-
Mpangilio wa Metagenomic -NGS
Metagenomu ni mkusanyo wa jumla ya nyenzo za kijenetiki za jumuiya mchanganyiko ya viumbe, kama vile metagenome za kimazingira na za binadamu. Ina genomes za microorganisms zinazoweza kupandwa na zisizoweza kupandwa. Mfuatano wa Shotgun metagenomic na NGS huwezesha utafiti wa mandhari haya changamano ya kijinomia yaliyopachikwa katika sampuli za mazingira kwa kutoa zaidi ya maelezo mafupi ya kitaksonomia, kutoa pia maarifa punjepunje katika utofauti wa spishi, mienendo ya wingi, na miundo changamano ya idadi ya watu. Zaidi ya tafiti za ujasusi, shotgun metagenomics pia inatoa mtazamo wa utendaji kazi wa jeni, kuwezesha uchunguzi wa jeni zilizosimbwa na majukumu yao ya kuweka katika michakato ya ikolojia. Hatimaye, uanzishwaji wa mitandao ya uwiano kati ya vipengele vya kijenetiki na mambo ya kimazingira huchangia katika uelewa wa jumla wa mwingiliano tata kati ya jumuiya za viumbe hai na usuli wao wa kiikolojia. Kwa kumalizia, mfuatano wa metagenomic unasimama kama chombo muhimu cha kutendua ugumu wa kijinomiki wa jumuiya mbalimbali za viumbe vidogo, kuangazia uhusiano wenye pande nyingi kati ya jeni na ikolojia ndani ya mifumo hii changamano ya ikolojia.
Majukwaa: Illumina NovaSeq na DNBSEQ-T7
-
Mpangilio wa Metagenomic-TGS
Metagenomu ni mkusanyiko wa nyenzo za kijenetiki za jumuiya mchanganyiko ya viumbe, kama vile metagenome za kimazingira na binadamu. Ina genomes za microorganisms zinazoweza kupandwa na zisizoweza kupandwa. Mfuatano wa Metagenomic huwezesha utafiti wa mandhari haya tata ya kijinomia yaliyopachikwa katika sampuli za ikolojia kwa kutoa zaidi ya maelezo mafupi ya taxonomic. Pia inatoa mtazamo unaofanya kazi wa jeni kwa kuchunguza jeni zilizosimbwa na majukumu yao ya kuweka katika michakato ya mazingira. Wakati mbinu za kitamaduni za bunduki na mpangilio wa Illumina zimetumika sana katika masomo ya metagenomic, ujio wa Nanopore na PacBio mfuatano uliosomwa kwa muda mrefu umebadilisha uwanja. Teknolojia ya Nanopore na PacBio huboresha uchanganuzi wa chini wa kibayolojia, haswa mkusanyiko wa metagenome, kuhakikisha mikusanyiko inayoendelea zaidi. Ripoti zinaonyesha kuwa metagenomics inayotegemea Nanopore na PacBio imefanikiwa kutoa jenomu kamili za bakteria kutoka kwa vijiumbe changamano (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Kuunganisha usomaji wa Nanopore na usomaji wa Illumina hutoa mbinu ya kimkakati ya kusahihisha makosa, kupunguza usahihi wa chini wa Nanopore. Mchanganyiko huu wa upatanishi huongeza nguvu za kila jukwaa la mfuatano, ukitoa suluhisho thabiti ili kushinda vikwazo vinavyowezekana na kuendeleza usahihi na kutegemewa kwa uchanganuzi wa metagenomic.
