தாவர/விலங்கு டி நோவோ ஜீனோம் வரிசைமுறை
டி நோவோவரிசைப்படுத்துதல் என்பது குறிப்பு மரபணு இல்லாத நிலையில், வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தி ஒரு இனத்தின் முழு மரபணுவின் கட்டுமானத்தைக் குறிக்கிறது. மூன்றாம் தலைமுறை வரிசைமுறையின் அறிமுகம் மற்றும் பரவலான தத்தெடுப்பு, நீண்ட வாசிப்புகளைக் கொண்டுள்ளது, வாசிப்புகளுக்கு இடையில் ஒன்றுடன் ஒன்று அதிகரிப்பதன் மூலம் மரபணு ஒருங்கிணைப்பை கணிசமாக மேம்படுத்தியுள்ளது. சவாலான மரபணுக்களைக் கையாளும் போது இந்த மேம்பாடு குறிப்பாக பொருத்தமானது, அதாவது உயர் ஹீட்டோரோசைகோசிட்டியை வெளிப்படுத்துவது, மீண்டும் மீண்டும் நிகழும் பகுதிகளின் உயர் விகிதம், பாலிப்ளாய்டுகள் மற்றும் மீண்டும் மீண்டும் வரும் கூறுகள், அசாதாரண ஜிசி உள்ளடக்கங்கள் அல்லது அதிக சிக்கலான தன்மை கொண்ட பகுதிகள். தனியாக.
எங்களின் ஒரே-நிறுத்த தீர்வு ஒருங்கிணைந்த வரிசைமுறை சேவைகள் மற்றும் உயர்தர டி நோவோ அசெம்பிள்ட் மரபணுவை வழங்கும் உயிர் தகவல் பகுப்பாய்வு ஆகியவற்றை வழங்குகிறது. இல்லுமினாவுடனான ஆரம்ப மரபணு ஆய்வு மரபணு அளவு மற்றும் சிக்கலான மதிப்பீடுகளை வழங்குகிறது, மேலும் இந்தத் தகவல் PacBio HiFi உடன் நீண்ட-வாசிப்பு வரிசைமுறையின் அடுத்த கட்டத்திற்கு வழிகாட்டப் பயன்படுகிறது.டி நோவோகான்டிஜ்களின் கூட்டம். HiC அசெம்பிளியின் அடுத்தடுத்த பயன்பாடு, கான்டிஜ்களை மரபணுவுடன் இணைக்க உதவுகிறது, குரோமோசோம்-நிலை சட்டசபையைப் பெறுகிறது. இறுதியாக, மரபணு கணிப்பு மற்றும் வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்களை வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம் சிறுகுறிப்பு செய்யப்படுகிறது, குறுகிய மற்றும் நீண்ட வாசிப்புகளுடன் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்களை நாடுகிறது.
சேவை அம்சங்கள்
● பல வரிசைமுறை மற்றும் உயிர் தகவலியல் சேவைகளை ஒரே இடத்தில் ஒருங்கிணைத்தல்:
ஜீனோம் அளவை மதிப்பிடுவதற்கும், அடுத்தடுத்த படிகளை வழிநடத்துவதற்கும் இல்லுமினாவுடன் மரபணு ஆய்வு;
நீண்ட வாசிப்பு வரிசைமுறைடி நோவோகான்டிஜ்களின் சட்டசபை;
குரோமோசோம் ஆங்கரிங் செய்ய ஹை-சி சீக்வென்சிங்;
மரபணுக்களின் சிறுகுறிப்புக்கான mRNA வரிசைமுறை;
சட்டசபையின் சரிபார்ப்பு.
● புதிய மரபணுக்களை உருவாக்குவதற்கு ஏற்ற சேவை அல்லது ஆர்வமுள்ள இனங்களுக்கு தற்போதுள்ள குறிப்பு மரபணுக்களை மேம்படுத்துதல்.
சேவை நன்மைகள்
வரிசைப்படுத்தல் தளங்கள் மற்றும் உயிர் தகவலியல் வளர்ச்சிடி நோவோமரபணு சட்டசபை
(அமரசிங்க எஸ்.எல். மற்றும் பலர்.,மரபணு உயிரியல், 2020)
●விரிவான நிபுணத்துவம் மற்றும் வெளியீடு பதிவு: டிப்ளாய்டு மரபணுக்கள் மற்றும் பாலிப்ளோயிட் மற்றும் அலோபாலிப்ளோயிட் இனங்களின் மிகவும் சிக்கலான மரபணுக்கள் உட்பட பலதரப்பட்ட உயிரினங்களின் உயர்தர மரபணு ஒருங்கிணைப்பில் BMKGene பாரிய அனுபவத்தைக் குவித்துள்ளது. 2018 முதல், நாங்கள் அதிகமாக பங்களித்துள்ளோம்300 உயர் தாக்க வெளியீடுகள், அவற்றில் 20+ இயற்கை மரபியலில் வெளியிடப்பட்டுள்ளன.
