Kupunguza uwakilishi wa bisulfite (RRBs)
Kupunguza uwakilishi wa bisulfite (RRBs) kumeibuka kama njia ya gharama nafuu na bora kwa mpangilio mzima wa genome bisulfite (WGBS) katika utafiti wa methylation ya DNA. Wakati WGBS hutoa ufahamu kamili kwa kuchunguza genome nzima kwa azimio moja la msingi, gharama yake kubwa inaweza kuwa sababu ya kupunguza. RRBS kimkakati hupunguza changamoto hii kwa kuchambua kwa hiari sehemu ya mwakilishi wa genome. Njia hii inategemea utajiri wa mikoa yenye utajiri wa kisiwa cha CpG na MSPI Cleavage ikifuatiwa na uteuzi wa ukubwa wa vipande 200-500/600 BPS. Kwa hivyo, ni mikoa tu kwa visiwa vya CPG vimepangwa, wakati zile zilizo na visiwa vya mbali vya CPG hazitengwa kwa uchambuzi. Utaratibu huu, pamoja na mpangilio wa bisulfite, inaruhusu kugundua azimio la juu la methylation ya DNA, na njia ya mpangilio, PE150, inazingatia mahsusi kwenye ncha za kuingiza badala ya katikati, na kuongeza ufanisi wa maelezo ya methylation. RRBS ni zana kubwa ambayo inawezesha utafiti wa gharama nafuu wa methylation ya DNA na maendeleo ya maarifa ya mifumo ya epigenetic.
Huduma za huduma
● Inahitaji genome ya kumbukumbu.
● DNA ya Lambda hutumiwa kufuatilia ufanisi wa ubadilishaji wa bisulfite.
● Ufanisi wa digestion ya MSPI pia unafuatiliwa.
● Digestion ya enzyme mara mbili kwa sampuli za mmea.
● Utaratibu wa Illumina Novaseq.
Faida za huduma
●Gharama ya gharama nafuu na bora kwa WGBS: kuwezesha uchambuzi kufanywa kwa gharama ya chini na kwa mahitaji ya chini ya sampuli.
●Jukwaa kamili:Toa huduma bora kutoka kwa usindikaji wa sampuli, ujenzi wa maktaba, na mpangilio wa uchambuzi wa bioinformatics.
●Utaalam mkubwa: Pamoja na miradi ya mpangilio wa RRBS iliyokamilishwa kwa mafanikio katika anuwai anuwai ya spishi, BMKgene inaleta zaidi ya muongo mmoja wa uzoefu, timu ya uchambuzi wenye ujuzi, yaliyomo kamili, na msaada bora wa mauzo.
Uainishaji wa huduma
| Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Pato lililopendekezwa la data | Udhibiti wa ubora |
| MSPI iliyochimbwa na maktaba ya kutibiwa ya bisulfite | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Uongofu wa bisulfite> 99% Ufanisi wa kukata MSPI> 95% |
Mahitaji ya mfano
| Mkusanyiko (ng/µl) | Jumla ya kiasi (µg) |
| |
| DNA ya genomic | ≥ 30 | ≥ 1 | Uharibifu mdogo au uchafu |
Mtiririko wa kazi ya huduma
Uwasilishaji wa mfano
Ujenzi wa maktaba
Mpangilio
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
Ni pamoja na uchambuzi ufuatao:
● Udhibiti wa ubora wa mpangilio wa RAW;
● Ramani ya kumbukumbu ya genome;
● Ugunduzi wa besi 5mC methylated na kitambulisho cha motif;
● Uchambuzi wa usambazaji wa methylation na kulinganisha sampuli;
● Uchambuzi wa mikoa ya methylated tofauti (DMRs);
● Maelezo ya kazi ya jeni yanayohusiana na DMR.
Udhibiti wa Ubora: Ufanisi wa digestion (katika ramani ya genome)
Udhibiti wa Ubora: Ubadilishaji wa bisulfite (katika uchimbaji wa habari ya methylation)
Ramani ya methylation: usambazaji wa 5mc methylation genome
Ulinganisho wa mfano: Uchambuzi wa sehemu kuu
Tofauti ya mikoa ya methylated (DMRS): Heatmap
Chunguza maendeleo ya utafiti yaliyowezeshwa na huduma zote za mpangilio wa BMKGENE wa genome bisulfite kupitia mkusanyiko wa machapisho.
Li, Z. et al. .PNAS Nexus, 1 (4). Doi: 10.1093/pnasnexus/pGAC179.
Tian, H. et al. .Jarida la Ulaya la uchunguzi wa kliniki, 53 (11), p. E14055. Doi: 10.1111/eci.14055.
Wu, Y. et al. .Jarida la uchunguzi wa endocrinological, 45 (12), Uk. 2365-2376. Doi: 10.1007/s40618-022-01878-4.
