மரபணு பரிணாமம்
பி.என்.ஏக்கள்
கோல்ட்ஃபிஷின் பரிணாம தோற்றம் மற்றும் வளர்ப்பு வரலாறு (காராசியஸ் ஆரட்டஸ்)
Pacbio | இல்லுமினா | பயோனானோ மரபணு வரைபடம் | ஹாய்-சி மரபணு சட்டசபை | மரபணு வரைபடம் | GWAS | ஆர்.என்.ஏ-சேக்
சிறப்பம்சங்கள்
1. கோல்ட்ஃபிஷ் மரபணு உயர்தர சட்டசபை பதிப்போடு புதுப்பிக்கப்பட்டது, 95.75% கான்டிஜ்களை 50 சூடோக்ரோமோசோம்களாக (சாரக்கட்டு N50 = 31.84 MB) தொகுத்து வழங்கியது. இரண்டு சப்ஜெனோம்கள் துண்டிக்கப்பட்டன.
2. வளர்ப்பின் போது தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப்ஸின் பொதுவான பகுதிகள் 201 நபர்களின் தரவுகளிலிருந்து அடையாளம் காணப்பட்டன, வளர்ப்புக் பண்புகளுடன் தொடர்புடைய 390 க்கும் மேற்பட்ட வேட்பாளர் மரபணுக்களை வெளியிட்டன.
3. வளர்ந்த கோல்ட்ஃபிஷில் டார்சல் ஃபின் மீது ஜி.டபிள்யூ.ஏ.எஸ் 378 வேட்பாளர் மரபணுக்களை வெளிப்படுத்தியது. ஒரு டைரோசின்-புரத கைனேஸ் நிருபர் வெளிப்படைத்தன்மையுடன் தொடர்புடைய ஒரு வேட்பாளர் காரண மரபணுவாக அடையாளம் காணப்பட்டார்
பின்னணி
கோல்ட்ஃபிஷ் (காராசியஸ் ஆரட்டஸ்) என்பது மிக முக்கியமான வளர்க்கப்பட்ட மீன்களில் ஒன்றாகும், அவை பண்டைய சீனாவில் சிலுவை கெளையில் இருந்து வளர்க்கப்பட்டன. சார்லஸ் டார்வின் "கிட்டத்தட்ட எல்லையற்ற வண்ணத்தை கடந்து செல்வது, கட்டமைப்பின் மிக அசாதாரண மாற்றங்களை நாங்கள் சந்திக்கிறோம்" என்று கருத்து தெரிவித்தார். மிகவும் மாறுபட்ட அம்சங்கள் மற்றும் வளர்ப்பு மற்றும் இனப்பெருக்கத்தின் நீண்ட வரலாறு மீன் உடலியல் மற்றும் பரிணாம வளர்ச்சிக்கு தங்கமீன்களை ஒரு சிறந்த மரபணு மாதிரி அமைப்பாக ஆக்குகின்றன.
சாதனைகள்
கோல்ட்ஃபிஷ் மரபணு
JPACBIO மற்றும் இல்லுமினா ஜோடி-இறுதி வரிசைமுறை தரவுகளின் களிம்பு பகுப்பாய்வு ஆரம்ப 1.657 G வரைவு சட்டசபை (Contig N50 = 474 KB) அளிக்கிறது. பியோனானோ ஆப்டிகல் வரைபடம் உருவாக்கப்பட்டு சட்டசபையை 1.73 ஜிபி அளவு (மதிப்பிடப்பட்ட மரபணு அளவு: 1.8 ஜிபி) ஆக சரி செய்யப்பட்டது. HI-C அடிப்படையிலான சட்டசபை 606 KB இலிருந்து 31.84 MB ஆக சாரக்கட்டு N50 ஐ மேம்படுத்தியது மற்றும் 95.75% (1.65 ஜிபி) நோக்கு மற்றும் நங்கூர விகிதத்தை நோக்கியது. மரபணு 56,251 குறியீட்டு மரபணுக்கள் மற்றும் 10,098 நீண்ட குறியீட்டு அல்லாத டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஆகியவற்றைக் கொண்டுள்ளது. மேலும், 50 குரோமோசோம்களில் 38 சாத்தியமான சென்ட்ரோமெரிக் பகுதிகள் கணிக்கப்பட்டன.
படம் 1 தங்க மீன் மரபணு
Tஒரு பண்டைய கலப்பின நிகழ்வின் விளைவாக ஏற்பட்ட 50 தங்கமீன் குரோமோசோம்களில் வோ தெளிவான துணைக்குழுக்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன. கோல்ட்ஃபிஷ் மற்றும் பார்பினே இடையே சீரமைக்கப்பட்ட அதிக விகிதங்களைக் கொண்ட குரோமோசோம்களின் தொகுப்பு சப்ஜெனோம் ஏ (CHRA01 ~ A25), அதாவது பார்பினாவுக்கு பொதுவான துணைஜனமன், மற்றும் மீதமுள்ளவை துணைஜனமன் B (CHRB01 ~ B25) என வரையறுக்கப்பட்டன.