● ஒரே இடத்தில் தீர்வு: எங்களின் ஒருங்கிணைந்த அணுகுமுறையானது பல வரிசைமுறை தொழில்நுட்பங்கள் மற்றும் உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வுகளை ஒருங்கிணைக்கப்பட்ட பணிப்பாய்வுகளாக ஒருங்கிணைத்து, உயர்தர அசெம்பிள் செய்யப்பட்ட மரபணுவை வழங்குகிறது.
●உங்கள் தேவைகளுக்கு ஏற்ப வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது: எங்கள் சேவைப் பணிப்பாய்வு தனிப்பயனாக்கக்கூடியது, பல்வேறு அம்சங்கள் மற்றும் குறிப்பிட்ட ஆராய்ச்சித் தேவைகள் கொண்ட மரபணுக்களுக்குத் தழுவலை அனுமதிக்கிறது. இதில் ராட்சத மரபணுக்கள், பாலிப்ளோயிட் மரபணுக்கள், மிகவும் மாறுபட்ட மரபணுக்கள் மற்றும் பலவற்றை உள்ளடக்கியது.
●உயர் திறமையான உயிர் தகவலியல் மற்றும் ஆய்வகக் குழு: சிக்கலான ஜீனோம் அசெம்பிளிகள் மற்றும் தொடர்ச்சியான காப்புரிமைகள் மற்றும் மென்பொருள் பதிப்புரிமைகள் ஆகியவற்றின் சோதனை மற்றும் உயிர் தகவல்தொடர்புகள் இரண்டிலும் சிறந்த அனுபவத்துடன்.
●விற்பனைக்கு பிந்தைய ஆதரவு:எங்கள் அர்ப்பணிப்பு 3 மாத விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைக் காலத்துடன் திட்ட நிறைவுக்கு அப்பால் நீண்டுள்ளது. இந்த நேரத்தில், முடிவுகள் தொடர்பான ஏதேனும் கேள்விகளுக்குத் தீர்வு காண திட்டப் பின்தொடர்தல், சரிசெய்தல் உதவி மற்றும் கேள்விபதில் அமர்வுகளை நாங்கள் வழங்குகிறோம்.
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
| மரபணு ஆய்வு | ஜீனோம் அசெம்பிளி | குரோமோசோம் நிலை | மரபணு சிறுகுறிப்பு |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi படிக்கிறது | 100X ஹை-சி | RNA-seq இல்லுமினா PE150 10 Gb + (விரும்பினால்) முழு நீள RNA-seq PacBio 40 Gb அல்லது நானோபூர் 12 ஜிபி |
சேவை தேவைகள்
ஜீனோம் சர்வே, ஜீனோம் அசெம்பிளி மற்றும் ஹை-சி அசெம்பிளிக்கு:
| திசு அல்லது பிரித்தெடுக்கப்பட்ட நியூக்ளிக் அமிலங்கள் | மரபணு ஆய்வு | PacBio உடன் ஜீனோம் அசெம்பிளி | ஹை-சி சட்டசபை |
| விலங்கு உள்ளுறுப்பு | 0.5-1 கிராம்
| ≥ 3.5 கிராம் | ≥2 கிராம் |
| விலங்கு தசை | ≥ 5 கிராம் | ||
| பாலூட்டிகளின் இரத்தம் | 1.5 மி.லி
| ≥ 5 மி.லி | ≥2 மிலி |
| கோழி/மீன் இரத்தம் | ≥ 0.5 மி.லி | ||
| செடி - புதிய இலை | 1-2 கிராம் | ≥ 5 கிராம் | ≥ 4 கிராம் |
| வளர்ப்பு செல்கள் |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| பூச்சி | 0.5-1 கிராம் | ≥ 3 கிராம் | ≥ 2 கிராம் |
| பிரித்தெடுக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ | செறிவு: ≥1 ng/ µL தொகை ≥ 30 ng வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது சிதைவு அல்லது மாசுபாடு இல்லை | செறிவு: ≥ 50 ng/ µL தொகை: 10 μg/ஓட்டம் செல்/மாதிரி OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது சிதைவு அல்லது மாசுபாடு இல்லை |
-
|
டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் உடன் ஜீனோம் சிறுகுறிப்புக்கு:
