Ramani ya joto
Zana ya Heatmap inakubali faili ya data ya matrix kama ingizo na inaruhusu watumiaji kuchuja, kurekebisha na kuunganisha data. Kesi ya msingi ya matumizi ya ramani za joto ni uchanganuzi wa nguzo wa kiwango cha usemi wa jeni kati ya sampuli tofauti.
Ufafanuzi wa Jeni
Zana ya Ufafanuzi wa Jeni hutekeleza ufafanuzi wa jeni kulingana na mpangilio wa mfuatano wa faili za ingizo za FASTA dhidi ya hifadhidata mbalimbali.
Zana ya Msingi ya Kutafuta ya Upangaji wa Eneo la Karibu (BLAST)
Zana ya BLAST ni toleo lililounganishwa la BMKCloud la NCBI BLAST na linaweza kutumika kutekeleza utendakazi sawa kwa kutumia data iliyopakiwa kwenye akaunti ya BMKCloud.
Utabiri wa CDS_UTR
Zana ya Utabiri ya CDS_UTR imeundwa kutabiri maeneo ya usimbaji (CDS) na maeneo yasiyo ya usimbaji (UTR) katika mfuatano wa manukuu kulingana na matokeo ya BLAST dhidi ya hifadhidata zinazojulikana za protini na matokeo ya ubashiri ya ORF.
Kiwanja cha Manhattan
Zana ya Manhattan Plot huwezesha uonyeshaji wa sampuli za majaribio ya juu na hutumiwa kwa kawaida katika tafiti za muungano wa jenomu pana (GWAS).
Mchoro wa Circos
Zana ya Mchoro wa CIRCOS hutoa taswira bora ya jinsi kipengele cha jeni kinavyosambazwa kwenye jenomu. Vipengele vya kawaida ni pamoja na loci za kiasi, SNP, InDels, anuwai za nambari za muundo na nakala.
Jeni Ontolojia (GO) Uboreshaji
Zana ya Uboreshaji wa GO hutoa uchanganuzi wa uboreshaji wa utendaji. Programu ya msingi katika chombo hiki ni kifurushi cha TopGO-Bioconductor, ambacho kinajumuisha uchanganuzi wa kujieleza tofauti, uchanganuzi wa uboreshaji wa GO na taswira ya matokeo.
Uchambuzi wa Mtandao wa Mizani wa Gene Co-expression (WGCNA)
WGCNA ni njia inayotumika sana ya kuchimba data kwa kugundua moduli za usemi wa jeni. Inatumika kwa mkusanyiko wa data mbalimbali wa kujieleza ikijumuisha safu ndogo na data ya usemi wa jeni ya NGS.
InterProScan
Chombo cha InterProScan hutoa uchambuzi na uainishaji wa mlolongo wa protini wa InterPro.
GO KEGG Uboreshaji
Zana ya Uboreshaji ya GO KEGG imeundwa ili kutoa historia ya uboreshaji wa GO, histogram ya uboreshaji wa KEGG na njia ya uboreshaji ya KEGG kulingana na seti ya jeni iliyotolewa na ufafanuzi unaolingana.