BMKMANU S1000 స్పేషియల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్
BMKMANU S1000 స్పేషియల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ టెక్నికల్ స్కీమ్
ఫీచర్లు
● రిజల్యూషన్: 5 µM
● స్పాట్ వ్యాసం: 2.5 µM
● మచ్చల సంఖ్య: సుమారు 2 మిలియన్
● 3 సాధ్యమయ్యే క్యాప్చర్ ఏరియా ఫార్మాట్‌లు: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm లేదా 15 mm * 20 mm
● ప్రతి బార్‌కోడ్ పూస 4 విభాగాలతో కూడిన ప్రైమర్‌లతో లోడ్ చేయబడింది:
mRNA ప్రైమింగ్ మరియు cDNA సంశ్లేషణ కోసం పాలీ(dT) తోక
యాంప్లిఫికేషన్ బయాస్‌ని సరిచేయడానికి యూనిక్ మాలిక్యులర్ ఐడెంటిఫైయర్ (UMI).
ప్రాదేశిక బార్‌కోడ్
పాక్షిక రీడ్ 1 సీక్వెన్సింగ్ ప్రైమర్ బైండింగ్ సీక్వెన్స్
● H&E మరియు విభాగాల ఫ్లోరోసెంట్ స్టెయినింగ్
● ఉపయోగించడానికి అవకాశంసెల్ సెగ్మెంటేషన్ టెక్నాలజీ: H&E స్టెయినింగ్, ఫ్లోరోసెంట్ స్టెయినింగ్ మరియు RNA సీక్వెన్సింగ్ యొక్క ఏకీకరణ ప్రతి కణం యొక్క సరిహద్దులను నిర్ణయించడానికి మరియు ప్రతి కణానికి జన్యు వ్యక్తీకరణను సరిగ్గా కేటాయించడానికి.
BMKMANU S1000 యొక్క ప్రయోజనాలు
●సబ్ సెల్యులార్ రిజల్యూషన్: ప్రతి క్యాప్చర్ ప్రాంతం> 2.5 µm వ్యాసంతో మరియు స్పాట్ సెంటర్‌ల మధ్య 5 µm అంతరంతో 2 మిలియన్ ప్రాదేశిక బార్‌కోడ్ స్పాట్‌లను కలిగి ఉంది, ఇది ఉప-సెల్యులార్ రిజల్యూషన్‌తో (5 µm) ప్రాదేశిక ట్రాన్స్క్రిప్ట్ విశ్లేషణను అనుమతిస్తుంది.
●బహుళ-స్థాయి రిజల్యూషన్ విశ్లేషణ:సరైన రిజల్యూషన్ వద్ద విభిన్న కణజాల లక్షణాలను పరిష్కరించడానికి 100 μm నుండి 5 μm వరకు ఫ్లెక్సిబుల్ బహుళ-స్థాయి విశ్లేషణ.
●“ఒకే స్లయిడ్‌లో మూడు” సెల్ సెగ్మెంటేషన్ టెక్నాలజీని ఉపయోగించే అవకాశం:ఒకే స్లయిడ్‌లో ఫ్లోరోసెన్స్ స్టెయినింగ్, H&E స్టెయినింగ్ మరియు RNA సీక్వెన్సింగ్‌లను కలిపి, మా "త్రీ-ఇన్-వన్" విశ్లేషణ అల్గోరిథం తదుపరి సెల్-ఆధారిత ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్స్ కోసం సెల్ సరిహద్దుల గుర్తింపును శక్తివంతం చేస్తుంది.
●బహుళ సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లకు అనుకూలమైనది: NGS మరియు లాంగ్-రీడ్ సీక్వెన్సింగ్ రెండూ అందుబాటులో ఉన్నాయి.
●1-8 యాక్టివ్ క్యాప్చర్ ఏరియా యొక్క సౌకర్యవంతమైన డిజైన్: క్యాప్చర్ ప్రాంతం యొక్క పరిమాణం అనువైనది, 3 ఫార్మాట్‌లను ఉపయోగించడం సాధ్యమవుతుంది (6.8 మిమీ * 6.8 మిమీ., 11 మిమీ * 11 మిమీ మరియు 15 మిమీ * 20 మిమీ)
●వన్-స్టాప్ సర్వీస్: ఇది క్రయో-సెక్షన్, స్టెయినింగ్, టిష్యూ ఆప్టిమైజేషన్, స్పేషియల్ బార్‌కోడింగ్, లైబ్రరీ ప్రిపరేషన్, సీక్వెన్సింగ్ మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్‌తో సహా అన్ని అనుభవం మరియు నైపుణ్యం-ఆధారిత దశలను ఏకీకృతం చేస్తుంది.