| திசு அல்லது பிரித்தெடுக்கப்பட்ட நியூக்ளிக் அமிலங்கள் | இல்லுமினா டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் | PacBio டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் | நானோபூர் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் |
| செடி- வேர்/தண்டு/இதழ் | 450 மி.கி | 600 மி.கி | |
| செடி - இலை/விதை | 300 மி.கி | 300 மி.கி | |
| செடி - பழம் | 1.2 கிராம் | 1.2 கிராம் | |
| விலங்கு இதயம்/குடல் | 300 மி.கி | 300 மி.கி | |
| விலங்கு உள்ளுறுப்பு/மூளை | 240 மி.கி | 240 மி.கி | |
| விலங்கு தசை | 450 மி.கி | 450 மி.கி | |
| விலங்கு எலும்புகள் / முடி / தோல் | 1 கிராம் | 1 கிராம் | |
| ஆர்த்ரோபாட் - பூச்சி | 6 | 6 | |
| ஆர்த்ரோபாட் - க்ரஸ்டேசியா | 300 மி.கி | 300 மி.கி | |
| முழு இரத்தம் | 1 குழாய் | 1 குழாய் | |
| பிரித்தெடுக்கப்பட்ட ஆர்என்ஏ | செறிவு: ≥ 20 ng/ µL அளவு ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | செறிவு: ≥ 100 ng/ µL தொகை ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | செறிவு: ≥ 100 ng/ µL தொகை ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கொள்கலன்: 2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய் (தகரம் படலம் பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
(பெரும்பாலான மாதிரிகளுக்கு, எத்தனாலில் சேமிக்க வேண்டாம் என்று பரிந்துரைக்கிறோம்.)
மாதிரி லேபிளிங்: மாதிரிகள் தெளிவாக லேபிளிடப்பட வேண்டும் மற்றும் சமர்ப்பிக்கப்பட்ட மாதிரி தகவல் படிவத்துடன் ஒத்ததாக இருக்க வேண்டும்.
ஏற்றுமதி: உலர்-பனி: மாதிரிகளை முதலில் பைகளில் அடைத்து உலர் பனியில் புதைக்க வேண்டும்.
பணிப்பாய்வு
சேவை வேலை ஓட்டம்
சோதனை வடிவமைப்பு
மாதிரி விநியோகம்
டிஎன்ஏ பிரித்தெடுத்தல்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
முழுமையான உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு, 4 படிகளில் பிரிக்கப்பட்டுள்ளது:
1) NGS உடன் k-mer பகுப்பாய்வின் அடிப்படையில் ஜீனோம் ஆய்வு கூறுகிறது:
மரபணு அளவின் மதிப்பீடு
ஹீட்டோரோசைகோசிட்டியின் மதிப்பீடு
மீண்டும் நிகழும் பகுதிகளின் மதிப்பீடு
2) PacBio HiFi உடன் ஜீனோம் அசெம்பிளி:
டி நோவோசட்டசபை
சட்டசபை மதிப்பீடு: மரபணு முழுமைக்கான BUSCO பகுப்பாய்வு மற்றும் NGS மற்றும் PacBio HiFi ரீட்களின் மேப்பிங் பேக்
3) ஹை-சி அசெம்பிளி:
Hi-C நூலகம் QC: செல்லுபடியாகும் Hi-C தொடர்புகளின் மதிப்பீடு
ஹை-சி அசெம்பிளி: குழுக்களில் கான்டிஜ்களின் கிளஸ்டரிங், அதைத் தொடர்ந்து ஒவ்வொரு குழுவிற்குள்ளும் கான்டிக் ஆர்டர் மற்றும் கான்டிக் நோக்குநிலையை ஒதுக்குதல்
ஹை-சி மதிப்பீடு
4) மரபணு சிறுகுறிப்பு:
குறியிடாத RNA கணிப்பு
மீண்டும் மீண்டும் வரும் தொடர்களை அடையாளம் காணுதல் (டிரான்ஸ்போசன்கள் மற்றும் டேன்டெம் ரிபீட்ஸ்)
மரபணு கணிப்பு
§டி நோவோ: ab தொடக்க வழிமுறைகள்
§ ஹோமோலஜி அடிப்படையில்
§ டிரான்ஸ்கிரிப்டோமை அடிப்படையாகக் கொண்டது, நீண்ட மற்றும் குறுகிய வாசிப்புகளுடன்: படித்தவைடி நோவோவரைவு மரபணுவுடன் கூடியது அல்லது வரைபடமாக்கப்பட்டது
§ பல தரவுத்தளங்களுடன் கணிக்கப்பட்ட மரபணுக்களின் சிறுகுறிப்பு
1) ஜீனோம் சர்வே- k-mer பகுப்பாய்வு
