-
Nakala ya BMKMANU S3000_Spatial
Nakala za anga zinasimama mbele ya uvumbuzi wa kisayansi, kuwawezesha watafiti kupekua katika mifumo tata ya usemi wa jeni ndani ya tishu huku wakihifadhi muktadha wao wa anga. Katikati ya majukwaa mbalimbali, BMKGene imetengeneza BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, ikijivunia ubora ulioboreshwa wa 3.5µm, kufikia safu ya simu ndogo, na kuwezesha mipangilio ya viwango vingi vya utatuzi. Chip ya S3000, iliyo na takriban madoa milioni 4, hutumia visima vidogo vilivyowekwa safu ya shanga zilizopakiwa na uchunguzi wa kunasa wenye misimbo ya anga. Maktaba ya cDNA, iliyoboreshwa kwa misimbo pau ya anga, hutayarishwa kutoka kwa chipu ya S3000 na kupangwa baadaye kwenye jukwaa la Illumina NovaSeq. Mchanganyiko wa sampuli zenye pau na UMIs huhakikisha usahihi na umahususi wa data inayozalishwa. Chip ya BMKManu S3000 ni nyingi sana, inatoa mipangilio ya azimio la viwango vingi ambayo inaweza kusawazishwa vyema kwa tishu tofauti na viwango vinavyohitajika vya maelezo. Uwezo huu wa kubadilika huweka chipu kama chaguo bora kwa tafiti mbalimbali za nakala za anga, kuhakikisha mshikamano sahihi wa anga na kelele kidogo. Matumizi ya teknolojia ya mgawanyo wa seli na BMKManu S3000 huwezesha uwekaji mipaka wa data ya maandishi hadi kwenye mipaka ya seli, na kusababisha uchanganuzi ambao una maana ya moja kwa moja ya kibayolojia. Zaidi ya hayo, azimio lililoboreshwa la S3000 husababisha idadi kubwa zaidi ya jeni na UMI zinazotambuliwa kwa kila seli, na hivyo kuwezesha uchanganuzi sahihi zaidi wa mifumo ya unukuzi wa anga na mkusanyiko wa seli.
-
Mpangilio wa viini vya RNA moja
Ukuzaji wa mbinu za kukamata kisanduku kimoja na mbinu maalum za ujenzi wa maktaba, pamoja na mpangilio wa hali ya juu, umeleta mageuzi katika masomo ya usemi wa jeni katika kiwango cha seli. Mafanikio haya yanaruhusu uchanganuzi wa kina na wa kina zaidi wa idadi ya seli changamano, kushinda vikwazo vinavyohusishwa na wastani wa usemi wa jeni juu ya seli zote na kuhifadhi utofauti wa kweli katika makundi haya. Ingawa mpangilio wa RNA wa seli moja (scRNA-seq) una faida zisizoweza kuepukika, hukumbana na changamoto katika tishu fulani ambapo uundaji wa kusimamishwa kwa seli moja huthibitika kuwa mgumu na unahitaji sampuli mpya. Katika BMKGene, tunashughulikia kikwazo hiki kwa kutoa mpangilio wa nyuklia moja ya RNA (snRNA-seq) kwa kutumia teknolojia ya hali ya juu ya 10X Genomics Chromium. Mbinu hii hupanua wigo wa sampuli zinazokubalika kwa uchanganuzi wa nukuu katika kiwango cha seli moja.
Kutenganishwa kwa viini kunakamilishwa kupitia chipu ya Chromium ya 10X Genomics, inayoangazia mfumo wa microfluidis wa idhaa nane na vivuko viwili. Ndani ya mfumo huu, shanga za gel zinazojumuisha barcodes, primers, enzymes, na nucleus moja huingizwa katika matone ya mafuta ya ukubwa wa nanoliter, na kutengeneza Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kufuatia uundaji wa GEM, uchanganuzi wa seli na kutolewa kwa msimbopau hutokea ndani ya kila GEM. Baadaye, molekuli za mRNA hunakiliwa kinyume katika cDNA, ikijumuisha misimbopau 10X na Vitambulishi vya Kipekee vya Molekuli (UMIs). CDNA hizi kisha zinakabiliwa na ujenzi wa maktaba ya mpangilio wa kawaida, kuwezesha uchunguzi thabiti na wa kina wa wasifu wa usemi wa jeni katika kiwango cha seli moja.
Jukwaa: 10× Genomics Chromium na Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Transcriptome
Nakala za anga ni teknolojia ya kisasa ambayo inaruhusu watafiti kuchunguza mifumo ya usemi wa jeni ndani ya tishu huku wakihifadhi muktadha wao wa anga. Jukwaa moja lenye nguvu katika kikoa hiki ni 10x Genomics Visium pamoja na mpangilio wa Illumina. Kanuni ya Visium ya 10X iko kwenye chip maalum iliyo na eneo maalum la kukamata ambapo sehemu za tishu zimewekwa. Eneo hili la kunasa lina madoa yenye msimbo, ambayo kila moja inalingana na eneo la kipekee la anga ndani ya tishu. Molekuli za RNA zilizonaswa kutoka kwenye tishu huwekwa lebo ya vitambulishi vya kipekee vya molekuli (UMIs) wakati wa mchakato wa unukuzi wa kinyume. Maeneo haya yenye misimbo mipau na UMI huwezesha upangaji ramani sahihi wa anga na ukadiriaji wa usemi wa jeni katika mwonekano wa seli moja. Mchanganyiko wa sampuli zenye pau na UMIs huhakikisha usahihi na umahususi wa data inayozalishwa. Kwa kutumia teknolojia hii ya Spatial Transcriptomics, watafiti wanaweza kupata uelewa wa kina wa shirika la anga la seli na mwingiliano changamano wa molekuli unaotokea ndani ya tishu, wakitoa ufahamu wa thamani sana katika taratibu zinazohusu michakato ya kibayolojia katika nyanja mbalimbali, ikiwa ni pamoja na oncology, neuroscience, biolojia ya maendeleo, immunology. , na masomo ya mimea.
Jukwaa: Visium ya 10X ya Genomics na Illumina NovaSeq
