குறிப்பிட்ட-உள்ளூர் பெருக்கப்பட்ட துண்டு வரிசைமுறை (SLAF-Seq)
பணிப்பாய்வு
தொழில்நுட்ப திட்டம்
சேவை அம்சங்கள்
● PE150 உடன் NovaSeq இல் வரிசைப்படுத்துதல்.
● இரட்டை பார்கோடிங் மூலம் லைப்ரரி தயாரித்தல், 1000க்கும் மேற்பட்ட மாதிரிகளை சேகரிக்க உதவுகிறது.
● இந்த நுட்பத்தை ஒரு குறிப்பு மரபணுவுடன் அல்லது இல்லாமலும் பயன்படுத்தலாம், ஒவ்வொரு வழக்கிற்கும் வெவ்வேறு உயிர் தகவல் குழாய்களுடன்:
குறிப்பு மரபணுவுடன்: SNP மற்றும் InDel கண்டுபிடிப்பு
குறிப்பு மரபணு இல்லாமல்: மாதிரி கிளஸ்டரிங் மற்றும் SNP கண்டுபிடிப்பு
● இல்சிலிகோவில்வடிவமைப்புக்கு முந்தைய நிலை பல கட்டுப்பாடு என்சைம் சேர்க்கைகள் மரபணுவுடன் SLAF குறிச்சொற்களின் சீரான விநியோகத்தை உருவாக்கும் ஒன்றைக் கண்டறிய திரையிடப்படுகின்றன.
● முன் பரிசோதனையின் போது, 9 SLAF நூலகங்களை உருவாக்க 3 மாதிரிகளில் மூன்று என்சைம் சேர்க்கைகள் சோதிக்கப்படுகின்றன, மேலும் இந்தத் தகவல் திட்டத்திற்கான உகந்த கட்டுப்பாடு என்சைம் கலவையைத் தேர்வுசெய்யப் பயன்படுகிறது.
சேவை நன்மைகள்
●உயர் மரபணு குறிப்பான் கண்டுபிடிப்பு: உயர்-செயல்திறன் இரட்டை பார்கோடு அமைப்பை ஒருங்கிணைத்தல், பெரிய மக்கள்தொகையை ஒரே நேரத்தில் வரிசைப்படுத்த அனுமதிக்கிறது, மேலும் லோகஸ்-குறிப்பிட்ட பெருக்கம் செயல்திறனை மேம்படுத்துகிறது, டேக் எண்கள் பல்வேறு ஆராய்ச்சி கேள்விகளின் பல்வேறு தேவைகளைப் பூர்த்தி செய்வதை உறுதி செய்கிறது.
● ஜீனோமில் குறைந்த சார்பு: இது குறிப்பு மரபணுவுடன் அல்லது இல்லாமல் இனங்களுக்குப் பயன்படுத்தப்படலாம்.
●நெகிழ்வான திட்ட வடிவமைப்பு: ஒற்றை-நொதி, இரட்டை-நொதி, பல நொதி செரிமானம் மற்றும் பல்வேறு வகையான நொதிகள் அனைத்தும் வெவ்வேறு ஆராய்ச்சி இலக்குகள் அல்லது இனங்களைப் பூர்த்தி செய்யத் தேர்ந்தெடுக்கப்படலாம். திசிலிகோவில்ஒரு உகந்த நொதி வடிவமைப்பை உறுதி செய்வதற்காக முன்-வடிவமைப்பு மேற்கொள்ளப்படுகிறது.
● நொதி செரிமானத்தில் உயர் செயல்திறன்: ஒரு கடத்தல்சிலிகோவில்குரோமோசோமில் (1 SLAF டேக்/4Kb) SLAF குறிச்சொற்களின் சீரான விநியோகத்துடன் முன்-வடிவமைப்பு மற்றும் முன்-பரிசோதனை உறுதிசெய்யப்பட்ட உகந்த வடிவமைப்பு மற்றும் மீண்டும் மீண்டும் வரும் வரிசை (<5%) குறைக்கப்பட்டது.
