PacBio 2+3 முழு நீள mRNA தீர்வு
அம்சங்கள்
● ஆய்வு வடிவமைப்பு:
டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஐசோஃபார்ம்களை அடையாளம் காண PacBio உடன் வரிசைப்படுத்தப்பட்ட மாதிரி தொகுப்பு
தனி மாதிரிகள் (பிரதிகள் மற்றும் சோதிக்கப்பட வேண்டிய நிபந்தனைகள்) வரிசைப்படுத்தப்படுகின்றனடிரான்ஸ்கிரிப்ட் வெளிப்பாட்டைக் கணக்கிட NGS
● CCS பயன்முறையில் PacBio வரிசைப்படுத்தல், HiFi வாசிப்புகளை உருவாக்குகிறது
● முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் வரிசைமுறை
● பகுப்பாய்வு ஒரு குறிப்பு மரபணு தேவை இல்லை; இருப்பினும், அது பயன்படுத்தப்படலாம்
● உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வில் மரபணு மற்றும் ஐசோஃபார்ம்-நிலையில் வெளிப்பாடு மட்டுமல்ல, lncRNA, மரபணு இணைவுகள், பாலி-அடினிலேஷன் மற்றும் மரபணு அமைப்பு ஆகியவற்றின் பகுப்பாய்வும் அடங்கும்.
நன்மைகள்
● உயர் துல்லியம்: HiFi துல்லியமாக >99.9% (Q30), NGS உடன் ஒப்பிடப்படுகிறது
● மாற்று பிளவு பகுப்பாய்வு: அனைத்து டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களையும் வரிசைப்படுத்துவது ஐசோஃபார்ம் அடையாளம் மற்றும் குணாதிசயத்தை செயல்படுத்துகிறது.
● PacBio மற்றும் NGS வலிமைகளின் சேர்க்கை: ஐசோஃபார்ம் மட்டத்தில் வெளிப்பாட்டின் அளவை செயல்படுத்துதல், முழு மரபணு வெளிப்பாட்டையும் பகுப்பாய்வு செய்யும் போது மறைக்கப்படக்கூடிய மாற்றத்தை வெளிப்படுத்துதல்
● விரிவான நிபுணத்துவம்: 1100 PacBio முழு நீள டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் திட்டங்களை முடித்து 2300 க்கும் மேற்பட்ட மாதிரிகளை செயலாக்கிய சாதனையுடன், எங்கள் குழு ஒவ்வொரு திட்டத்திற்கும் அனுபவச் செல்வத்தை கொண்டு வருகிறது.
● விற்பனைக்குப் பிந்தைய ஆதரவு: எங்கள் அர்ப்பணிப்பு 3-மாத விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைக் காலத்துடன் திட்ட நிறைவுக்கு அப்பால் நீண்டுள்ளது. இந்த நேரத்தில், முடிவுகள் தொடர்பான ஏதேனும் கேள்விகளுக்குத் தீர்வு காண திட்டப் பின்தொடர்தல், சரிசெய்தல் உதவி மற்றும் கேள்விபதில் அமர்வுகளை நாங்கள் வழங்குகிறோம்.
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
| நூலகம் | வரிசைப்படுத்தும் உத்தி | தரவு பரிந்துரைக்கப்படுகிறது | தரக் கட்டுப்பாடு |
| PolyA செறிவூட்டப்பட்ட mRNA CCS நூலகம் | PacBio தொடர்ச்சி II PacBio Revio | 20/40 ஜிபி 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| பாலி ஏ செறிவூட்டப்பட்டது | இல்லுமினா PE150 | 6-10 ஜிபி | Q30≥85% |
நியூக்ளியோடைடுகள்
|
| Conc.(ng/μl) | தொகை (μg) | தூய்மை | நேர்மை |
| இல்லுமினா நூலகம் | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ மாசுபாடு ஜெல் மீது காட்டப்படவில்லை. | தாவரங்களுக்கு: RIN≥4.0; விலங்குகளுக்கு: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது அடிப்படை உயரம் இல்லை |
| PacBio நூலகம் | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ மாசுபாடு ஜெல் மீது காட்டப்படவில்லை. | தாவரங்கள்: RIN≥7.5 விலங்குகள்: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது அடிப்படை உயரம் இல்லை |
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கொள்கலன்: 2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய் (தகரம் படலம் பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
மாதிரி லேபிளிங்: குழு+பிரதி எ.கா. A1, A2, A3; பி1, பி2, பி3.
ஏற்றுமதி:
1. உலர்-பனி:மாதிரிகளை பைகளில் அடைத்து உலர் பனியில் புதைக்க வேண்டும்.
