முழு மரபணு மறுவடிவமைப்பு
SARS-COV-2 இன் மரபியல் கண்காணிப்பு ஒரு NSP1 நீக்குதல் மாறுபாட்டை வெளிப்படுத்துகிறது, இது வகை I இன்டர்ஃபெரான் பதிலை மாற்றியமைக்கிறது
நானோபோர் | இல்லுமினா | முழு மரபணு ஒத்திசைவு | மெட்டஜெனோமிக்ஸ் | Rna-seq | சாங்கர்
பயோமார்க்கர் டெக்னாலஜிஸ் இந்த ஆய்வில் மாதிரி வரிசைமுறைக்கு தொழில்நுட்ப ஆதரவை வழங்கியது.
சிறப்பம்சங்கள்
1.SARS-COV-2 மரபணு வரிசைமுறை மற்றும் பைலோக்னெடிக் பகுப்பாய்வு 31 SNP கள் மற்றும் 4 இன்டெல்ஸ் உள்ளிட்ட 35 தொடர்ச்சியான பிறழ்வுகளை அடையாளம் காண்க.
2. 117 மருத்துவ பினோடைப்களுடன் அசோசியேஷன் சாத்தியமானதை வெளிப்படுத்துகிறது
முக்கியமான பிறழ்வுகள்.
Ns500-532 என்எஸ்பி 1 குறியீட்டு பிராந்தியத்தில் குறைந்த வைரலுடன் தொடர்புடையது
3. லோட் மற்றும் சீரம் IFN-β.
∆500-532 பிறழ்வுடன் கூடிய வைரல் தனிமைப்படுத்தல்கள் குறைந்த IFN-I ஐத் தூண்டுகின்றன
பாதிக்கப்பட்ட கலங்களில் பதில்.
சோதனை வடிவமைப்பு
சாதனைகள்
1. கோவிட் -19 தொற்றுநோயியல் மற்றும் மரபணு கண்காணிப்பு
2020, 2020 முதல் பிப்ரவரி 20, 2020 வரை வெடிக்கும் காலப்பகுதியில் சீனாவின் சிச்சுவான் மாகாணத்தில் மருத்துவ தரவு சேகரிக்கப்பட்டது. சிச்சுவானில் QPCR சோதனைகளால் மொத்தம் 538 COVID-19 வழக்குகள் உறுதிப்படுத்தப்பட்டன, அவற்றில் 28.8% மாகாணத்தைச் சேர்ந்தவர்கள் மூலதனம். சிச்சுவானில் உறுதிப்படுத்தப்பட்ட வழக்குகள் அதிவேகமாக அதிகரித்தன, ஜனவரி 30 ஆம் தேதி உயர்ந்தன. மேலும், வைரஸ் பரவுவதைத் தடுப்பதில் சமூக தூரத்தன்மை ஒரு முக்கிய காரணியாக இருக்கும் என்று தரவு ஆதரிக்கிறது.
படம் 1. சீனாவின் சிச்சுவான் மாகாணத்தில் கோவ் -19 இன் தொற்றுநோயியல் ஆய்வு
2. SARS-COV-2 மரபணு கட்டுமானம் மற்றும் மாறுபாடுகள் அடையாளம்
மல்டிபிளக்ஸ் பி.சி.ஆர் பெருக்கத்துடன் நானோபோர் வரிசைமுறை மூலம், 248 நோயாளிகளிடமிருந்து மொத்தம் 310 அருகிலுள்ள அல்லது பகுதி-முழுமையான மரபணுக்கள் தோராயமாக உருவாக்கப்பட்டன. 10 வாசிப்புகளால் மூடப்பட்ட 80% மரபணுக்கள் (சராசரி ஆழம்: ஒரு மாதிரிக்கு 0.39 மீ வாசிப்புகள்).