●விரிவான நிபுணத்துவம்: தாவரங்கள், பாலூட்டிகள், பறவைகள், பூச்சிகள் மற்றும் நீர்வாழ் உயிரினங்கள் உட்பட நூற்றுக்கணக்கான உயிரினங்களில் 5000க்கும் மேற்பட்ட SLAF-Seq திட்டங்களை முடித்ததன் சாதனைப் பதிவோடு, எங்கள் குழு ஒவ்வொரு திட்டத்திற்கும் அனுபவச் செல்வத்தைக் கொண்டுவருகிறது.
● சுய-வளர்ச்சியடைந்த உயிர் தகவலியல் பணிப்பாய்வு: BMKGENE ஆனது இறுதி வெளியீட்டின் நம்பகத்தன்மை மற்றும் துல்லியத்தை உறுதி செய்வதற்காக SLAF-Seq க்காக ஒரு ஒருங்கிணைந்த உயிர் தகவலியல் பணிப்பாய்வுகளை உருவாக்கியது.
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
| பகுப்பாய்வு வகை | பரிந்துரைக்கப்பட்ட மக்கள் தொகை அளவு | வரிசைப்படுத்துதல் உத்தி | |
| குறிச்சொல் வரிசைமுறையின் ஆழம் | குறி எண் | ||
| மரபணு வரைபடங்கள் | 2 பெற்றோர் மற்றும் > 150 பிள்ளைகள் | பெற்றோர்: 20x WGS சந்ததி: 10x | மரபணு அளவு: <400 Mb: WGS பரிந்துரைக்கப்படுகிறது <1Gb: 100K குறிச்சொற்கள் 1-2Gb:: 200K குறிச்சொற்கள் >2Gb: 300K குறிச்சொற்கள் அதிகபட்சம் 500k குறிச்சொற்கள் |
| ஜீனோம்-வைட் அசோசியேஷன் ஸ்டடீஸ் (GWAS) | ≥200 மாதிரிகள் | 10x | |
| மரபணு பரிணாமம் | ≥30 மாதிரிகள், ஒவ்வொரு துணைக்குழுவிலிருந்தும் >10 மாதிரிகள் | 10x | |
சேவை தேவைகள்
செறிவு ≥ 5 ng/µL
மொத்தத் தொகை ≥ 80 ng
நானோட்ராப் OD260/280=1.6-2.5
அகரோஸ் ஜெல்: இல்லை அல்லது வரையறுக்கப்பட்ட சிதைவு அல்லது மாசுபாடு
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கொள்கலன்: 2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய்
(பெரும்பாலான மாதிரிகளுக்கு, எத்தனாலில் சேமிக்க வேண்டாம் என்று பரிந்துரைக்கிறோம்)
மாதிரி லேபிளிங்: மாதிரிகள் தெளிவாக லேபிளிடப்பட வேண்டும் மற்றும் சமர்ப்பிக்கப்பட்ட மாதிரி தகவல் படிவத்துடன் ஒத்ததாக இருக்க வேண்டும்.
ஏற்றுமதி: உலர்-பனி: மாதிரிகளை முதலில் பைகளில் அடைத்து உலர் பனியில் புதைக்க வேண்டும்.
