-
ஒற்றை கருக்கள் ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை
ஒற்றை-செல் பிடிப்பு மற்றும் தனிப்பயன் நூலக கட்டுமான நுட்பங்களின் வளர்ச்சி, உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறையுடன் இணைந்து, செல் அளவில் மரபணு வெளிப்பாடு ஆய்வுகளில் புரட்சியை ஏற்படுத்தியுள்ளது. இந்த முன்னேற்றமானது சிக்கலான செல் மக்கள்தொகையின் ஆழமான மற்றும் விரிவான பகுப்பாய்வை அனுமதிக்கிறது, அனைத்து உயிரணுக்களின் சராசரி மரபணு வெளிப்பாட்டுடன் தொடர்புடைய வரம்புகளை மீறுகிறது மற்றும் இந்த மக்கள்தொகைக்குள் உண்மையான பன்முகத்தன்மையைப் பாதுகாக்கிறது. ஒற்றை செல் RNA வரிசைமுறை (scRNA-seq) மறுக்க முடியாத நன்மைகளைக் கொண்டிருந்தாலும், சில திசுக்களில் சவால்களை எதிர்கொள்கிறது, அங்கு ஒற்றை செல் இடைநீக்கத்தை உருவாக்குவது கடினம் மற்றும் புதிய மாதிரிகள் தேவைப்படுகின்றன. BMKGene இல், அதிநவீன 10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி ஒற்றை-நியூக்ளியஸ் RNA வரிசைமுறையை (snRNA-seq) வழங்குவதன் மூலம் இந்தத் தடையை நாங்கள் நிவர்த்தி செய்கிறோம். இந்த அணுகுமுறை ஒற்றை செல் அளவில் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்விற்கு ஏற்ற மாதிரிகளின் நிறமாலையை விரிவுபடுத்துகிறது.
புதுமையான 10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் சிப் மூலம் கருக்களின் தனிமைப்படுத்தல் நிறைவேற்றப்படுகிறது, இதில் இரட்டை குறுக்குவெட்டுகளுடன் எட்டு சேனல் மைக்ரோஃப்ளூய்டிக்ஸ் அமைப்பு உள்ளது. இந்த அமைப்பிற்குள், பார்கோடுகள், ப்ரைமர்கள், என்சைம்கள் மற்றும் ஒரு ஒற்றை உட்கருவை உள்ளடக்கிய ஜெல் மணிகள் நானோலிட்டர் அளவிலான எண்ணெய் துளிகளில் இணைக்கப்பட்டு, ஜெல் பீட்-இன்-எமல்ஷன் (ஜிஇஎம்) உருவாகிறது. GEM உருவானதைத் தொடர்ந்து, ஒவ்வொரு GEM லும் செல் சிதைவு மற்றும் பார்கோடு வெளியீடு நிகழ்கிறது. பின்னர், mRNA மூலக்கூறுகள் 10X பார்கோடுகள் மற்றும் தனித்த மூலக்கூறு அடையாளங்காட்டிகள் (UMIs) ஆகியவற்றை உள்ளடக்கிய சிடிஎன்ஏக்களில் தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனுக்கு உட்படுகின்றன. இந்த சிடிஎன்ஏக்கள் நிலையான வரிசைமுறை நூலகக் கட்டுமானத்திற்கு உட்படுத்தப்படுகின்றன, இது ஒற்றை செல் அளவில் மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்களின் வலுவான மற்றும் விரிவான ஆய்வுக்கு உதவுகிறது.