Jukwaa: Nanopore PromethION 48, Illumia na PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Jeni za 16S na 18S rRNA, pamoja na eneo la Internal Transcribed Spacer (ITS), hutumika kama viashirio muhimu vya molekuli ya vidole kutokana na mchanganyiko wao wa maeneo yaliyohifadhiwa sana na yenye mabadiliko makubwa, na kuyafanya kuwa zana muhimu za kubainisha viumbe vya prokariyoti na yukariyoti. Ukuzaji na mfuatano wa maeneo haya hutoa mbinu isiyo ya kutengwa kwa ajili ya kuchunguza utunzi na uanuwai wa vijiumbe katika mifumo mbalimbali ya ikolojia. Ingawa mpangilio wa Illumina kwa kawaida hulenga maeneo mafupi yanayoweza kubadilikabadilika kama vile V3-V4 ya 16S na ITS1, imethibitishwa kuwa ufafanuzi wa hali ya juu wa taxonomic unaweza kufikiwa kwa kupanga urefu kamili wa 16S, 18S, na ITS. Mbinu hii ya kina husababisha asilimia kubwa zaidi ya mfuatano ulioainishwa kwa usahihi, kufikia kiwango cha utatuzi ambacho kinaenea hadi kwenye utambuzi wa spishi. Jukwaa la upangaji la Molekuli Moja ya Wakati Halisi (SMRT) la PacBio linaonekana wazi kwa kutoa usomaji sahihi wa muda mrefu (HiFi) ambao hufunika amplikoni za urefu kamili, ikishindana na usahihi wa mpangilio wa Illumina. Uwezo huu unaruhusu watafiti kupata faida isiyoweza kulinganishwa - mtazamo wa panoramic wa mazingira ya maumbile. Ufikiaji uliopanuliwa huinua kwa kiasi kikubwa azimio katika ufafanuzi wa spishi, haswa ndani ya jamii za bakteria au kuvu, kuwezesha uelewa wa kina wa ugumu wa idadi ya viumbe vidogo.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Mfuatano wa Amplicon na teknolojia ya Illumina, ikilenga hasa viashirio vya kijenetiki vya 16S, 18S, na ITS, ni mbinu madhubuti ya kufunua wingi wa filojeni, taksonomia, na spishi ndani ya jumuiya za viumbe vidogo. Mbinu hii inahusisha kupanga maeneo yanayoweza kubadilika ya alama za urithi za utunzaji wa nyumba. Hapo awali ilianzishwa kama alama ya vidole ya molekuli naOle et almnamo 1977, mbinu hii imeleta mapinduzi katika uwekaji wasifu wa mikrobiome kwa kuwezesha uchanganuzi bila kutengwa. Kupitia mfuatano wa 16S (bakteria), 18S (fangasi), na Internal Transcribed Spacer (ITS, kuvu), watafiti wanaweza kutambua sio tu spishi nyingi bali pia zile adimu na zisizojulikana. Imekubaliwa sana kama zana muhimu, mpangilio wa amplikoni umekuwa muhimu katika kutambua utunzi tofauti wa vijiumbe katika mazingira mbalimbali, ikiwa ni pamoja na mdomo wa binadamu, utumbo, kinyesi na kwingineko.
-
Upangaji Upya wa Genome ya Bakteria na Kuvu
Miradi ya kupanga upya jenomu nzima ya bakteria na kuvu ni muhimu kwa kuendeleza jenomiki ya vijidudu kwa kuwezesha ukamilishaji na ulinganisho wa jenomu ndogondogo. Hii hurahisisha uhandisi wa uchachushaji, uboreshaji wa michakato ya viwandani, na uchunguzi wa njia za pili za kimetaboliki. Zaidi ya hayo, upangaji upya wa kuvu na bakteria ni muhimu kwa kuelewa urekebishaji wa mazingira, kuboresha aina, na kufichua mienendo ya mabadiliko ya kijeni, yenye athari pana katika dawa, kilimo, na sayansi ya mazingira.