சேவை பணிப்பாய்வு
மாதிரி QC
பைலட் பரிசோதனை
SLAF-சோதனை
நூலக தயாரிப்பு
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
பின்வரும் பகுப்பாய்வு அடங்கும்:
- வரிசைப்படுத்துதல் தரவு QC
- SLAF டேக் மேம்பாடு
குறிப்பு மரபணுவுக்கு மேப்பிங்
குறிப்பு மரபணு இல்லாமல்: கிளஸ்டரிங்
- SLAF குறிச்சொற்களின் பகுப்பாய்வு.: புள்ளிவிவரங்கள், மரபணு முழுவதும் விநியோகம்
- மார்க்கர் கண்டுபிடிப்பு: SNP, InDel, SNV, CV அழைப்பு மற்றும் சிறுகுறிப்பு
குரோமோசோம்களில் SLAF குறிச்சொற்களின் விநியோகம்:
குரோமோசோம்களில் SNP களின் விநியோகம்:
SNP சிறுகுறிப்பு
| ஆண்டு | இதழ் | IF | தலைப்பு | விண்ணப்பங்கள் |
| 2022 | இயற்கை தொடர்பு | 17.694 | ட்ரீ பியோனியின் கிகா-குரோமோசோம்கள் மற்றும் ஜிகா-ஜீனோம் ஆகியவற்றின் மரபணு அடிப்படை பியோனியா ஆஸ்டி | SLAF-GWAS |
| 2015 | புதிய பைட்டாலஜிஸ்ட் | 7.433 | வேளாண்மை முக்கியத்துவம் வாய்ந்த மரபணுப் பகுதிகளை வீட்டுத் தடங்கள் நங்கூரமிடுகின்றன சோயாபீன்ஸ் | SLAF-GWAS |
| 2022 | மேம்பட்ட ஆராய்ச்சி இதழ் | 12.822 | ஜி. ஹிர்சுட்டமுக்குள் கோசிபியம் பார்படென்ஸின் மரபணு அளவிலான செயற்கையான ஊடுருவல்கள் பருத்தி இழையின் தரம் மற்றும் விளைச்சலை ஒரே நேரத்தில் மேம்படுத்துவதற்கான உயர்ந்த இடத்தை வெளிப்படுத்துகிறது பண்புகள் | SLAF- பரிணாம மரபியல் |
| 2019 | மூலக்கூறு ஆலை | 10.81 | மக்கள்தொகை மரபணு பகுப்பாய்வு மற்றும் டி நோவோ அசெம்பிளி ஆகியவை வீடியின் தோற்றத்தை வெளிப்படுத்துகின்றன ஒரு பரிணாம விளையாட்டாக அரிசி | SLAF- பரிணாம மரபியல் |
| 2019 | இயற்கை மரபியல் | 31.616 | பொதுவான கெண்டை, சைப்ரினஸ் கார்பியோவின் மரபணு வரிசை மற்றும் மரபணு வேறுபாடு | SLAF-இணைப்பு வரைபடம் |
| 2014 | இயற்கை மரபியல் | 25.455 | பயிரிடப்பட்ட வேர்க்கடலையின் மரபணு பருப்பு வகை காரியோடைப், பாலிப்ளோயிட் பற்றிய நுண்ணறிவை வழங்குகிறது பரிணாமம் மற்றும் பயிர் வளர்ப்பு. | SLAF-இணைப்பு வரைபடம் |
| 2022 | தாவர பயோடெக்னாலஜி ஜர்னல் | 9.803 | ST1 ஐ அடையாளம் காண்பது, விதை உருவ அமைப்பைப் பற்றிய ஒரு தேர்வை வெளிப்படுத்துகிறது மற்றும் சோயாபீன் வளர்ப்பின் போது எண்ணெய் உள்ளடக்கம் | SLAF-மார்க்கர் வளர்ச்சி |
| 2022 | மூலக்கூறு அறிவியல் சர்வதேச இதழ் | 6.208 | கோதுமை-லேமஸ் மோலிஸ் 2Ns (2D)க்கான அடையாளம் மற்றும் DNA குறிப்பான் மேம்பாடு டிசோமிக் குரோமோசோம் மாற்று | SLAF-மார்க்கர் வளர்ச்சி |
| ஆண்டு | இதழ் | IF | தலைப்பு | விண்ணப்பங்கள் |
| 2023 | தாவர அறிவியலில் எல்லைகள் | 6.735 | பைரஸ் பைரிஃபோலியாவின் பழம் பழுக்க வைக்கும் போது சர்க்கரை உள்ளடக்கத்தின் QTL மேப்பிங் மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்வு | மரபணு வரைபடம் |
| 2022 | தாவர பயோடெக்னாலஜி ஜர்னல் | 8.154 | ST1 ஐ அடையாளம் காண்பது சோயாபீன் வளர்ப்பின் போது விதை உருவவியல் மற்றும் எண்ணெய் உள்ளடக்கம் ஆகியவற்றைப் பற்றிய ஒரு தேர்வை வெளிப்படுத்துகிறது.
| SNP அழைப்பு |
| 2022 | தாவர அறிவியலில் எல்லைகள் | 6.623 | வறட்சி சூழலில் ஹல்லெஸ் பெர்லி பினோடைப்களின் ஜீனோம்-வைட் அசோசியேஷன் மேப்பிங்.
| GWAS |
