டி.என்.ஏ/ஆர்.என்.ஏ சீக்வென்சிங் -பாக்பியோ சீக்வென்சர்
அம்சங்கள்
PACBIO சீக்வென்சரில் இரண்டு வரிசைமுறை முறைகள்: தொடர்ச்சியான நீண்ட வாசிப்பு (CLR) மற்றும் வட்ட ஒருமித்த வாசிப்பு (CCS)
| வரிசைமுறை பயன்முறை | நூலக அளவு | தத்துவார்த்த தரவுமகசூல் (ஒரு கலத்திற்கு) | ஒற்றை-அடிப்படைதுல்லியம் | பயன்பாடுகள் |
| Clr | 20KB, 30KB, முதலியன. | 80 ஜிபி முதல் 130 ஜிபி வரை | தோராயமாக. 85% | டி நோவோ, எஸ்.வி அழைப்பு, முதலியன. |
| சி.சி.எஸ் | 15-20 கி.பை. | 14 முதல் 40 ஜிபி/செல் (தொடர்ச்சியான II) 70 முதல் 110 ஜிபி/செல் (ரெவியோ) மாதிரிகளைப் பொறுத்தது | தோராயமாக. 99% | டி நோவோ, SNP/INDEL/SV அழைப்பு, ISO-SEQ, |
ரெவியோ மற்றும் சீக்வெல் II இன் செயல்திறன் மற்றும் அம்சங்களின் ஒப்பீடு
| விதிமுறைகள் | தொடர்ச்சியான II அமைப்பு | ரெவியோ சிஸ்டம் | அதிகரிப்பு |
| அதிக அடர்த்தி | 8 மில்லியன் ZMWS | 25 மில்லியன் ZMWS | 3x |
| சுயாதீன நிலைகள் | 1 | 4 | 4x |
| குறுகிய ரன் நேரங்கள் | 30 மணி நேரம் | 24 மணி நேரம் | 1.25x |
| 30x HIFI மனித மரபணுக்கள் / ஆண்டு | 88 | 1,300 | 1ஒட்டுமொத்தமாக 5x |
சேவை நன்மைகள்
Pac பல்வேறு உயிரினங்களுடன் ஆயிரக்கணக்கான மூடிய திட்டங்களுடன் PACBIO வரிசைமுறை மேடையில் 8 ஆண்டுகளுக்கும் மேலான அனுபவம்.
Pak சமீபத்திய பேக்பியோ வரிசைமுறை தளங்களுடன் முழுமையாக பொருத்தப்பட்டிருக்கும், ரெவியோ போதுமான வரிசைமுறை செயல்திறனுக்கு உத்தரவாதம் அளிக்க.
Train வேகமான நேரம், அதிக தரவு மகசூல் மற்றும் மிகவும் துல்லியமான தரவு.
Pac நூற்றுக்கணக்கான உயர் தாக்கத்தை அடிப்படையாகக் கொண்ட வெளியீடுகளில் பங்களித்தது.
மாதிரி தேவைகள்
| மாதிரி வகை | தொகை | செறிவு （QUBIT® | தொகுதி | தூய்மை | மற்றவர்கள் |
| மரபணு டி.என்.ஏ | தரவு தேவையைப் பொறுத்தது | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 = 1.8-2.5 260 nm இல் தெளிவான உச்சநிலை ，அசுத்தங்கள் இல்லை | செறிவு க்விட் மற்றும் க்விட்/நானோபோர் = 0.8-2.5 மூலம் அளவிடப்பட வேண்டும் |
| மொத்த ஆர்.என்.ஏ | .1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ；அசுத்தங்கள் இல்லை | ரின் மதிப்பு ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
சேவை பணிப்பாய்வு
மாதிரி தயாரிப்பு
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
திட்ட வழங்கல்
1. இன்-ஹவுஸ் தரவு மகசூல்
63 சிசிஎஸ் கலங்களிலிருந்து (26 இனங்களிலிருந்து) உருவாக்கப்பட்ட தரவு
| தரவு-பாக்பியோ-சி.சி.எஸ் -15 கி.பை. | சராசரி | அதிகபட்சம் | நிமிடம் | சராசரி |
| மகசூல் - சப்ரெட்ஸ் (ஜிபி) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| YILED - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| பாலிமரேஸ் N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| சப்ரெட்ஸ் N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| சராசரி நீள-பாலிமரேஸ் | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| சராசரி நீள-தொண்டைகள் | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| சராசரி நீளம்-சி.சி.எஸ் | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 சி.எல்.ஆர் கலங்களிலிருந்து (76 இனங்களிலிருந்து) உருவாக்கப்பட்ட தரவு
| Data-pacbio-clr-30kb | சராசரி | அதிகபட்சம் | நிமிடம் | சராசரி |
| மகசூல் - சப்ரெட்ஸ் (ஜிபி) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| பாலிமரேஸ் N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| சப்ரெட்ஸ் N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| சராசரி நீள-பாலிமரேஸ் | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| சராசரி நீள-தொண்டைகள் | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.DATA QC - டெமோதரவு மகசூல் குறித்த புள்ளிவிவரங்கள்
| மாதிரி | சி.சி.எஸ் எண்ணைப் படிக்கிறது | மொத்த சி.சி.எஸ் தளங்கள் (பிபி) | CCS N50 (BP) ஐப் படிக்கிறது | சி.சி.எஸ் சராசரி நீளம் (பிபி) | சி.சி.எஸ் நீளமான வாசிப்பு (பிபி) | சப்ரெட்ஸ் தளங்கள் (பிபி) | சிசிஎஸ் வீதம் (%) |
| PB_BMKXXX | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