வளர்ப்பு மற்றும் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப்ஸ்
Aமொத்தம் 16 காட்டு வகை க்ரூசியன் கார்ப்ஸ் மற்றும் 185 பிரதிநிதி தங்கமீன் வகைகள் சராசரியாக 12.5x என்ற சராசரி வரிசைமுறை ஆழத்துடன் ஒத்துப்போகின்றன, இது 4.3 டெராபேஸ்கள் தரவை உருவாக்குகிறது. பைலோஜெனடிக் புனரமைப்பு மற்றும் பி.சி.ஏ பகுப்பாய்வு மற்ற தங்க மீன்களை விட பொதுவான தங்கமீன்களுக்கும் சிலுவை கெண்டைக்கும் இடையே ஒரு நெருக்கமான உறவை உறுதிப்படுத்தின, அவை பிந்தையவை இரண்டு பரம்பரைகளாக பிரிக்கப்பட்டன.
Lநான்கு துணை மக்கள்தொகைகளுக்கு மேலேயுள்ள டி சிதைவு பகுப்பாய்வு, வளர்ப்பின் போது மக்கள்தொகை மரபணு இடையூறுகள் மற்றும் தங்கமீன்களில் வலுவான செயற்கை தேர்வு ஆகியவற்றை ஆதரித்தது. க்ரூசியன் கார்ப் முதல் பொதுவான தங்கமீன்கள் வரை வென் கோல்ட்ஃபிஷ் மற்றும் முட்டை தங்க மீன்களுக்கு மரபணு வேறுபாடு (π) அதிகரிப்பது அவற்றின் வளர்ப்பின் போது மரபணு வேறுபாடுகள் கணிசமான திரட்சியைக் குறிக்கிறது. 25.2 எம்பி மற்றும் 946 மரபணுக்களை உள்ளடக்கிய 50 தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப் மரபணு பகுதிகள் பிரதிநிதி தரவுகளிலிருந்து அடையாளம் காணப்பட்டன (33 கோல்ட்ஃபிஷ் மற்றும் 16 சிலுவை தனம்). 201 நபர்களுக்கு பகுப்பாய்வை விரிவுபடுத்துதல், 393 மரபணுக்கள் பூர்த்தி செய்யப்பட்ட தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட ஸ்வீப்பின் பகுதிகளைக் குறிக்கின்றன. இந்த மரபணுக்கள் குறைந்த பன்முகத்தன்மையைக் கண்டறிந்தன, அவை தங்க மீன்களில் முக்கிய வளர்ப்புப் பண்புகளுடன் தொடர்புடைய பினோடைப்களுக்கு பங்களிக்கக்கூடும்.
Fig.3 மரபணு-அளவிலான வளர்ப்புடன் தொடர்புடைய பகுப்பாய்வு
வளர்க்கப்பட்ட தங்கமீனில் GWAS
Dஆர்சல் ஃபின் ஒரு முக்கிய அம்சமாகும், இது வென் கோல்ட்ஃபிஷை முட்டை தங்க மீன்களிலிருந்து வேறுபடுத்துகிறது. 96 வென் கோல்ட்ஃபிஷ் மற்றும் 87 முட்டை தங்கமீன்களில் டார்சல் ஃபின் ஜி.டபிள்யூ.ஏக்கள் 13 குரோமோசோம்களில் 378 வேட்பாளர் மரபணுக்களை வெளிப்படுத்தியதுடன், இந்த மரபணுக்களின் சப்ஜெனோம்களுக்கு இடையில் சீரற்ற விநியோகம் காணப்பட்டது. இந்த வேட்பாளர் மரபணுக்களின் செயல்பாட்டு பகுப்பாய்வு “செல் மேற்பரப்பு ஏற்பி சமிக்ஞை”, “டிரான்ஸ்மேம்பிரேன் போக்குவரத்து”, “எலும்பு அமைப்பு மேம்பாடு” போன்ற உயிரியல் செயல்முறைகளை முன்னிலைப்படுத்தியது.
வளர்க்கப்பட்ட தங்கமீனில் டார்சல் ஃபின் இன் gwas
Iவெளிப்படையான அளவுகோல் தொடர்பான பண்புகளின் GWA கள், ஒரு வலுவான சங்கத்தின் உச்சநிலை கண்டறியப்பட்டது. டைரோசின்-புரத கைனேஸ் ஏற்பியை குறியாக்கம் செய்யும் மரபணு வேட்பாளர் பிராந்தியங்களில் ஒன்றில் அடையாளம் காணப்பட்டது.
வெளிப்படையான அளவுகோல் தொடர்பான பண்புகளின் படம் 5 GWA கள்
குறிப்பு
Cகோழி டி மற்றும் பலர். கோல்ட்ஃபிஷின் பரிணாம தோற்றம் மற்றும் வளர்ப்பு வரலாறு (காராசியஸ் ஆரட்டஸ்). பி.என்.ஏக்கள் (2020)
செய்தி பயோமார்க்ஸ் டெக்னாலஜிஸுடன் சமீபத்திய வெற்றிகரமான நிகழ்வுகளைப் பகிர்ந்து கொள்வதையும், புதிய விஞ்ஞான சாதனைகளையும், ஆய்வின் போது பயன்படுத்தப்படும் முக்கிய நுட்பங்களையும் கைப்பற்றுவதையும் நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது.
இடுகை நேரம்: ஜனவரி -04-2022