Utaratibu maalum wa vipande vilivyoandaliwa (SLAF-Seq)
Mtiririko wa kazi
Mpango wa kiufundi
Huduma za huduma
● Utaratibu wa Novaseq na PE150.
● Maandalizi ya maktaba na barcoding mara mbili, kuwezesha kuogelea kwa sampuli zaidi ya 1000.
● Mbinu hii inaweza kutumika na au bila kumbukumbu ya genome, na bomba tofauti za bioinformatic kwa kila kesi:
Na genome ya kumbukumbu: SNP na ugunduzi wa indel
Bila kumbukumbu ya genome: sampuli ya nguzo na ugunduzi wa SNP
● Katikakatika silicoMchanganyiko wa sehemu nyingi za kizuizi cha enzyme zinapimwa ili kupata zile ambazo hutoa usambazaji sawa wa vitambulisho vya slaf kando ya genome.
● Wakati wa majaribio ya kabla, mchanganyiko wa enzyme tatu hupimwa katika sampuli 3 ili kutoa maktaba 9 za SLAF, na habari hii inatumika kuchagua mchanganyiko bora wa enzyme ya mradi huo.
Faida za huduma
●Ugunduzi wa alama ya maumbile ya juu: Kuunganisha mfumo wa barcode wa kiwango cha juu cha njia ya juu inaruhusu mpangilio wa wakati huo huo wa idadi kubwa, na uboreshaji maalum wa locus huongeza ufanisi, kuhakikisha kuwa nambari za lebo zinatimiza mahitaji tofauti ya maswali anuwai ya utafiti.
● Utegemezi wa chini kwenye genome: Inaweza kutumika kwa spishi zilizo na au bila kumbukumbu ya genome.
●Ubunifu wa mpango rahisi: Enzyme moja, enzyme mbili, digestion ya enzyme nyingi, na aina anuwai za Enzymes zinaweza kuchaguliwa ili kuendana na malengo tofauti ya utafiti au spishi.katika silicoUbunifu wa mapema hufanywa ili kuhakikisha muundo mzuri wa enzyme.
● Ufanisi mkubwa katika digestion ya enzymatic: Uzalishaji wakatika silicoUbunifu wa mapema na jaribio la mapema la uhakikisho lililohakikishwa na usambazaji wa vitambulisho vya slaf kwenye chromosome (1 slaf tepe/4KB) na kupunguza mlolongo wa kurudia (<5%).
●Utaalam mkubwaTimu yetu inaleta uzoefu mwingi wa uzoefu kwa kila mradi, na rekodi ya kufunga zaidi ya miradi 5000 ya SLAF-Seq kwenye mamia ya spishi, pamoja na mimea, mamalia, ndege, wadudu, na viumbe vya majini.
● Utiririshaji wa kibinafsi wa bioinformatic: BMKGENE ilitengeneza mtiririko wa bioinformatic uliojumuishwa kwa SLAF-Seq ili kuhakikisha kuegemea na usahihi wa matokeo ya mwisho.
Uainishaji wa huduma
| Aina ya uchambuzi | Kiwango cha Idadi ya Idadi ya Watu | Mkakati wa mpangilio | |
| Kina cha mpangilio wa lebo | Nambari ya lebo | ||
| Ramani za maumbile | Wazazi 2 na> watoto 150 | Wazazi: 20x wgs Offping: 10x | Saizi ya genome: <400 MB: WGS inapendekezwa <1GB: vitambulisho 100k 1-2GB :: 200K vitambulisho > 2GB: vitambulisho 300K Max 500k vitambulisho |
| Masomo ya Chama cha Genome (GWAS) | Sampuli ≥200 | 10x | |
| Mageuzi ya maumbile | Sampuli ≥30, na> sampuli 10 kutoka kwa kila kikundi | 10x | |
Mahitaji ya huduma
Mkusanyiko ≥ 5 ng/µl
Jumla ya ≥ 80 ng
NanoDrop OD260/280 = 1.6-2.5
Gel ya Agarose: Hakuna au uharibifu mdogo au uchafu
Uwasilishaji wa mfano uliopendekezwa
Chombo: 2 ml centrifuge tube
(Kwa sampuli nyingi, tunapendekeza usihifadhi katika ethanol)
Uandishi wa sampuli: Sampuli zinahitaji kuandaliwa wazi na kufanana na fomu ya habari ya mfano.