இயங்குதளம்: 10× ஜீனோமிக்ஸ் குரோமியம் மற்றும் இல்லுமினா நோவாசெக் இயங்குதளம்
-
10x ஜெனோமிக்ஸ் விசியம் ஸ்பேஷியல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்
ஸ்பேஷியல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் என்பது ஒரு அதிநவீன தொழில்நுட்பமாகும், இது திசுக்களுக்குள் மரபணு வெளிப்பாடு வடிவங்களை அவற்றின் இடஞ்சார்ந்த சூழலைப் பாதுகாக்கும் போது ஆராய ஆராய்ச்சியாளர்களை அனுமதிக்கிறது. இந்த டொமைனில் உள்ள ஒரு சக்திவாய்ந்த இயங்குதளம் 10x ஜெனோமிக்ஸ் விசியம் மற்றும் இல்லுமினா சீக்வென்சிங் ஆகும். 10X Visium இன் கொள்கையானது, திசுப் பிரிவுகள் வைக்கப்படும் ஒரு நியமிக்கப்பட்ட பிடிப்புப் பகுதியுடன் ஒரு சிறப்பு சிப்பில் உள்ளது. இந்த பிடிப்பு பகுதியில் பார்கோடு இடப்பட்ட புள்ளிகள் உள்ளன, ஒவ்வொன்றும் திசுவிற்குள் ஒரு தனித்துவமான இடஞ்சார்ந்த இடத்துடன் தொடர்புடையது. திசுவில் இருந்து கைப்பற்றப்பட்ட ஆர்என்ஏ மூலக்கூறுகள், தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் செயல்பாட்டின் போது தனித்துவமான மூலக்கூறு அடையாளங்காட்டிகளுடன் (UMIகள்) பெயரிடப்படுகின்றன. இந்த பார்கோடு செய்யப்பட்ட புள்ளிகள் மற்றும் UMI கள் ஒரு செல் தீர்மானத்தில் துல்லியமான இடஞ்சார்ந்த மேப்பிங் மற்றும் மரபணு வெளிப்பாட்டின் அளவை செயல்படுத்துகின்றன. இடஞ்சார்ந்த பார்கோடு செய்யப்பட்ட மாதிரிகள் மற்றும் UMIகளின் கலவையானது உருவாக்கப்பட்ட தரவின் துல்லியம் மற்றும் தனித்துவத்தை உறுதி செய்கிறது. இந்த ஸ்பேஷியல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம், உயிரணுக்களின் இடஞ்சார்ந்த அமைப்பு மற்றும் திசுக்களுக்குள் நிகழும் சிக்கலான மூலக்கூறு இடைவினைகள் பற்றிய ஆழமான புரிதலை ஆராய்ச்சியாளர்கள் பெற முடியும், புற்றுநோயியல், நரம்பியல், வளர்ச்சி உயிரியல், நோயெதிர்ப்பு உள்ளிட்ட பல துறைகளில் உயிரியல் செயல்முறைகளின் அடிப்படையிலான வழிமுறைகள் பற்றிய விலைமதிப்பற்ற நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது. , மற்றும் தாவரவியல் ஆய்வுகள்.
இயங்குதளம்: 10X ஜெனோமிக்ஸ் விசியம் மற்றும் இல்லுமினா நோவாசெக்
-
முழு நீள mRNA வரிசைமுறை-நானோபூர்
NGS-அடிப்படையிலான mRNA வரிசைமுறையானது மரபணு வெளிப்பாட்டைக் கணக்கிடுவதற்கான ஒரு பல்துறை கருவியாக இருந்தாலும், குறுகிய வாசிப்புகளை நம்பியிருப்பது சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் செயல்திறனைக் கட்டுப்படுத்துகிறது. மறுபுறம், நானோபோர் வரிசைமுறை நீண்ட வாசிப்பு தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் வரிசைமுறையை செயல்படுத்துகிறது. இந்த அணுகுமுறை மாற்று பிளவுகள், மரபணு இணைவுகள், பாலி-அடினிலேஷன் மற்றும் எம்ஆர்என்ஏ ஐசோஃபார்ம்களின் அளவீடு ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வுக்கு உதவுகிறது.
நானோபோர் வரிசைமுறை, நானோபோர் ஒற்றை-மூலக்கூறின் நிகழ்நேர மின் சமிக்ஞைகளை நம்பியிருக்கும் ஒரு முறை, நிகழ்நேரத்தில் முடிவுகளை வழங்குகிறது. மோட்டார் புரோட்டீன்களால் வழிநடத்தப்படும், இரட்டை இழைகள் கொண்ட டிஎன்ஏ ஒரு பயோஃபில்மில் பதிக்கப்பட்ட நானோபோர் புரதங்களுடன் பிணைக்கிறது, மின்னழுத்த வேறுபாட்டின் கீழ் நானோபோர் சேனலின் வழியாகச் செல்லும்போது பிரிக்கிறது. டிஎன்ஏ இழையில் வெவ்வேறு தளங்களால் உருவாக்கப்பட்ட தனித்துவமான மின் சமிக்ஞைகள் நிகழ்நேரத்தில் கண்டறியப்பட்டு வகைப்படுத்தப்படுகின்றன, இது துல்லியமான மற்றும் தொடர்ச்சியான நியூக்ளியோடைடு வரிசைமுறையை எளிதாக்குகிறது. இந்த புதுமையான அணுகுமுறை குறுகிய வாசிப்பு வரம்புகளை மீறுகிறது மற்றும் உடனடி முடிவுகளுடன் சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வுகள் உட்பட சிக்கலான மரபணு பகுப்பாய்வுக்கான மாறும் தளத்தை வழங்குகிறது.
