-
ஹை-சி அடிப்படையிலான குரோமாடின் தொடர்பு
Hi-C என்பது ஆய்வு செய்யும் அருகாமை அடிப்படையிலான இடைவினைகள் மற்றும் உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை ஆகியவற்றை இணைப்பதன் மூலம் மரபணு உள்ளமைவைப் பிடிக்க வடிவமைக்கப்பட்ட ஒரு முறையாகும். இந்த முறையானது ஃபார்மால்டிஹைடுடன் குரோமாடின் குறுக்கு இணைப்பின் அடிப்படையிலானது, அதைத் தொடர்ந்து செரிமானம் மற்றும் மறு-பிணைப்பு ஆகியவை கோவலன்ட் இணைக்கப்பட்ட துண்டுகள் மட்டுமே பிணைப்பு தயாரிப்புகளை உருவாக்கும். இந்த பிணைப்பு தயாரிப்புகளை வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம், மரபணுவின் 3D அமைப்பைப் படிக்க முடியும். Hi-C ஆனது, லேசாக நிரம்பியிருக்கும் (A பெட்டிகள், யூக்ரோமாடின்) மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் செயலில் இருக்கும் மரபணுவின் பகுதிகள் மற்றும் மிகவும் இறுக்கமாக நிரம்பிய பகுதிகள் (B பெட்டிகள், ஹெட்டோரோக்ரோமாடின்) ஆகியவற்றின் பரவலைப் படிக்க உதவுகிறது. ஹை-சி டோபோலாஜிகல் அசோசியேட்டட் டொமைன்களை (டிஏடிகள்), மடிந்த கட்டமைப்புகளைக் கொண்ட மற்றும் ஒத்த வெளிப்பாடு வடிவங்களைக் கொண்ட மரபணுவின் பகுதிகளைக் கண்டறியவும், குரோமாடின் சுழல்கள், டிஎன்ஏ பகுதிகளை அடையாளம் காணவும் பயன்படுத்தப்படலாம். பெரும்பாலும் ஒழுங்குமுறை கூறுகளில் செறிவூட்டப்பட்டது. BMKGene இன் Hi-C வரிசைப்படுத்தல் சேவையானது, மரபணுவின் இடஞ்சார்ந்த பரிமாணங்களை ஆராய ஆராய்ச்சியாளர்களுக்கு அதிகாரம் அளிக்கிறது, மரபணு ஒழுங்குமுறை மற்றும் உடல்நலம் மற்றும் நோய்களில் அதன் தாக்கங்களைப் புரிந்துகொள்வதற்கான புதிய வழிகளைத் திறக்கிறது.
-
குரோமாடின் இம்யூனோபிரெசிபிட்டேஷன் சீக்வென்சிங் (ChIP-seq)
குரோமாடின் இம்யூனோபிரெசிபிட்டேஷன் (CHIP) என்பது டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதங்கள் மற்றும் அவற்றுடன் தொடர்புடைய மரபணு இலக்குகளைத் தேர்ந்தெடுத்து செறிவூட்டுவதற்கு ஆன்டிபாடிகளை மேம்படுத்தும் ஒரு நுட்பமாகும். NGS உடனான அதன் ஒருங்கிணைப்பு, ஹிஸ்டோன் மாற்றம், டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணிகள் மற்றும் பிற டிஎன்ஏ-பிணைப்பு புரதங்களுடன் தொடர்புடைய DNA இலக்குகளின் மரபணு அளவிலான விவரக்குறிப்பை செயல்படுத்துகிறது. இந்த டைனமிக் அணுகுமுறை பல்வேறு செல் வகைகள், திசுக்கள் அல்லது நிலைமைகள் முழுவதும் பிணைப்பு தளங்களின் ஒப்பீடுகளை செயல்படுத்துகிறது. ChIP-Seq இன் பயன்பாடுகள் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் ஒழுங்குமுறை மற்றும் வளர்ச்சிப் பாதைகளைப் படிப்பதில் இருந்து நோய் வழிமுறைகளை தெளிவுபடுத்துகிறது, இது மரபணு ஒழுங்குமுறை நிலப்பரப்புகளைப் புரிந்துகொள்வதற்கும் சிகிச்சை நுண்ணறிவுகளை மேம்படுத்துவதற்கும் ஒரு தவிர்க்க முடியாத கருவியாக அமைகிறது.
இயங்குதளம்: இல்லுமினா நோவாசெக்
-
முழு மரபணு பைசல்ஃபைட் வரிசைமுறை (WGBS)
முழு ஜீனோம் பைசல்பைட் சீக்வென்சிங் (WGBS) என்பது டிஎன்ஏ மெத்திலேஷனை ஆழமாக ஆராய்வதற்கான தங்க-தரமான வழிமுறையாகும், குறிப்பாக சைட்டோசினில் (5-mC) ஐந்தாவது நிலை, மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் செல்லுலார் செயல்பாட்டின் முக்கிய சீராக்கி. WGBS இன் அடிப்படைக் கொள்கையானது பைசல்பைட் சிகிச்சையை உள்ளடக்கியது, மெத்திலேட்டட் சைட்டோசைன்களை யூரேசில் (C to U) ஆக மாற்றுவதைத் தூண்டுகிறது, அதே நேரத்தில் மெத்திலேட்டட் சைட்டோசைன்கள் மாறாமல் இருக்கும். இந்த நுட்பம் ஒற்றை-அடிப்படைத் தீர்மானத்தை வழங்குகிறது, ஆராய்ச்சியாளர்கள் மெத்திலோமை விரிவாக ஆராயவும், பல்வேறு நிலைகளுடன் தொடர்புடைய அசாதாரண மெத்திலேஷன் வடிவங்களைக் கண்டறியவும் அனுமதிக்கிறது, குறிப்பாக புற்றுநோய். WGBS ஐப் பயன்படுத்துவதன் மூலம், விஞ்ஞானிகள் மரபணு அளவிலான மெத்திலேஷன் நிலப்பரப்புகளில் இணையற்ற நுண்ணறிவுகளைப் பெற முடியும், இது பல்வேறு உயிரியல் செயல்முறைகள் மற்றும் நோய்களுக்கு அடித்தளமாக இருக்கும் எபிஜெனெடிக் வழிமுறைகள் பற்றிய நுணுக்கமான புரிதலை வழங்குகிறது.
