పూర్తి-నిడివి mRNA సీక్వెన్సింగ్ -PacBio
ఫీచర్లు
● పాలీ-A mRNA నుండి cDNA సంశ్లేషణ తరువాత లైబ్రరీ తయారీ
● CCS మోడ్‌లో సీక్వెన్సింగ్, హైఫై రీడ్‌లను రూపొందించడం
● పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్ట్ల క్రమం
● విశ్లేషణకు సూచన జీనోమ్ అవసరం లేదు; అయినప్పటికీ, అది ఉపయోగించబడవచ్చు
● బయోఇన్ఫర్మేటిక్ విశ్లేషణ ట్రాన్స్క్రిప్ట్ల ఐసోఫార్మ్ lncRNA, జన్యు ఫ్యూషన్‌లు, పాలీ-అడెనిలేషన్ మరియు జన్యు నిర్మాణం యొక్క విశ్లేషణను అనుమతిస్తుంది
సేవా ప్రయోజనాలు
●అధిక ఖచ్చితత్వం: HiFi ఖచ్చితత్వంతో చదవబడుతుంది>99.9% (Q30), NGSతో పోల్చవచ్చు
● ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ విశ్లేషణ: మొత్తం ట్రాన్స్క్రిప్ట్ల సీక్వెన్సింగ్ ఐసోఫార్మ్ గుర్తింపు మరియు క్యారెక్టరైజేషన్‌ని అనుమతిస్తుంది
●విస్తృతమైన నైపుణ్యం: 1100 PacBio పూర్తి-నిడివి ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ ప్రాజెక్ట్‌లను పూర్తి చేయడం మరియు 2300 కంటే ఎక్కువ నమూనాలను ప్రాసెస్ చేయడం వంటి ట్రాక్ రికార్డ్‌తో, మా బృందం ప్రతి ప్రాజెక్ట్‌కి అనుభవ సంపదను అందిస్తుంది.
●పోస్ట్-సేల్స్ మద్దతు: మా నిబద్ధత 3-నెలల అమ్మకాల తర్వాత సేవా వ్యవధితో ప్రాజెక్ట్ పూర్తి కాకుండా విస్తరించింది. ఈ సమయంలో, ఫలితాలకు సంబంధించిన ఏవైనా సందేహాలను పరిష్కరించడానికి మేము ప్రాజెక్ట్ ఫాలో-అప్, ట్రబుల్షూటింగ్ సహాయం మరియు Q&A సెషన్‌లను అందిస్తాము.
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
| లైబ్రరీ | సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం | డేటా సిఫార్సు చేయబడింది | నాణ్యత నియంత్రణ |
| PolyA సుసంపన్నమైన mRNA CCS లైబ్రరీ | ప్యాక్‌బయో సీక్వెల్ II ప్యాక్‌బయో రివియో | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
నమూనా అవసరాలు:
న్యూక్లియోటైడ్లు:
● మొక్కలు:
రూట్, కాండం లేదా పెటల్: 450 mg
ఆకు లేదా విత్తనం: 300 మి.గ్రా
పండు: 1.2 గ్రా
● జంతువు:
గుండె లేదా ప్రేగు: 300 mg
విసెరా లేదా మెదడు: 240 మి.గ్రా
కండరాలు: 450 మి.గ్రా
ఎముకలు, జుట్టు లేదా చర్మం: 1గ్రా
● ఆర్థ్రోపోడ్స్:
కీటకాలు: 6గ్రా
క్రస్టేసియా: 300 మి.గ్రా
● మొత్తం రక్తం: 1 ట్యూబ్
● సెల్‌లు: 106 కణాలు
| Conc.(ng/μl) | మొత్తం (μg) | స్వచ్ఛత | సమగ్రత |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 జెల్‌పై చూపబడిన ప్రోటీన్ లేదా DNA కాలుష్యం పరిమితం లేదా లేదు. | మొక్కల కోసం: RIN≥7.5; జంతువుల కోసం: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; పరిమిత లేదా బేస్‌లైన్ ఎలివేషన్ లేదు |
సిఫార్సు చేయబడిన నమూనా డెలివరీ
కంటైనర్: 2 ml సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్ (టిన్ ఫాయిల్ సిఫారసు చేయబడలేదు)
నమూనా లేబులింగ్: సమూహం+ప్రతిరూపం ఉదా A1, A2, A3; B1, B2, B3.
రవాణా:
1. డ్రై-ఐస్: నమూనాలను సంచుల్లో ప్యాక్ చేసి డ్రై-ఐస్‌లో పాతిపెట్టాలి.