இயங்குதளம்: நானோபூர் ப்ரோமேதியான் 48
-
முழு நீள mRNA வரிசைமுறை -PacBio
NGS-அடிப்படையிலான mRNA வரிசைமுறையானது மரபணு வெளிப்பாட்டைக் கணக்கிடுவதற்கான ஒரு பல்துறை கருவியாக இருந்தாலும், குறுகிய வாசிப்புகளை நம்பியிருப்பது சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் பயன்பாட்டைக் கட்டுப்படுத்துகிறது. மறுபுறம், PacBio சீக்வென்சிங் (Iso-Seq) நீண்ட வாசிப்பு தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் வரிசைமுறையை செயல்படுத்துகிறது. இந்த அணுகுமுறை மாற்று பிளவு, மரபணு இணைவு மற்றும் பாலி-அடினிலேஷன் ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வுக்கு உதவுகிறது. இருப்பினும், அதிக அளவு தரவு தேவைப்படுவதால், மரபணு வெளிப்பாடு அளவீட்டுக்கு வேறு தேர்வுகள் உள்ளன. PacBio வரிசைமுறை தொழில்நுட்பம் ஒற்றை-மூலக்கூறு, நிகழ்நேர (SMRT) வரிசைமுறையை நம்பியுள்ளது, இது முழு-நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை கைப்பற்றுவதில் ஒரு தனித்துவமான நன்மையை வழங்குகிறது. இந்த புதுமையான அணுகுமுறையானது ஜீரோ-மோட் அலை வழிகாட்டிகள் (ZMWs) மற்றும் மைக்ரோ ஃபேப்ரிகேட்டட் கிணறுகளைப் பயன்படுத்துவதை உள்ளடக்கியது, இது வரிசைப்படுத்தலின் போது டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ் செயல்பாட்டை நிகழ்நேர கண்காணிப்பை செயல்படுத்துகிறது. இந்த ZMWக்களுக்குள், PacBio இன் DNA பாலிமரேஸ் DNAவின் நிரப்பு இழையை ஒருங்கிணைக்கிறது, இது mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்கள் முழுவதையும் உள்ளடக்கிய நீண்ட வாசிப்புகளை உருவாக்குகிறது. சுற்றறிக்கை ஒருமித்த வரிசைமுறை (CCS) முறையில் PacBio செயல்பாடு ஒரே மூலக்கூறை மீண்டும் மீண்டும் வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம் துல்லியத்தை மேம்படுத்துகிறது. உருவாக்கப்பட்ட ஹைஃபை ரீட்கள் NGS உடன் ஒப்பிடக்கூடிய துல்லியத்தைக் கொண்டுள்ளன, மேலும் சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் அம்சங்களின் விரிவான மற்றும் நம்பகமான பகுப்பாய்வுக்கு பங்களிக்கின்றன.
இயங்குதளம்: PacBio தொடர்ச்சி II; PacBio Revio
-
யூகாரியோடிக் எம்ஆர்என்ஏ சீக்வென்சிங்-என்ஜிஎஸ்
mRNA சீக்வென்சிங், ஒரு பல்துறை தொழில்நுட்பம், குறிப்பிட்ட நிபந்தனைகளின் கீழ் செல்களுக்குள் உள்ள அனைத்து mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் விரிவான விவரக்குறிப்பை மேம்படுத்துகிறது. அதன் பரந்த அளவிலான பயன்பாடுகளுடன், இந்த அதிநவீன கருவி சிக்கலான மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்கள், மரபணு கட்டமைப்புகள் மற்றும் பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகளுடன் தொடர்புடைய மூலக்கூறு வழிமுறைகளை வெளிப்படுத்துகிறது. அடிப்படை ஆராய்ச்சி, மருத்துவ நோயறிதல் மற்றும் மருந்து மேம்பாடு ஆகியவற்றில் பரவலாக ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட எம்ஆர்என்ஏ வரிசைமுறையானது செல்லுலார் இயக்கவியல் மற்றும் மரபணு ஒழுங்குமுறையின் நுணுக்கங்களைப் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது, இது பல்வேறு துறைகளில் அதன் திறனைப் பற்றிய ஆர்வத்தைத் தூண்டுகிறது.