●ఫలితాల సమగ్ర బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ మరియు యూజర్ ఫ్రెండ్లీ విజువలైజేషన్:ప్యాకేజీలో 29 విశ్లేషణలు మరియు 100+ అధిక-నాణ్యత గణాంకాలు ఉన్నాయి, సెల్ స్ప్లిటింగ్ మరియు స్పాట్ క్లస్టరింగ్‌ని దృశ్యమానం చేయడానికి మరియు అనుకూలీకరించడానికి ఇన్‌హౌస్ డెవలప్‌మెంట్ సాఫ్ట్‌వేర్ వాడకంతో కలిపి.
●అనుకూలీకరించిన డేటా విశ్లేషణ మరియు విజువలైజేషన్: వివిధ పరిశోధన అభ్యర్థనల కోసం అందుబాటులో ఉంది
●అత్యంత నైపుణ్యం కలిగిన సాంకేతిక బృందం: మానవ, ఎలుక, క్షీరదం, చేపలు మరియు మొక్కలతో సహా 250 కంటే ఎక్కువ కణజాల రకాలు మరియు 100+ జాతులలో అనుభవంతో.
●మొత్తం ప్రాజెక్ట్‌పై నిజ-సమయ నవీకరణలు: ప్రయోగాత్మక పురోగతిపై పూర్తి నియంత్రణతో.
●సింగిల్-సెల్ mRNA సీక్వెన్సింగ్‌తో ఐచ్ఛిక ఉమ్మడి విశ్లేషణ
సర్వీస్ స్పెసిఫికేషన్స్
|
నమూనా అవసరాలు
| లైబ్రరీ |
సీక్వెన్సింగ్ వ్యూహం
| డేటా సిఫార్సు చేయబడింది | నాణ్యత నియంత్రణ |
| OCT-ఎంబెడెడ్ క్రయో నమూనాలు, ప్రతి నమూనాకు 3 బ్లాక్‌లు | S1000 cDNA లైబ్రరీ | ఇల్యూమినా PE150 (ఇతర ప్లాట్‌ఫారమ్‌లు అందుబాటులో ఉన్నాయి) | 100 uMకి 100K PE రీడ్‌లు (60-150 Gb) | RIN>7 |
నమూనా తయారీ మార్గదర్శకత్వం మరియు సర్వీస్ వర్క్‌ఫ్లో మరిన్ని వివరాల కోసం, దయచేసి సంకోచించకండి aBMKGENE నిపుణుడు
సర్వీస్ వర్క్ ఫ్లో
నమూనా తయారీ దశలో, అధిక-నాణ్యత RNA పొందవచ్చని నిర్ధారించడానికి ప్రారంభ బల్క్ RNA వెలికితీత ట్రయల్ నిర్వహించబడుతుంది. కణజాల ఆప్టిమైజేషన్ దశలో విభాగాలు తడిసినవి మరియు దృశ్యమానం చేయబడతాయి మరియు కణజాలం నుండి mRNA విడుదల కోసం పారగమ్యత పరిస్థితులు ఆప్టిమైజ్ చేయబడతాయి. లైబ్రరీ నిర్మాణ సమయంలో ఆప్టిమైజ్ చేయబడిన ప్రోటోకాల్ వర్తించబడుతుంది, తరువాత సీక్వెన్సింగ్ మరియు డేటా విశ్లేషణ.
పూర్తి సర్వీస్ వర్క్‌ఫ్లో రియల్-టైమ్ అప్‌డేట్‌లు మరియు క్లయింట్ నిర్ధారణలను కలిగి ఉంటుంది, ఇది ప్రతిస్పందించే ఫీడ్‌బ్యాక్ లూప్‌ను నిర్వహించడానికి, సాఫీగా ప్రాజెక్ట్ అమలును నిర్ధారిస్తుంది.