-
உயர் த்ரோபுட் சீக்வென்சிங் (ATAC-seq) உடன் டிரான்ஸ்போசேஸ்-அணுகக்கூடிய குரோமாடினுக்கான மதிப்பீடு
ATAC-seq என்பது மரபணு அளவிலான குரோமாடின் அணுகல் பகுப்பாய்வுக்காகப் பயன்படுத்தப்படும் உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறை நுட்பமாகும். இது மரபணு வெளிப்பாட்டின் மீதான உலகளாவிய எபிஜெனெடிக் கட்டுப்பாட்டின் சிக்கலான வழிமுறைகளைப் பற்றிய ஆழமான புரிதலை வழங்குகிறது. வரிசைமுறை அடாப்டர்களைச் செருகுவதன் மூலம் திறந்த குரோமாடின் பகுதிகளை ஒரே நேரத்தில் துண்டாக்குவதற்கும் குறியிடுவதற்கும் இந்த முறை ஹைபராக்டிவ் Tn5 டிரான்ஸ்போசேஸைப் பயன்படுத்துகிறது. அடுத்தடுத்த PCR பெருக்கமானது ஒரு வரிசைமுறை நூலகத்தை உருவாக்குகிறது, இது குறிப்பிட்ட கால-நேர நிலைமைகளின் கீழ் திறந்த குரோமாடின் பகுதிகளின் விரிவான அடையாளத்தை அனுமதிக்கிறது. ATAC-seq ஆனது, டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி பிணைப்பு தளங்கள் அல்லது குறிப்பிட்ட ஹிஸ்டோன்-மாற்றியமைக்கப்பட்ட பகுதிகளில் மட்டுமே கவனம் செலுத்தும் முறைகளைப் போலல்லாமல், அணுகக்கூடிய குரோமாடின் நிலப்பரப்புகளின் முழுமையான பார்வையை வழங்குகிறது. இந்த திறந்த குரோமாடின் பகுதிகளை வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம், ATAC-seq செயலில் உள்ள ஒழுங்குமுறை வரிசைகள் மற்றும் சாத்தியமான டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி பிணைப்பு தளங்களுக்கு அதிக வாய்ப்புள்ள பகுதிகளை வெளிப்படுத்துகிறது, மரபணு முழுவதும் மரபணு வெளிப்பாட்டின் மாறும் பண்பேற்றம் பற்றிய மதிப்புமிக்க நுண்ணறிவுகளை வழங்குகிறது.
-
குறைக்கப்பட்ட பிரதிநிதித்துவம் பைசல்பைட் வரிசைமுறை (RRBS)
டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் ஆராய்ச்சியில் முழு ஜீனோம் பைசல்பைட் சீக்வென்சிங்கிற்கு (WGBS) செலவு குறைந்த மற்றும் திறமையான மாற்றாக குறைக்கப்பட்ட பிரதிநிதித்துவ பைசல்பைட் சீக்வென்சிங் (RRBS) வெளிப்பட்டுள்ளது. ஒரே அடிப்படைத் தீர்மானத்தில் முழு மரபணுவையும் ஆராய்வதன் மூலம் WGBS விரிவான நுண்ணறிவுகளை வழங்கும் அதே வேளையில், அதன் அதிக விலை ஒரு கட்டுப்படுத்தும் காரணியாக இருக்கலாம். RRBS, மரபணுவின் பிரதிநிதித்துவப் பகுதியைத் தேர்ந்தெடுத்து பகுப்பாய்வு செய்வதன் மூலம் இந்த சவாலை மூலோபாய ரீதியாக குறைக்கிறது. 200-500/600 பிபிஎஸ் துண்டுகளின் அளவைத் தேர்ந்தெடுப்பதன் மூலம் MspI பிளவு மூலம் CpG தீவு நிறைந்த பகுதிகளை செறிவூட்டுவதை இந்த முறை நம்பியுள்ளது. இதன் விளைவாக, CpG தீவுகளுக்கு அருகாமையில் உள்ள பகுதிகள் மட்டுமே வரிசைப்படுத்தப்படுகின்றன, அதே நேரத்தில் தொலைதூர CpG தீவுகளைக் கொண்டவை பகுப்பாய்விலிருந்து விலக்கப்படுகின்றன. இந்த செயல்முறை, பைசல்பைட் வரிசைமுறையுடன் இணைந்து, டிஎன்ஏ மெத்திலேஷனை உயர் தெளிவுத்திறனுடன் கண்டறிவதற்கு அனுமதிக்கிறது, மேலும் வரிசைமுறை அணுகுமுறை, PE150, குறிப்பாக நடுத்தரத்தை விட செருகல்களின் முனைகளில் கவனம் செலுத்துகிறது, இது மெத்திலேஷன் விவரக்குறிப்பின் செயல்திறனை அதிகரிக்கிறது. RRBS ஒரு விலைமதிப்பற்ற கருவியாகும், இது செலவு குறைந்த டிஎன்ஏ மெத்திலேஷன் ஆராய்ச்சியை செயல்படுத்துகிறது மற்றும் எபிஜெனெடிக் வழிமுறைகள் பற்றிய அறிவை மேம்படுத்துகிறது.