படம் 2. சிச்சுவான் கோஹார்ட்டில் உள்ள ஒவ்வொரு வகைகளின் அதிர்வெண்
SARS-COV-2 மரபணுக்களிலிருந்து மொத்தம் 104 SNP கள் மற்றும் 18 இன்டெல்கள் அடையாளம் காணப்பட்டன, இதில் 31 SNP கள் மற்றும் 4 இன்டெல்கள் தொடர்ச்சியான மரபணு மாறுபாடுகளாக அடையாளம் காணப்பட்டன. வுஹானிலிருந்து 169 மாதிரிகள் மற்றும் கிசெய்தில் 81,391 உயர்தர பப்ளிச் மரபணு காட்சிகளுடன் ஒப்பிடுவதன் மூலம், மற்ற கண்டங்களில் காணப்பட்ட 35 வகைகளில் 29. குறிப்பிடத்தக்க வகையில், ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 மற்றும் T13243C உள்ளிட்ட நான்கு வகைகள் சிச்சுவான் மற்றும் வுஹானில் மட்டுமே காணப்பட்டன மற்றும் கிசெய்ட் தரவுகளில் இல்லை, இந்த மாறுபாடுகள் வுஹானிலிருந்து ஈர்க்கப்படக்கூடும் என்பதைக் குறிக்கிறது, இது வூஹானை சந்திக்கிறது, இது சந்திக்கிறது, நோயாளிகளின் பயண பதிவுகள்.
88 புதிய வைரஸ் SFROM சிச்சுவான் மற்றும் பிற பிராந்தியங்களிலிருந்து 250 க்யூரேட்டட் மரபணுக்களில் அதிகபட்ச சாத்தியக்கூறு (எம்.எல்) முறை மற்றும் பேய்சியன் மூலக்கூறு கடிகார அணுகுமுறைகளுடன் பரிணாம பகுப்பாய்வு செயலாக்கப்பட்டது. ∆500-532 (என்எஸ்பி 1 குறியீட்டு பகுதியில் நீக்குதல்) கொண்ட மரபணுக்கள் பைலோஜெனடிக் மரத்தில் அரிதாகவே விநியோகிக்கப்பட்டன. NSP1 வகைகளில் ஹாப்லோடைப் பகுப்பாய்வு அவற்றில் 5 ஐ பல நகரங்களிலிருந்து அடையாளம் கண்டுள்ளது. இந்த முடிவுகள் ∆500-532 பல நகரங்களில் நிகழ்ந்தன என்றும் வுஹானிலிருந்து பல முறை இறக்குமதி செய்யப்படலாம் என்றும் பரிந்துரைத்தது.
படம் 2. SARS-COV-2 மரபணுக்களில் தொடர்ச்சியான மரபணு மாறுபாடுகள் மற்றும் பைலோஜெனடிக் பகுப்பாய்வு
3. மருத்துவ தாக்கங்களுடன் தொடர்ச்சியான மரபணு மாறுபாடுகளின் தொடர்பு
117 மருத்துவ பினோடைப்கள் கோவ் -19 தீவிரத்துடன் தொடர்புடையவை, அங்கு 19 தீவிரம் தொடர்பான பினோடைப்கள் கடுமையான மற்றும் கடுமையான அல்லாத பண்புகளாக வகைப்படுத்தப்பட்டன. இந்த பண்புகளுக்கும் 35 தொடர்ச்சியான மரபணு மாறுபாடுகளுக்கும் இடையிலான உறவு இரு-கிளஸ்டர் ஹீட்மேப்பில் viauliged செய்யப்பட்டது. GSEA போன்ற தரவரிசை செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வு ∆500-532 ESR, சீரம் IFN-β மற்றும் CD3+ CD8+ T செல் எண்ணிக்கையுடன் எதிர்மறையாக தொடர்புடையது என்பதைக் காட்டுகிறது. மேலும், QPCR சோதனைகள் ∆500-532 ஐக் கொண்ட வைரஸால் பாதிக்கப்பட்ட நோயாளிகளுக்கு அதிக CT மதிப்பைக் கொண்டுள்ளன, அதாவது மிகக் குறைந்த வைரஸ் சுமை.
