BMKCloud உள்நுழைவு
1

குறிப்பு மரபணுவுடன் mRNA-SEQ (NGS)

百迈客云网站 -11

குறிப்பு மரபணுவுடன் mRNA-SEQ (NGS)

ஆர்.என்.ஏ-செக் என்பது வாழ்க்கை மற்றும் பயிர் அறிவியல் முழுவதும் ஒரு நிலையான கருவியாகும், இது மரபணுக்களுக்கும் புரோட்டீம்களுக்கும் இடையிலான இடைவெளியைக் குறைக்கிறது. புதிய டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளைக் கண்டுபிடித்து அவற்றின் வெளிப்பாட்டை ஒரு மதிப்பீட்டில் அளவிடுவதிலும் அதன் வலிமை உள்ளது. இது ஒப்பீட்டு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வுகளுக்கு பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது, பல்வேறு குணாதிசயங்கள் அல்லது பினோடைப்கள் தொடர்பான மரபணுக்களில் ஒளியைக் குறைப்பது, மரபுபிறழ்ந்தவர்களை காட்டு வகைகளுடன் ஒப்பிடுவது அல்லது குறிப்பிட்ட நிலைமைகளின் கீழ் மரபணு வெளிப்பாட்டை வெளிப்படுத்துவது போன்றவை. BMKCloud mRNA (குறிப்பு) பயன்பாடு வெளிப்பாடு அளவீட்டு, வேறுபாடு வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு (DEG) மற்றும் வரிசை கட்டமைப்பு பகுப்பாய்வுகளை mRNA-SEQ (NGS) பயோ-இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் பைப்லைனில் ஒருங்கிணைக்கிறது மற்றும் ஒத்த மென்பொருளின் பலங்களை ஒருங்கிணைக்கிறது, வசதி மற்றும் பயனர் நட்பை உறுதி செய்கிறது. பயனர்கள் தங்கள் ஆர்.என்.ஏ-சேக் தரவை கிளவுட்டில் பதிவேற்றலாம், அங்கு பயன்பாடு ஒரு விரிவான, ஒரு-நிறுத்த உயிர் தகவல்தொடர்பு பகுப்பாய்வு தீர்வை வழங்குகிறது. கூடுதலாக, இது வாடிக்கையாளர் அனுபவத்திற்கு முன்னுரிமை அளிக்கிறது, பயனர்களின் குறிப்பிட்ட தேவைகளுக்கு ஏற்ப தனிப்பயனாக்கப்பட்ட செயல்பாடுகளை வழங்குகிறது. பயனர்கள் அளவுருக்களை அமைத்து, பைப்லைன் பணியை அவர்களால் சமர்ப்பிக்கலாம், ஊடாடும் அறிக்கையைச் சரிபார்க்கலாம், தரவு/வரைபடங்கள் மற்றும் முழுமையான தரவுச் செயலாக்கத்தைக் காணலாம், அவை: இலக்கு மரபணு தேர்வு, செயல்பாட்டு கிளஸ்டரிங், வரைபடம் போன்றவை.

டெமோ முடிவுகள்
தரவு சுரங்க
இறக்குமதி தேவை
முக்கிய பகுப்பாய்வு
குறிப்பு
டெமோ முடிவுகள்

தரவு சுரங்க

இறக்குமதி தேவை

இயங்குதளம்:இல்லுமினா, எம்.ஜி.ஐ.
மூலோபாயம்:ஆர்.என்.ஏ-சேக்
தளவமைப்பு: Paried, சுத்தமான-தரவு.
நூலக வகை:fr-unstranded, fr-firststrand அல்லது fr-secondstrand
நீளம் படியுங்கள்:150 பிபி
கோப்பு வகை:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz அல்லது *.fq.gz. கணினி இருக்கும்தையர் கோப்பு பெயர்களின்படி .fastq கோப்புகளை தானாக இணைக்கவும்,எ.கா.
மாதிரிகளின் எண்ணிக்கை:எண்ணில் எந்த கட்டுப்பாடுகளும் இல்லைமாதிரிகளின், ஆனால் பகுப்பாய்வு நேரம் எண்ணிக்கையாக அதிகரிக்கும்மாதிரிகள் வளர்கின்றன.
பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு தொகை:ஒரு மாதிரிக்கு 6 கிராம்