2. ஆர்என்ஏ ஸ்டேபிள் குழாய்கள்: ஆர்என்ஏ மாதிரிகளை ஆர்என்ஏ உறுதிப்படுத்தல் குழாயில் உலர்த்தலாம் (எ.கா. ஆர்என்ஏஸ்டேபிள்®) மற்றும் அறை வெப்பநிலையில் அனுப்பப்படும்.
பின்வரும் பகுப்பாய்வு அடங்கும்:
மூல தரவு தரக் கட்டுப்பாடு
மாற்று பாலிடெனிலேஷன் பகுப்பாய்வு (APA)
ஃப்யூஷன் டிரான்ஸ்கிரிப்ட் பகுப்பாய்வு
மாற்று பிளவு பகுப்பாய்வு
பெஞ்ச்மார்க்கிங் யுனிவர்சல் ஒற்றை-நகல் ஆர்த்தோலாக்ஸ் (BUSCO) பகுப்பாய்வு
நாவல் டிரான்ஸ்கிரிப்ட் பகுப்பாய்வு: குறியீட்டு வரிசைகளின் கணிப்பு (CDS) மற்றும் செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பு
lncRNA பகுப்பாய்வு: lncRNA மற்றும் இலக்குகளின் கணிப்பு
மைக்ரோசாட்லைட் அடையாளம் (SSR)
வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்ட டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் (DETs) பகுப்பாய்வு
வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் (DEGs) பகுப்பாய்வு
DEGகள் மற்றும் DETகளின் செயல்பாட்டு சிறுகுறிப்பு
BUSCO பகுப்பாய்வு
மாற்று பிளவு பகுப்பாய்வு
மாற்று பாலிடெனிலேஷன் பகுப்பாய்வு (APA)
வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் (DEGs) மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்டுகள் (DETs9 பகுப்பாய்வு
DETகள் மற்றும் DEGகளின் புரதம்-புரத தொடர்பு நெட்வொர்க்குகள்
BMKGene இன் PacBio 2+3 முழு-நீள mRNA வரிசைமுறை மூலம் எளிதாக்கப்பட்ட வெளியீடுகளின் தொகுப்பின் மூலம் முன்னேற்றங்களை ஆராயுங்கள்.
சாவோ, கே. மற்றும் பலர். (2019) 'தி டெவலப்மெண்ட் டைனமிக்ஸ் ஆஃப் தி பாப்புலஸ் ஸ்டெம் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்', பிளாண்ட் பயோடெக்னாலஜி ஜர்னல், 17(1), பக். 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
டெங், எச். மற்றும் பலர். (2022) 'ஆக்டினிடியா லாட்டிஃபோலியா (அஸ்கார்பேட் நிறைந்த பழ பயிர்) மற்றும் அசோசியேட்டட் மாலிகுலர் மெக்கானிசங்களின் பழ வளர்ச்சி மற்றும் பழுக்க வைக்கும் போது அஸ்கார்பிக் அமில உள்ளடக்கத்தில் மாறும் மாற்றங்கள்', மூலக்கூறு அறிவியல் சர்வதேச இதழ், 23(10), ப. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
ஹுவா, எக்ஸ். மற்றும் பலர். (2022) 'பாரிஸ் பாலிஃபில்லாவில் பயோஆக்டிவ் பாலிஃபிலின்களில் ஈடுபட்டுள்ள உயிரியக்கவியல் பாதை மரபணுக்களின் பயனுள்ள கணிப்பு', கம்யூனிகேஷன்ஸ் பயாலஜி 2022 5:1, 5(1), பக். 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
லியு, எம். மற்றும் பலர். (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் மற்றும் சைட்டோக்ரோம் P450 ஜீன்களின் ஒருங்கிணைந்த PacBio Iso-Seq மற்றும் Illumina RNA-Seq பகுப்பாய்வு', பூச்சிகள், 14(4), ப. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
வாங், லிஜுன் மற்றும் பலர். (2019) 'ரிசினஸ் கம்யூனிஸ்ஸில் ரிசினோலிக் அமில உயிரியக்கவியல் பற்றிய சிறந்த புரிதலுக்காக இலுமினா ஆர்என்ஏ வரிசைமுறையுடன் இணைந்து பேக்பியோ ஒற்றை-மூலக்கூறு நிகழ்நேர பகுப்பாய்வைப் பயன்படுத்தி டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சிக்கலானது பற்றிய ஆய்வு', பிஎம்சி ஜெனோமிக்ஸ், 20(1), பக். 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
