యూకారియోటిక్ mRNA విశ్లేషణ (రిఫరెన్స్ ఆధారిత మరియు డి నోవో ఎంపికలు అందుబాటులో ఉన్నాయి)
ఈ పైప్‌లైన్ NGS RNA-Seq డేటాను ఇన్‌పుట్‌గా ఉపయోగిస్తుంది మరియు వీటికి మాత్రమే పరిమితం కాకుండా బహుళ దిగువ విశ్లేషణల నుండి ఫలితాలను ఉత్పత్తి చేస్తుంది: సీక్వెన్సింగ్ డేటా నాణ్యత అంచనా,డి నోవోట్రాన్స్క్రిప్షన్ సైట్ ఉల్లేఖన, వేరియబుల్ స్ప్లికింగ్ విశ్లేషణ, అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ, ఫంక్షన్ ఉల్లేఖన మరియు సుసంపన్నత విశ్లేషణ.
లాంగ్ నాన్-కోడింగ్ RNA విశ్లేషణ
లాంగ్ నాన్-కోడింగ్ RNAలు (lncRNA) 200 nt కంటే ఎక్కువ పొడవు కలిగిన నాన్-కోడింగ్ ట్రాన్స్‌క్రిప్ట్‌లు మరియు క్రోమాటిన్ సంస్థ మరియు నియంత్రణలో పాత్రలను పోషిస్తాయి. హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీలు మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్ కీలకమైన రెగ్యులేటరీ ఫంక్షన్‌లతో lncRNAలను గుర్తించడానికి lncRNA సీక్వెన్స్‌లను మరియు పొజిషనింగ్ సమాచారాన్ని మన అవగాహనకు శక్తినిచ్చాయి. ఈ పైప్‌లైన్ యూకారియోటిక్ mRNA విశ్లేషణ పైప్‌లైన్‌లో పేర్కొన్న విశ్లేషణలకు అదనంగా lncRNA విశ్లేషణను అందిస్తుంది.
16S/18S/ITS యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్
యాంప్లికాన్ సీక్వెన్సింగ్ మైక్రోబియల్ డైవర్సిటీ అనాలిసిస్ పైప్‌లైన్ మైక్రోబియల్ డైవర్సిటీ ప్రాజెక్ట్ విశ్లేషణలో సంవత్సరాల అనుభవం ఆధారంగా అభివృద్ధి చేయబడింది. పైప్‌లైన్ ప్రామాణికమైన ప్రాథమిక విశ్లేషణను కలిగి ఉంది, ఇది ప్రస్తుత సూక్ష్మజీవుల పరిశోధన మరియు వ్యక్తిగతీకరించిన విశ్లేషణ యొక్క ప్రధాన స్రవంతి విశ్లేషణ కంటెంట్‌ను కవర్ చేస్తుంది. విశ్లేషణ నివేదిక రిచ్ మరియు సమగ్రమైనది, విభిన్న వ్యక్తిగత విశ్లేషణలను నిర్వహించే ఎంపిక. అదనంగా, అదనపు అనుకూలీకరణ మరియు నియంత్రణ కోసం నమూనాలు మరియు సమూహాలను ఫ్లైలో సవరించవచ్చు.
షాట్‌గన్ మెటాజెనోమిక్స్ విశ్లేషణ
షాట్‌గన్ మెటాజెనోమిక్ అనాలిసిస్ పైప్‌లైన్ పర్యావరణ నమూనాల నుండి సేకరించిన మిశ్రమ జన్యు పదార్థాల నుండి NGS డేటాను ఉపయోగిస్తుంది. చేర్చబడిన విశ్లేషణలు జాతుల వైవిధ్యం మరియు సమృద్ధి, జనాభా నిర్మాణం, ఫైలోజెనెటిక్ సంబంధం, ఫంక్షనల్ జన్యువులు మరియు పర్యావరణ కారకాలతో సహసంబంధ నెట్‌వర్క్‌లపై వివరణాత్మక సమాచారాన్ని అందిస్తాయి.
NGS-WGS వేరియంట్ విశ్లేషణ
NGS-WGS వేరియంట్ అనాలిసిస్ అనేది డేటా క్వాలిటీ కంట్రోల్, సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్, ఉల్లేఖన మరియు జన్యు ఉత్పరివర్తన విశ్లేషణను నిర్వహించే సమీకృత వేరియంట్ డిటెక్షన్ పైప్‌లైన్. పైప్‌లైన్ SNP మరియు InDel గుర్తింపు కోసం GATK ఉత్తమ పద్ధతులను అనుసరిస్తుంది మరియు నిర్మాణాత్మక వేరియంట్ కాలింగ్ కోసం Mantaని ఉపయోగిస్తుంది.
జీనోమ్ వైడ్ అసోసియేషన్ స్టడీ (GWAS)
GWAS పైప్‌లైన్ అనేది ఒక డౌన్‌స్ట్రీమ్ విశ్లేషణ, ఇది మునుపు రూపొందించిన VCF ఫైల్‌లను మరియు వ్యక్తుల సమిష్టి కోసం సంబంధిత ఫినోటైప్ డేటాను ఇన్‌పుట్‌గా తీసుకుంటుంది. నిర్దిష్ట గణాంక పద్ధతులను ఉపయోగించి, GWAS సమలక్షణ వ్యత్యాసాలతో పరస్పర సంబంధం ఉన్న జన్యు-వ్యాప్త న్యూక్లియోటైడ్ వైవిధ్యాలను వెలికితీసే లక్ష్యంతో ఉంది. సంక్లిష్ట మానవ వ్యాధులు మరియు మొక్కలు మరియు జంతువులలోని క్లిష్టమైన లక్షణాలతో సంబంధం ఉన్న ఫంక్షనల్ జన్యువులను అన్వేషించడంలో ఇది కీలక పాత్ర పోషిస్తుంది.
బల్క్ సెగ్రిగేషన్ అనాలిసిస్ (BSA)
BSA విశ్లేషణ అనేది విపరీతమైన సమలక్షణ లక్షణాలతో కూడిన వ్యక్తులను వేరుచేసే జనాభా నుండి పూల్ చేయడం. పూల్ చేయబడిన నమూనాల మధ్య అవకలన స్థానాలను పోల్చడం ద్వారా, ఈ విధానం లక్ష్య జన్యువులతో అనుబంధించబడిన దగ్గరి అనుసంధానమైన పరమాణు గుర్తులను వేగంగా గుర్తిస్తుంది. మొక్కలు మరియు జంతువుల జన్యు మ్యాపింగ్‌లో విస్తృతంగా ఉపయోగించబడుతుంది, ఇది మార్కర్-సహాయక పెంపకం కోసం విలువైన సాధనం.
ఎవల్యూషనరీ జెనెటిక్స్ అనాలిసిస్
ఎవల్యూషనరీ జెనెటిక్స్ అనాలిసిస్ వర్క్‌ఫ్లో జన్యు పరిణామ ప్రాజెక్టులలో BMKGENE యొక్క విస్తృతమైన అనుభవాన్ని ప్రభావితం చేస్తుంది మరియు ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టు నిర్మాణం, అనుసంధాన అసమతుల్యత విశ్లేషణ, జన్యు వైవిధ్య అంచనా, ఎంపిక చేసిన స్వీప్ గుర్తింపు, బంధుత్వ విశ్లేషణ, ప్రధాన భాగాల విశ్లేషణ మరియు జనాభా నిర్మాణ లక్షణాలను కలిగి ఉంటుంది.
