Utaratibu wa RNA moja
Mpango wa kiufundi
Kutengwa kwa kiini kunapatikana na 10 × Genomics Chromium ™, ambayo ina mfumo wa microfluidics wa vituo nane na kuvuka mara mbili. Katika mfumo huu, shanga za gel zilizo na barcode na primer, Enzymes na kiini kimoja zimefungwa katika kushuka kwa mafuta ya nanoliter, na kutoa bead-in-emulsion (GEM). Mara tu vito vinapoundwa, uchunguzi wa seli na kutolewa kwa barcode hufanywa katika kila vito. MRNA imebadilishwa kuwa molekuli za cDNA na barcode 10 × na UMI, ambazo zinategemea zaidi ujenzi wa maktaba ya kawaida.
Vipengee
● Maandalizi ya kusimamishwa kwa nuksi moja kutoka kwa tishu waliohifadhiwa
● Uundaji wa gel bead-in-emulsion (GEM) ikifuatiwa na awali ya cDNA
● Kila bead kwenye vito imejaa primers zilizo na sehemu 4:
Poly (DT) mkia wa priming ya mRNA na awali ya cDNA,
Kitambulisho cha kipekee cha Masi (UMI) kusahihisha upendeleo wa kukuza
10x barcode
Mlolongo wa kufunga wa sehemu ya kwanza ya soma 1 ya mpangilio
Faida
Utaratibu wa RNA moja ya nucleus huzuia mapungufu ya mpangilio wa seli moja ya RNA, kuwezesha:
● Matumizi ya sampuli zilizohifadhiwa na sio mdogo tu kwa sampuli mpya
● Mkazo wa chini wa seli zilizohifadhiwa wakati unalinganishwa na matibabu ya enzymatic ya seli safi, zilizoonyeshwa kwenye data ya maandishi katika mfumo wa jeni ndogo iliyosababishwa na mafadhaiko
● Hakuna haja ya kuondolewa kwa seli nyekundu za damu
● kipenyo cha seli isiyo na kikomo
● Sampuli kubwa za sampuli ambazo zinastahili uchambuzi, pamoja na aina ngumu na dhaifu za tishu ambazo zinakabiliwa na kupunguka kwa seli au uharibifu wakati wa kujitenga kwa tishu
Sampuli ambazo haziwezi kuchambuliwa na mpangilio wa seli moja za RNA na zinastahiki kwa mpangilio wa RNA ya kiini kimoja:
| Kiini / tishu | Sababu |
| Tishu zilizohifadhiwa | Haiwezi kupata mashirika safi au ya kuokoa |
| Kiini cha misuli, megakaryocyte, mafuta… | Kipenyo cha seli ni kubwa sana kuingia kwenye chombo |
| Ini… | Dhaifu sana kuvunja, haiwezi kutofautisha seli moja |
| Kiini cha Neuron, Ubongo… | Nyeti zaidi, rahisi kusisitiza, itabadilisha matokeo ya mpangilio |
| Kongosho, tezi… | Tajiri katika enzymes za asili, zinazoathiri uzalishaji wa kusimamishwa kwa seli moja |
Moja-nucleus dhidi ya seli moja
| Nuklia moja | Seli moja |
| Kipenyo cha seli isiyo na kikomo | Kipenyo cha seli: 10-40 μm |
| Vifaa vinaweza kuwa tishu zilizohifadhiwa | Nyenzo lazima iwe tishu safi |
| Dhiki ya chini ya seli zilizohifadhiwa | Matibabu ya enzyme inaweza kusababisha athari ya dhiki ya seli |
| Hakuna seli nyekundu za damu zinahitaji kuondolewa | Seli nyekundu za damu zinahitaji kuondolewa |
| Nyuklia inaelezea bioinformation | Seli nzima inaelezea bioinformation |
Maelezo
| Mahitaji ya mfano | Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Takwimu zilizopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Tishu za wanyama ≥ 200 mg Panda tishu ≥ 400 mg | 10x genomics sn cDNA maktaba | Illumina PE150 | 100k PE inasoma kwa seli (100-200 GB) | 700-1200 Nuclei/μL na uadilifu wa kiini kinachozingatiwa chini ya darubini |
Kwa maelezo zaidi juu ya mwongozo wa maandalizi ya mfano na utiririshaji wa huduma, tafadhali jisikie huru kuzungumza na aMtaalam wa BMKGENE
Mtiririko wa kazi ya huduma
Ni pamoja na uchambuzi ufuatao:
● Udhibiti wa Ubora: Idadi ya seli, ugunduzi wa jeni, kitambulisho sahihi cha seli, molekuli za RNA na hesabu ya kujieleza
● Uchambuzi wa mfano wa ndani:
Kuingiliana kwa seli na maelezo ya nguzo
Uchambuzi wa kujieleza tofauti: Utambulisho wa DEGs katika nguzo
Kazi ya ufafanuzi na uboreshaji wa DEGs za nguzo
● Uchambuzi wa kikundi cha kati:
Mchanganyiko wa data
Uchambuzi wa kujieleza tofauti: Utambulisho wa DEGs katika vikundi
Kazi ya ufafanuzi na utajiri wa vikundi vya kikundi
● Uchambuzi wa hali ya juu:
Uchambuzi wa mzunguko wa seli
Uchambuzi wa pseudotime
Uchambuzi wa Mawasiliano ya Kiini (CelllphonedB)
Uchambuzi wa Uboreshaji wa Gene (GSEA)
Uchambuzi wa mfano wa ndani
Nguzo za seli:
Uchambuzi wa kujieleza tofauti: nguzo za nguzo
Uchambuzi wa kikundi
Uchambuzi wa kujieleza tofauti: DEG za kikundi
Uchambuzi wa hali ya juu:
Uchambuzi wa wakati wa pseudotime:
Uchambuzi wa mzunguko wa seli:
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio wa BMKGENE za RNA na chromium 10x katika machapisho haya yaliyoangaziwa:
Wang, L. et al. .Utaratibu wa Chuo cha kitaifa cha Sayansi ya Merika, 118 (2), p. E2005590118. Doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. .Frontiers katika chanjo, 13, p. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.
Tian, H. et al. .Kilimo cha majini, 566, p. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.
Yu, Y. et al. .Saratani ya tumbo, 26 (5), Uk. 798-813. Doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/metriki.