2. RNA స్టేబుల్ ట్యూబ్‌లు: RNA నమూనాలను RNA స్టెబిలైజేషన్ ట్యూబ్‌లో ఎండబెట్టి (ఉదా RNAstable®) గది ఉష్ణోగ్రతలో రవాణా చేయవచ్చు.
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
ప్రయోగ రూపకల్పన
నమూనా డెలివరీ
RNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకం తర్వాత సేవలు
కింది విశ్లేషణను కలిగి ఉంటుంది:
● ముడి డేటా నాణ్యత నియంత్రణ
● ప్రత్యామ్నాయ పాలిడెనిలేషన్ విశ్లేషణ (APA)
● ఫ్యూజన్ ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణ
● ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ విశ్లేషణ
● బెంచ్‌మార్కింగ్ యూనివర్సల్ సింగిల్-కాపీ ఆర్థోలాగ్స్ (BUSCO) విశ్లేషణ
● నవల ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణ: కోడింగ్ సీక్వెన్స్‌ల అంచనా (CDS) మరియు ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన
● lncRNA విశ్లేషణ: lncRNA మరియు లక్ష్యాల అంచనా
● మైక్రోసాటిలైట్ గుర్తింపు (SSR)
BUSCO విశ్లేషణ
ప్రత్యామ్నాయ స్ప్లికింగ్ విశ్లేషణ
ఆల్టర్నేటివ్ పాలిడెనిలేషన్ అనాలిసిస్ (APA)
నవల ట్రాన్స్క్రిప్ట్స్ యొక్క ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన
ఈ ఫీచర్ చేయబడిన ప్రచురణలో BMKGene యొక్క నానోపోర్ పూర్తి-నిడివి mRNA సీక్వెన్సింగ్ సేవల ద్వారా సులభతరం చేయబడిన పురోగతిని అన్వేషించండి.
Ma, Y. మరియు ఇతరులు. (2023) 'నెమోపిలేమా నోమురై విషం గుర్తింపు కోసం ప్యాక్‌బయో మరియు ONT RNA సీక్వెన్సింగ్ పద్ధతుల తులనాత్మక విశ్లేషణ', జెనోమిక్స్, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
చావో, Q. మరియు ఇతరులు. (2019) 'ది డెవలప్‌మెంటల్ డైనమిక్స్ ఆఫ్ ది పాపులస్ స్టెమ్ ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్', ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
డెంగ్, హెచ్. మరియు ఇతరులు. (2022) 'పండ్ల అభివృద్ధి మరియు ఆక్టినిడియా లాటిఫోలియా (ఆస్కార్బేట్-రిచ్ ఫ్రూట్ క్రాప్) మరియు అసోసియేటెడ్ మాలిక్యులర్ మెకానిజమ్స్ యొక్క పక్వత సమయంలో ఆస్కార్బిక్ యాసిడ్ కంటెంట్‌లో డైనమిక్ మార్పులు', ఇంటర్నేషనల్ జర్నల్ ఆఫ్ మాలిక్యులర్ సైన్సెస్, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
హువా, X. మరియు ఇతరులు. (2022) 'పారిస్ పాలీఫిల్లాలో బయోయాక్టివ్ పాలీఫిల్లిన్స్‌లో పాల్గొన్న బయోసింథటిక్ పాత్వే జన్యువుల ప్రభావవంతమైన అంచనా', కమ్యూనికేషన్స్ బయాలజీ 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
లియు, M. మరియు ఇతరులు. (2023) 'కంబైన్డ్ PacBio Iso-Seq మరియు Illumina RNA-Seq విశ్లేషణ టుటా అబ్సొలుటా (మేరిక్) ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ మరియు సైటోక్రోమ్ P450 జీన్స్', కీటకాలు, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
వాంగ్, లిజున్ మరియు ఇతరులు. (2019) 'రిసినస్ కమ్యూనిస్‌లో రిసినోలిక్ యాసిడ్ బయోసింథసిస్‌పై మెరుగైన అవగాహన కోసం ఇల్యూమినా ఆర్‌ఎన్‌ఏ సీక్వెన్సింగ్‌తో కలిపి ప్యాక్‌బయో సింగిల్-మాలిక్యూల్ రియల్-టైమ్ విశ్లేషణను ఉపయోగించి ట్రాన్స్క్రిప్టోమ్ సంక్లిష్టత యొక్క సర్వే', BMC జెనోమిక్స్, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
