-
Mwingiliano wa Chromatin kulingana na Hi-C
Hi-C ni mbinu iliyoundwa ili kunasa usanidi wa jeni kwa kuchanganya uchunguzi wa mwingiliano unaotegemea ukaribu na mpangilio wa matokeo ya juu. Mbinu hiyo inategemea uunganishaji wa chromatin na formaldehyde, ikifuatiwa na usagaji chakula na kuunganisha tena kwa njia ambayo vipande ambavyo vimeunganishwa kwa ushirikiano pekee ndivyo vitaunda bidhaa za kuunganisha. Kwa kupanga bidhaa hizi za kuunganisha, inawezekana kujifunza shirika la 3D la genome. Hi-C huwezesha kusoma usambazaji wa sehemu za jenomu ambazo zimejaa kidogo (A compartments, euchromatin) na ambazo zina uwezekano mkubwa wa kufanya kazi kwa maandishi, na maeneo ambayo yamejaa zaidi (vipande B, Heterochromatin). Hi-C pia inaweza kutumika kubainisha Vikoa Vinavyohusishwa Kitopolojia (TADs), maeneo ya jenomu ambayo yana miundo iliyokunjwa na kuna uwezekano wa kuwa na mifumo ya usemi sawa, na kutambua vitanzi vya kromatini, maeneo ya DNA ambayo yameunganishwa pamoja na protini. mara nyingi hutajiriwa katika vipengele vya udhibiti. Huduma ya kupanga mpangilio ya Hi-C ya BMKGene huwapa watafiti uwezo wa kuchunguza vipimo vya anga vya jenomiki, na kufungua njia mpya za kuelewa udhibiti wa jenomu na athari zake katika afya na magonjwa.
-
Mpangilio wa Kinga ya Chromatin (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ni mbinu ambayo huongeza kingamwili ili kuboresha kwa kuchagua protini zinazofunga DNA na shabaha zao za jeni zinazolingana. Kuunganishwa kwake na NGS huwezesha uwekaji maelezo mafupi ya jenomu ya shabaha za DNA zinazohusiana na urekebishaji wa histone, vipengele vya unukuzi na protini zingine zinazofunga DNA. Mbinu hii inayobadilika huwezesha ulinganisho wa tovuti zinazofunga kwenye aina mbalimbali za seli, tishu, au hali. Matumizi ya ChIP-Seq yanaanzia katika kusoma kanuni za unukuzi na njia za ukuzaji hadi kufafanua mbinu za magonjwa, na kuifanya kuwa zana ya lazima ya kuelewa mandhari ya udhibiti wa jeni na kuendeleza maarifa ya kimatibabu.
Jukwaa: Illumina NovaSeq
-
Mpangilio mzima wa bisulfite wa genome (WGBS)
Upangaji wa Bisulfite wa Jeni Nzima (WGBS) unasimama kama mbinu ya kiwango cha dhahabu ya uchunguzi wa kina wa methylation ya DNA, haswa nafasi ya tano katika cytosine (5-mC), kidhibiti muhimu cha usemi wa jeni na shughuli za seli. Kanuni ya msingi ya WGBS inahusisha matibabu ya bisulfite, kushawishi ubadilishaji wa saitosini zisizo na methylated hadi uracil (C hadi U), huku zikiacha saitosini za methylated bila kubadilika. Mbinu hii inatoa azimio la msingi mmoja, kuruhusu watafiti kuchunguza kwa kina methylome na kugundua mifumo isiyo ya kawaida ya methylation inayohusishwa na hali mbalimbali, haswa saratani. Kwa kuajiri WGBS, wanasayansi wanaweza kupata maarifa yasiyo na kifani katika mandhari ya methylation ya jenomu, wakitoa uelewa wa kina wa mifumo ya epijenetiki ambayo inasimamia michakato na magonjwa mbalimbali ya kibayolojia.
-
Uchambuzi wa Chromatin Inayopatikana kwa Transposase yenye Mipangilio ya Juu ya Kupitisha (ATAC-seq)
ATAC-seq ni mbinu ya upangaji wa matokeo ya hali ya juu inayotumika kwa uchanganuzi wa ufikivu wa kromatini kwa upana wa genome. Utumiaji hutoa uelewa wa kina wa mifumo changamano ya udhibiti wa epijenetiki wa kimataifa juu ya usemi wa jeni. Mbinu hutumia upitishaji wa Tn5 unaoshughulika sana kwa wakati mmoja kupasua na kuweka lebo maeneo ya kromatini wazi kwa kuingiza adapta za mpangilio. Ukuzaji unaofuata wa PCR husababisha kuundwa kwa maktaba ya mpangilio, ambayo inaruhusu utambuzi wa kina wa maeneo ya kromatini wazi chini ya hali maalum za muda wa nafasi. ATAC-seq hutoa mwonekano wa jumla wa mandhari ya kromatini inayoweza kufikiwa, tofauti na mbinu ambazo huangazia pekee tovuti zinazofunga kipengele cha nukuu au maeneo mahususi yaliyobadilishwa historia. Kwa kupanga maeneo haya ya kromatini wazi, ATAC-seq hufichua maeneo ambayo yana uwezekano mkubwa wa kuwa na mfuatano amilifu wa udhibiti na tovuti zinazoweza kufunga kipengele cha unukuzi, na kutoa maarifa muhimu katika urekebishaji unaobadilika wa usemi wa jeni kwenye jenomu.
-
Mfuatano uliopunguzwa wa Uwakilishi wa Bisulfite (RRBS)
Mpangilio uliopunguzwa wa Uwakilishi wa Bisulfite (RRBS) umeibuka kama njia mbadala ya gharama nafuu na inayofaa kwa Upangaji wa Bisulfite Mzima wa Genome (WGBS) katika utafiti wa methylation ya DNA. Ingawa WGBS hutoa maarifa ya kina kwa kuchunguza jenomu nzima katika azimio moja la msingi, gharama yake ya juu inaweza kuwa kikwazo. RRBS hupunguza changamoto hii kimkakati kwa kuchanganua kwa kuchagua sehemu wakilishi ya jenomu. Mbinu hii inategemea uboreshaji wa maeneo yenye visiwa vya CpG kwa kupasua kwa MspI ikifuatiwa na uteuzi wa ukubwa wa vipande vya bps 200-500/600. Kwa hivyo, ni maeneo yaliyo karibu na visiwa vya CpG pekee ndiyo yanafuatana, huku yale yaliyo na visiwa vya CpG vilivyo mbali hayajumuishwi kwenye uchanganuzi. Utaratibu huu, pamoja na mpangilio wa bisulfite, huruhusu ugunduzi wa juu wa azimio la methylation ya DNA, na mbinu ya mpangilio, PE150, inazingatia hasa mwisho wa kuingiza badala ya katikati, na kuongeza ufanisi wa maelezo ya methylation. RRBS ni zana yenye thamani sana ambayo huwezesha utafiti wa methylation wa DNA wa gharama nafuu na kuendeleza ujuzi wa mifumo ya epijenetiki.