இயங்குதளம்: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
குறிப்பு அல்லாத அடிப்படையிலான mRNA வரிசைமுறை-NGS
mRNA வரிசைமுறையானது குறிப்பிட்ட நிபந்தனைகளின் கீழ் செல்களுக்குள் உள்ள அனைத்து mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் விரிவான விவரக்குறிப்பை மேம்படுத்துகிறது. இந்த அதிநவீன தொழில்நுட்பம் ஒரு சக்திவாய்ந்த கருவியாக செயல்படுகிறது, சிக்கலான மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்கள், மரபணு கட்டமைப்புகள் மற்றும் பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகளுடன் தொடர்புடைய மூலக்கூறு வழிமுறைகளை வெளிப்படுத்துகிறது. அடிப்படை ஆராய்ச்சி, மருத்துவ நோயறிதல் மற்றும் மருந்து மேம்பாடு ஆகியவற்றில் பரவலாக ஏற்றுக்கொள்ளப்பட்ட, mRNA வரிசைமுறை செல்லுலார் இயக்கவியல் மற்றும் மரபணு ஒழுங்குமுறையின் நுணுக்கங்களைப் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது.
இயங்குதளம்: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
நீண்ட குறியீடு அல்லாத வரிசைமுறை-இல்லுமினா
லாங்-கோடிங் அல்லாத ஆர்என்ஏக்கள் (எல்என்சிஆர்என்ஏக்கள்) 200 நியூக்ளியோடைடுகளை விட நீளமானவை, அவை குறைந்தபட்ச குறியீட்டு திறனைக் கொண்டவை மற்றும் குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏவில் உள்ள முக்கிய கூறுகளாகும். அணுக்கரு மற்றும் சைட்டோபிளாசம் ஆகியவற்றில் காணப்படும், இந்த ஆர்என்ஏக்கள் எபிஜெனெடிக், டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் மற்றும் பிந்தைய டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ஒழுங்குமுறை ஆகியவற்றில் முக்கிய பங்கு வகிக்கின்றன, செல்லுலார் மற்றும் மூலக்கூறு செயல்முறைகளை வடிவமைப்பதில் அவற்றின் முக்கியத்துவத்தை அடிக்கோடிட்டுக் காட்டுகிறது. LncRNA வரிசைமுறை என்பது உயிரணு வேறுபாடு, ஆன்டோஜெனிசிஸ் மற்றும் மனித நோய்களில் ஒரு சக்திவாய்ந்த கருவியாகும்.
இயங்குதளம்: இல்லுமினா நோவாசெக்
-
சிறிய ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை-இலுமினா
சிறிய ஆர்என்ஏ (எஸ்ஆர்என்ஏ) மூலக்கூறுகள், மைக்ரோஆர்என்ஏக்கள் (மைஆர்என்ஏக்கள்), சிறிய குறுக்கீடு ஆர்என்ஏக்கள் (சிஆர்என்ஏக்கள்) மற்றும் பிவி-இன்டராக்டிங் ஆர்என்ஏக்கள் (பிஆர்என்ஏக்கள்) ஆகியவை அடங்கும். இவற்றில், 18-25 நியூக்ளியோடைடுகள் நீளமுள்ள மைஆர்என்ஏக்கள், பல்வேறு செல்லுலார் செயல்முறைகளில் அவற்றின் முக்கிய ஒழுங்குமுறை பாத்திரங்களுக்கு குறிப்பாக குறிப்பிடத்தக்கவை. திசு-குறிப்பிட்ட மற்றும் நிலை-குறிப்பிட்ட வெளிப்பாடு வடிவங்களுடன், மைஆர்என்ஏக்கள் பல்வேறு உயிரினங்களில் உயர் பாதுகாப்பை வெளிப்படுத்துகின்றன.
