Mpangilio mzima wa bisulfite wa genome (WGBS)
Upangaji wa Bisulfite wa Jeni Nzima (WGBS) unasimama kama mbinu ya kiwango cha dhahabu ya uchunguzi wa kina wa methylation ya DNA, haswa nafasi ya tano katika cytosine (5-mC), kidhibiti muhimu cha usemi wa jeni na shughuli za seli. Kanuni ya msingi ya WGBS inahusisha matibabu ya bisulfite, kushawishi ubadilishaji wa saitosini zisizo na methylated hadi uracil (C hadi U), huku zikiacha saitosini za methylated bila kubadilika. Mbinu hii inatoa azimio la msingi mmoja, kuruhusu watafiti kuchunguza kwa kina methylome na kugundua mifumo isiyo ya kawaida ya methylation inayohusishwa na hali mbalimbali, haswa saratani. Kwa kuajiri WGBS, wanasayansi wanaweza kupata maarifa yasiyo na kifani katika mandhari ya methylation ya jenomu, wakitoa uelewa wa kina wa mifumo ya epijenetiki ambayo inasimamia michakato na magonjwa mbalimbali ya kibayolojia.
Vipengele vya Huduma
● Inahitaji jenomu ya marejeleo.
● DNA ya Lambda huongezwa ili kufuatilia ufanisi wa ubadilishaji wa bisulfite.
● Kufuatana kwenye Illumina NovaSeq.
Faida za Huduma
●Kiwango cha Dhahabu cha Utafiti wa Methylation ya DNA: Teknolojia hii iliyokomaa ya usindikaji wa ubadilishaji wa methylation ina usahihi wa hali ya juu na reproducibility nzuri.
●Chanjo pana na Azimio la Msingi Mmoja:ugunduzi wa tovuti za methylation katika kiwango cha jenomu kote.
●Jukwaa Kamili:kutoa huduma bora ya sehemu moja kutoka kwa usindikaji wa sampuli, ujenzi wa maktaba, mfuatano hadi uchanganuzi wa bioinformatics.
●Utaalamu wa Kina: na miradi ya WGBS ya kupanga mpangilio iliyokamilishwa kwa mafanikio kati ya aina mbalimbali za spishi, BMKGENE huleta tajriba ya zaidi ya muongo mmoja, timu ya uchanganuzi yenye ujuzi wa hali ya juu, maudhui ya kina, na usaidizi bora wa baada ya mauzo.
●Uwezekano wa Kujiunga na Uchambuzi wa Transcriptomics: kuruhusu uchanganuzi jumuishi wa WGBS na data nyingine ya omics kama vile RNA-seq.
Sampuli Specifications
| Maktaba | Mkakati wa Kuratibu | Toleo la data linalopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Bisulfite kutibiwa | Illumina PE150 | 30x kina | Q30 ≥ 85% Uongofu wa Bisulfite > 99% |
Mahitaji ya Sampuli
| Kuzingatia (ng/µL) | Jumla ya kiasi (µg) | Mahitaji ya ziada | |
| DNA ya Genomic | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Uharibifu mdogo au uchafuzi |
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Utoaji wa sampuli
Uchimbaji wa DNA
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Uwasilishaji wa data
Inajumuisha uchambuzi ufuatao:
● Udhibiti wa ubora wa mfuatano ghafi;
● Kuchora ramani ya kurejelea jenomu;
● Kugunduliwa kwa besi za methylated za 5mC;
● Uchambuzi wa usambazaji na ufafanuzi wa methylation;
● Uchambuzi wa Mikoa yenye Methylated Differentially (DMRs);
● Ufafanuzi wa utendaji wa jeni zinazohusiana na DMRs.
Ugunduzi wa methylation ya 5mC: aina za tovuti zenye methylated
Ramani ya methylation. 5mC methylation usambazaji wa jenomu kote
Ufafanuzi wa maeneo yenye methylated sana
Mikoa yenye Methylated tofauti: jeni zinazohusiana
Mikoa yenye Methylated Tofauti: maelezo ya jeni zinazohusiana (Gene Ontology)
Chunguza maendeleo ya utafiti yanayowezeshwa na huduma zote za mpangilio wa bisulfite za BMKGene kupitia mkusanyiko ulioratibiwa wa machapisho.
Shabiki, Y. et al. (2020) 'Uchambuzi wa profaili za methylation ya DNA wakati wa ukuzaji wa misuli ya mifupa ya kondoo kwa kutumia mpangilio wa bisulfite wa genome nzima',BMC Genomics, 21(1), ukurasa wa 1-15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Misukosuko mpya ya asidi ya deoxyribonucleic methylation katika wafanyikazi walio wazi kwa kloridi ya vinyl',Toxicology na Afya ya Viwanda, 38(7), ukurasa wa 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Mahusiano kati ya methylation ya genome, viwango vya RNA zisizo na coding, mRNAs na metabolites katika kukomaa kwa matunda ya nyanya',Jarida la mimea, 103(3), ukurasa wa 980-994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
