బల్క్డ్ సెగ్రెగెంట్ అనాలిసిస్
సేవా ప్రయోజనాలు
తకాగి మరియు ఇతరులు, ది ప్లాంట్ జర్నల్, 2013
● ఖచ్చితమైన స్థానికీకరణ: నేపథ్య శబ్దాన్ని తగ్గించడానికి 30+30 నుండి 200+200 మంది వ్యక్తులతో బల్క్‌లను కలపడం; సినోనిమస్ నాన్-సినోనస్ మ్యుటటెంట్లు-ఆధారిత అభ్యర్థి ప్రాంత అంచనా.
● సమగ్ర విశ్లేషణ: NR, స్విస్‌ప్రోట్, GO, KEGG, COG, KOG, మొదలైన వాటితో సహా లోతైన అభ్యర్థి జన్యు ఫంక్షన్ ఉల్లేఖనం.
● వేగంగా టర్నరౌండ్ సమయం: 45 పని దినాలలో వేగవంతమైన జన్యు స్థానికీకరణ.
● విస్తృతమైన అనుభవం: పంటలు, జల ఉత్పత్తులు, అడవి, పువ్వులు, పండ్లు మొదలైన విభిన్న జాతులను కవర్ చేస్తూ వేలాది లక్షణాల స్థానికీకరణలో BMK దోహదపడింది.
సేవా లక్షణాలు
జనాభా:
ప్రత్యర్థి సమలక్షణాలతో తల్లిదండ్రుల సంతతిని వేరుచేయడం.
ఉదా. F2 సంతానం, బ్యాక్‌క్రాసింగ్ (BC), పున omb సంయోగం ఇన్బ్రేడ్ లైన్ (RIL)
మిక్సింగ్ పూల్
గుణాత్మక లక్షణాల కోసం: 30 నుండి 50 మంది వ్యక్తులు (కనిష్ట 20)/బల్క్
క్వాంటిటేటివ్ ట్రాటిస్ కోసం: మొత్తం జనాభాలో తీవ్రమైన సమలక్షణాలు కలిగిన టాప్ 5% నుండి 10% మంది వ్యక్తులు (కనిష్ట 30+30).
సిఫార్సు చేసిన సీక్వెన్సింగ్ లోతు
కనీసం 20x/పేరెంట్ మరియు 1x/సంతానం వ్యక్తి (ఉదా. 30+30 వ్యక్తి యొక్క సంతానం మిక్సింగ్ పూల్ కోసం, సీక్వెన్సింగ్ లోతు ఎక్కువ మొత్తానికి 30x ఉంటుంది)
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణలు
Genol మొత్తం జన్యుసంబంధమైన రియూకెన్సింగ్
ప్రాసెసింగ్
● SNP/INDEL కాలింగ్
● అభ్యర్థి ప్రాంత స్క్రీనింగ్
● అభ్యర్థి జన్యు ఫంక్షన్ ఉల్లేఖనం
నమూనా అవసరాలు మరియు డెలివరీ
నమూనా అవసరాలు:
న్యూక్లియోటైడ్లు:
| GDNA నమూనా | కణజాల నమూనా |
| ఏకాగ్రత: ≥30 ng/μl | మొక్కలు: 1-2 గ్రా |
| మొత్తం: ≥2 μg (వాలమ్ ≥15 μl) | జంతువులు: 0.5-1 గ్రా |
| స్వచ్ఛత: OD260/280 = 1.6-2.5 | మొత్తం రక్తం: 1.5 ఎంఎల్ |
సేవా పని ప్రవాహం
ప్రయోగ రూపకల్పన
నమూనా డెలివరీ
RNA వెలికితీత
లైబ్రరీ నిర్మాణం
సీక్వెన్సింగ్
డేటా విశ్లేషణ
అమ్మకపు తర్వాత సేవలు
1. అభ్యర్థి ప్రాంతాన్ని గుర్తించడానికి యూక్లిడియన్ దూరం (ED) పై అసోసియేషన్ విశ్లేషణ బేస్. కింది చిత్రంలో
X- అక్షం: క్రోమోజోమ్ సంఖ్య; ప్రతి చుక్క SNP యొక్క ED విలువను సూచిస్తుంది. బ్లాక్ లైన్ అమర్చిన ED విలువకు అనుగుణంగా ఉంటుంది. అధిక ED విలువ సైట్ మరియు ఫినోటైప్ మధ్య మరింత ముఖ్యమైన అనుబంధాన్ని సూచిస్తుంది. రెడ్ డాష్ లైన్ ముఖ్యమైన అనుబంధం యొక్క ప్రవేశాన్ని సూచిస్తుంది.