-
Mpangilio wa RNA wa Prokaryotic
Mpangilio wa RNA huwezesha uwekaji wasifu wa kina wa manukuu yote ya RNA ndani ya seli chini ya hali mahususi. Teknolojia hii ya kisasa hutumika kama zana yenye nguvu, inayofunua wasifu tata wa usemi wa jeni, miundo ya jeni, na mifumo ya molekuli inayohusishwa na michakato mbalimbali ya kibiolojia. Imekubaliwa sana katika utafiti wa kimsingi, uchunguzi wa kimatibabu, na ukuzaji wa dawa, mpangilio wa RNA hutoa maarifa juu ya ugumu wa mienendo ya seli na udhibiti wa kijeni. Usindikaji wetu wa sampuli ya RNA ya prokariyoti umeundwa mahsusi kwa nakala za prokaryotic, zinazohusisha upungufu wa rRNA na utayarishaji wa maktaba ya mwelekeo.
Jukwaa: Illumina NovaSeq
-
Mpangilio wa Metatranscriptome
Teknolojia ya kupanga mpangilio ya Illumina, huduma ya BMKGENE ya kupanga mpangilio wa metaranscriptome inafichua usemi wa jeni unaobadilika wa safu mbalimbali za vijidudu, kuanzia yukariyoti hadi prokariyoti na virusi, ndani ya mazingira asilia kama vile udongo, maji, bahari, kinyesi na utumbo. Huduma yetu ya kina huwapa watafiti uwezo wa kutafakari wasifu kamili wa usemi wa jeni wa jumuiya za viumbe vidogo. Zaidi ya uchanganuzi wa kanuni, huduma yetu ya upangaji wa metaranscriptome hurahisisha uchunguzi katika uboreshaji wa utendaji kazi, kutoa mwanga juu ya jeni zilizoonyeshwa kwa njia tofauti na majukumu yao. Gundua maarifa mengi ya kibaolojia unapopitia mandhari changamano ya usemi wa jeni, uanuwai wa takolojia, na mienendo ya utendaji ndani ya maeneo haya mbalimbali ya mazingira.
-
De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE inatoa suluhu nyingi za jenomu kuvu, kukidhi mahitaji mbalimbali ya utafiti na ukamilifu wa jenomu unaotaka. Kutumia mpangilio wa Illumina wa kusoma kwa muda mfupi pekee huruhusu uundaji wa rasimu ya jenomu. Mpangilio wa kusoma kwa muda mfupi na uliosomwa kwa muda mrefu kwa kutumia Nanopore au Pacbio huunganishwa kwa genome iliyosafishwa zaidi ya kuvu na contigi ndefu. Zaidi ya hayo, kujumuisha mpangilio wa Hi-C huongeza zaidi uwezo, na kuwezesha kupatikana kwa jenomu kamili ya kiwango cha kromosomu.
-
Mkutano wa Genome wa Bakteria mpya
Tunatoa huduma kamili ya mkusanyiko wa jenomu ya bakteria, na kuhakikisha mapengo 0. Hili linawezekana kwa kuunganisha teknolojia za kupanga mpangilio zilizosomwa kwa muda mrefu, kama vile Nanopore na PacBio kwa mkusanyiko na mfuatano wa kusoma kwa muda mfupi na Illumina kwa uthibitishaji wa mkusanyiko na urekebishaji wa makosa ya usomaji wa ONT. Huduma yetu hutoa mtiririko kamili wa habari za kibiolojia kutoka kwa mkusanyiko, ufafanuzi wa utendaji, na uchanganuzi wa hali ya juu wa kibayolojia, kutimiza malengo mahususi ya utafiti. Huduma hii huwezesha uundaji wa jenomu sahihi za marejeleo kwa tafiti mbalimbali za kijeni na jenomiki. Zaidi ya hayo, huunda msingi wa matumizi kama vile uboreshaji wa matatizo, uhandisi jeni, na ukuzaji wa teknolojia ya viumbe vidogo, kuhakikisha data ya jeni ya kuaminika na isiyo na pengo ni muhimu kwa kuendeleza maarifa ya kisayansi na uvumbuzi wa kibayoteknolojia.