Usafirishaji: Ice-Ice: Sampuli zinahitaji kubeba katika mifuko ya kwanza na kuzikwa katika barafu kavu.
Utiririshaji wa huduma
Mfano QC
Jaribio la majaribio
Jaribio la slaf
Maandalizi ya maktaba
Mpangilio
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
Ni pamoja na uchambuzi ufuatao:
- Kuweka data QC
- Maendeleo ya kitambulisho cha slaf
Ramani ya kumbukumbu ya genome
Bila genome ya kumbukumbu: nguzo
- Uchambuzi wa vitambulisho vya slaf: Takwimu, usambazaji katika genome
- Ugunduzi wa alama: SNP, INDEL, SNV, CV wito na maelezo
Usambazaji wa vitambulisho vya slaf kwenye chromosomes:
Usambazaji wa SNPs kwenye chromosomes:
Maelezo ya SNP
| Mwaka | Jarida | IF | Kichwa | Maombi |
| 2022 | Mawasiliano ya asili | 17.694 | Msingi wa genomic wa giga-chromosomes na giga-genome ya peony ya mti Paeonia ostii | Slaf-Gwas |
| 2015 | Phytologist mpya | 7.433 | Mifumo ya nyayo za nyumbani nanga maeneo ya genomic ya umuhimu wa agolojia katika soya | Slaf-Gwas |
| 2022 | Jarida la Utafiti wa hali ya juu | 12.822 | Introgressions bandia ya genome ya gossypium barbadense ndani ya G. hirsutum Onyesha loci bora kwa uboreshaji wa wakati huo huo wa ubora wa nyuzi za pamba na mavuno sifa | Slaf-Mageuzi ya Mageuzi |
| 2019 | Mmea wa Masi | 10.81 | Uchambuzi wa idadi ya watu na mkutano wa de novo unaonyesha asili ya wepesi Mchele kama mchezo wa mabadiliko | Slaf-Mageuzi ya Mageuzi |
| 2019 | Genetics ya asili | 31.616 | Mlolongo wa genome na utofauti wa maumbile ya carp ya kawaida, Cyprinus carpio | Ramani ya uhusiano wa slaf |
| 2014 | Genetics ya asili | 25.455 | Genome ya karanga iliyopandwa hutoa ufahamu juu ya karyotypes za kunde, polyploid Mageuzi na ukuaji wa mazao. | Ramani ya uhusiano wa slaf |
| 2022 | Jarida la Baiolojia ya Panda | 9.803 | Utambulisho wa ST1 unaonyesha uteuzi unaohusisha upigaji wa morphology ya mbegu na yaliyomo kwenye mafuta wakati wa kutengenezea soya | Maendeleo ya alama ya slaf |
| 2022 | Jarida la Kimataifa la Sayansi ya Masi | 6.208 | Utambulisho na maendeleo ya alama ya DNA kwa ngano-leymus mollis 2NS (2d) Disomic chromosome badala | Maendeleo ya alama ya slaf |
| Mwaka | Jarida | IF | Kichwa | Maombi |
| 2023 | Frontiers katika Sayansi ya Mimea | 6.735 | Ramani ya QTL na uchambuzi wa maandishi ya yaliyomo kwenye sukari wakati wa kucha matunda ya pyrus pyrifolia | Ramani ya maumbile |
| 2022 | Jarida la Baiolojia ya Panda | 8.154 | Utambulisho wa ST1 unaonyesha uteuzi unaohusisha upigaji wa morphology ya mbegu na yaliyomo kwenye mafuta wakati wa kutengenezea soya
| SNP wito |
| 2022 | Frontiers katika Sayansi ya Mimea | 6.623 | Uchoraji wa chama cha genome pana cha phenotypes za hulless katika mazingira ya ukame.
| GWAS |
