முழு மரபணு பைசல்ஃபைட் வரிசைமுறை (WGBS)
முழு ஜீனோம் பைசல்பைட் சீக்வென்சிங் (WGBS) என்பது டிஎன்ஏ மெத்திலேஷனை ஆழமாக ஆராய்வதற்கான தங்க-தரமான வழிமுறையாகும், குறிப்பாக சைட்டோசினில் (5-mC) ஐந்தாவது நிலை, மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் செல்லுலார் செயல்பாட்டின் முக்கிய சீராக்கி. WGBS இன் அடிப்படைக் கொள்கையானது பைசல்பைட் சிகிச்சையை உள்ளடக்கியது, மெத்திலேட்டட் சைட்டோசைன்களை யூரேசில் (C to U) ஆக மாற்றுவதைத் தூண்டுகிறது, அதே நேரத்தில் மெத்திலேட்டட் சைட்டோசைன்கள் மாறாமல் இருக்கும். இந்த நுட்பம் ஒற்றை-அடிப்படைத் தீர்மானத்தை வழங்குகிறது, ஆராய்ச்சியாளர்கள் மெத்திலோமை விரிவாக ஆராயவும், பல்வேறு நிலைகளுடன் தொடர்புடைய அசாதாரண மெத்திலேஷன் வடிவங்களைக் கண்டறியவும் அனுமதிக்கிறது, குறிப்பாக புற்றுநோய். WGBS ஐப் பயன்படுத்துவதன் மூலம், விஞ்ஞானிகள் மரபணு அளவிலான மெத்திலேஷன் நிலப்பரப்புகளில் இணையற்ற நுண்ணறிவுகளைப் பெற முடியும், இது பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகள் மற்றும் நோய்களுக்கு அடித்தளமாக இருக்கும் எபிஜெனெடிக் வழிமுறைகள் பற்றிய நுணுக்கமான புரிதலை வழங்குகிறது.
சேவை அம்சங்கள்
● குறிப்பு மரபணு தேவை.
● பைசல்பைட் மாற்றும் திறனை கண்காணிக்க Lambda DNA சேர்க்கப்பட்டது.
● Illumina NovaSeq இல் வரிசைப்படுத்துதல்.
சேவை நன்மைகள்
●டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் ஆராய்ச்சிக்கான தங்க தரநிலை: இந்த முதிர்ந்த மெத்திலேஷன் மாற்ற செயலாக்க தொழில்நுட்பம் அதிக துல்லியம் மற்றும் நல்ல மறுஉற்பத்தித்திறன் கொண்டது.
●பரந்த கவரேஜ் மற்றும் ஒற்றை அடிப்படைத் தீர்மானம்:மரபணு அளவிலான அளவில் மெத்திலேஷன் தளங்களைக் கண்டறிதல்.
●முழுமையான மேடை:மாதிரி செயலாக்கம், நூலகக் கட்டுமானம், உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு வரிசைப்படுத்துதல் ஆகியவற்றிலிருந்து ஒரு நிறுத்தத்தில் சிறந்த சேவையை வழங்குகிறது.
●விரிவான நிபுணத்துவம்: WGBS வரிசைப்படுத்தல் திட்டங்கள் பல்வேறு வகையான உயிரினங்களில் வெற்றிகரமாக முடிக்கப்பட்ட நிலையில், BMKGENE ஒரு தசாப்தத்திற்கும் மேலான அனுபவம், மிகவும் திறமையான பகுப்பாய்வுக் குழு, விரிவான உள்ளடக்கம் மற்றும் சிறந்த விற்பனைக்குப் பிந்தைய ஆதரவைக் கொண்டுவருகிறது.
●டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் அனாலிசிஸ் உடன் இணைவதற்கான வாய்ப்பு: RNA-seq போன்ற பிற ஓமிக்ஸ் தரவுகளுடன் WGBS இன் ஒருங்கிணைந்த பகுப்பாய்வை அனுமதிக்கிறது.
மாதிரி விவரக்குறிப்புகள்
| நூலகம் | வரிசைப்படுத்துதல் உத்தி | பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு வெளியீடு | தரக் கட்டுப்பாடு |
| Bisulfite சிகிச்சை | இல்லுமினா PE150 | 30x ஆழம் | Q30 ≥ 85% பைசல்பைட் மாற்றம் > 99% |
மாதிரி தேவைகள்
| செறிவு (ng/µL) | மொத்த தொகை (µg) | கூடுதல் தேவைகள் | |
| மரபணு DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | வரையறுக்கப்பட்ட சிதைவு அல்லது மாசுபாடு |
சேவை வேலை ஓட்டம்
மாதிரி விநியோகம்
டிஎன்ஏ பிரித்தெடுத்தல்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
தரவு விநியோகம்
பின்வரும் பகுப்பாய்வு அடங்கும்:
● ரா வரிசைப்படுத்தல் தரக் கட்டுப்பாடு;
● குறிப்பு மரபணுவுக்கு மேப்பிங்;
● 5mC மெத்திலேட்டட் தளங்களைக் கண்டறிதல்;
● மெத்திலேஷன் விநியோகம் மற்றும் சிறுகுறிப்பு பற்றிய பகுப்பாய்வு;
● வேறுபட்ட மெத்திலேட்டட் பகுதிகளின் பகுப்பாய்வு (DMRs);
● DMR களுடன் தொடர்புடைய மரபணுக்களின் செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பு.
5mC மெத்திலேஷன் கண்டறிதல்: மெத்திலேட்டட் தளங்களின் வகைகள்
மெத்திலேஷன் வரைபடம். 5mC மெத்திலேஷன் மரபணு அளவிலான விநியோகம்
அதிக மெத்திலேட்டட் பகுதிகளின் சிறுகுறிப்பு
வித்தியாசமாக மெத்திலேட்டட் பகுதிகள்: தொடர்புடைய மரபணுக்கள்
வித்தியாசமாக மெத்திலேட்டட் பகுதிகள்: தொடர்புடைய மரபணுக்களின் சிறுகுறிப்பு (ஜீன் ஆன்டாலஜி)
BMKGene இன் முழு ஜீனோம் பைசல்பைட் வரிசைப்படுத்தல் சேவைகளால் எளிதாக்கப்பட்ட ஆராய்ச்சி மேம்பாடுகளை, வெளியிடப்பட்ட தொகுப்புகளின் மூலம் ஆராயுங்கள்.
ஃபேன், ஒய். மற்றும் பலர். (2020) 'முழு மரபணு பைசல்பைட் வரிசைமுறையைப் பயன்படுத்தி ஆடுகளின் எலும்பு தசை வளர்ச்சியின் போது டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் சுயவிவரங்களின் பகுப்பாய்வு',BMC ஜெனோமிக்ஸ், 21(1), பக். 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
ஜாவோ, எக்ஸ். மற்றும் பலர். (2022) 'வினைல் குளோரைடுக்கு வெளிப்படும் தொழிலாளர்களில் நாவல் டிஆக்ஸிரைபோநியூக்ளிக் அமில மெத்திலேஷன் இடையூறுகள்',நச்சுயியல் மற்றும் தொழில்துறை ஆரோக்கியம், 38(7), பக். 377–388. செய்ய: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. மற்றும் பலர். (2020) 'ஜீனோம் மெத்திலேஷன், குறியிடாத ஆர்என்ஏக்கள், எம்ஆர்என்ஏக்கள் மற்றும் தக்காளி பழங்களை பழுக்க வைப்பதில் உள்ள வளர்சிதை மாற்றங்களுக்கு இடையேயான உறவுகள்',தாவர இதழ், 103(3), பக். 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