2. అసోసియేషన్ విశ్లేషణ ఆధారిత SNP- ఇండెక్స్ లేదు
X- అక్షం: క్రోమోజోమ్ సంఖ్య; ప్రతి చుక్క SNP- ఇండెక్స్ విలువను సూచిస్తుంది. బ్లాక్ లైన్ అంటే అమర్చిన SNP- ఇండెక్స్ విలువ. విలువ పెద్దది, అసోసియేషన్ మరింత ముఖ్యమైనది.
BMK కేసు
ప్రధాన-ప్రభావ పరిమాణాత్మక లక్షణం లోకస్ FNL7.1 దోసకాయలో పండ్ల మెడ పొడవుతో సంబంధం ఉన్న ఆలస్య ఎంబ్రియోజెనిసిస్ సమృద్ధిగా ఉన్న ప్రోటీన్‌ను ఎన్కోడ్ చేస్తుంది
ప్రచురించబడింది: ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్, 2020
సీక్వెన్సింగ్ స్ట్రాటజీ:
తల్లిదండ్రులు (JIN5-508, YN): 34 × మరియు 20 for కోసం మొత్తం జన్యువును తిరిగి పొందడం.
DNA కొలనులు (50 పొడవైన మెడ మరియు 50 చిన్న మెడ): 61 × మరియు 52 for కోసం పున ec రూపకల్పన
కీ ఫలితాలు
ఈ అధ్యయనంలో, దీర్ఘ-మెడ దోసకాయ రేఖ JIN5-508 మరియు చిన్న-మెడ YN ను దాటడం ద్వారా జనాభాను (F2 మరియు F2: 3) వేరుచేయడం ద్వారా ఉత్పత్తి చేయబడింది. రెండు DNA కొలనులను 50 విపరీతమైన పొడవైన-మెడ వ్యక్తులు మరియు 50 మంది చిన్న-మెడ వ్యక్తులు నిర్మించారు. BSA విశ్లేషణ మరియు సాంప్రదాయ క్యూటిఎల్ మ్యాపింగ్ ద్వారా ప్రధాన-ప్రభావ QTL ను CHR07 లో గుర్తించారు. అభ్యర్థి ప్రాంతం జరిమానా-మ్యాపింగ్, జన్యు వ్యక్తీకరణ పరిమాణీకరణ మరియు ట్రాన్స్జెనిక్ ప్రయోగాల ద్వారా మరింత తగ్గించబడింది, ఇది మెడ-పొడవు, CSFNL7.1 ను నియంత్రించడంలో కీలక జన్యువును వెల్లడించింది. అదనంగా, CSFNL7.1 ప్రమోటర్ ప్రాంతంలో పాలిమార్ఫిజం సంబంధిత వ్యక్తీకరణతో సంబంధం కలిగి ఉన్నట్లు కనుగొనబడింది. మరింత ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ FNL7.1 లోకస్ భారతదేశం నుండి ఉద్భవించే అవకాశం ఉందని సూచించింది.
 దోసకాయ మెడ పొడవుతో అనుబంధించబడిన అభ్యర్థి ప్రాంతాన్ని గుర్తించడానికి BSA విశ్లేషణలో QTL- మ్యాపింగ్ |  దోసకాయ మెడ-పొడవు క్యూటిఎల్ యొక్క LOD ప్రొఫైల్స్ CHR07 లో గుర్తించబడ్డాయి |
జు, ఎక్స్., మరియు ఇతరులు. "ప్రధాన-ప్రభావ పరిమాణాత్మక లక్షణం లోకస్ FNL7.1 దోసకాయలో పండ్ల మెడ పొడవుతో సంబంధం ఉన్న ఆలస్య ఎంబ్రియోజెనిసిస్ సమృద్ధిగా ఉన్న ప్రోటీన్‌ను ఎన్కోడ్ చేస్తుంది." ప్లాంట్ బయోటెక్నాలజీ జర్నల్ 18.7 (2020).