படம் 3. மருத்துவ பினோடைப்களுடன் 35 தொடர்ச்சியான மரபணு மாறுபாடுகளின் சங்கங்கள்
4. வைரஸ் பிறழ்வு தொடர்பான மருத்துவ பினோடைப்களில் சரிபார்ப்பு
NSP1 செயல்பாடுகளில் ∆500-532 இன் பாதிப்புகளைப் புரிந்து கொள்வதற்காக, HEK239T செல்கள் முழு நீள, WT NSP1 மற்றும் பிறழ்ந்த வடிவங்களை நீக்குதலுடன் வெளிப்படுத்தும் பிளாஸ்மிட்களுடன் மாற்றப்பட்டன. சிகிச்சையளிக்கப்பட்ட ஒவ்வொரு HEK239T கலங்களின் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சுயவிவரங்கள் PCA பகுப்பாய்விற்காக செயலாக்கப்பட்டன, இது நீக்குதல் மரபுபிறழ்ந்தவர்கள் ஒப்பீட்டளவில் நெருக்கமாக கொத்தாக இருப்பதைக் காட்டுகிறது மற்றும் WT NSP1 இலிருந்து கணிசமாக வேறுபட்டது. மரபுபிறழ்ந்தவர்களில் கணிசமாக கட்டுப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் முக்கியமாக “பெப்டைட் பயோசிந்தெடிக்/வளர்சிதை மாற்ற செயல்முறை”, “ரிபோநியூக்ளியோபுரோட்டீன் சிக்கலான பயோஜெனீசிஸ்”, “சவ்வு/ஈஆர் இலக்கு” போன்றவற்றில் செறிவூட்டப்பட்டன.
படம் 4. WT NSP1 ஆல் மாற்றப்பட்ட HEK239T கலங்களில் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்வு மற்றும் நீக்குதலுடன்
ஐ.எஃப்.என் -1 பதிலில் நீக்குதல்களின் பாதிப்புகள் மிகைப்படுத்தப்பட்ட ஆய்வில் சோதிக்கப்பட்டன. சோதனை செய்யப்பட்ட அனைத்து நீக்குதல்களும் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் நிலை மற்றும் புரத நிலை இரண்டிலும் இடமாற்றம் செய்யப்பட்ட HEK239T மற்றும் A549 கலங்களில் IFN-1 ரெப்சனைக் குறைப்பதாகக் காட்டப்பட்டது. சுவாரஸ்யமாக, நீக்குதல்களில் கணிசமாக கீழ்-ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட மரபணுக்கள் “வைரஸுக்கு பாதுகாப்பு பதில்”, “வைரஸ் மரபணு பிரதி”, “ஆர்என்ஏ பாலிமரேஸ் II ஆல் படியெடுத்தல் கட்டுப்பாடு” மற்றும் “வகை I இன்டர்ஃபெரானுக்கு பதில்” ஆகியவற்றில் செறிவூட்டப்பட்டன.
படம் 5. ∆500-532 விகாரத்தில் இன்டர்ஃபெரான் சிக்னலிங் பாதைகளின் கீழ் கட்டுப்பாடு
இந்த ஆய்வில், வைரஸ் மீதான இந்த நீக்குதல்களின் தாக்கம் வைரஸ் தொற்று ஆய்வுகள் மூலம் மேலும் உறுதிப்படுத்தப்பட்டது. சில மரபுபிறழ்ந்தவர்களைக் கொண்ட வைரஸ்கள் மருத்துவ மாதிரிகளிலிருந்து தனிமைப்படுத்தப்பட்டு காலு -3 கலங்களுக்கு பாதிக்கப்பட்டன. வைரஸ் தொற்று ஆய்வின் விரிவான முடிவுகளை காகிதத்தில் படிக்கலாம்.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
குறிப்பு
லின் ஜே, டாங் சி, வீ எச், மற்றும் பலர். SARS-COV-2 இன் மரபணு கண்காணிப்பு ஒரு NSP1 நீக்குதல் மாறுபாட்டை வெளிப்படுத்துகிறது, இது வகை I இன்டர்ஃபெரான் பதிலை மாற்றியமைக்கிறது [J]. செல் ஹோஸ்ட் & மைக்ரோப், 2021.
செய்தி மற்றும் சிறப்பம்சங்கள் பயோமார்க்ஸ் டெக்னாலஜிஸுடன் சமீபத்திய வெற்றிகரமான நிகழ்வுகளைப் பகிர்ந்து கொள்வதையும், புதிய விஞ்ஞான சாதனைகளையும், ஆய்வின் போது பயன்படுத்தப்படும் முக்கிய நுட்பங்களையும் கைப்பற்றுவதையும் நோக்கமாகக் கொண்டுள்ளது.
இடுகை நேரம்: ஜனவரி -06-2022