இயங்குதளம்: இல்லுமினா நோவாசெக்
-
சர்க்ஆர்என்ஏ சீக்வென்சிங்-இலுமினா
வட்ட RNA வரிசைமுறை (circRNA-seq) என்பது வட்ட ஆர்என்ஏக்களை சுயவிவரம் மற்றும் பகுப்பாய்வு செய்வதாகும், இது RNA மூலக்கூறுகளின் ஒரு வகுப்பாகும், இது நியதி அல்லாத பிளவு நிகழ்வுகளின் காரணமாக மூடிய சுழல்களை உருவாக்குகிறது, இந்த RNA க்கு அதிகரித்த நிலைப்புத்தன்மையை வழங்குகிறது. சில சர்க்ஆர்என்ஏக்கள் மைக்ரோஆர்என்ஏ கடற்பாசிகளாக செயல்படுகின்றன, மைக்ரோஆர்என்ஏக்களை வரிசைப்படுத்துகின்றன மற்றும் அவற்றின் இலக்கு எம்ஆர்என்ஏக்களை ஒழுங்குபடுத்துவதைத் தடுக்கின்றன, மற்ற சர்க்ஆர்என்ஏக்கள் புரதங்களுடன் தொடர்பு கொள்ளலாம், மரபணு வெளிப்பாட்டை மாற்றியமைக்கலாம் அல்லது செல்லுலார் செயல்முறைகளில் பங்கு வகிக்கலாம். சர்க்ஆர்என்ஏ வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு இந்த மூலக்கூறுகளின் ஒழுங்குமுறை பாத்திரங்கள் மற்றும் பல்வேறு செல்லுலார் செயல்முறைகள், வளர்ச்சி நிலைகள் மற்றும் நோய் நிலைமைகளில் அவற்றின் முக்கியத்துவத்தைப் பற்றிய நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது, இது மரபணு வெளிப்பாட்டின் சூழலில் ஆர்என்ஏ ஒழுங்குமுறையின் சிக்கலான தன்மையைப் பற்றிய ஆழமான புரிதலுக்கு பங்களிக்கிறது.
-
முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சீக்வென்சிங் - இல்லுமினா
முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சீக்வென்ஸிங் பல்வேறு ஆர்என்ஏ மூலக்கூறுகளின் விவரக்குறிப்பு, குறியீட்டு முறை (எம்ஆர்என்ஏ) மற்றும் குறியீட்டு அல்லாத ஆர்என்ஏக்கள் (எல்என்சிஆர்என்ஏ, சர்க்ஆர்என்ஏ மற்றும் மைஆர்என்ஏ) ஆகியவற்றை உள்ளடக்கிய ஒரு விரிவான அணுகுமுறையை வழங்குகிறது. இந்த நுட்பம் குறிப்பிட்ட செல்களின் முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமையும் ஒரு குறிப்பிட்ட தருணத்தில் கைப்பற்றுகிறது, இது செல்லுலார் செயல்முறைகளைப் பற்றிய முழுமையான புரிதலை அனுமதிக்கிறது. "மொத்த ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை" என்றும் அறியப்படுகிறது, இது டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் மட்டத்தில் சிக்கலான ஒழுங்குமுறை நெட்வொர்க்குகளை வெளியிடுவதை நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது, இது போட்டியிடும் எண்டோஜெனஸ் ஆர்என்ஏ (சிஆர்என்ஏ) மற்றும் கூட்டு ஆர்என்ஏ பகுப்பாய்வு போன்ற ஆழமான பகுப்பாய்வை செயல்படுத்துகிறது. இது செயல்பாட்டு குணாதிசயத்தை நோக்கிய ஆரம்பப் படியைக் குறிக்கிறது, குறிப்பாக சர்க்ஆர்என்ஏ-மைஆர்என்ஏ-எம்ஆர்என்ஏ-அடிப்படையிலான சிஆர்என்ஏ தொடர்புகளை உள்ளடக்கிய ஒழுங்குமுறை நெட்வொர்க்குகளை அவிழ்ப்பதில்.