BMKMANU S1000 ద్వారా రూపొందించబడిన డేటా "BSTMatrix" సాఫ్ట్‌వేర్‌ను ఉపయోగించి విశ్లేషించబడుతుంది, ఇది BMKGENE ద్వారా స్వతంత్రంగా రూపొందించబడింది, ఇది జీన్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ మ్యాట్రిక్స్‌ను ఉత్పత్తి చేస్తుంది. అక్కడ నుండి, డేటా నాణ్యత నియంత్రణ, అంతర్గత నమూనా విశ్లేషణ మరియు అంతర్-సమూహ విశ్లేషణలతో కూడిన ప్రామాణిక నివేదిక రూపొందించబడింది.
● డేటా నాణ్యత నియంత్రణ:
డేటా అవుట్‌పుట్ మరియు నాణ్యమైన స్కోర్ పంపిణీ
ఒక్కో ప్రదేశానికి జన్యు గుర్తింపు
కణజాల కవరేజ్
● అంతర్గత నమూనా విశ్లేషణ:
జన్యు సంపద
తగ్గిన డైమెన్షన్ విశ్లేషణతో సహా స్పాట్ క్లస్టరింగ్
సమూహాల మధ్య అవకలన వ్యక్తీకరణ విశ్లేషణ: మార్కర్ జన్యువుల గుర్తింపు
మార్కర్ జన్యువుల ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన మరియు సుసంపన్నం
● ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ:
రెండు నమూనాల (ఉదా. వ్యాధిగ్రస్తులు మరియు నియంత్రణ) మరియు తిరిగి క్లస్టర్ నుండి మచ్చల పునః కలయిక
ప్రతి క్లస్టర్ కోసం మార్కర్ జన్యువుల గుర్తింపు
మార్కర్ జన్యువుల ఫంక్షనల్ ఉల్లేఖన మరియు సుసంపన్నం
సమూహాల మధ్య ఒకే క్లస్టర్ యొక్క అవకలన వ్యక్తీకరణ
అదనంగా, BMKGENE అభివృద్ధి చేసిన “BSTViewer” అనేది వినియోగదారు-స్నేహపూర్వక సాధనం, ఇది వినియోగదారుని వివిధ రిజల్యూషన్‌లలో జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు స్పాట్ క్లస్టరింగ్‌ను దృశ్యమానం చేయడానికి వీలు కల్పిస్తుంది.
BMKGene యూజర్ ఫ్రెండ్లీ విజువలైజేషన్ కోసం సాఫ్ట్‌వేర్‌ను అభివృద్ధి చేసింది
బహుళ-స్థాయి రిజల్యూషన్‌లో BSTViewer స్పాట్ క్లస్టరింగ్
BSTCellViewer: ఆటోమేటిక్ మరియు మాన్యువల్ సెల్ విభజన
అంతర్గత నమూనా విశ్లేషణ
స్పాట్ క్లస్టరింగ్:
మార్కర్ జన్యువుల గుర్తింపు మరియు ప్రాదేశిక పంపిణీ:
ఇంటర్-గ్రూప్ విశ్లేషణ
రెండు సమూహాల నుండి డేటా కలయిక మరియు రీ-క్లస్టర్:
కొత్త సమూహాల మార్కర్ జన్యువులు:
ఈ ఫీచర్ చేయబడిన ప్రచురణలో BMKManu S1000 టెక్నాలజీతో BMKGene యొక్క స్పేషియల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్స్ సేవల ద్వారా సులభతరం చేయబడిన పురోగతిని అన్వేషించండి:
సాంగ్, X. మరియు ఇతరులు. (2023) 'స్పేషియల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్స్ టొమాటో కాలిస్‌లో షూట్ పునరుత్పత్తిని ప్రోత్సహించడంలో పాల్గొన్న కాంతి-ప్రేరిత క్లోరెన్‌చైమా కణాలను వెల్లడిస్తుంది',యునైటెడ్ స్టేట్స్ ఆఫ్ అమెరికా యొక్క నేషనల్ అకాడమీ ఆఫ్ సైన్సెస్ యొక్క ప్రొసీడింగ్స్, 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
మీరు, Y. మరియు ఇతరులు. (2023) 'సీక్వెన్సింగ్-ఆధారిత ప్రాదేశిక ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్ పద్ధతుల యొక్క క్రమబద్ధమైన పోలిక',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