2) ஜீனோம் அசெம்பிளி
2) ஜீனோம் அசெம்பிளி - வரைவு சட்டசபைக்கு மேப்பிங்கை PacBio HiFi படிக்கிறது
2) ஹை-சி அசெம்பிளி - ஹை-சி செல்லுபடியாகும் தொடர்பு ஜோடிகளின் மதிப்பீடு
3) ஹை-சி பிந்தைய சட்டசபை மதிப்பீடு
4) மரபணு சிறுகுறிப்பு - கணிக்கப்பட்ட மரபணுக்களின் ஒருங்கிணைப்பு
4) மரபணு சிறுகுறிப்பு - கணிக்கப்பட்ட மரபணு சிறுகுறிப்பு
BMKGene இன் டி நோவோ ஜீனோம் அசெம்பிளி சேவைகளால் மேம்படுத்தப்பட்ட வெளியீடுகளின் தொகுப்பின் மூலம் எளிதாக்கப்பட்ட முன்னேற்றங்களை ஆராயுங்கள்:
லி, சி. மற்றும் பலர். (2021) 'மரபணு வரிசைகள் உலகளாவிய பரவல் வழிகளை வெளிப்படுத்துகின்றன மற்றும் கடல் குதிரை பரிணாம வளர்ச்சியில் ஒன்றிணைந்த மரபணு தழுவல்களை பரிந்துரைக்கின்றன', நேச்சர் கம்யூனிகேஷன்ஸ், 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
லி, ஒய். மற்றும் பலர். (2023) 'பெரிய அளவிலான குரோமோசோமால் மாற்றங்கள் ஜீனோம்-லெவல் எக்ஸ்பிரஷன் மாற்றங்கள், சுற்றுச்சூழல் தழுவல் மற்றும் கயாலில் (பாஸ் ஃப்ரண்டலிஸ்) ஸ்பெசியேஷனுக்கு வழிவகுக்கிறது', மூலக்கூறு உயிரியல் மற்றும் பரிணாமம், 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
தியான், டி. மற்றும் பலர். (2023) 'ஜீனோம் அசெம்பிளி அண்ட் ஜெனெடிக் டிசெக்ஷன் ஆஃப் எ ப்ரமினென்ட் வறட்சி-எதிர்ப்பு மக்காச்சோள கிருமி', நேச்சர் ஜெனிடிக்ஸ் 2023 55:3, 55(3), பக். 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ஜாங், எஃப். மற்றும் பலர். (2023) 'சோலனேசி குடும்பத்தில் இரண்டு மரபணுக்களை பகுப்பாய்வு செய்வதன் மூலம் ட்ரோபேன் ஆல்கலாய்டு உயிரியக்கவியல் பரிணாமத்தை வெளிப்படுத்துதல்', நேச்சர் கம்யூனிகேஷன்ஸ் 2023 14:1, 14(1), பக். 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
சவாலான வழக்கு ஆய்வுகள்:
டெலோமியர்-டு-டெலோமியர் அசெம்பிளி:ஃபூ, ஏ. மற்றும் பலர். (2023) 'டெலோமியர்-டு-டெலோமியர் ஜெனோம் அசெம்பிளி ஆஃப் கசப்பான முலாம்பழம் (மோமோர்டிகா சரண்டியா எல். வர். அபிரேவியாடா செர்.) பழ வளர்ச்சி, கலவை மற்றும் பழுக்க வைக்கும் மரபணு பண்புகளை வெளிப்படுத்துகிறது', தோட்டக்கலை ஆராய்ச்சி, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
ஹாப்லோடைப் அசெம்பிளி:ஹூ, டபிள்யூ. மற்றும் பலர். (2021) 'அலீல்-வரையறுக்கப்பட்ட மரபணு மரவள்ளிக்கிழங்கு பரிணாமத்தின் போது பைலெலிக் வேறுபாட்டை வெளிப்படுத்துகிறது', மூலக்கூறு ஆலை, 14(6), பக். 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
மாபெரும் மரபணு அமைப்பு:யுவான், ஜே. மற்றும் பலர். (2022) 'கிகா-குரோமோசோம்கள் மற்றும் கிகா-ஜீனோம் ஆஃப் ட்ரீ பியோனி பியோனியா ஆஸ்டி', நேச்சர் கம்யூனிகேஷன்ஸ் 2022 13:1, 13(1), பக். 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
பாலிப்ளோயிட் ஜீனோம் அசெம்பிளி:ஜாங், கே. மற்றும் பலர். (2022) 'ஆட்டோபாலிப்ளோயிட் கரும்பு சச்சரம் ஸ்பான்டேனியத்தின் சமீபத்திய குரோமோசோம் குறைப்பு பற்றிய மரபணு நுண்ணறிவு', நேச்சர் ஜெனிடிக்ஸ் 2022 54:6, 54(6), பக். 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
