీ
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
కింది విశ్లేషణను కలిగి ఉంటుంది:
జీనోమ్ సర్వే:
- సీక్వెన్సింగ్ డేటా నాణ్యత నియంత్రణ
- జీనోమ్ అంచనా: పరిమాణం, హెటెరోజైగోసిటీ, పునరావృత మూలకాలు
ఫైన్ జీనోమ్ అసెంబ్లీ:
- సీక్వెన్సింగ్ డేటా నాణ్యత నియంత్రణ
- డి నోవోఅసెంబ్లీ
- జీనోమ్ కాంపోనెంట్ అనాలిసిస్: CDS మరియు మల్టిపుల్ జెనోమిక్ ఎలిమెంట్స్ ప్రిడిక్షన్
- బహుళ సాధారణ డేటాబేస్‌లు (GO, KEGG, మొదలైనవి) మరియు అధునాతన డేటాబేస్‌లతో (CARD, VFDB, మొదలైనవి) ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖనం.
హై-సి అసెంబ్లీ:
- హై-సి లైబ్రరీ అసెస్‌మెంట్.
- కాంటిగ్స్ యాంకరింగ్ క్లస్టరింగ్, ఆర్డరింగ్ మరియు ఓరియంటింగ్
- HI-C అసెంబ్లీ మూల్యాంకనం: రిఫరెన్స్ జీనోమ్ మరియు హీట్ మ్యాప్ ఆధారంగా
జీనోమ్ సర్వే: k-mer పంపిణీ
జీనోమ్ అసెంబ్లీ: జీన్ హోమోలాగస్ ఉల్లేఖన (NR డేటాబేస్)
జీనోమ్ అసెంబ్లీ: ఫంక్షనల్ జీన్ ఉల్లేఖన (GO)
BMKGene యొక్క ఫంగల్ జీనోమ్ అసెంబ్లీ సేవల ద్వారా అందించబడిన పురోగతిని క్యూరేటెడ్ ప్రచురణల సేకరణ ద్వారా అన్వేషించండి.
హావో, J. మరియు ఇతరులు. (2023) 'మునిగిపోయిన పరిస్థితులలో ఔషధ పుట్టగొడుగు ఇనోనోటస్ ఆబ్లిక్వస్ యొక్క ఇంటిగ్రేటెడ్ ఓమిక్ ప్రొఫైలింగ్',BMC జెనోమిక్స్, 24(1), పేజీలు. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/ఫిగర్స్/3.
లు, ఎల్. మరియు ఇతరులు. (2023) 'జీనోమ్ సీక్వెన్సింగ్ గోధుమ పదునైన ఐస్‌పాట్ వ్యాధికారక రైజోక్టోనియా సెరియాలిస్ యొక్క పరిణామం మరియు వ్యాధికారక విధానాలను వెల్లడిస్తుంది',ది క్రాప్ జర్నల్, 11(2), పేజీలు. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
జాంగ్, H. మరియు ఇతరులు. (2023) 'వైవిధ్యమైన టర్ఫ్‌గ్రాసెస్‌పై డాలర్ స్పాట్‌కు కారణమయ్యే నాలుగు క్లారిరీడియా జాతులకు జన్యు వనరులు',మొక్కల వ్యాధి, 107(3), పేజీలు. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
జాంగ్, SS మరియు ఇతరులు. (2023) 'ఎడిబుల్ మష్రూమ్ గ్రిఫోలా ఫ్రోండోసాలో టెట్రాపోలార్ మ్యాటింగ్ సిస్టమ్ యొక్క జన్యు మరియు పరమాణు ఆధారాలు',శిలీంధ్రాల జర్నల్, 9(10), పేజి. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
