● Usindikaji wa mfano wa RNA ulihusisha kupungua kwa rRNA ikifuatiwa na maandalizi ya maktaba ya RNA.
● Uchambuzi wa bioinformatic kulingana na upatanishi na genome ya kumbukumbu
● Uchambuzi ni pamoja na kujieleza kwa jeni na DEGs lakini pia muundo wa maandishi na uchambuzi wa sRNA
●Udhibiti wa ubora wa hali ya juu: Tunatumia vidokezo vya udhibiti wa msingi katika hatua zote, kutoka kwa sampuli na maandalizi ya maktaba hadi mpangilio na bioinformatics. Ufuatiliaji huu wa kina inahakikisha utoaji wa matokeo ya hali ya juu.
●Data maalum ya mpangilio: Kwa sababu ya maandalizi ya maktaba ya RNA kuwa ya mwelekeo, kuwezesha kitambulisho cha maandishi ya anti-sense.
●Uchambuzi kamili ulioundwa kwa maandishi ya prokaryotic: Bomba la bioinformatic ni pamoja na uchambuzi sio tu wa usemi wa jeni lakini pia uchambuzi wa muundo wa maandishi, pamoja na kitambulisho cha operesheni, UTR na watangazaji. Pia ni pamoja na uchambuzi wa SRNAs, ambayo ni maelezo na utabiri wa muundo na malengo ya sekondari.
●Msaada wa baada ya mauzo: Kujitolea kwetu kunaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi na kipindi cha huduma ya baada ya miezi 3. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, msaada wa utatuzi, na vikao vya Q&A kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Takwimu zilizopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
Maktaba ya mwelekeo wa RRNA iliyokamilika | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Conc. (Ng/μl) | Kiasi (μg) | Usafi | Uadilifu |
≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1.8-2.0 OD260/230 = 1.0-2.5 Protini ndogo au hakuna uchafu au uchafu wa DNA ulioonyeshwa kwenye gel. | Rin≥6.5 |
Chombo: 2 ml centrifuge tube (foil ya bati haifai)
Uandishi wa sampuli: Kundi+replicate EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Usafirishaji:
1. Ice-barafu: Sampuli zinahitaji kubeba kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2. Mizizi inayoweza kusongeshwa: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye bomba la utulivu wa RNA (kwa mfano rNast ®) na kusafirishwa kwa joto la kawaida.
Ni pamoja na uchambuzi ufuatao:
● Udhibiti wa ubora wa data mbichi
● Upatanishi wa genome ya kumbukumbu
● Tathmini ya Ubora wa Maktaba: Randonness ya kugawanyika kwa RNA, saizi ya kuingiza na mpangilio wa kueneza
● Maelezo ya kazi ya jeni zilizotabiriwa
● Mchanganuo wa kujieleza: uunganisho na uchambuzi wa sehemu kuu (PCA)
● Tofauti ya jeni (DEGs)
● Maelezo ya kazi na utajiri wa DEGs
● Uchambuzi wa SRNA: Utabiri, maelezo, lengo, na utabiri wa muundo wa sekondari
● Uchambuzi wa muundo wa maandishi: Operesheni, nafasi za kuanzia na kumaliza, mkoa usio na alama (UTS), mtangazaji, na uchambuzi wa SNP/indel
Mpangilio wa kueneza
Kazi ya kazi ya jeni
Kuhusiana kati ya sampuli
Uchambuzi wa aina tofauti (DEGs)
Uchambuzi wa Uboreshaji wa Kazi
Maelezo ya SRNA
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio wa BMKGENE wa urefu kamili wa mRNA katika chapisho hili lililoonyeshwa.
Guan, CP et al. .Jarida la Kipolishi la Microbiology, 67 (2), p. 223. Doi: 10.21307/pjm-2018-024.