முக்கிய பகுப்பாய்வு
MRNA-SEQ (குறிப்பு) இன் முக்கிய பகுப்பாய்வு மற்றும் உயிர் தகவல்தொடர்பு கருவிகள்குழாய் பின்வருமாறு:
1. ரவ்தாட்டா தரக் கட்டுப்பாடு:
• குறைந்த தரமான காட்சிகளை அகற்றுதல், அடாப்டர் காட்சிகள்,போன்றவை;
• கருவிகள்: உள்-வளர்ந்த குழாய்;
2. குறிப்பு மரபணுவுடன் தரவின் சீரமைப்பு:
The க்கு எதிராக ஒரு பிளவு-விழிப்புணர்வு வழிமுறையுடன் வாசிப்புகளை சீரமைத்தல்குறிப்பு மரபணு.
• கருவிகள்:Hasat2, samtools
3. நூலக தர பகுப்பாய்வு:
Selt நீள பகுப்பாய்வு, வரிசை செறிவு பகுப்பாய்வு போன்றவற்றை செருகவும்;
• கருவிகள்:samtools;
4. வரிசை கட்டமைப்பு பகுப்பாய்வு:
• மாற்று பிளவு பகுப்பாய்வு, மரபணு கட்டமைப்பு தேர்வுமுறை,நாவல் மரபணு கணிப்பு, போன்றவை;
• கருவிகள்:Stringtie, gffcompare, கேட்அருவடிக்குவைர, இன்டர்ரோஸ்கான், மற்றும்ஹ்மர்.
5. வேறுபட்ட வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு:
• டிகிரி ஸ்கிரீனிங், இணை-தொடர்புடைய பகுப்பாய்வு, செயல்பாட்டுசெறிவூட்டல்;
பல்வேறு காட்சிப்படுத்தல் முடிவுகள்;
Rஉடன்செக்செக், Deseq2, ggplot2, Dexseq
குறிப்பு
1. கிம், தஹ்வான் மற்றும் பலர். “வரைபட அடிப்படையிலான மரபணு சீரமைப்பு மற்றும்ஹிசாட் 2 மற்றும் ஹிசாட்-மரபணு வகையுடன் மரபணு வகைப்படுத்தல். ”இயற்கைஉயிரி தொழில்நுட்பம்37 (2019): 907 - 915.
2. மெக்கென்னா, ஆரோன் மற்றும் பலர். “மரபணு பகுப்பாய்வு கருவித்தொகுப்பு: அஅடுத்த தலைமுறை டி.என்.ஏவை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான MAPREDUCE கட்டமைப்புதரவை வரிசைப்படுத்துதல். ”மரபணு ஆராய்ச்சி20 9 (2010): 1297-303.
3. லி, ஹெங் மற்றும் பலர். “வரிசை சீரமைப்பு/வரைபட வடிவம் மற்றும்Samtools. ”உயிர் தகவல்தொடர்பு25 (2009): 2078 - 2079.
4. பெரியா, மிஹேலா மற்றும் பலர். “ஸ்ட்ரிஸ்டி மேம்பட்டதை செயல்படுத்துகிறதுஆர்.என்.ஏ-சேக் வாசிப்புகளிலிருந்து ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமின் புனரமைப்பு. ”இயற்கைஉயிரி தொழில்நுட்பம்33 (2015): 290-295.
5. காதல், மைக்கேல் ஐ. மற்றும் பலர். "மடிப்பு மாற்றத்தின் மிதமான மதிப்பீடு மற்றும்DESEQ2 உடன் RNA-SEQ தரவுகளுக்கான சிதறல். ”மரபணுஉயிரியல்15 (2014): என். pag.
6. எடி, சீன் ஆர் .. “துரிதப்படுத்தப்பட்ட சுயவிவரம் HMM தேடல்கள்.”Plos கணக்கீட்டு உயிரியல்7 (2011): என். pag.

ஒரு மேற்கோளைப் பெறுங்கள்

உங்கள் செய்தியை இங்கே எழுதி எங்களுக்கு அனுப்புங்கள்

உங்கள் செய்தியை எங்களுக்கு அனுப்புங்கள்: